드러그뱅크
1. 개요
드러그뱅크는 2006년에 처음 출시된 약물 데이터베이스로, 다양한 버전 업데이트를 통해 정보를 확장해왔다. 각 버전은 FDA 승인 약물, 생명공학 약물, 약물 표적 정보 등을 포함하며, 버전 2.0부터는 판매 중단 약물, 불법 약물, 약물 상호작용, ADMET 매개변수 등 다양한 정보를 추가했다. 2014년 버전 4.0에서는 약물 대사 산물, 약물 분류, 약물 스펙트럼, 결합 상수, 화학 합성 정보 등 더욱 다양한 데이터가 포함되었으며, 공개 웹 인터페이스를 통해 접근할 수 있다.
| 설명 | 약물 및 약물 표적에 대한 정보를 담은 온라인 데이터베이스 |
|---|---|
| 범위 | 화학 구조 소분자 약물 생명공학 약물 약물 표적 약물 운반체 약물 표적 서열 약물 표적 SNP 약물 대사물 약물 설명 질병 연관성 투여량 데이터 음식 및 약물 상호 작용 약물 부작용 약리학 작용 메커니즘 약물 대사 화학 합성 특허 및 가격 데이터 화학적 속성 명명법 동의어 화학 분류 약물 NMR 스펙트럼 약물 GC-MS 스펙트럼 약물 LC-MS 스펙트럼 |
| 센터 | 앨버타 대학교 및 앨버타, 캐나다의 대사체 혁신 센터 |
| 실험실 | 데이비드 S. 위시하트 |
| URL | DrugBank 웹사이트 |
| 다운로드 | DrugBank 다운로드 페이지 |
| 빈도 | 2년마다 수정 및 업데이트 |
| 큐레이션 | 수동 큐레이션 |
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화학 데이터베이스 -
ChEMBL
ChEMBL은 약물 표적에 대한 화합물 생체 활성 데이터베이스로서, 신약 개발 과정의 선도 물질 식별을 위한 화합물 스크리닝 라이브러리 구축에 활용되며, 웹 인터페이스나 파일 전송 프로토콜을 통해 접근 가능하다. -
화학 데이터베이스 -
CAS 등록번호
CAS 등록번호는 화학 물질을 식별하기 위해 화학 초록 서비스에서 개발한 고유 식별 번호이며, 하이픈으로 구분된 세 부분과 검증 숫자로 구성된다. -
생물학 데이터베이스 -
피시베이스
피시베이스는 다니엘 파울리가 고안하고 라이너 프로제와 협력하여 개발, 웹에서 출시된 전 세계 어류 정보를 제공하는 가장 크고 널리 사용되는 온라인 데이터베이스로, 유생 단계 정보는 LarvalBase, 경골어류 외 수생 생물 정보는 SeaLifeBase를 통해 보완되며 어류 연구, 수산 자원 관리, 교육 등 다양한 분야에서 활용된다. -
생물학 데이터베이스 -
ChEMBL
ChEMBL은 약물 표적에 대한 화합물 생체 활성 데이터베이스로서, 신약 개발 과정의 선도 물질 식별을 위한 화합물 스크리닝 라이브러리 구축에 활용되며, 웹 인터페이스나 파일 전송 프로토콜을 통해 접근 가능하다.
2. 버전 역사
드러그뱅크는 2006년 첫 번째 버전이 출시된 이후, 데이터의 양과 질적인 측면에서 꾸준히 발전해 왔다. 각 버전별 주요 특징은 다음과 같다.
| 범주 | 1.0 | 2.0 | 3.0 | 4.0 |
|---|---|---|---|---|
| 약물카드당 데이터 필드 수 | 88 | 108 | 148 | 208 |
| 검색 유형 수 | 8 | 12 | 16 | 18 |
| 예시된 약물 작용 경로 수 | 0 | 0 | 168 | 232 |
| 대사 효소 데이터가 있는 약물 수 | 0 | 0 | 762 | 1037 |
| 구조를 가진 약물 대사 산물 수 | 0 | 0 | 0 | 1239 |
| 약물 대사 반응 수 | 0 | 0 | 0 | 1308 |
| 예시된 약물 대사 경로 수 | 0 | 0 | 0 | 53 |
| 약물 수송체 데이터가 있는 약물 수 | 0 | 0 | 516 | 623 |
| 분류학적 분류 정보가 있는 약물 수 | 0 | 0 | 0 | 6713 |
| SNP 관련 약물 효과 수 | 0 | 0 | 113 | 201 |
| 특허/가격/제조업체 데이터가 있는 약물 수 | 0 | 0 | 1208 | 1450 |
| 음식–약물 상호 작용 수 | 0 | 714 | 1039 | 1180 |
| 약물–약물 상호 작용 수 | 0 | 13,242 | 13,795 | 14,150 |
| ADMET 매개변수 수 (Caco-2, LogS) | 0 | 276 | 890 | 6667 |
| 약물당 QSAR 매개변수 수 | 5 | 6 | 14 | 23 |
| 약물-표적 결합 상수 데이터가 있는 약물 수 | 0 | 0 | 0 | 791 |
| NMR 스펙트럼이 있는 약물 수 | 0 | 0 | 0 | 306 |
| MS 스펙트럼이 있는 약물 수 | 0 | 0 | 0 | 384 |
| 화학 합성 정보가 있는 약물 수 | 0 | 38 | 38 | 1285 |
| FDA 승인 소분자 약물 수 | 841 | 1344 | 1424 | 1558 |
| 생명공학 약물 수 | 113 | 123 | 132 | 155 |
| 영양제 약물 수 | 61 | 69 | 82 | 87 |
| 판매 중단 약물 수 | 0 | 57 | 68 | 78 |
| 불법 약물 수 | 0 | 188 | 189 | 190 |
| 실험 약물 수 | 2894 | 3116 | 5210 | 6009 |
| 총 실험 및 FDA 소분자 약물 수 | 3796 | 4774 | 6684 | 7561 |
| 총 실험 및 FDA 약물 수 (모든 유형) | 3909 | 4897 | 6816 | 7713 |
| 모든 약물 표적 수 (고유) | 2133 | 3037 | 4326 | 4115 |
| 승인된 약물 효소/운반체 수 (고유) | 0 | 0 | 164 | 245 |
| 모든 약물 효소/운반체 수 (고유) | 0 | 0 | 169 | 253 |
| 외부 데이터베이스 링크 수 | 12 | 18 | 31 | 33 |
2.1. 버전 1.0 (2006년)
드러그뱅크의 첫 번째 버전은 2006년에 출시되었다. 이 버전은 841개의 (FDA) 승인 소분자 약물, 113개의 생명공학 약물, 2133개의 약물 표적 정보를 포함했다.
| 범주 | 내용 |
|---|---|
| FDA 승인 소분자 약물 수 | 841 |
| 생명공학 약물 수 | 113 |
| 약물 표적 수 | 2133 |
| 약물카드당 데이터 필드 수 | 88 |
| 검색 유형 수 | 8 |
| 외부 데이터베이스 링크 수 | 12 |
2.2. 버전 2.0 (2009년)
2009년에 출시된 드러그뱅크(DrugBank)의 두 번째 버전은 데이터베이스를 대폭 확장하고 개선했다. 1344개의 승인된 소분자 약물, 123개의 생명공학 약물, 3037개의 고유 약물 표적 정보를 포함했다. 버전 2.0에는 판매 중단 약물, 불법 약물, 음식-약물 및 약물-약물 상호작용, ADMET (흡수, 분포, 대사, 배설 및 독성) 매개변수 정보도 처음으로 추가되었다.
| 범주 | 1.0 | 2.0 |
|---|---|---|
| 약물카드당 데이터 필드 수 | 88 | 108 |
| 검색 유형 수 | 8 | 12 |
| 음식–약물 상호 작용 수 | 0 | 714 |
| 약물–약물 상호 작용 수 | 0 | 13,242 |
| ADMET 매개변수 수 (Caco-2, LogS) | 0 | 276 |
| 약물당 QSAR 매개변수 수 | 5 | 6 |
| 화학 합성 정보가 있는 약물 수 | 0 | 38 |
| FDA 승인 소분자 약물 수 | 841 | 1344 |
| 생명공학 약물 수 | 113 | 123 |
| 영양제 약물 수 | 61 | 69 |
| 판매 중단 약물 수 | 0 | 57 |
| 불법 약물 수 | 0 | 188 |
| 실험 약물 수 | 2894 | 3116 |
| 총 실험 및 FDA 소분자 약물 수 | 3796 | 4774 |
| 총 실험 및 FDA 약물 수 (모든 유형) | 3909 | 4897 |
| 모든 약물 표적 수 (고유) | 2133 | 3037 |
| 외부 데이터베이스 링크 수 | 12 | 18 |
2.3. 버전 3.0 (2011년)
2011년에 출시된 드러그뱅크 버전 3.0은 1424개의 승인된 소분자 약물, 132개의 생명공학 약물, 4000개 이상의 고유 약물 표적 정보를 포함했다. 또한 약물 수송체, 약물 경로, 약물 가격, 특허 및 제조 데이터와 5000개 이상의 실험 약물 정보가 추가되었다.
| 범주 | 1.0 | 2.0 | 3.0 | 4.0 |
|---|---|---|---|---|
| 약물카드당 데이터 필드 수 | 88 | 108 | 148 | 208 |
| 검색 유형 수 | 8 | 12 | 16 | 18 |
| 예시된 약물 작용 경로 수 | 0 | 0 | 168 | 232 |
| 대사 효소 데이터가 있는 약물 수 | 0 | 0 | 762 | 1037 |
| 구조를 가진 약물 대사 산물 수 | 0 | 0 | 0 | 1239 |
| 약물 대사 반응 수 | 0 | 0 | 0 | 1308 |
| 예시된 약물 대사 경로 수 | 0 | 0 | 0 | 53 |
| 약물 수송체 데이터가 있는 약물 수 | 0 | 0 | 516 | 623 |
| 분류학적 분류 정보가 있는 약물 수 | 0 | 0 | 0 | 6713 |
| SNP 관련 약물 효과 수 | 0 | 0 | 113 | 201 |
| 특허/가격/제조업체 데이터가 있는 약물 수 | 0 | 0 | 1208 | 1450 |
| 음식–약물 상호 작용 수 | 0 | 714 | 1039 | 1180 |
| 약물–약물 상호 작용 수 | 0 | 13,242 | 13,795 | 14,150 |
| ADMET 매개변수 수 (Caco-2, LogS) | 0 | 276 | 890 | 6667 |
| 약물당 QSAR 매개변수 수 | 5 | 6 | 14 | 23 |
| 약물-표적 결합 상수 데이터가 있는 약물 수 | 0 | 0 | 0 | 791 |
| NMR 스펙트럼이 있는 약물 수 | 0 | 0 | 0 | 306 |
| MS 스펙트럼이 있는 약물 수 | 0 | 0 | 0 | 384 |
| 화학 합성 정보가 있는 약물 수 | 0 | 38 | 38 | 1285 |
| FDA 승인 소분자 약물 수 | 841 | 1344 | 1424 | 1558 |
| 생명공학 약물 수 | 113 | 123 | 132 | 155 |
| 영양제 약물 수 | 61 | 69 | 82 | 87 |
| 판매 중단 약물 수 | 0 | 57 | 68 | 78 |
| 불법 약물 수 | 0 | 188 | 189 | 190 |
| 실험 약물 수 | 2894 | 3116 | 5210 | 6009 |
| 총 실험 및 FDA 소분자 약물 수 | 3796 | 4774 | 6684 | 7561 |
| 총 실험 및 FDA 약물 수 (모든 유형) | 3909 | 4897 | 6816 | 7713 |
| 모든 약물 표적 수 (고유) | 2133 | 3037 | 4326 | 4115 |
| 승인된 약물 효소/운반체 수 (고유) | 0 | 0 | 164 | 245 |
| 모든 약물 효소/운반체 수 (고유) | 0 | 0 | 169 | 253 |
| 외부 데이터베이스 링크 수 | 12 | 18 | 31 | 33 |
2.4. 버전 4.0 (2014년)
2014년에 출시된 드러그뱅크 버전 4.0은 1558개의 FDA 승인 소분자 약물, 155개의 생명공학 약물 및 4200개의 고유한 약물 표적 정보를 포함하고 있다. 이 버전에는 약물 대사 산물(구조 및 반응), 약물 분류, 약물 스펙트럼, 약물 결합 상수 및 약물 합성 정보 또한 추가되었다.
드러그뱅크 4.0에 대한 자세한 정보는 아래 표와 같다.
2.5. 버전별 상세 정보
드러그뱅크의 첫 판은 2006년에 출시되었다. 다음은 드러그뱅크 버전별 데이터 범위를 비교한 표이다.
| 범주 | 1.0 | 2.0 | 3.0 | 4.0 |
|---|---|---|---|---|
| 약물카드당 데이터 필드 수 | 88 | 108 | 148 | 208 |
| 검색 유형 수 | 8 | 12 | 16 | 18 |
| 예시된 약물 작용 경로 수 | 0 | 0 | 168 | 232 |
| 대사 효소 데이터가 있는 약물 수 | 0 | 0 | 762 | 1037 |
| 구조를 가진 약물 대사 산물 수 | 0 | 0 | 0 | 1239 |
| 약물 대사 반응 수 | 0 | 0 | 0 | 1308 |
| 예시된 약물 대사 경로 수 | 0 | 0 | 0 | 53 |
| 약물 수송체 데이터가 있는 약물 수 | 0 | 0 | 516 | 623 |
| 분류학적 분류 정보가 있는 약물 수 | 0 | 0 | 0 | 6713 |
| SNP 관련 약물 효과 수 | 0 | 0 | 113 | 201 |
| 특허/가격/제조업체 데이터가 있는 약물 수 | 0 | 0 | 1208 | 1450 |
| 음식–약물 상호 작용 수 | 0 | 714 | 1039 | 1180 |
| 약물–약물 상호 작용 수 | 0 | 13,242 | 13,795 | 14,150 |
| ADMET 매개변수 수 (Caco-2, LogS) | 0 | 276 | 890 | 6667 |
| 약물당 QSAR 매개변수 수 | 5 | 6 | 14 | 23 |
| 약물-표적 결합 상수 데이터가 있는 약물 수 | 0 | 0 | 0 | 791 |
| NMR 스펙트럼이 있는 약물 수 | 0 | 0 | 0 | 306 |
| MS 스펙트럼이 있는 약물 수 | 0 | 0 | 0 | 384 |
| 화학 합성 정보가 있는 약물 수 | 0 | 38 | 38 | 1285 |
| FDA 승인 소분자 약물 수 | 841 | 1344 | 1424 | 1558 |
| 생명공학 약물 수 | 113 | 123 | 132 | 155 |
| 영양제 약물 수 | 61 | 69 | 82 | 87 |
| 판매 중단 약물 수 | 0 | 57 | 68 | 78 |
| 불법 약물 수 | 0 | 188 | 189 | 190 |
| 실험 약물 수 | 2894 | 3116 | 5210 | 6009 |
| 총 실험 및 FDA 소분자 약물 수 | 3796 | 4774 | 6684 | 7561 |
| 총 실험 및 FDA 약물 수 (모든 유형) | 3909 | 4897 | 6816 | 7713 |
| 모든 약물 표적 수 (고유) | 2133 | 3037 | 4326 | 4115 |
| 승인된 약물 효소/운반체 수 (고유) | 0 | 0 | 164 | 245 |
| 모든 약물 효소/운반체 수 (고유) | 0 | 0 | 169 | 253 |
| 외부 데이터베이스 링크 수 | 12 | 18 | 31 | 33 |