하우스키핑 유전자

3. 하우스키핑 유전자 조절 기전

하우스키핑 유전자는 게놈에서 활성 유전자의 대부분을 차지하며, 그 발현은 생존에 필수적이다. 하우스키핑 유전자 발현 수준은 다양한 조직의 대사 요구 사항을 충족하도록 미세 조정된다. 하우스키핑 유전자 프로모터의 전사 개시에 대한 생화학적 연구는 특징이 덜한 프로모터 모티프와 전사 개시 과정 때문에 어려움을 겪어왔다.^[19],^[20]

인간 하우스키핑 유전자 프로모터는 일반적으로 TATA가 고갈되어 있으며, 높은 GC 함량과 높은 CpG 섬 발생률을 보인다.^[6] 초파리에서 프로모터 특정 CpG 섬이 없는 경우 하우스키핑 유전자 프로모터는 DRE, E-box 또는 DPE와 같은 DNA 요소를 포함한다.^[7] 하우스키핑 유전자의 전사 시작 부위는 약 100bp의 영역에 걸쳐 있을 수 있지만, 발생적으로 조절되는 유전자의 전사 시작 부위는 일반적으로 좁은 영역에 집중되어 있다.^[8][9][10] 하우스키핑 유전자의 분산된 전사 개시가 어떻게 확립되는지에 대해서는 알려진 바가 거의 없다. 하우스키핑 유전자 프로모터에 특이적으로 풍부하게 존재하며 이를 조절하는 전사 인자들이 있다.^[11][12] 또한, 하우스키핑 프로모터는 발생적으로 조절되는 강화자가 아닌 하우스키핑 강화자에 의해 조절된다.^[13]

4. 하우스키핑 유전자 목록 (인체)

다음은 인체 하우스키핑 유전자의 일부 목록이며, 가장 일반적으로 사용되는 ACTB 및 GAPDH를 포함한다.

더 완전하고 업데이트된 목록은 [http://www.housekeeping.unicamp.br HRT 아틀라스 데이터베이스]를 참조할 수 있다.^[1] 이 데이터베이스는 12,000개 이상의 인간 및 생쥐 RNA-seq 데이터 세트를 채굴하여 구축되었다.^[1]

4. 1. 유전자 발현

4. 1. 1. 전사 인자

4. 1. 2. RNA 스플라이싱

• BAT1^[16] (DDX39B)
• HNRPD^[17][16] (호모 사피엔스 이질핵 리보핵단백질 D(AU-rich element RNA))
• HNRPK^[17][16] (호모 사피엔스 이질핵 리보핵단백질 K(HNRPK), 전사체)
• PABPN1^[17] (폴리(A) 결합 단백질, 핵 1)
• SRSF3^[16] (스플라이싱 인자, 아르기닌/세린 풍부)

4. 1. 3. 번역 인자

• EIF1^[17][16] (SUI1)
• EIF1AD
• EIF1B
• EIF2A
• EIF2AK1
• EIF2AK3
• EIF2AK4
• EIF2B2
• EIF2B3
• EIF2B4
• EIF2S2
• EIF3A
• EIF3B
• EIF3D^[17] (이전 명칭 EIF3S4)
• EIF3G
• EIF3I
• EIF3H
• EIF3J
• EIF3K
• EIF3L
• EIF3M
• EIF3S5
• EIF3S8
• EIF4A1
• EIF4A2^[17]
• EIF4A3
• EIF4E2
• EIF4G1
• EIF4G2^[17]
• EIF4G3
• EIF4H
• EIF5
• EIF5A
• EIF5AL1
• EIF5B
• EIF6
• TUFM^[17] (Tu 번역 신장 인자 미토콘드리아)

4. 1. 4. 리보솜 단백질

• RPL5^[17][16]
• RPL8^[17]
• RPL9^[16]
• RPL10A
• RPL11^[17]
• RPL14^[17][16]
• RPL25^[16]
• RPL26L1
• RPL27^[17]
• RPL30^[16]
• RPL32^[17]
• RPL34^[17]
• RPL35^[17][16]
• RPL35A
• RPL36AL
• RPS5^[16]
• RPS6
• RPS6KA3
• RPS6KB1
• RPS6KB2
• RPS13^[17][16]
• RPS20^[16]
• RPS23^[16]
• RPS24^[17]
• RPS27^[16] (참고: FAU (gene)에 유비퀴틴으로 전사됨)
• RPN1^[17][16] (리보포린은 리보솜을 조면 소포체에 고정시킴)

4. 1. 5. 미토콘드리아 리보솜 단백질

4. 1. 6. RNA 중합효소

• POLR1C
• POLR1D
• POLR1E
• POLR2A^[17]
• POLR2B
• POLR2C
• POLR2D
• POLR2E^[16]
• POLR2F
• POLR2G
• POLR2H
• POLR2I

참조

_[1] 논문 HRT Atlas v1.0 database: redefining human and mouse housekeeping genes and candidate reference transcripts by mining massive RNA-seq datasets 2020-07-14
_[2] 논문 Further defining housekeeping, or "maintenance," genes Focus on "A compendium of gene expression in normal human tissues" 2001-12
_[3] 논문 On the nature of human housekeeping genes 2008-10
_[4] 논문 Housekeeping genes; expression levels may change with density of cultured cells 2010-04
_[5] 논문 Erythroid differentiation and the cell cycle: some implications from murine foetal and erythroleukemic cells 1976-11
_[6] 논문 The RNA polymerase II core promoter 2003
_[7] 논문 Transcription initiation patterns indicate divergent strategies for gene regulation at the chromatin level 2011-01
_[8] 논문 A paired-end sequencing strategy to map the complex landscape of transcription initiation 2010-07
_[9] 논문 Genome-wide analysis of mammalian promoter architecture and evolution 2006-06
_[10] 논문 Genome-wide analysis of promoter architecture in Drosophila melanogaster 2011-02
_[11] 논문 The NSL complex regulates housekeeping genes in Drosophila 2012
_[12] 논문 The NSL complex-mediated nucleosome landscape is required to maintain transcription fidelity and suppression of transcription noise 2019-02
_[13] 논문 Enhancer-core-promoter specificity separates developmental and housekeeping gene regulation 2015-02
_[14] 논문 A compendium of gene expression in normal human tissues 2001-12
_[15] 논문 RT2 Profiler PCR Array (96-Well Format and 384-Well Format
_[16] 논문 Analysis of human transcriptomes 1999-12
_[17] 논문 Human housekeeping genes are compact 2003-07
_[18] 논문 'Desperate house genes': the dramatic example of hypoxia 2010-03
_[19] 웹사이트 하우스 키핑 유전자 정보 http://ko.swewe.net/[...]
_[20] 웹사이트 브릭 Q&A http://bric.postech.[...]
_[21] 웹사이트 하우스키핑 유전자 (housekeeping gene, ~遺傳子), (해양과학용어사전, 2005.10.7, 아카데미서적) https://terms.naver.[...]