박테로이데스목

2. 하위 분류

박테로이데스목은 여러 개의 과로 분류된다. 주요 하위 분류군과 이들의 계통 발생 관계는 16S rRNA 유전자 염기서열 분석, 전체 유전체 분석, 게놈 분류 데이터베이스(GTDB) 등 다양한 분자생물학적 및 생물정보학적 방법을 통해 활발히 연구되고 있다.^{[3][4][6][7][8][9][10][11][12]} 이러한 연구 결과에 따라 분류 체계는 지속적으로 업데이트될 수 있으며, 자세한 분류 및 계통 발생 정보는 하위 문단에서 다룬다.

2. 1. 과 (Families)

• 박테로이데스과 (Bacteroidaceae)
• 리케넬라과 (Rikenellaceae)
• Marinilabiliaceae
• 포르피로모나스과 (Porphyromonadaceae)
• 프레보텔라과 (Prevotellaceae)

2. 2. 계통 발생

2. 2. 1. 16S rRNA 기반 계통 발생

• Lentimicrobiaceae


• * Rikenellaceae
• *
• ** Balneicellaceae, Marinilabiliaceae 2, Marinilabiliaceae, Salinivirgaceae, Odoribacteraceae, Marinifilaceae, Prolixibacteraceae 등이 복합적으로 구성된 그룹
• **

2. 2. 2. 전체 유전체 기반 계통 발생

2. 2. 3. 게놈 분류 데이터베이스 (GTDB)

• 첫 번째 주요 그룹은 P3 분류군과, ''Ca.'' Limimorpha (Gilroy 등, 2021) 및 Lentimicrobiaceae 과(Sun 등, 2016)를 포함하는 하위 그룹으로 구성된다.

• 두 번째 주요 그룹은 더 복잡한 계층 구조를 가진다.
• 이 그룹 내 한 분기에는 ''Bacteroides periocalifornicus''와 Tenuifilaceae 과(Podosokorskaya 등, 2021)로 이루어진 그룹이 있으며, 이와 자매 관계를 이루는 더 큰 그룹에는 Williamwhitmaniaceae 과(Pikuta 등, 2017)와 Rikenellaceae 과(Krieg 등, 2012) 및 ''Acetobacteroides'' 속(Su 등, 2014) 등이 포함된다. (UBA932 분류군 포함)
• 다른 주요 분기에는 Salinivirgaceae 과(Ben Hania 등, 2017)와 나머지 과들이 포함된 큰 그룹이 있다.
• 이 그룹 내에서 Prolixibacteraceae 과(Huang 등, 2014, Draconibacteriaceae 포함)는 Marinifilaceae 과(Iino 등, 2014, Balneicellaceae 및 Odoribacteraceae 포함) 및 Marinilabiliaceae 과(Ludwig 등, 2012) 등과 단계적으로 그룹을 형성한다.
• 계통수 상 더 깊은 위치에는 Paludibacteraceae 과(Ormerod 등, 2022)^[13]가 있으며, 이 과는 매우 다양한 분류군을 포함하는 큰 자매 그룹과 함께 묶인다.
• 이 큰 자매 그룹은 다시 두 개의 하위 그룹으로 나뉜다.
• 한 하위 그룹에는 Porphyromonadaceae 과(Krieg, 2012)와 Tannerellaceae 과(Ormerod 등, 2022)가 하나의 분기를 이루고, 다른 분기에는 잠정적인 "Azobacteroidaceae" 과와 Dysgonomonadaceae 과(García-López 등, 2020)가 속한다.
• 다른 하위 그룹에는 Bacteroidaceae 과(Pribram, 1933, Prevotellaceae 포함)가 가장 큰 분류군으로 자리하며, 이와 자매 관계를 이루는 그룹에는 Barnesiellaceae 과(García-López 등, 2020)와 Muribaculaceae 과(Lagkouvardos 등, 2019, "Homeothermaceae" 포함)가 있다. 또한 이 그룹에는 ''Ca.'' Gallibacteroides (Gilroy 등, 2021), "Coprobacteraceae", ''Ca.'' Caccoplasma (Gilroy 등, 2021) 등 잠정적으로 제안된 분류군들도 포함된다.

참조

_[1] 서적 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Springer
_[2] 서적 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Springer
_[3] 웹사이트 Bacteroidia https://lpsn.dsmz.de[...] "[[List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature]] (LPSN)" 2021-06-25
_[4] 웹사이트 Bacteroidia https://www.ncbi.nlm[...] 2016-03-20
_[5] 간행물 "''Williamwhitmaniaceae'' Pikuta et al. 2017 emend. García-López et al. 2019" https://www.namesfor[...] 2017-10-19
_[6] 간행물 "Analysis of 1,000 Type-Strain Genomes Improves Taxonomic Classification of ''Bacteroidetes''"
_[7] 웹사이트 The LTP https://imedea.uib-c[...] 2021-02-23
_[8] 웹사이트 LTP_all tree in newick format https://imedea.uib-c[...] 2021-02-23
_[9] 웹사이트 LTP_12_2021 Release Notes https://imedea.uib-c[...] 2021-02-23
_[10] 웹사이트 GTDB release 07-RS207 https://gtdb.ecogeno[...] 2022-06-20
_[11] 웹사이트 ar53_r207.sp_label https://data.gtdb.ec[...] 2022-06-20
_[12] 웹사이트 Taxon History https://gtdb.ecogeno[...] 2022-06-20
_[13] 간행물 "Genomic characterization of the uncultured ''Bacteroidales'' family S24-7 inhabiting the guts of homeothermic animals" 2016-07-07
_[14] 서적 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd ed., vol. 1 (The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria) Springer-Verlag
_[15] 서적 The Bacteroidetes, Spirochaetes, Tenericutes (Mollicutes), Acidobacteria, Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes, Lentisphaerae, Verrucomicrobia, Chlamydiae, and Planctomycetes http://www.springer.[...] Springer 2010-11-24