파이몰
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1. 개요
파이몰(PyMOL)은 분자 시각화 시스템으로, 단백질 및 기타 거대 분자의 3차원 구조를 렌더링하는 데 사용된다. 2006년 델라노 사이언티픽에 의해 개발되었으며, 2010년 슈뢰딩거가 인수하여 개발, 유지, 지원 및 판매를 담당하고 있다. 파이썬 라이선스로 배포되었지만, 이후 상용화 정책을 통해 유료 구독 모델을 도입했으며, 현재는 BSD와 유사한 라이선스 하에 소스 코드를 제공한다. 파이몰은 원소별로 공 색상을 적용하며, 주기율표를 기반으로 하는 원소 색상 체계를 갖추고 있다.
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| 파이몰 - [IT 관련 정보]에 관한 문서 | |
|---|---|
| 기본 정보 | |
![]() | |
| 저자 | Warren Lyford DeLano |
| 개발자 | Schrödinger, Inc. |
| 최초 출시 | 2000년 |
| 최신 안정화 버전 | 3.0.4 |
| 최신 안정화 버전 출시일 | 2024년 8월 5일 |
| 프로그래밍 언어 | C, C++, Python |
| 운영 체제 | 크로스 플랫폼: macOS, 유닉스, 리눅스, Windows |
| 플랫폼 | IA-32, x86-64 |
| 언어 | 영어 |
| 장르 | 분자 모델링 |
| 라이선스 | 원래는 Python License였으나, 현재는 독점 라이선스임 |
| 웹사이트 | PyMOL 공식 웹사이트 |
2. 역사와 상용화
2006년 8월 1일, 델라노 사이언티픽은 파이썬의 이후 버전에 대해서 자유소프트웨어에서 비 자유 소프트웨어로 변경해서 회사를 거쳐서 공급되는 다운로드 시스템을 적용했다. 그러나 이전의 파이몰 버전은 여전히 사용가능하다.[7]
PyMol의 초기 버전은 파이썬 라이선스로 배포되었다. 2006년 8월 1일, DeLano Scientific은 회사가 배포하는 사전 컴파일된 PyMOL 빌드(베타 포함)에 대한 제어된 접근 시스템을 채택했다. 이러한 실행 파일에 대한 접근은 현재 유료 고객으로 등록된 사용자로 제한되며, 교육용 빌드는 학생과 교사에게 무료로 제공된다. 그러나, 대부분의 현재 소스 코드는 이전 사전 컴파일 빌드와 마찬가지로 무료로 계속 제공된다. 다른 플랫폼의 빌드 시스템은 공개되어 있지만, 윈도우 API(WinAPI, Win32) 빌드 시스템은 그렇지 않으며, 비공식 윈도우 바이너리는 온라인에서 사용할 수 있다.[7] 누구나 파이썬 라이선스 소스 코드로 컴파일하여 실행 파일을 만들거나, 사전 컴파일된 실행 파일에 대한 접근을 얻기 위해 지원 서비스에 대한 구독료를 지불할 수 있다.
2010년 1월 8일, 슈뢰딩거(Schrödinger, Inc.)는 PyMOL을 인수하기로 합의했다. 회사는 모든 당시 유효한 구독을 포함하여 PyMOL의 개발, 유지 관리, 지원 및 판매를 맡았다. 또한 PyMOL 오픈 소스 커뮤니티를 적극적으로 지원하고 있다. 2017년, 슈뢰딩거는 Qt 하에서 사용자 인터페이스를 통합하고 아나콘다 하에서 패키지 관리를 통합하기 위해 배포 시스템을 개편하여 PyMol v2로 출시했다.[5] 이 버전은 일부 새로운 기능을 제한하고 30일 평가 기간 이후 무면허로 사용할 경우 시각화에 워터마크를 추가한다. 전체 라이선스 정책은 DeLano 시스템과 유사하다. 소스 코드는 이번에는 BSD와 유사한 라이선스 하에서 대부분 계속 사용할 수 있다.[6] 이전 배포판과 마찬가지로 휠 형식의 비공식 윈도우 바이너리가 제공되며,[7] 실제로 리눅스 배포판은 자체적으로 오픈 소스 코드 빌드를 계속 제공하고 있다.
2. 1. 델라노 사이언티픽의 상용화 정책
2006년 8월 1일, 델라노 사이언티픽은 파이썬 라이선스로 배포되던 파이몰의 초기 버전과 달리, 이후 버전부터는 회사를 통해 공급되는 다운로드 시스템을 적용하여 자유 소프트웨어에서 비자유 소프트웨어로 변경했다.[7] 사전 컴파일된 PyMOL 빌드(베타 포함)에 대한 접근은 유료 고객으로 등록된 사용자로 제한되었으며, 교육용 빌드는 학생과 교사에게 무료로 제공되었다. 그러나 대부분의 소스 코드는 이전 사전 컴파일 빌드와 마찬가지로 무료로 제공되었다. 다른 플랫폼의 빌드 시스템은 공개되었지만, 윈도우 API(WinAPI, Win32) 빌드 시스템은 비공개였으며, 비공식 윈도우 바이너리는 온라인에서 구할 수 있었다.[7]2010년 1월 8일, 슈뢰딩거는 PyMOL을 인수하여 개발, 유지 관리, 지원 및 판매를 맡았다. 슈뢰딩거는 PyMOL 오픈 소스 커뮤니티를 적극적으로 지원했다. 2017년, 슈뢰딩거는 Qt 하에서 사용자 인터페이스를 통합하고 아나콘다 하에서 패키지 관리를 통합하기 위해 배포 시스템을 개편하여 PyMol v2로 출시했다.[5] 이 버전은 일부 새로운 기능을 제한하고 30일 평가 기간 이후 무면허로 사용할 경우 시각화에 워터마크를 추가하는 등 델라노 시스템과 유사한 라이선스 정책을 가지고 있다. 소스 코드는 BSD와 유사한 라이선스 하에서 대부분 계속 사용할 수 있다.[6] 이전 배포판과 마찬가지로 휠 형식의 비공식 윈도우 바이너리가 제공되며,[7] 리눅스 배포판은 자체적으로 오픈 소스 코드 빌드를 계속 제공하고 있다.
2. 2. 슈뢰딩거의 인수 및 PyMOL 2.0 출시
2006년 8월 1일, 델라노 사이언티픽은 파이썬의 이후 버전에 대해서 자유소프트웨어에서 비 자유 소프트웨어로 변경해서 회사를 거쳐서 공급되는 다운로드 시스템을 적용했다. 그러나 이전의 파이몰 버전은 여전히 사용가능하다.[7]PyMol의 초기 버전은 파이썬 라이선스로 배포되었다. 2006년 8월 1일, DeLano Scientific은 회사가 배포하는 사전 컴파일된 PyMOL 빌드(베타 포함)에 대한 제어된 접근 시스템을 채택했다. 이러한 실행 파일에 대한 접근은 현재 유료 고객으로 등록된 사용자로 제한되며, 교육용 빌드는 학생과 교사에게 무료로 제공된다. 그러나, 대부분의 현재 소스 코드는 이전 사전 컴파일 빌드와 마찬가지로 무료로 계속 제공된다. 다른 플랫폼의 빌드 시스템은 공개되어 있지만, 윈도우 API(WinAPI, Win32) 빌드 시스템은 그렇지 않으며, 비공식 윈도우 바이너리는 온라인에서 사용할 수 있다. 누구나 파이썬 라이선스 소스 코드로 컴파일하여 실행 파일을 만들거나, 사전 컴파일된 실행 파일에 대한 접근을 얻기 위해 지원 서비스에 대한 구독료를 지불할 수 있다.
2010년 1월 8일, 슈뢰딩거(Schrödinger, Inc.)는 PyMOL을 인수하기로 합의했다. 회사는 모든 당시 유효한 구독을 포함하여 PyMOL의 개발, 유지 관리, 지원 및 판매를 맡았다. 또한 PyMOL 오픈 소스 커뮤니티를 적극적으로 지원하고 있다. 2017년, 슈뢰딩거는 Qt 하에서 사용자 인터페이스를 통합하고 아나콘다 하에서 패키지 관리를 통합하기 위해 배포 시스템을 개편하여 PyMol v2로 출시했다.[5] 이 버전은 일부 새로운 기능을 제한하고 30일 평가 기간 이후 무면허로 사용할 경우 시각화에 워터마크를 추가한다. 전체 라이선스 정책은 DeLano 시스템과 유사하다. 소스 코드는 이번에는 BSD와 유사한 라이선스 하에서 대부분 계속 사용할 수 있다.[6] 이전 배포판과 마찬가지로 휠 형식의 비공식 윈도우 바이너리가 제공되며,[7] 실제로 리눅스 배포판은 자체적으로 오픈 소스 코드 빌드를 계속 제공하고 있다.
2. 3. 바이너리 배포와 소스 코드 공개 (일본어판 추가)
2006년 8월 1일, 델라노 사이언티픽은 파이썬의 이후 버전에 대해서 자유소프트웨어에서 비 자유 소프트웨어로 변경해서 회사를 거쳐서 공급되는 다운로드 시스템을 적용했다. 그러나 이전의 파이몰 버전은 여전히 사용가능하다.[7] 파이몰의 초기 버전은 파이썬 라이선스로 배포되었다. 델라노 사이언티픽은 회사가 배포하는 사전 컴파일된 PyMOL 빌드(베타 포함)에 대한 접근을 유료화했다.[7] 이러한 실행 파일에 대한 접근은 유료 고객으로 등록된 사용자로 제한되며, 교육용 빌드는 학생과 교사에게 무료로 제공된다. 그러나, 대부분의 현재 소스 코드는 이전 사전 컴파일 빌드와 마찬가지로 무료로 계속 제공된다. 다른 플랫폼의 빌드 시스템은 공개되어 있지만, 윈도우 API(WinAPI, Win32) 빌드 시스템은 그렇지 않으며, 비공식 윈도우 바이너리는 온라인에서 사용할 수 있다.[7] 누구나 파이썬 라이선스 소스 코드로 컴파일하여 실행 파일을 만들거나, 사전 컴파일된 실행 파일에 대한 접근을 얻기 위해 지원 서비스에 대한 구독료를 지불할 수 있다.2010년 1월 8일, 슈뢰딩거(Schrödinger, Inc.)는 PyMOL을 인수하기로 합의했다.[5] 회사는 모든 당시 유효한 구독을 포함하여 PyMOL의 개발, 유지 관리, 지원 및 판매를 맡았다. 또한 PyMOL 오픈 소스 커뮤니티를 적극적으로 지원하고 있다. 2017년, 슈뢰딩거는 Qt 하에서 사용자 인터페이스를 통합하고 아나콘다 하에서 패키지 관리를 통합하기 위해 배포 시스템을 개편하여 PyMol v2로 출시했다.[5] 이 버전은 일부 새로운 기능을 제한하고 30일 평가 기간 이후 무면허로 사용할 경우 시각화에 워터마크를 추가한다. 전체 라이선스 정책은 DeLano 시스템과 유사하다. 소스 코드는 이번에는 BSD와 유사한 라이선스 하에서 대부분 계속 사용할 수 있다.[6] 이전 배포판과 마찬가지로 휠 형식의 비공식 윈도우 바이너리가 제공되며,[7] 실제로 리눅스 배포판은 자체적으로 오픈 소스 코드 빌드를 계속 제공하고 있다.
2006년 8월 1일, 델라노 사이언티픽은 컴파일된 PyMOL 제품(베타 버전을 포함)의 다운로드 시스템에 접근 제한을 설정하여 오랫동안 최신 바이너리 배포를 유료로 전환했다. 그러나 2017년 9월 PyMOL 2.0 릴리스와 함께 Windows, macOS, Linux OS에 대한 최신 버전 바이너리 공개를 재개했다.
한편, 최신 소스 코드는 지속적으로 무료 공개되고 있으며, PyMOL 2에 대한 소스 코드도 2018년 3월에 공개가 재개되었다[9] Windows OS의 경우, 온라인상에서 비공식 바이너리가 배포되고 있다[13] macOS의 경우, Homebrew를 사용하여 소스 코드로부터 쉽게 설치할 수 있다[14]
3. 원소 색상
wikitext
파이몰(PyMOL)은 원소별로 공 색상을 적용한다.[8]
| 주기율표를 파이몰(PyMOL) 원소 색상으로 배경 사용[8] | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 수소/H영어 | colspan="17" | | 헬륨/He영어 | ||||||||||||||||
| 2 | 리튬/Li영어 | 베릴륨/Be영어 | colspan="11" | | 붕소/B영어 | 탄소/C영어 | 질소/N영어 | 산소/O영어 | 플루오린/F영어 | 네온/Ne영어 | ||||||||||
| 3 | 나트륨/Na영어 | 마그네슘/Mg영어 | colspan="11" | | 알루미늄/Al영어 | 규소/Si영어 | 인/P영어 | 황/S영어 | 염소/Cl영어 | 아르곤/Ar영어 | ||||||||||
| 4 | 칼륨/K영어 | 칼슘/Ca영어 | 스칸듐/Sc영어 | 타이타늄/Ti영어 | 바나듐/V영어 | 크로뮴/Cr영어 | 망가니즈/Mn영어 | 철/Fe영어 | 코발트/Co영어 | 니켈/Ni영어 | 구리/Cu영어 | 아연/Zn영어 | 갈륨/Ga영어 | 저마늄/Ge영어 | 비소/As영어 | 셀레늄/Se영어 | 브로민/Br영어 | 크립톤/Kr영어 | |
| 5 | 루비듐/Rb영어 | 스트론튬/Sr영어 | 이트륨/Y영어 | 지르코늄/Zr영어 | 나이오븀/Nb영어 | 몰리브데넘/Mo영어 | 테크네튬/Tc영어 | 루테늄/Ru영어 | 로듐/Rh영어 | 팔라듐/Pd영어 | 은/Ag영어 | 카드뮴/Cd영어 | 인듐/In영어 | 주석/Sn영어 | 안티모니/Sb영어 | 텔루륨/Te영어 | 아이오딘/I영어 | 제논/Xe영어 | |
| 6 | 세슘/Cs영어 | 바륨/Ba영어 | * | 루테튬/Lu영어 | 하프늄/Hf영어 | 탄탈럼/Ta영어 | 텅스텐/W영어 | 레늄/Re영어 | 오스뮴/Os영어 | 이리듐/Ir영어 | 백금/Pt영어 | 금/Au영어 | 수은/Hg영어 | 탈륨/Tl영어 | 납/Pb영어 | 비스무트/Bi영어 | 폴로늄/Po영어 | 아스타틴/At영어 | 라돈/Rn영어 |
| 7 | 프랑슘/Fr영어 | 라듐/Ra영어 | 로렌슘/Lr영어 | 러더포듐/Rf영어 | 더브늄/Db영어 | 시보귬/Sg영어 | 보륨/Bh영어 | 하슘/Hs영어 | 마이트너륨/Mt영어 | 다름슈타튬/Ds영어 | 뢴트게늄/Rg영어 | 코페르니슘/Cn영어 | 니호늄/Nh영어 | 플레로븀/Fl영어 | 모스코븀/Mc영어 | 리버모륨/Lv영어 | 테네신/Ts영어 | 오가네손/Og영어 | |
| colspan="3" | | * | 란타넘/La영어 | 세륨/Ce영어 | 프라세오디뮴/Pr영어 | 네오디뮴/Nd영어 | 프로메튬/Pm영어 | 사마륨/Sm영어 | 유로퓸/Eu영어 | 가돌리늄/Gd영어 | 터븀/Tb영어 | 디스프로슘/Dy영어 | 홀뮴/Ho영어 | 어븀/Er영어 | 툴륨/Tm영어 | 이터븀/Yb영어 | ||||
| colspan="1" | | |||||||||||||||||||
| colspan="3" | | 악티늄/Ac영어 | 토륨/Th영어 | 프로트악티늄/Pa영어 | 우라늄/U영어 | 넵투늄/Np영어 | 플루토늄/Pu영어 | 아메리슘/Am영어 | 퀴륨/Cm영어 | 버클륨/Bk영어 | 캘리포늄/Cf영어 | 아인슈타이늄/Es영어 | 페르뮴/Fm영어 | 멘델레븀/Md영어 | 노벨륨/No영어 | |||||
3. 1. PyMOL 원소 색상 주기율표
파이몰(PyMOL)은 원소별로 공 색상을 적용한다.[8]| 주기율표를 파이몰(PyMOL) 원소 색상으로 배경 사용[8] | |||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 수소/H영어 | colspan="17" | | 헬륨/He영어 | ||||||||||||||||
| 2 | 리튬/Li영어 | 베릴륨/Be영어 | colspan="11" | | 붕소/B영어 | 탄소/C영어 | 질소/N영어 | 산소/O영어 | 플루오린/F영어 | 네온/Ne영어 | ||||||||||
| 3 | 나트륨/Na영어 | 마그네슘/Mg영어 | colspan="11" | | 알루미늄/Al영어 | 규소/Si영어 | 인/P영어 | 황/S영어 | 염소/Cl영어 | 아르곤/Ar영어 | ||||||||||
| 4 | 칼륨/K영어 | 칼슘/Ca영어 | 스칸듐/Sc영어 | 타이타늄/Ti영어 | 바나듐/V영어 | 크로뮴/Cr영어 | 망가니즈/Mn영어 | 철/Fe영어 | 코발트/Co영어 | 니켈/Ni영어 | 구리/Cu영어 | 아연/Zn영어 | 갈륨/Ga영어 | 저마늄/Ge영어 | 비소/As영어 | 셀레늄/Se영어 | 브로민/Br영어 | 크립톤/Kr영어 | |
| 5 | 루비듐/Rb영어 | 스트론튬/Sr영어 | 이트륨/Y영어 | 지르코늄/Zr영어 | 나이오븀/Nb영어 | 몰리브데넘/Mo영어 | 테크네튬/Tc영어 | 루테늄/Ru영어 | 로듐/Rh영어 | 팔라듐/Pd영어 | 은/Ag영어 | 카드뮴/Cd영어 | 인듐/In영어 | 주석/Sn영어 | 안티모니/Sb영어 | 텔루륨/Te영어 | 아이오딘/I영어 | 제논/Xe영어 | |
| 6 | 세슘/Cs영어 | 바륨/Ba영어 | * | 루테튬/Lu영어 | 하프늄/Hf영어 | 탄탈럼/Ta영어 | 텅스텐/W영어 | 레늄/Re영어 | 오스뮴/Os영어 | 이리듐/Ir영어 | 백금/Pt영어 | 금/Au영어 | 수은/Hg영어 | 탈륨/Tl영어 | 납/Pb영어 | 비스무트/Bi영어 | 폴로늄/Po영어 | 아스타틴/At영어 | 라돈/Rn영어 |
| 7 | 프랑슘/Fr영어 | 라듐/Ra영어 | 로렌슘/Lr영어 | 러더포듐/Rf영어 | 더브늄/Db영어 | 시보귬/Sg영어 | 보륨/Bh영어 | 하슘/Hs영어 | 마이트너륨/Mt영어 | 다름슈타튬/Ds영어 | 뢴트게늄/Rg영어 | 코페르니슘/Cn영어 | 니호늄/Nh영어 | 플레로븀/Fl영어 | 모스코븀/Mc영어 | 리버모륨/Lv영어 | 테네신/Ts영어 | 오가네손/Og영어 | |
| colspan="3" | | * | 란타넘/La영어 | 세륨/Ce영어 | 프라세오디뮴/Pr영어 | 네오디뮴/Nd영어 | 프로메튬/Pm영어 | 사마륨/Sm영어 | 유로퓸/Eu영어 | 가돌리늄/Gd영어 | 터븀/Tb영어 | 디스프로슘/Dy영어 | 홀뮴/Ho영어 | 어븀/Er영어 | 툴륨/Tm영어 | 이터븀/Yb영어 | ||||
| colspan="1" | | |||||||||||||||||||
| colspan="3" | | 악티늄/Ac영어 | 토륨/Th영어 | 프로트악티늄/Pa영어 | 우라늄/U영어 | 넵투늄/Np영어 | 플루토늄/Pu영어 | 아메리슘/Am영어 | 퀴륨/Cm영어 | 버클륨/Bk영어 | 캘리포늄/Cf영어 | 아인슈타이늄/Es영어 | 페르뮴/Fm영어 | 멘델레븀/Md영어 | 노벨륨/No영어 | |||||
4. 갤러리
4. 1. PyMOL의 다양한 렌더링 모드
참조
[1]
웹사이트
PyMOL Molecular Graphics System
http://sourceforge.n[...]
SourceForge
[2]
웹사이트
Open-Source PyMOL
https://github.com/s[...]
Schrodinger, Inc.
2021-11-05
[3]
웹사이트
"PyMOL {{!}} pymol.org"
https://pymol.org/2/
[4]
웹사이트
APBS
http://www.poissonbo[...]
2020-10-07
[5]
웹사이트
PyMOL v2.0 Release Notes
https://pymol.org/do[...]
[6]
웹사이트
schrodinger/pymol-open-source
https://github.com/s[...]
2019-06-24
[7]
웹사이트
Python Extension Packages for Windows - Christoph Gohlke
https://www.lfd.uci.[...]
2019-10-26
[8]
웹사이트
Color Values
https://pymolwiki.or[...]
pymolwiki
2010-01-01
[9]
URL
https://sourceforge.[...]
[10]
APBS
http://www.poissonbo[...]
[11]
PyMOL
PyMOL v2.0 Release Notes
https://pymol.org/do[...]
[12]
웹사이트
PyMOL
https://www.schrodin[...]
2024-08-10
[13]
Pymol
Pymol-open-source wheels for Python on Windows
https://github.com/c[...]
[14]
pymolwiki
https://pymolwiki.or[...]
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