네가티비쿠테스강

3. 분자적 특징

과거 네가티비쿠테스강은 16S rRNA 유전자 서열 유사성을 기반으로 셀레노모나달레스목, 베일로넬라과, 아시도아미노코카과의 두 과로 구성되었다.^[8][5] 그러나 이러한 분류에는 두 과 바깥쪽으로 분지하는 네가티비쿠테스강의 여러 구성원이 포함되지 않았다. 현재의 분류학적 관점은 수정된 셀레노모나달레스목 내에서 셀레노모나다과와 스포로무스과에 유효하게 할당된 이러한 구성원을 포함한다.^[7] 보존된 시그니처 인델(CSI)과 단백질 (CSP) 형태의 분자 마커는 현재의 분류학적 구분을 뒷받침한다. 이러한 분자 마커는 각 분류학적 계급에서 발견되며, 그 분포는 관찰된 계통발생 분지와 일치한다.^[9][10]

많은 연구에서 네가티비쿠테스강이 근접한 계통발생 분기, 네가티비쿠테스강의 세균 포자 형성 구성원이 클로스트리디아와 유사한 포자 형성 유전자를 공유하고 둘 다 그람 음성으로 염색된다는 관찰을 기반으로 클로스트리디아강 내의 목으로 재분류되어야 한다고 제안했다.^[9][10] 그러나 네가티비쿠테스강 내 구성원의 이질성, 그리고 분자 시그니처의 분포는 네가티비쿠테스강이 실제로 바실로타 내의 독립적인 강이며 클로스트리디아가 가장 가까운 계통발생학적 이웃이라는 견해를 지지한다.^{[5][10][11][12]} 또한, 네가티비쿠테스강 전체에서 고유하게 공유되는 여러 CSI와 CSP가 발견되었지만, 네가티비쿠테스강과 클로스트리디아에서 모두 공유되는 CSI는 발견되지 않았다.^[7]

4. 계통 발생

현재 네가티비쿠테스강은 3개의 목과 4개의 과에 걸쳐 32개의 유효한 속으로 구성되어 있다.^[6][7] 베일로넬라목과 아시도아미노코칼레스목은 각각 베일로넬라과와 아시도아미노코카세아과를 포함하고 있으며, 셀레노모나달레스목은 셀레노모나스과와 스포로무사과를 포함하고 있다.^[7]

과거 네가티비쿠테스강은 16S rRNA 유전자 서열 유사성을 기반으로 셀레노모나달레스목, 베일로넬라과, 아시도아미노코카과로 구성되었다.^[8][5] 그러나 이 분류에는 셀레노모나스과와 스포로무사과에 속하는 구성원들이 포함되지 않았다. 현재는 수정된 셀레노모나달레스목에 이들을 포함한다.^[7] 보존된 시그니처 인델(CSI)과 단백질(CSP) 형태의 분자 마커는 이러한 분류를 뒷받침하며, 각 분류군에서 발견되는 분포는 계통발생 분지와 일치한다.^[9][10]

네가티비쿠테스강이 클로스트리디아강 내의 목으로 재분류되어야 한다는 주장이 있었다. 이는 네가티비쿠테스강과 클로스트리디아의 계통발생학적 근접성, 세균 포자 형성 유전자 공유, 그람 음성 염색 등의 특징을 근거로 한다.^[9][10] 그러나 네가티비쿠테스강 구성원의 이질성과 분자 시그니처 분포는 네가티비쿠테스강이 독립적인 강이며, 클로스트리디아가 가장 가까운 계통발생학적 이웃이라는 견해를 지지한다.^{[5][10][11][12]} 네가티비쿠테스강에서 공유되는 CSI와 CSP는 발견되었지만, 네가티비쿠테스강과 클로스트리디아에서 모두 공유되는 CSI는 발견되지 않았다.^[7]

4. 1. 계통수

참조

_[1] 논문 A phylum level perspective on bacterial cell envelope architecture https://www.scienced[...]
_[2] 논문 Origin of diderm (Gram-negative) bacteria: antibiotic selection pressure rather than endosymbiosis likely led to the evolution of bacterial cells with two membranes
_[3] 논문 Comparative proteome analysis of Acidaminococcus intestini supports a relationship between outer membrane biogenesis in Negativicutes and Proteobacteria https://nrl.northumb[...]
_[4] 논문 Peptidoglycan remodeling and conversion of an inner membrane into an outer membrane during sporulation
_[5] 논문 "Negativicoccus succinicivorans gen. nov., sp. nov., isolated from human clinical samples, emended description of the family Veillonellaceae and description of Negativicutes classis nov., Selenomonadales ord. nov. and Acidaminococcaceae fam. nov. in the bacterial phylum Firmicutes"
_[6] 웹사이트 Negativicutes https://www.ncbi.nlm[...] "National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database" 2013-03-20
_[7] 논문 Genome-based taxonomic framework for the class Negativicutes: division of the class Negativicutes into the orders Selenomonadales emend., Acidaminococcales ord. nov. and Veillonellales ord. nov.
_[8] 서적 Revised road map to the phylum Firmicutes "Springer-: New York"
_[9] 논문 A genomic update on clostridial phylogeny: Gram-negative spore formers and other misplaced clostridia
_[10] 논문 Veillonella, Firmicutes: Microbes disguised as Gram negatives
_[11] 서적 The family Veillonellaceae "Springer-: Berlin, Heidelberg"
_[12] 논문 The SILVA and "All-species Living Tree Project (LTP)" taxonomic frameworks
_[13] 웹사이트 Negativicutes https://lpsn.dsmz.de[...] "List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)" 2022-09-09
_[14] 웹사이트 Negativicutes https://www.ncbi.nlm[...] "National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database" 2022-09-09
_[15] 웹사이트 The LTP https://imedea.uib-c[...] 2023-11-20
_[16] 웹사이트 LTP_all tree in newick format https://imedea.uib-c[...] 2023-11-20
_[17] 웹사이트 LTP_08_2023 Release Notes https://imedea.uib-c[...] 2023-11-20
_[18] 웹사이트 GTDB release 08-RS214 https://gtdb.ecogeno[...] 2023-05-10
_[19] 웹사이트 bac120_r214.sp_label https://data.gtdb.ec[...] 2023-05-10
_[20] 웹사이트 Taxon History https://gtdb.ecogeno[...] 2023-05-10
_[21] 논문 Negativicoccus succinicivorans gen. Nov., sp. Nov., isolated from human clinical samples, emended description of the family Veillonellaceae and description of Negativicutes classis nov., Selenomonadales ord. Nov. And Acidaminococcaceae fam. Nov. In the bacterial phylum Firmicutes
_[22] 문서 "クロストリジウム綱はかなりの数のグラム陰性菌を含むが、グラム陰性菌であってもハラナエロビウム目を除き外膜を持たない"
_[23] 논문 A phylum level perspective on bacterial cell envelope architecture http://www.sciencedi[...]
_[24] 논문 Comparative proteome analysis of Acidaminococcus intestini supports a relationship between outer membrane biogenesis in Negativicutes and Proteobacteria https://link.springe[...]
_[25] 논문 Origin of diderm (Gram-negative) bacteria: antibiotic selection pressure rather than endosymbiosis likely led to the evolution of bacterial cells with two membranes
_[26] 논문 Phylogenomic analysis supports the ancestral presence of LPS-outer membranes in the Firmicutes.
_[27] 논문 Leaving negative ancestors behind
_[28] 논문 A phylum level perspective on bacterial cell envelope architecture https://www.scienced[...]
_[29] 논문 Origin of diderm (Gram-negative) bacteria: antibiotic selection pressure rather than endosymbiosis likely led to the evolution of bacterial cells with two membranes
_[30] 논문 Comparative proteome analysis of Acidaminococcus intestini supports a relationship between outer membrane biogenesis in Negativicutes and Proteobacteria https://nrl.northumb[...]
_[31] 논문 Peptidoglycan remodeling and conversion of an inner membrane into an outer membrane during sporulation