유전자 검색

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유전자 검색은 DNA 및 단백질 서열의 상동성 검색을 위한 일반적인 용어입니다. 서열 검색이라고도 합니다. 생정보학의 가장 기초적인 단계이며, NCBI의 BLAST 알고리즘이 가장 널리 사용됩니다.

다음은 유전자 검색에 사용할 수 있는 몇 가지 주요 도구 및 데이터베이스입니다.

• NCBI Gene: 광범위한 종의 유전자 정보를 통합 제공합니다. 유전자 이름, 식별자, 염색체 위치, 관련 서열, 표현형 등 다양한 정보를 검색할 수 있습니다. ([2], [9])
• GeneCards: 인간 유전자에 대한 포괄적인 정보를 제공하는 데이터베이스입니다. 유전체, 전사체, 단백질체, 유전형, 임상 및 기능 정보를 포함한 다양한 데이터를 통합하여 제공합니다. ([3])
• Ensembl: 유전체 브라우저 및 데이터 마이닝 도구(BioMart), 서열 유사성 검색 도구(BLAST/BLAT), 변이 영향 예측 도구(Variant Effect Predictor) 등을 제공합니다. ([4])
• GenomeNet: 일본 교토 대학에서 제공하는 유전체 정보 및 생물 정보학 도구 모음입니다. KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)를 포함하여 유전자, 경로, 대사, 질병 등 다양한 정보를 검색할 수 있습니다. ([6])
• JAX (The Jackson Laboratory): 특정 주제별 검색과 분석 도구로 Genes, Phenotypes & Mutant Alleles, Human, Mouse: Disease Connection, Gene Expression Database (GXD) 등을 제공합니다. ([5])
• 한국인간유전자은행 (KHGB): 한국생명공학연구원에서 운영하는 유전자 은행으로, 인간 및 생쥐 유전자 클론 자원을 분양하고 관련 정보를 제공합니다. ([10])
• 해양생명자원통합정보시스템(Mbris): 해양 생명 자원 유전자원 검색을 할 수 있습니다. ([7])
• ABS(Access to genetic resources and Benefit-Sharing): 유전자원 접근 및 이익 공유 관련 정보를 제공합니다. ([8])

• 데이터베이스 직접 검색: NCBI Gene, GeneCards 등에서 유전자 이름, 기호, 관련 키워드 등을 이용하여 직접 검색할 수 있습니다.
• 서열 유사성 검색 (BLAST): NCBI BLAST, Ensembl BLAST/BLAT 등을 이용하여 알고 있는 DNA 또는 단백질 서열과 유사한 서열을 데이터베이스에서 검색할 수 있습니다.
• 기타 도구 활용: GenomeNet의 KofamKOALA (유전자 주석 및 KEGG 매핑), JAX의 유전자 발현 데이터베이스 등 특정 목적에 맞는 도구를 활용할 수 있습니다.
• 위키백과: 유전자 검색의 일반적인 용어와 BLAST 알고리즘에 대한 정보를 찾을수 있습니다. ([1])

• 유전자 검색 결과는 데이터베이스 및 도구에 따라 다를 수 있습니다.
• 검색 목적에 맞는 적절한 도구와 데이터베이스를 선택하는 것이 중요합니다.