맨위로가기

플라보박테리움목

"오늘의AI위키"는 AI 기술로 일관성 있고 체계적인 최신 지식을 제공하는 혁신 플랫폼입니다.
"오늘의AI위키"의 AI를 통해 더욱 풍부하고 폭넓은 지식 경험을 누리세요.
목차

1. 개요

플라보박테리움목은 박테로이데스문에 속하는 세균의 목이다. Blattabacteriaceae, Crocinitomicaceae, Cryomorphaceae, 플라보박테리움과, Ichthyobacteriaceae, Schleiferiaceae, Weeksellaceae 등을 포함하는 여러 과로 구성된다. 비교 유전체학 연구를 통해 플라보박테리움목 종에 특이적인 단백질과, 박테로이달레스목과 공유하는 단백질이 발견되었으며, 이는 이 두 목이 다른 세균문과는 구별되는 공통 조상을 공유함을 시사한다.

더 읽어볼만한 페이지

  • 세균 - GFAJ-1
    GFAJ-1은 고농도 비소 환경에서 생장하며 비소를 이용하여 생장할 수 있다는 논란이 있었던 박테리아이다.
  • 세균 - 황색포도상구균
    황색포도상구균은 다양한 질병을 일으키는 그람 양성 구균으로, 인구의 약 30%가 보균하고 있으며 항생제 내성이 널리 퍼져 있어 효과적인 백신 개발과 항생제 내성 문제 해결을 위한 지속적인 연구가 필요하다.
플라보박테리움목 - [생물]에 관한 문서
개요
Bergeyella zoohelcum
Bergeyella zoohelcum
분류
도메인세균
문의간균류
강플라보박테리움강 (Flavobacteria)
목플라보박테리움목 (Flavobacteriales)
하위 분류
과Blattabacteriaceae
Crocinitomicaceae
Cryomorphaceae
플라보박테리움과
Ichthyobacteriaceae
Luteibaculaceae
Salibacteraceae
Schleiferiaceae
Vicingaceae
Weeksellaceae
학술적 출처
참고 문헌((Bernardet J-F.)) Krieg NR, Staley JT, Brown DR, Hedlund BP, Paster BJ, Ward NL, Ludwig W, Whitman WB 편집. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. 2nd판. New York, NY: Springer. 4권, 105쪽. 2010
Boone DR, Castenholz RW 편집. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. 2nd판. New York, NY: Springer-Verlag. 1권 (The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria), 465–466쪽. 2001
웹 출처Euzéby JP, Parte AC. Flavobacteriales. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)

2. 분류

플라보박테리움목은 박테로이데스문에 속하는 목 중 하나이다.[17] 게놈 비교 연구를 통해 플라보박테리움목과 박테로이데스문의 다른 목들 사이의 유전적 특징이 밝혀졌다. 연구 결과, 특정 유전자 서열이 삽입되거나 삭제되는 현상(인델)이 고도로 보존된 형태로 확인되었으며, 플라보박테리움목과 다른 목에서 공통으로 발견되는 27가지 단백질이 서로 다른 유전자 배열 순서로 보존되어 있음이 드러났다.[18][19]

또한, 플라보박테리움목에만 특이적으로 존재하는 것으로 보이는 38가지 단백질도 확인되었다. 이 중 26개는 현재까지 염기 서열이 밝혀진 모든 플라보박테리움목 종에서 발견되며, 나머지 12개는 일부 종에서만 빠져 있었다. 이러한 단백질들은 플라보박테리움목을 다른 세균 그룹과 구별하는 분자 표지 역할을 한다. 박테로이데스문의 다른 목인 박테로이데스목과 플라보박테리움목에만 특이적으로 존재하는 단백질 또한 발견되었는데, 이는 이 두 목이 다른 박테로이데스문 목들과는 구별되는 공통 조상을 가진다는 것을 시사한다.

2. 1. 하위 분류


  • Blattabacteriaceae Kambhampati, 2012
  • Crocinitomicaceae Munoz et al. 2016
  • Cryomorphaceae Bowman et al. 2003
  • 플라보박테리움과 (Flavobacteriaceae) Reichenbach 1992
  • Ichthyobacteriaceae Takano et al. 2016
  • Schleiferiaceae Albuquerque et al. 2011
  • Weeksellaceae García-López et al. 2020

3. 계통 발생

플라보박테리움목은 박테로이데스문에 속하는 목 중 하나이다.[17] 플라보박테리움목과 박테로이데스문의 다른 목과의 게놈 비교 연구를 통해, 이들 그룹 사이에서 고도로 보존된 몇몇 인델(삽입 또는 결실)이 확인되었다. 또한, 플라보박테리움목과 다른 목에서 공통으로 발견되는 27가지 단백질은 서로 다른 유전자 배열로 보존되어 있음이 밝혀졌다.[18][19]

더 나아가, 플라보박테리움목에만 특이적으로 존재하는 것으로 보이는 38가지 단백질도 확인되었다. 이 중 26개는 현재까지 염기 서열이 밝혀진 플라보박테리움목의 모든 종에 존재하며, 나머지 12개는 일부 종에서만 결손되어 있었다. 이러한 단백질들은 플라보박테리움목을 다른 세균 그룹과 구별하는 분자적 표지 역할을 할 수 있다. 한편, 박테로이데스문의 다른 주요 목인 박테로이데스목과 플라보박테리움목에만 특이적으로 존재하는 단백질도 발견되었는데, 이는 이 두 목이 다른 박테로이데스문 목들과는 구별되는 공통 조상을 가질 수 있음을 시사한다.

3. 1. 계통 발생 연구

계통 발생[6]은 살아있는 생물 집단의 진화적 역사와 관계를 나타내는 연구이다. 현재 받아들여지는 분류법은 명명법에 따라 지위가 인정된 원핵생물 목록에 기반하며, 이는 살아있는 생물의 명명과 분류를 다룬다.[2] 계통 발생 연구는 수학적 모델을 통한 일련의 실험을 통해 대규모 데이터 세트를 필요로 한다.[7] 세균의 계통 발생 관계를 나무 형태로 나타내기 위해, 키무라 2-모수 모델을 이용한 분자 진화 유전학적 분석을 사용할 수 있다.[8] 이 방법은 특히 플라보박테리움목(Flavobacteriales) 어류 병원체의 계통 발생 관계를 분석하는 데 유용하며,[8] 이를 통해 세균 종들이 서로 얼마나 가까운 관계인지 알 수 있다.[8]

플라보박테리움목 내의 과(Family) 수준에서의 계통 발생 관계는 다양한 분석 방법에 따라 다르게 제시된다. 주요 분석 방법으로는 전체 게놈 서열 분석,[9] 16S rRNA 서열 기반 분석(LTP_12_2021 기준),[10][11][12] 그리고 Genome Taxonomy Database(GTDB)의 분류 체계(07-RS207 기준)[13][14][15] 등이 있다. 각 분석 방법은 서로 다른 계통수를 제시하며, 이는 사용하는 데이터와 분석 모델의 차이에서 비롯된다. 예를 들어, 전체 게놈 기반 분석에서는 ''Blattabacteriaceae'' 과가 분석에서 제외되기도 한다.[9]

3. 2. 계통수

계통발생[6]은 살아있는 생물 집단의 진화 역사와 관계를 연구하는 분야이다. 현재 받아들여지는 분류법은 명명법에 따라 지위가 인정된 원핵생물 목록에 기반하며, 이는 생물의 명명과 분류를 다룬다.[2] 계통발생학 연구는 수학적 모델을 이용한 복잡한 실험 과정을 통해 대규모 데이터 세트를 필요로 한다.[7] 21개 세균 문(phylum)의 계통발생 관계를 나무 형태로 나타내기 위해, 키무라 2-모수 모델을 이용한 분자 진화 유전학적 분석 방법이 사용될 수 있다.[8] 이 방법은 특히 플라보박테리움목(Flavobacteriales)에 속하는 어류 병원균의 계통발생 관계를 분석하는 데 유용하며,[8] 이를 통해 특정 세균 종들이 서로 얼마나 가까운 관계인지 알 수 있다.[8]

전체 게놈 기반 계통발생[9] (Blattabacteriaceae 제외)16S rRNA 기반 LTP_12_2021[10][11][12]GTDB 07-RS207[13][14][15]
style="vertical-align:top"|style="vertical-align:top"|style="vertical-align:top"|


4. 비교 유전체학 및 분자 표지

플라보박테리움목에 대한 비교 유전체 연구가 이루어졌다.[4][5] 이 연구를 통해 플라보박테리움목 세균들을 다른 세균문의 종들과 구별하는 데 사용될 수 있는 여러 보존된 인델과 특이적인 단백질들이 확인되었다. 이러한 유전적 특징들은 플라보박테리움목의 분자 표지로서의 가능성을 제시하며, 다른 목과의 계통 발생학적 관계를 이해하는 데 도움을 준다.[5]

4. 1. 특이적 단백질

비교 유전체 연구를 통해 여러 개의 보존된 인델과, ''플라보박테리움목'' 및 다른 세균문 종들이 공유하는 27개의 단백질이 확인되었다.[4][5] 또한, 이러한 연구를 통해 ''플라보박테리움목'' 종에 특이적인 38개의 단백질도 확인되었다.[5] 이 단백질 중 26개는 염기 서열이 밝혀진 모든 종에서 나타났으며, 나머지 12개는 한두 종에서만 발견되지 않았다. 이러한 특징적인 단백질은 이 목에 대한 잠재적인 분자 표지로 활용될 수 있다. 또한 ''플라보박테리움목''과 ''박테로이달레스목''에만 고유한 여러 단백질이 확인되었으며, 이는 이 두 목의 종들이 다른 ''세균문''과는 구별되는 공통 조상을 공유했음을 시사한다.[5]

4. 2. 공통 조상

''플라보박테리움목''은 세균문에 속하는 목 중 하나이다.[2] 비교 유전체 연구를 통해, 이 목의 세균들이 공통 조상을 가졌을 가능성을 뒷받침하는 증거들이 발견되었다. 연구 결과, 여러 개의 보존된 인델(삽입 또는 삭제)과 함께, 서로 다른 염기 서열을 가진 플라보박테리움목 및 다른 세균문 종들이 공유하는 27개의 단백질이 확인되었다.[4][5]

또한, 이 연구에서는 ''플라보박테리움목''에 속하는 종들에게만 특이적으로 나타나는 38개의 단백질도 찾아냈다.[5] 이 38개 단백질 중 26개는 염기 서열이 밝혀진 모든 ''플라보박테리움목'' 종에서 공통으로 발견되었으며, 나머지 12개는 극소수의 종에서만 발견되지 않았다. 이러한 특징적인 단백질들은 ''플라보박테리움목''을 식별하는 잠재적인 분자 표지로 활용될 수 있다.

더 나아가, ''플라보박테리움목''과 ''박테로이달레스목'' 두 목에서만 고유하게 발견되는 여러 단백질도 확인되었다. 이는 이 두 목에 속하는 종들이 다른 ''세균문'' 세균들과는 구별되는, 더 가까운 공통 조상을 공유했을 가능성을 시사한다.[5]

참조

[1] 서적 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Springer
[2] 웹사이트 ''Flavobacteriales'' https://lpsn.dsmz.de[...] "[[List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature]] (LPSN)" 2021-06-29
[3] 서적 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Springer-Verlag
[4] 논문 The phylogeny and signature sequences characteristics of ''Fibrobacteres'', ''Chlorobi'', and ''Bacteroidetes''
[5] 논문 Phylogeny and molecular signatures (conserved proteins and indels) that are specific for the ''Bacteroidetes'' and ''Chlorobi'' species
[6] 간행물 Phylogeny of major groups http://dx.doi.org/10[...] Cambridge University Press 1990-02-15
[7] 간행물 Phylogeny of major groups http://dx.doi.org/10[...] Cambridge University Press 1990-02-15
[8] 논문 Phylogeny of Flavobacteria Group Isolated from Freshwater Using Multilocus Sequencing Analysis 2013
[9] 논문 Analysis of 1,000 Type-Strain Genomes Improves Taxonomic Classification of ''Bacteroidetes''
[10] 웹사이트 The LTP https://imedea.uib-c[...] 2021-02-23
[11] 웹사이트 LTP_all tree in newick format https://imedea.uib-c[...] 2021-02-23
[12] 웹사이트 LTP_12_2021 Release Notes https://imedea.uib-c[...] 2021-02-23
[13] 웹사이트 GTDB release 07-RS207 https://gtdb.ecogeno[...] 2022-06-20
[14] 웹사이트 ar53_r207.sp_label https://data.gtdb.ec[...] 2022-06-20
[15] 웹사이트 Taxon History https://gtdb.ecogeno[...] 2022-06-20
[16] 서적 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd ed., vol. 1 (The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria) Springer-Verlag
[17] 웹사이트 Bacteroidetes http://www.bacterio.[...] J.P. Euzéby
[18] 논문 The phylogeny and signature sequences characteristics of Fibrobacteres, Chlorobi, and Bacteroidetes 2004
[19] 논문 Phylogeny and molecular signatures (conserved proteins and indels) that are specific for the Bacteroidetes and Chlorobi species 2007
[20] 웹사이트 Order Flavobacteriales https://lpsn.dsmz.de[...] 원핵생물명 목록(List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature, LPSN)
[21] 서적 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd ed., vol. 1 (The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria) Springer-Verlag


본 사이트는 AI가 위키백과와 뉴스 기사,정부 간행물,학술 논문등을 바탕으로 정보를 가공하여 제공하는 백과사전형 서비스입니다.
모든 문서는 AI에 의해 자동 생성되며, CC BY-SA 4.0 라이선스에 따라 이용할 수 있습니다.
하지만, 위키백과나 뉴스 기사 자체에 오류, 부정확한 정보, 또는 가짜 뉴스가 포함될 수 있으며, AI는 이러한 내용을 완벽하게 걸러내지 못할 수 있습니다.
따라서 제공되는 정보에 일부 오류나 편향이 있을 수 있으므로, 중요한 정보는 반드시 다른 출처를 통해 교차 검증하시기 바랍니다.

문의하기 : help@durumis.com