ChEMBL
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1. 개요
ChEMBL은 약물 표적에 대한 화합물 생체 활성 데이터를 포함하는 데이터베이스이다. 이 데이터는 약물 발견 과정에서 화합물 스크리닝 라이브러리 개발에 활용될 수 있으며, 웹 인터페이스 또는 파일 전송 프로토콜을 통해 접근 가능하다. ChEMBL은 PubChem, ChemSpider 등 다른 화학 자원과 통합되어 있으며, 데이터 마이닝을 위한 도구와 리소스도 제공한다. Kinase SARfari, GPCR SARfari, ChEMBL-NTD, 말라리아 데이터 서비스, myChEMBL, SureChEMBL, ADME SARfari 등이 ChEMBL 관련 리소스에 해당한다.
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| ChEMBL | |
|---|---|
| 일반 정보 | |
| 유형 | 생물학 데이터베이스 |
| 범위 | 약물 유사 특성 및 생물학적 활성을 가진 분자 |
| 중심 | 유럽 분자 생물학 연구소 |
| 연구소 | 유럽 생물 정보학 연구소 |
| 작성자 | 앤드루 리치, 팀 리더 (2016년 - 현재); 존 오버링턴, 팀 리더 (2008년 - 2015년) |
| 출시일 | 2009년 |
| URL | ChEMBL |
| PMID | 21948594 |
| 다운로드 | 다운로드 |
| 웹 서비스 | ChEMBL 웹 서비스 |
| SPARQL | ChEMBL EBI-RDF 플랫폼 |
| 라이선스 | ChEMBL 데이터는 크리에이티브 커먼즈 저작자 표시-동일 조건 변경 허락 3.0 Unported 라이선스로 제공됩니다. |
| 버전 | ChEMBL_28 |
2. 데이터베이스 범위 및 접근성
ChEMBLdb는 웹 인터페이스를 통해 접근하거나 파일 전송 프로토콜로 다운로드할 수 있다. 데이터는 전산화된 데이터 마이닝에 적합한 방식으로 형식이 지정되어 있으며, 비교 분석을 위해 서로 다른 출판물 간의 활성을 표준화하려고 시도한다.[1] ChEMBL은 PubChem, 왕립 화학회의 ChemSpider 시스템을 포함한 다른 대규모 화학 자원과도 통합되어 있다.
2. 1. 데이터 내용
ChEMBL 데이터베이스는 약물 표적에 대한 화합물 생체 활성 데이터를 포함하고 있다. 생체 활성은 Ki, Kd, IC50, EC50으로 보고된다.[5] 이 데이터는 약물 발견 과정에서 선도 물질 식별을 위한 화합물 스크리닝 라이브러리를 개발하기 위해 필터링하고 분석할 수 있다.[6]2010년 1월에 출시된 ChEMBL 버전 2(ChEMBL_02)는 24,000개의 천연물을 포함하여 622,824개의 화합물을 대상으로 240만 개의 생체 분석 측정을 포함했다. 이는 12개의 의약 화학 저널에 걸쳐 34,000개 이상의 출판물을 큐레이션하여 얻은 것이다. ChEMBL의 사용 가능한 생체 활성 데이터 범위는 "공개 데이터베이스에서 볼 수 있는 가장 포괄적인 데이터"로 성장했다.[3] 2010년 10월에는 ChEMBL 버전 8(ChEMBL_08)이 출시되었으며, 636,269개의 화합물을 대상으로 297만 개 이상의 생체 분석 측정을 포함했다.[7]
ChEMBL_10에는 ChEMBL에 포함된 데이터 유형 및 클래스와 비교 가능한 데이터를 통합하기 위해 PubChem 확인 분석이 추가되었다.[8]
2. 2. 접근 방법
ChEMBLdb는 웹 인터페이스를 통해 접근하거나 파일 전송 프로토콜로 다운로드할 수 있다. 이는 전산화된 데이터 마이닝에 적합한 방식으로 형식이 지정되어 있으며, 비교 분석을 가능하게 하기 위해 서로 다른 출판물 간의 활성을 표준화하려고 시도한다.[1] ChEMBL은 PubChem, 왕립 화학회의 ChemSpider 시스템을 포함한 다른 대규모 화학 자원과도 통합되어 있다.3. 관련 리소스
ChEMBL 그룹은 데이터 마이닝을 위한 도구와 리소스를 개발했다.[9] 2013년 10월에는 사용자가 완전하고 무료이며 설치가 용이한 화학정보학 인프라에 접근할 수 있도록 ChEMBL 가상 머신인 myChEMBL이 출시되었다. 2013년 12월에는 SureChem 특허 정보학 데이터베이스의 운영이 EMBL-EBI로 이전되면서 SureChEMBL로 이름이 변경되었다. 2014년에 도입된 ADME SARfari는 종간 ADME 표적을 예측하고 비교하기 위한 도구이다.[10]
3. 1. Kinase SARfari
Kinase SARfari는 키나아제에 초점을 맞춘 통합 화학유전체학 워크벤치이다.[9] 이 시스템은 서열, 구조, 화합물 및 스크리닝 데이터를 통합하고 연결한다.3. 2. GPCR SARfari
ChEMBL 그룹은 데이터 마이닝 도구 및 리소스를 개발했다.[9] 그 예로 키나아제에 초점을 맞춘 통합 화학유전체학 워크벤치인 Kinase SARfari가 있다. 이 시스템은 서열, 구조, 화합물 및 스크리닝 데이터를 통합하고 연결한다.GPCR SARfari는 GPCR에 초점을 맞춘 유사한 워크벤치이다.
3. 3. ChEMBL-NTD
GPCR에 초점을 맞춘 ChEMBL-Neglected Tropical Diseases (ChEMBL-NTD)는 열린 접근 기본 스크리닝 및 의약 화학 데이터 저장소로, 아프리카, 아시아 및 아메리카 개발 도상 지역에서 발생하는 토착 열대 질병에 초점을 맞추고 있다. ChEMBL-NTD의 주요 목적은 기탁된 데이터에 대해 자유롭게 접근 가능하고 영구적인 보관 및 배포 센터를 제공하는 것이다.[3]2012년 7월에는 Medicines for Malaria Venture (MMV)의 후원으로 전 세계 연구자를 대상으로 하는 말라리아 데이터 서비스가 출시되었다. 이 서비스의 데이터에는 말라리아 박스 스크리닝 세트의 화합물과 ChEMBL-NTD에서 발견된 기타 기증된 말라리아 데이터가 포함된다.
3. 4. 말라리아 데이터 서비스
2012년 7월, 메디슨 포 말라리아 벤처(Medicines for Malaria Venture, MMV)의 후원으로 전 세계 연구자를 대상으로 하는 https://www.ebi.ac.uk/chembl/malaria/ 말라리아 데이터 서비스가 출시되었다.[3] 이 서비스의 데이터에는 말라리아 박스 스크리닝 세트의 화합물과 ChEMBL-NTD에서 발견된 기타 기증된 말라리아 데이터가 포함된다.3. 5. myChEMBL
2013년 10월, 사용자가 완전하고 무료이며 설치가 쉬운 화학정보학 인프라에 접근할 수 있도록 ChEMBL 가상 머신인 myChEMBL이 출시되었다.[9]3. 6. SureChEMBL
2013년 12월, SureChem 특허 정보학 데이터베이스의 운영이 EMBL-EBI로 이전되었다. SureChem은 SureChEMBL로 이름이 변경되었다.3. 7. ADME SARfari
ChEMBL 그룹은 키나아제에 초점을 맞춘 통합 화학유전체학 워크벤치인 Kinase SARfari를 개발했다.[9] 이 외에도 GPCR에 초점을 맞춘 GPCR SARfari, 열대 질병에 초점을 맞춘 ChEMBL-Neglected Tropical Diseases(ChEMBL-NTD) 등을 개발하였다. 2014년에는 종간 ADME 표적을 예측하고 비교하기 위한 도구인 ADME SARfari가 도입되었다.[10]참조
[1]
논문
ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery
[2]
뉴스
Open access drug discovery database launches with half a million compounds {{!}} Wellcome
https://wellcome.ac.[...]
2019-08-31
[3]
논문
Databases: Compound bioactivities go public
[4]
논문
ChEMBL. An interview with John Overington, team leader, chemogenomics at the European Bioinformatics Institute Outstation of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Interview by Wendy A. Warr
2009-04
[5]
논문
Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library
2011-10-24
[6]
논문
Lessons learnt from assembling screening libraries for drug discovery for neglected diseases
2008-03
[7]
간행물
ChEMBL_08 Released
http://chembl.blogsp[...]
2010-11-15
[8]
간행물
ChEMBL_10 Released
http://chembl.blogsp[...]
2011-06-06
[9]
논문
Collation and data-mining of literature bioactivity data for drug discovery.
[10]
논문
ADME SARfari: Comparative Genomics of Drug Metabolising Systems.
[11]
논문
ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery
https://www.ncbi.nlm[...]
2012-01
[12]
웹사이트
ChEMBL or ChEMBLdb
https://norecopa.no/[...]
2022-06-03
[13]
저널 인용
ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery
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