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드러그뱅크

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목차

1. 개요

드러그뱅크는 2006년에 처음 출시된 약물 데이터베이스로, 다양한 버전 업데이트를 통해 정보를 확장해왔다. 각 버전은 FDA 승인 약물, 생명공학 약물, 약물 표적 정보 등을 포함하며, 버전 2.0부터는 판매 중단 약물, 불법 약물, 약물 상호작용, ADMET 매개변수 등 다양한 정보를 추가했다. 2014년 버전 4.0에서는 약물 대사 산물, 약물 분류, 약물 스펙트럼, 결합 상수, 화학 합성 정보 등 더욱 다양한 데이터가 포함되었으며, 공개 웹 인터페이스를 통해 접근할 수 있다.

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드러그뱅크
일반 정보
설명약물 및 약물 표적에 대한 정보를 담은 온라인 데이터베이스
범위화학 구조
소분자 약물
생명공학 약물
약물 표적
약물 운반체
약물 표적 서열
약물 표적 SNP
약물 대사물
약물 설명
질병 연관성
투여량 데이터
음식 및 약물 상호 작용
약물 부작용
약리학
작용 메커니즘
약물 대사
화학 합성
특허 및 가격 데이터
화학적 속성
명명법
동의어
화학 분류
약물 NMR 스펙트럼
약물 GC-MS 스펙트럼
약물 LC-MS 스펙트럼
센터앨버타 대학교 및 앨버타, 캐나다의 대사체 혁신 센터
실험실데이비드 S. 위시하트
URLDrugBank 웹사이트
다운로드DrugBank 다운로드 페이지
빈도2년마다 수정 및 업데이트
큐레이션수동 큐레이션

2. 버전 역사

드러그뱅크는 2006년 첫 번째 버전이 출시된 이후[1], 데이터의 양과 질적인 측면에서 꾸준히 발전해 왔다. 각 버전별 주요 특징은 다음과 같다.

표 1. 드러그뱅크 1.0, 2.0, 3.0 및 드러그뱅크 4.0의 범위 비교.
범주1.02.03.04.0
약물카드당 데이터 필드 수88108148208
검색 유형 수8121618
예시된 약물 작용 경로 수00168232
대사 효소 데이터가 있는 약물 수007621037
구조를 가진 약물 대사 산물 수0001239
약물 대사 반응 수0001308
예시된 약물 대사 경로 수00053
약물 수송체 데이터가 있는 약물 수00516623
분류학적 분류 정보가 있는 약물 수0006713
SNP 관련 약물 효과 수00113201
특허/가격/제조업체 데이터가 있는 약물 수0012081450
음식–약물 상호 작용 수071410391180
약물–약물 상호 작용 수013,24213,79514,150
ADMET 매개변수 수 (Caco-2, LogS)02768906667
약물당 QSAR 매개변수 수561423
약물-표적 결합 상수 데이터가 있는 약물 수000791
NMR 스펙트럼이 있는 약물 수000306
MS 스펙트럼이 있는 약물 수000384
화학 합성 정보가 있는 약물 수038381285
FDA 승인 소분자 약물 수841134414241558
생명공학 약물 수113123132155
영양제 약물 수61698287
판매 중단 약물 수0576878
불법 약물 수0188189190
실험 약물 수2894311652106009
총 실험 및 FDA 소분자 약물 수3796477466847561
총 실험 및 FDA 약물 수 (모든 유형)3909489768167713
모든 약물 표적 수 (고유)2133303743264115
승인된 약물 효소/운반체 수 (고유)00164245
모든 약물 효소/운반체 수 (고유)00169253
외부 데이터베이스 링크 수12183133


2. 1. 버전 1.0 (2006년)

드러그뱅크의 첫 번째 버전은 2006년에 출시되었다.[11] 이 버전은 841개의 (FDA) 승인 소분자 약물, 113개의 생명공학 약물, 2133개의 약물 표적 정보를 포함했다.

드러그뱅크 1.0의 주요 정보
범주내용
FDA 승인 소분자 약물 수841
생명공학 약물 수113
약물 표적 수2133
약물카드당 데이터 필드 수88
검색 유형 수8
외부 데이터베이스 링크 수12


2. 2. 버전 2.0 (2009년)

2009년에 출시된 드러그뱅크(DrugBank)의 두 번째 버전은 데이터베이스를 대폭 확장하고 개선했다.[2] 1344개의 승인된 소분자 약물, 123개의 생명공학 약물, 3037개의 고유 약물 표적 정보를 포함했다. 버전 2.0에는 판매 중단 약물, 불법 약물, 음식-약물 및 약물-약물 상호작용, ADMET (흡수, 분포, 대사, 배설 및 독성) 매개변수 정보도 처음으로 추가되었다.

드러그뱅크 1.0과 2.0 비교
범주1.02.0
약물카드당 데이터 필드 수88108
검색 유형 수812
음식–약물 상호 작용 수0714
약물–약물 상호 작용 수013,242
ADMET 매개변수 수 (Caco-2, LogS)0276
약물당 QSAR 매개변수 수56
화학 합성 정보가 있는 약물 수038
FDA 승인 소분자 약물 수8411344
생명공학 약물 수113123
영양제 약물 수6169
판매 중단 약물 수057
불법 약물 수0188
실험 약물 수28943116
총 실험 및 FDA 소분자 약물 수37964774
총 실험 및 FDA 약물 수 (모든 유형)39094897
모든 약물 표적 수 (고유)21333037
외부 데이터베이스 링크 수1218


2. 3. 버전 3.0 (2011년)

2011년에 출시된 드러그뱅크 버전 3.0은 1424개의 승인된 소분자 약물, 132개의 생명공학 약물, 4000개 이상의 고유 약물 표적 정보를 포함했다.[8] 또한 약물 수송체, 약물 경로, 약물 가격, 특허 및 제조 데이터와 5000개 이상의 실험 약물 정보가 추가되었다.[8]

표 1. 드러그뱅크 1.0, 2.0, 3.0 및 드러그뱅크 4.0의 범위 비교.
범주1.02.03.04.0
약물카드당 데이터 필드 수88108148208
검색 유형 수8121618
예시된 약물 작용 경로 수00168232
대사 효소 데이터가 있는 약물 수007621037
구조를 가진 약물 대사 산물 수0001239
약물 대사 반응 수0001308
예시된 약물 대사 경로 수00053
약물 수송체 데이터가 있는 약물 수00516623
분류학적 분류 정보가 있는 약물 수0006713
SNP 관련 약물 효과 수00113201
특허/가격/제조업체 데이터가 있는 약물 수0012081450
음식–약물 상호 작용 수071410391180
약물–약물 상호 작용 수013,24213,79514,150
ADMET 매개변수 수 (Caco-2, LogS)02768906667
약물당 QSAR 매개변수 수561423
약물-표적 결합 상수 데이터가 있는 약물 수000791
NMR 스펙트럼이 있는 약물 수000306
MS 스펙트럼이 있는 약물 수000384
화학 합성 정보가 있는 약물 수038381285
FDA 승인 소분자 약물 수841134414241558
생명공학 약물 수113123132155
영양제 약물 수61698287
판매 중단 약물 수0576878
불법 약물 수0188189190
실험 약물 수2894311652106009
총 실험 및 FDA 소분자 약물 수3796477466847561
총 실험 및 FDA 약물 수 (모든 유형)3909489768167713
모든 약물 표적 수 (고유)2133303743264115
승인된 약물 효소/운반체 수 (고유)00164245
모든 약물 효소/운반체 수 (고유)00169253
외부 데이터베이스 링크 수12183133


2. 4. 버전 4.0 (2014년)

2014년에 출시된 드러그뱅크 버전 4.0은 1558개의 FDA 승인 소분자 약물, 155개의 생명공학 약물 및 4200개의 고유한 약물 표적 정보를 포함하고 있다.[4] 이 버전에는 약물 대사 산물(구조 및 반응), 약물 분류, 약물 스펙트럼, 약물 결합 상수 및 약물 합성 정보 또한 추가되었다.

드러그뱅크 4.0에 대한 자세한 정보는 아래 표와 같다.

드러그뱅크 4.0 상세 정보[4]
범주내용
약물카드당 데이터 필드 수208
검색 유형 수18
예시된 약물 작용 경로 수232
대사 효소 데이터가 있는 약물 수1037
구조를 가진 약물 대사 산물 수1239
약물 대사 반응 수1308
예시된 약물 대사 경로 수53
약물 수송체 데이터가 있는 약물 수623
분류학적 분류 정보가 있는 약물 수6713
SNP 관련 약물 효과 수201
특허/가격/제조업체 데이터가 있는 약물 수1450
음식–약물 상호 작용 수1180
약물–약물 상호 작용 수14,150
ADMET 매개변수 수 (Caco-2, LogS)6667
약물당 QSAR 매개변수 수23
약물-표적 결합 상수 데이터가 있는 약물 수791
NMR 스펙트럼이 있는 약물 수306
MS 스펙트럼이 있는 약물 수384
화학 합성 정보가 있는 약물 수1285
FDA 승인 소분자 약물 수1558
생명공학 약물 수155
영양제 약물 수87
판매 중단 약물 수78
불법 약물 수190
실험 약물 수6009
총 실험 및 FDA 소분자 약물 수7561
총 실험 및 FDA 약물 수 (모든 유형)7713
모든 약물 표적 수 (고유)4115
승인된 약물 효소/운반체 수 (고유)245
모든 약물 효소/운반체 수 (고유)253
외부 데이터베이스 링크 수33


2. 5. 버전별 상세 정보

드러그뱅크의 첫 판은 2006년에 출시되었다.[11] 다음은 드러그뱅크 버전별 데이터 범위를 비교한 표이다.

표 1. 드럭뱅크 1.0, 2.0, 3.0 및 드럭뱅크 4.0의 범위 비교.
범주1.02.03.04.0
약물카드당 데이터 필드 수88108148208
검색 유형 수8121618
예시된 약물 작용 경로 수00168232
대사 효소 데이터가 있는 약물 수007621037
구조를 가진 약물 대사 산물 수0001239
약물 대사 반응 수0001308
예시된 약물 대사 경로 수00053
약물 수송체 데이터가 있는 약물 수00516623
분류학적 분류 정보가 있는 약물 수0006713
SNP 관련 약물 효과 수00113201
특허/가격/제조업체 데이터가 있는 약물 수0012081450
음식–약물 상호 작용 수071410391180
약물–약물 상호 작용 수013,24213,79514,150
ADMET 매개변수 수 (Caco-2, LogS)02768906667
약물당 QSAR 매개변수 수561423
약물-표적 결합 상수 데이터가 있는 약물 수000791
NMR 스펙트럼이 있는 약물 수000306
MS 스펙트럼이 있는 약물 수000384
화학 합성 정보가 있는 약물 수038381285
FDA 승인 소분자 약물 수841134414241558
생명공학 약물 수113123132155
영양제 약물 수61698287
판매 중단 약물 수0576878
불법 약물 수0188189190
실험 약물 수2894311652106009
총 실험 및 FDA 소분자 약물 수3796477466847561
총 실험 및 FDA 약물 수 (모든 유형)3909489768167713
모든 약물 표적 수 (고유)2133303743264115
승인된 약물 효소/운반체 수 (고유)00164245
모든 약물 효소/운반체 수 (고유)00169253
외부 데이터베이스 링크 수12183133


3. 범위 및 접근성

드러그뱅크의 모든 자료는 공개된 비독점 소스에서 제공된다. 거의 모든 자료 항목은 원본 소스를 명시하여 추적 가능하다. 드러그뱅크 자료는 공개 웹 인터페이스를 통해 이용할 수 있다.[9]

참조

[1] 논문 DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration 2006-01
[2] 논문 DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets 2008-01
[3] 뉴스 The Dizzying Problem of Citationless Wikipedia "Facts" That Take On a Life of Their Own https://slate.com/te[...] 2019-11-09
[4] 논문 DrugBank 5.0: shedding new light on drug metabolism 2014-01
[5] 논문 HMDB: a knowledgebase for the human metabolome 2009-01
[6] 논문 T3DB: a comprehensively annotated database of common toxins and their targets. 2010-01
[7] 논문 Small Molecule Pathway Database. 2014-01
[8] 논문 DrugBank 3.0: a comprehensive resource for 'omics' research on drugs. 2011-01
[9] 논문 DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration https://academic.oup[...] 2006
[10] 논문 DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration 2006-01
[11] 논문 DrugBank: a comprehensive resource for in silico drug discovery and exploration 2006-01
[12] 논문 DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets 2008-01
[13] 논문 DrugBank 5.0: shedding new light on drug metabolism 2014-01
[14] 논문 HMDB: a knowledgebase for the human metabolome 2009-01
[15] 논문 T3DB: a comprehensively annotated database of common toxins and their targets. 2010-01
[16] 논문 Small Molecule Pathway Database. 2014-01


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