펍메드
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- 1. 개요
- 2. 구성 (Content)
- 3. 특징 (Characteristics)
- 4. 펍메드 식별자 (PubMed identifier, PMID)
- 5. 대안 인터페이스 (Alternative interfaces)
- 6. 펍메드 데이터 마이닝 (Data mining of PubMed)
- 참조
1. 개요
펍메드(PubMed)는 MEDLINE을 포함한 다양한 자료에 대한 접근을 제공하는 생물 의학 데이터베이스이다. 1966년부터 1809년까지 거슬러 올라가는 3,500만 개 이상의 인용문과 초록을 포함하며, 전문 기사 링크를 제공하여 연구자들에게 중요한 정보를 제공한다. 펍메드는 웹사이트 디자인과 검색 기능 개선을 통해 사용자 경험을 향상시키고 있으며, 표준 검색과 종합 검색을 지원한다. 또한, 저널 논문의 다양한 매개변수를 구조화하여 저장하고, MeSH 매핑을 통해 검색 정확도를 높인다. 펍메드는 My NCBI, LinkOut, PubMed Commons 등 다양한 부가 기능을 제공하며, askMEDLINE과 같은 모바일 기기용 인터페이스도 제공한다. PMID를 통해 각 기록에 대한 고유 식별자를 부여하며, 다양한 대안 인터페이스를 통해 접근할 수 있다. 펍메드 데이터는 데이터 마이닝 및 생물 의학 언어 모델 훈련에도 활용된다.
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펍메드 - [IT 관련 정보]에 관한 문서 | |
---|---|
일반 정보 | |
명칭 | 펍메드 |
![]() | |
설명 | 온라인 생의학 데이터베이스 |
URL | 펍메드 |
유형 | 학술 문헌 검색 사이트 |
분야 | 의학, 생물학 분야 |
사용 언어 | 영어 |
항목 수 | 2000만 건의 문헌 정보 (내 300만 건은 전문 무료) |
접근 | 무료 |
운영 | 국립 생물공학 정보 센터 |
비영리 여부 | 비영리 |
시작일 | 1996년 1월 |
기술 정보 | |
센터 | 미국 국립 의학 도서관(NLM) |
표준 | 해당사항 없음 |
포맷 | 해당사항 없음 |
다운로드 | 해당사항 없음 |
웹 서비스 | 해당사항 없음 |
SQL | 해당사항 없음 |
SPARQL | 해당사항 없음 |
웹 앱 | 해당사항 없음 |
독립 실행형 | 해당사항 없음 |
라이선스 | 해당사항 없음 |
버전 관리 | 해당사항 없음 |
빈도 | 해당사항 없음 |
큐레이션 | 해당사항 없음 |
북마크 | 해당사항 없음 |
버전 | 해당사항 없음 |
2. 구성 (Content)
펍메드는 핵심 데이터베이스인 MEDLINE 외에도 다음과 같은 자료에 대한 접근을 제공한다.
- 1951년 이전의 ''Index Medicus'' 인쇄본에 수록된 오래된 참고 문헌
- ''Science'', ''BMJ'', ''Annals of Surgery'' 등 Index Medicus 및 MEDLINE에 색인되기 전의 일부 저널에 대한 참고 문헌
- Medical Subject Headings(MeSH)으로 색인되고 MEDLINE에 추가되기 전의 기사에 대한 매우 최근의 기록
- 전문을 제공하는 책 모음과 NLM 기록의 다른 하위 집합[4]
- PMC 인용
- NCBI Bookshelf
많은 펍메드 기록에는 전문 기사로 연결되는 링크가 포함되어 있으며, 일부는 PubMed Central[5] 및 Europe PubMed Central과 같은 곳에서 무료로 이용할 수 있다.[6]
MEDLINE에 색인되고 펍메드를 통해 제공되는 저널에 대한 정보는 NLM 카탈로그에서 찾을 수 있다.[7]
2023년 5월 23일 현재, 펍메드는 1966년부터 1865년까지, 선택적으로는 1809년까지 거슬러 올라가는 3,500만 개 이상의 인용문과 초록을 보유하고 있다. 같은 날짜 기준으로 펍메드 기록 중 2,460만 개가 초록과 함께 나열되어 있으며, 2,680만 개 기록에는 전문 버전으로 연결되는 링크가 있다(이 중 1,090만 개 기사는 무료로 전문 이용 가능).[8] 지난 10년(2019년 12월 31일 종료) 동안 매년 평균 100만 개에 가까운 새로운 기록이 추가되었다.
2016년에 NLM은 출판사가 펍메드에 색인된 기사의 오타 및 오류를 직접 수정할 수 있도록 색인 시스템을 변경했다.[9]
펍메드에는 포식성 저널에 게재된 일부 기사가 포함된 것으로 보고되었다. MEDLINE 및 펍메드의 데이터베이스 포함을 위한 저널 선택 정책은 약간 다르다. 펍메드 센트럴에서 저널을 색인하기 위한 기준 및 절차의 약점으로 인해 포식성 저널의 출판물이 펍메드로 유입될 수 있다.[10]
3. 특징 (Characteristics)
펍메드는 사용자가 의학 정보를 효과적으로 검색하고 활용할 수 있도록 다양한 기능을 제공한다. 주요 특징은 다음과 같다.
- 검색 기능:
- 일반 검색: 펍메드 검색창에 핵심 단어를 입력하면, 자동으로 관련 MeSH 용어, 동의어, 불리언 연산자 등을 추가하여 검색 결과를 최적화한다.[19]
- MeSH 매핑: 검색어를 MeSH 용어와 하위 표제로 자동 연결하여 검색의 정확도를 높인다. 예를 들어, "심장 마비"는 "심근 경색"으로 자동 연결된다.[24]
- 자동 용어 매핑: 다양한 의학 용어를 자동 보완하여 검색 누락을 방지한다. 단, 따옴표로 묶인 구문, 잘림 검색(*), 필드 레이블 검색의 경우에는 자동 매핑이 적용되지 않는다.[24]
- 논문 정보:
- 논문 매개변수: 색인된 논문의 유형, 보조 식별자, 언어, 출판 국가, 출판 이력 등 다양한 정보를 구조화하여 제공한다.[20]
- 출판 유형: 출판 유형별로 검색할 수 있어, 임상 시험 등 특정 유형의 연구 보고서를 쉽게 찾을 수 있다.[20]
- 보조 ID: 분자 서열 데이터베이스, 임상 시험 ID 등 외부 데이터베이스 접근 번호를 제공하여 관련 정보를 쉽게 찾을 수 있도록 돕는다.[1]
- My NCBI: 검색 저장, 자동 업데이트 설정, 참고 문헌 관리 등 개인화된 서비스를 제공한다.[25]
- LinkOut: 미국 국립 의학 도서관(NLM)에서 제공하는 기능으로, 참여 기관 이용자는 펍메드 검색 결과에서 해당 기관이 소장하고 있는 저널의 전문(full-text)에 바로 접근할 수 있다.[27]
- askMEDLINE: NLM이 개발한 자연어 질의 도구이다.[33]
3. 1. 웹사이트 디자인 (Website design)
2009년 10월, 구글과 유사한 빠른 검색 방식을 제공하는 새로운 펍메드 인터페이스가 출시되었다. 이는 '전보' 검색으로 묘사되기도 했다.[11] 검색 결과는 기본적으로 최신순으로 정렬되지만, 최고 일치, 출판 날짜, 제1 저자, 마지막 저자, 저널, 제목 순으로 변경할 수 있다.[12]2020년 1월, 펍메드 웹사이트 디자인과 도메인이 업데이트되었고, 2020년 5월 15일에 새로운 인터페이스가 기본으로 설정되었다.[13] 그러나 이 사이트를 자주 사용하는 많은 연구자들은 새로운 인터페이스에 대해 비판적인 반응을 보였다.[14]
3. 1. 1. 휴대용 기기용 펍메드 (PubMed for handhelds/mobiles)
펍메드/MEDLINE은 휴대용 장치를 통해 접근할 수 있으며, 미국 국립 의학 도서관(NLM)에서 만든 "PICO" 옵션(집중된 임상 질문용)을 사용할 수 있다.[15] 또한 "PubMed Mobile" 옵션을 통해 모바일 친화적이고 단순화된 펍메드 버전에 접근할 수도 있다.[16]3. 2. 검색 (Search)
펍메드에서는 검색 창에 주제의 핵심 내용을 입력하여 간단하게 검색할 수 있다. 펍메드는 초기 검색 공식을 해석하고 필드 이름, 관련 MeSH 용어, 동의어, 불리언 연산자를 자동으로 추가하며, 결과 용어를 적절하게 "중첩"시켜 검색 공식을 개선한다. 특히 텍스트 단어와 MeSH 용어를 (OR 연산자를 사용하여) 결합한다.펍메드에서 최적의 검색을 하려면 MEDLINE과 MEDLINE 문서를 색인하는 데 사용되는 MeSH(Medical Subject Headings, 의학 주제어) 통제 어휘를 이해해야 한다.[17][18]
펍메드 검색 창을 이용한 검색은 명확한 주제나 아직 MeSH 헤딩이 생성되지 않은 새로운 중재를 검색할 때, 의약품의 상표명과 고유 명사를 검색할 때 권장된다. 또한 적절한 헤딩이 없거나, 기술어가 부분적인 측면을 나타낼 때도 유용하다. MeSH 시소러스를 사용한 검색이 더 정확하며, 관련 없는 결과가 적게 나온다. 또한 철자, 단수/복수 또는 약어의 차이점을 고려해야 하는 자유 텍스트 검색의 단점을 보완한다. 반면에, 최근에 데이터베이스에 추가되어 아직 기술어가 할당되지 않은 기사는 검색되지 않는다. 따라서, 철저한 검색을 보장하기 위해서는 통제 언어 헤딩과 자유 텍스트 용어를 결합하여 사용해야 한다.[19]
3. 2. 1. 표준 검색 (Standard search)
펍메드 검색 창에 주제의 핵심적인 측면을 입력하여 간단한 검색을 수행할 수 있다. 펍메드는 초기 검색 공식을 번역하고 필드 이름, 관련 MeSH 용어, 동의어, 불리언 연산자를 자동으로 추가하며, 적절하게 결과 용어를 "중첩"시켜 검색 공식을 향상시킨다. 특히 텍스트 단어와 MeSH 용어를 (OR 연산자를 사용하여) 일상적으로 결합한다.3. 2. 2. 종합 검색 (Comprehensive search)
펍메드에서 최적의 검색을 위해서는 핵심 구성 요소인 MEDLINE과 특히 MEDLINE 문서를 색인하는 데 사용되는 MeSH(Medical Subject Headings, 의학 주제어) 통제 어휘를 이해해야 한다. 또한 복잡한 검색 전략, 필드 이름(태그) 사용, 제한 사항 및 기타 기능의 적절한 사용이 필요할 수 있다.[17][18]펍메드의 검색 창을 이용한 검색은 명확한 주제나 아직 MeSH 헤딩이 생성되지 않은 새로운 중재를 검색할 때, 의약품의 상표명과 고유 명사를 검색할 때 권장된다. 또한 적절한 헤딩이 없거나, 기술어가 부분적인 측면을 나타낼 때도 유용하다. MeSH 시소러스를 사용한 검색이 더 정확하며, 관련 없는 결과가 적게 나온다. 또한 철자, 단수/복수 또는 약어의 차이점을 고려해야 하는 자유 텍스트 검색의 단점을 보완한다. 반면에, 최근에 데이터베이스에 추가되어 아직 기술어가 할당되지 않은 기사는 검색되지 않는다. 따라서 철저한 검색을 보장하기 위해서는 통제 언어 헤딩과 자유 텍스트 용어를 결합하여 사용해야 한다.[19]
3. 3. 논문 매개변수 (Journal article parameters)
저널 논문이 색인될 때, 논문 유형, 보조 식별자, 언어, 출판 국가, 출판 이력 등 수많은 논문 매개변수가 추출되어 구조화된 정보로 저장된다.3. 3. 1. 출판 유형 (Publication Type)
저널 논문이 색인될 때, 논문 유형 (MeSH 용어, 예: "임상 시험"), 보조 식별자 (MeSH 용어), 언어, 저널 또는 출판 이력 국가 (전자 출판 날짜, 인쇄 저널 출판 날짜)와 같은 수많은 논문 매개변수가 추출되어 구조화된 정보로 저장된다. 출판 유형 매개변수를 사용하면 다양한 종류의 임상 연구 보고서를 포함하여 출판 유형별로 검색할 수 있다.[20]3. 3. 2. 보조 ID (Secondary ID)
2005년 7월부터 MEDLINE 논문 색인 과정에서 논문 초록의 식별자를 추출하여 보조 식별자(Secondary Identifier, SI) 필드에 저장한다.[1] 이 필드는 분자 서열 데이터베이스, 유전자 발현 또는 화학 화합물 데이터베이스 및 임상 시험 ID에 대한 접근 번호를 저장하는 데 사용된다.[1] 임상 시험의 경우 펍메드는 두 개의 가장 큰 임상 시험 등록소인 ClinicalTrials.gov(NCT 식별자) 및 국제 표준 무작위 대조군 시험 번호 등록(International Standard Randomized Controlled Trial Number Register, IRCTN 식별자)에 대한 시험 ID를 추출한다.[1]3. 4. MeSH 매핑 (Mapping to MeSH)
펍메드는 검색어를 MeSH 용어와 하위 표제로 자동 연결한다. 예를 들어 "입 냄새"는 "구취"로, "심장 마비"는 "심근 경색"으로, "유방암"은 "유방 신생물"로 연결된다. 적절한 경우, 이러한 MeSH 용어는 자동으로 "확장"되어, 보다 구체적인 용어를 포함한다. "간호"와 같은 용어는 자동으로 "간호[MeSH]" 또는 "간호[하위 표제]"로 연결된다. 이 기능은 자동 용어 매핑이라고 하며, 기본적으로 자유 텍스트 검색에서 실행되지만 정확한 구문 검색(즉, 검색어를 큰따옴표로 묶는 경우)에서는 실행되지 않는다.[24] 이 기능을 통해 펍메드 검색의 민감도가 높아지고, 다양한 의학 용어를 보완하여 잘못된 결과가 누락되는 것을 방지한다.[24]펍메드는 다음과 같은 상황에서는 용어의 자동 매핑을 적용하지 않는다.
3. 5. My NCBI
펍메드의 선택적 기능인 "My NCBI"(무료 등록)는 다음과 같은 다양한 도구를 제공한다.[25]- 검색 저장
- 검색 결과 필터링
- 이메일로 전송되는 자동 업데이트 설정
- 펍메드 검색의 일부로 검색된 참고 문헌 세트 저장
- 표시 형식 구성 또는 검색어 강조 표시
- 기타 광범위한 옵션
"My NCBI" 영역은 웹 접근이 가능한 모든 컴퓨터에서 접근할 수 있다. "My NCBI"의 이전 버전은 "PubMed Cubby"라고 불렸다.[26]
3. 6. LinkOut
LinkOut은 미국 국립 의학 도서관(NLM)에서 제공하는 기능으로, 현지 저널의 전문(full-text) 콘텐츠를 연결하고 사용할 수 있도록 한다.[27] 약 3,200개 기관(주로 학술 기관)이 NLM 시설에 참여하고 있으며, 덴마크의 올보르 대학교부터 시애틀의 자이모제네틱스까지 다양하다.[28] 이들 기관의 사용자는 펍메드 검색 결과 내에서 해당 기관의 로고를 확인하고 (해당 기관에서 저널을 소장하고 있는 경우) 전문에 접근할 수 있다. LinkOut은 2019년 여름에 있을 주요 플랫폼 업데이트부터 Outside Tool과 통합될 예정이다.[29]3. 7. askMEDLINE
askMEDLINE은 NLM이 개발한 MEDLINE/PubMed용 자유 텍스트, 자연어 질의 도구로, 휴대용 기기에도 적합하다.[33]4. 펍메드 식별자 (PubMed identifier, PMID)
PMID (펍메드 식별자 또는 펍메드 고유 식별자)[34]는 1부터 시작하여 각 펍메드 기록에 할당된 고유 정수 값이다. PMID는 무료로 접근할 수 있는 펍메드 센트럴에 게재된 모든 작품에 대한 식별자인 PMCID (펍메드 센트럴 식별자)와는 다르다.[35]
출판물에 PMID 또는 PMCID를 할당하는 것은 독자에게 내용의 유형이나 품질에 대해 아무것도 알려주지 않는다. PMID는 편집자에게 보내는 편지, 편집 의견, 기고란, 그리고 편집자가 저널에 포함하기로 선택한 다른 모든 기사뿐만 아니라 동료 심사를 거친 논문에도 할당된다. 식별 번호의 존재는 논문이 사기, 무능력 또는 비위로 인해 철회되지 않았다는 증거도 아니다. 원래 논문에 대한 정정 발표는 PMID가 할당될 수 있다.
펍메드 검색 창에 입력된 각 숫자는 기본적으로 PMID인 것처럼 처리된다. 따라서 펍메드의 모든 참고 문헌은 PMID를 사용하여 찾을 수 있다. PMID(펍메드 ID, PubMed Unique Identifier)는 문헌 검색 사이트 펍메드가 각 문헌에 할당하는 ID 번호이다. 이 번호를 지정하면 사이트에서 단일 문헌을 지정할 수 있다. 예를 들어 1990년에 미국 국립 과학 아카데미 회보에 게재된 오가와 세이지의 논문(fMRI의 기초가 되는 BOLD 방법의 원리를 제시한 논문)은 PMID 2124706을 갖는다. 이 숫자를 펍메드 검색창에 직접 입력하거나 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/에 접속하면 해당 논문의 문헌 정보가 표시된다. 이 논문처럼 오픈 액세스로 무료 공개된 것은 화면 오른쪽에 논문 본문에 대한 링크가 아이콘으로 표시된다.
5. 대안 인터페이스 (Alternative interfaces)
국립 의학 도서관(NLM)은 엠베이스(Embase), 오비드(Ovid), 다이얼로그(Dialog), EBSCO, Knowledge Finder 등 여러 민간 판매업체에 MEDLINE 정보를 임대한다.[36] 2008년 10월 기준으로, 500개 이상의 라이선스가 발급되었으며, 그 중 200개 이상이 미국 외 제공업체에 발급되었다. MEDLINE 데이터를 무료로 사용할 수 있는 라이선스가 제공되므로, NLM은 사실상 다양한[37] 대안 인터페이스 및 PubMed에 대한 제3자 추가 기능에 대한 무료 테스트 환경을 제공한다. 이는 이 옵션을 제공하는 전문적으로 큐레이션된 몇 안 되는 대규모 데이터베이스 중 하나이다.
Lu는 설치나 등록이 필요 없는 28개의 현재 무료 웹 기반 PubMed 버전을 샘플로 식별하여 다음과 같은 네 가지 범주로 분류했다:[37]
# 검색 결과 순위, 예를 들어: eTBLAST; MedlineRanker;[38] MiSearch;[39]
# 주제, 저자, 저널 등으로 결과 클러스터링, 예를 들어: 앤 오테이트(Anne O'Tate);[40] ClusterMed;[41]
# 의미론 및 시각화 향상, 예를 들어: EBIMed;[42] MedEvi.[43]
# 향상된 검색 인터페이스 및 검색 경험, 예를 들어, askMEDLINE[44][45] BabelMeSH;[46] 및 PubCrawler.[47]
이러한 대부분의 대안과 기타 대안은 본질적으로 NLM/PubMed에서 라이선스 하에 임대된 PubMed/MEDLINE 데이터에 의존하므로 "PubMed 파생물"이라는 용어가 제안되었다.[37] 약 90GB의 원본 PubMed 데이터 세트를 저장할 필요 없이, Eric Sayers 박사의 "The E-utilities In-Depth: Parameters, Syntax and More"에 설명된 대로 eutils-application 프로그램 인터페이스를 사용하여 누구나 PubMed 애플리케이션을 작성할 수 있다.[48] PMID 번호를 입력으로 사용하는 다양한 인용 형식 생성기는 eutils-application 프로그램 인터페이스를 사용하는 웹 애플리케이션의 예이다. 샘플 웹 페이지에는 [https://mickschroeder.com/citation/ Citation Generator – Mick Schroeder], [https://www.ultrasoundoftheweek.com/citation/ Pubmed Citation Generator – Ultrasound of the Week], [https://www.pmid2cite.com/ PMID2cite], 및 [http://www.citethisforme.com/citation-generator/ama Cite this for me]가 있다.
6. 펍메드 데이터 마이닝 (Data mining of PubMed)
펍메드 데이터는 매트랩(Matlab), 파이썬(Python), R과 같은 프로그래밍 환경을 사용하여 마이닝할 수 있다. 펍메드에 대한 쿼리를 코드 형태로 작성하여 펍메드로 전달하면, 응답은 프로그래밍 환경에서 직접 처리된다. 질병, 연도, 기관 등 다양한 키워드를 사용하여 체계적으로 쿼리하도록 코드를 자동화할 수 있다.
대량 처리를 위해 전체 펍메드 데이터베이스는 XML 형식으로 제공되며 FTP 서버에서 다운로드할 수 있다. 연간 기본 데이터는 12월에 출시되며, 매일 업데이트 파일이 제공된다.
펍메드는 생물 의학 언어 모델 훈련에 사용되는 리소스가 되기도 한다. 예를 들어, 스탠퍼드 CRFM에서 펍메드 데이터를 기반으로 훈련된 27억 개의 매개변수를 가진 모델인 PubMedGPT와 펍메드 센트럴의 그림-캡션 쌍을 활용하는 마이크로소프트의 BiomedCLIP-PubMedBERT가 개발되었다.
펍메드 데이터는 오픈 액세스 관련 다양한 오픈 데이터 데이터 세트를 보강하고, 빅딜 취소에 도움을 주는 등 도서관에서 데이터 분석 도구로 활용되기도 한다. 예를 들어, 언페이월(Unpaywall)은 수백만 개의 펍메드 기록을 보강하며, 언페이월 저널(Unpaywall Journals)과 같은 데이터 분석 도구는 도서관에서 빅딜 취소에 활용된다. 도서관은 펍메드 센트럴과 같은 오픈 아카이브를 통해 즉시 오픈 액세스로 제공되는 자료에 대한 구독을 피할 수 있다.
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