Entrez
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1. 개요
엔트레즈(Entrez)는 단일 쿼리 문자열과 사용자 인터페이스를 통해 다양한 데이터베이스에 동시 접근을 제공하는 통합 검색 시스템이다. 유전자 및 단백질 서열, 염색체 지도에 대한 그래픽 보기를 제공하며, 불 연산자와 검색어 태그를 지원하여 검색 범위를 좁힐 수 있다. 또한 각 데이터베이스별 검색 인터페이스와 쿼리 저장, 알림 기능을 제공한다. 엔트레즈는 PubMed, PubMed Central, Nucleotide, Protein, Genome 등 다양한 데이터베이스를 검색하며, 생명 공학 분야에서 널리 사용되는 참고 도구이다.
엔트레즈 글로벌 쿼리(Entrez Global Query)는 단일 쿼리 문자열 및 사용자 인터페이스로 모든 데이터베이스에 동시에 액세스할 수 있는 통합 검색 및 검색 시스템이다.[9] 엔트레즈는 관련 시퀀스, 구조 및 참조를 효율적으로 검색할 수 있으며, 유전자 및 단백질 서열과 염색체지도에 대한 그래픽 보기를 제공한다. 일부 텍스트북(textbooks)은 엔트레즈 시스템을 통해 온라인으로도 제공된다.[9]
엔트레즈는 다음과 같은 다양한 데이터베이스를 검색 대상으로 한다.
2. 주요 기능
불 연산자와 검색어 태그를 지원하여 검색 범위를 특정 필드로 제한할 수 있으며, 각 데이터베이스에서 검색 결과 수를 보여주는 통합 결과 페이지를 통해 해당 데이터베이스의 실제 검색 결과로 연결된다.[9]
2. 1. 검색 인터페이스
엔트레즈는 각 데이터베이스별 검색 인터페이스를 제공하여, 사용자가 검색 결과를 구체화하고 필요한 정보를 효율적으로 찾을 수 있도록 돕는다. 제한(Limits) 기능을 통해 웹 양식 인터페이스에서 검색 범위를 좁힐 수 있다. 히스토리(History) 기능은 최근에 수행된 쿼리 목록을 제공하며, 이전 쿼리 결과를 재사용하거나 결합할 수 있다.[9] MyNCBI 계정을 통해 쿼리를 저장하고, 새로운 검색 결과 업데이트를 이메일로 받을 수 있다.[9]
2. 2. 검색 필드
엔트레즈는 검색 필드에서 기본적인 제목(title words영어) 및 부분 키워드 단어(text words영어) 외에도 다음과 같은 다양한 검색 필드를 지원한다.
뿐만 아니라 연관 검색의 일종인 리스트 텀(list term영어) 기능도 제공하고 있다.
3. 데이터베이스 종류
분야 데이터베이스 설명 학술 문헌 펍메드(PubMed) Medline을 포함한 생의학 문헌 인용 및 초록 제공 펍메드 센트럴(PubMed Central) 전문 무료 텍스트 저널 기사 제공 도서(Books) 온라인 도서 제공 NLM Catalog LocatorPlus에 있는 120만 개 이상의 저널, 도서, 시청각 자료, 컴퓨터 소프트웨어, 전자 리소스 및 기타 자료에 대한 NLM 서지 데이터 (매주 평일 업데이트) 제공 유전체 및 서열 정보 뉴클레오타이드(Nucleotide) GenBank 서열 데이터베이스 단백질(Protein) GenPept 서열 데이터베이스 유전체(Genome) 전체 유전자 서열 및 매핑 정보 Gene 유전자 중심 정보 HomoloGene 진핵 생물 상동 그룹 UniGene 전사체 서열의 유전자 지향적 클러스터 dbSNP 단일 염기 다형성 SRA(Sequence read archive) 고처리량 시퀀싱 데이터 구조 및 화학 정보 구조(Structure) 3차원 거대 분자 구조 PubChem Compound 고유한 소분자 화학 구조 PubChem Substance 예치된 화학 물질 기록 PubChem BioAssay 화학 물질의 생물학적 활성 스크린 CDD 보존된 단백질 도메인 데이터베이스 기타 OMIM 유전 질환 정보 Taxonomy (분류) GenBank 분류의 유기체 정보 게놈 프로젝트 게놈 프로젝트 정보 PopSet 인구 연구 데이터 세트 (역학) GEO 프로필 (GEO Profiles) 발현 및 분자 풍부도 프로필 GEO 데이터세트 (GEO DataSets) GEO 데이터의 실험 세트 암 염색체 (Cancer Chromosomes) 세포 유전학 데이터베이스 프로브 (Probe) 서열 특이적 시약
3. 1. 학술 문헌
3. 2. 유전체 및 서열 정보
3. 3. 구조 및 화학 정보
3. 4. 기타 데이터베이스
4. 접근 방법
엔트레즈는 웹 검색 엔진 양식을 사용하여 데이터를 검색할 수 있다. NCBI는 쿼리 결과에 보다 직접적으로 접근할 수 있도록 Entrez 프로그래밍 유틸리티(eUtils)를 제공한다.[4] eUtils는 특수하게 구성된 URL을 NCBI 서버에 게시하고 XML 응답을 구문 분석하여 데이터에 접근한다. 2015년 7월에 종료된 eUtils SOAP 인터페이스도 있었다.[5]
5. 역사
1991년, 엔트레즈는 CD 형태로 처음 소개되었다.[9] 1993년에는 이 소프트웨어의 클라이언트-서버 버전이 나와 인터넷 연결을 제공했다. 1994년, NCBI는 웹사이트를 개설했고, 엔트레즈는 이 초기 릴리스의 일부였다. 2001년에는 Entrez Bookshelf가 출시되었고, 2003년에는 Entrez Gene 데이터베이스가 개발되었다.
참조
[1]
웹사이트
Definition of 'entrez'
https://www.collinsd[...]
[2]
논문
Database resources of the National Center for Biotechnology Information
[3]
웹사이트
Home - Gene - NCBI
https://www.ncbi.nlm[...]
[4]
서적
Entrez Utilities
https://www.ncbi.nlm[...]
National Center for Biotechnology Information (US)
[5]
서적
The E-utility Web Service (SOAP)
https://www.ncbi.nlm[...]
National Center for Biotechnology Information (US)
2015-01-23
[6]
웹사이트
A Brief History of NCBI's Formation and Growth
https://www.ncbi.nlm[...]
2014-05-03
[7]
문서
(국립국어원,온라인가나다- 국제음성기호 [ɒ]-“오” / [ʊ]-“우”)
https://www.korean.g[...]
[8]
웹인용
Definition of 'entrez'
https://www.collinsd[...]
[9]
저널
Database resources of the National Center for Biotechnology Information
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