PubChem

3. 데이터베이스

PubChem은 동적으로 성장하는 세 가지 주요 데이터베이스로 구성되어 있다. 2020년 11월 5일 기준(BioAssay의 수는 변경되지 않음)으로 각 데이터베이스의 현황은 다음과 같다.

3. 1. 화합물 (Compound)

3. 2. 물질 (Substance)

3. 3. 바이오에세이 (BioAssay)

4. 검색 기능

데이터베이스 검색은 화학 구조, 이름 조각, 화학식, 분자량, XLogP, 수소 결합 공여체 및 수용체 수를 포함한 광범위한 속성에 대해 가능하다.

PubChem은 모든 일반적인 화학 파일 형식의 가져오기 및 내보내기를 허용하여 구조와 조각을 검색할 수 있는 단분자 편집기를 자체적으로 갖추고 있으며, SMILES/SMARTS 및 InChI를 지원한다.

각 검색 결과는 동의어, 화학적 특성, SMILES 및 InChI 문자열을 포함한 화학 구조, 생체 활성, 구조적으로 관련된 화합물 및 PubMed과 같은 다른 NCBI 데이터베이스에 대한 링크에 대한 정보를 제공한다.

텍스트 검색 양식에서 데이터베이스 필드는 검색어에 필드 이름을 대괄호로 추가하여 검색할 수 있다. 숫자 범위는 콜론으로 구분된 두 개의 숫자로 표시된다. 검색어와 필드 이름은 대소 문자를 구분하지 않는다. 괄호와 논리 연산자 AND, OR, NOT을 사용할 수 있다. 연산자가 사용되지 않으면 AND가 가정된다.

예시(리핀스키의 5의 규칙):

0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]

펍켐 CID(PubChem CID)는 빠르고 방대한 자료량에서뿐만 아니라 이러한 자료들의 체계적이고 과학적인 구축에서 수많은 기관, 전문가들이 참여하고 이용하는 데이터베이스의 근간을 이루는 고유식별번호이다.^[18]

5. 데이터베이스 필드

참조

_[1] 논문 PUG-View: programmatic access to chemical annotations integrated in PubChem 2019-08-09
_[2] 웹사이트 PubChem Source Information https://pubchem.ncbi[...] National Center for Biotechnology Information
_[3] 논문 Literature information in PubChem: associations between PubChem records and scientific articles 2016
_[4] 논문 PubChem in 2021: new data content and improved web interfaces 2021-01-08
_[5] 웹사이트 Search Results for all compounds https://www.ncbi.nlm[...] 2016-01-28
_[6] 웹사이트 all[filt] - PubChem Compound Results https://www.ncbi.nlm[...] National Center for Biotechnology Information 2011-01-07
_[7] 웹사이트 all[filt] - PubChem Substance Results https://www.ncbi.nlm[...] National Center for Biotechnology Information 2016-01-28
_[8] 웹사이트 all[filt] - PubChem Substance Results https://www.ncbi.nlm[...] National Center for Biotechnology Information 2011-01-07
_[9] 웹사이트 all[filt] - PubChem BioAssay Results https://www.ncbi.nlm[...] National Center for Biotechnology Information 2016-01-28
_[10] 웹사이트 all[filt] - PubChem BioAssay Results https://www.ncbi.nlm[...] National Center for Biotechnology Information 2011-01-07
_[11] 논문 Computation of octanol-water partition coefficients by guiding an additive model with knowledge 2007-11
_[12] 뉴스 The American Chemical Society and NIH's PubChem http://osc.universit[...]
_[13] 웹사이트 PubChem Substance Data Source Information http://pubchem.ncbi.[...]
_[14] 웹인용 PubChem Source Information http://pubchem.ncbi.[...] National Center for Biotechnology Information
_[15] 웹인용 all[filt] - PubChem Compound Results http://www.ncbi.nlm.[...] National Center for Biotechnology Information 2011-01-07
_[16] 웹인용 all[filt] - PubChem Substance Results http://www.ncbi.nlm.[...] National Center for Biotechnology Information 2011-01-07
_[17] 웹인용 all[filt] - PubChem BioAssay Results http://www.ncbi.nlm.[...] National Center for Biotechnology Information 2011-01-07
_[18] 문서 PubChem-About PubChem https://pubchemdocs.[...]