ExPASy
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1. 개요
ExPASy는 단백질 서열 및 구조 분석, 2차원 겔 전기영동 분석을 위한 서버로 시작하여 생명과학 분야 최초의 웹사이트 중 하나로 1993년 8월에 개설되었다. UniProtKB/Swiss-Prot와 UniProtKB/TrEMBL을 호스팅했으며, 2011년 SIB 그룹에 의해 'SIB ExPASy 생물정보학 자원 포털'로 확장되었다. ExPASy는 160개 이상의 자원에 대한 통합 검색을 제공하며, EDAM 온톨로지를 기반으로 정보를 제공한다.
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| ExPASy | |
|---|---|
| 기본 정보 | |
| 유형 | 단백질 분석 시스템 및 생물정보학 자원 |
| 운영 기관 | 스위스 생물정보학 연구소(SIB) |
| URL | www.expasy.org |
| 언어 | 영어 |
| 상태 | 활성 |
| 상업 여부 | 비상업적 |
| 설명 | |
| 개요 | ExPASy (Expert Protein Analysis System)는 단백질 및 유전체 서열과 구조를 분석하기 위한 생물정보학 자원이다. |
| 특징 | 단백질 서열 분석 도구 제공 단백질 모티프 및 도메인 검색 질량 분석 데이터 분석 단백질 3차원 구조 예측 다양한 단백질 데이터베이스 접근 제공 |
| 데이터베이스 | |
| 주요 데이터베이스 | UniProtKB/Swiss-Prot PROSITE ENZYME SWISS-MODEL |
| 도구 | |
| 서열 분석 도구 | ProtParam: 단백질의 물리화학적 특성 계산 Translate: DNA 서열을 단백질 서열로 번역 PeptideMass: 펩타이드 질량 계산 |
| 모티프 검색 도구 | PROSITE: 단백질 패밀리 및 도메인 식별 ScanProsite: 사용자 서열에서 PROSITE 패턴 검색 |
| 구조 예측 도구 | SWISS-MODEL: 단백질 3차원 구조 예측 |
| 기타 정보 | |
| 관련 프로젝트 | SIB(스위스 생물정보학 연구소) UniProt |
2. 역사
ExPASy는 원래 '''Ex'''pert '''P'''rotein '''A'''nalysis '''Sy'''stem (전문가 '''단백질''' '''분석''' '''시스템''')이라고 불렸으며, 단백질 서열 및 구조, 2차원 겔 전기영동 분석을 위한 단백질체학 서버였다.[1] 특히 단백질 서열 지식 베이스인 UniProtKB/Swiss-Prot와 컴퓨터 주석이 추가된 UniProtKB/TrEMBL을 호스팅했다.[4]
ExPASy는 생명과학 분야 최초의 웹사이트였다.
2. 1. 초기 역사 (1993년 ~ )
1993년 8월, ExPASy는 'Expert Protein Analysis System'의 약자로, 단백질 서열 및 구조, 2차원 겔 전기영동(2D 페이지 전기영동) 분석을 위한 단백질체학 서버로 처음 서비스를 시작했다.[3] ExPASy는 특히 단백질 서열 지식 베이스인 UniProtKB/Swiss-Prot와 컴퓨터 주석이 추가된 UniProtKB/TrEMBL을 호스팅하며 중요한 역할을 수행했다.[4] ExPASy는 생명과학 분야 최초의 웹사이트 중 하나였으며, 세계에서 가장 초기에 만들어진 150개 웹사이트 중 하나였다.[5]2. 2. 확장 및 발전
1993년 8월 1일에 설치된 ExPASy는 2007년 4월 5일 기준으로 10억 회 이상의 접속 횟수를 기록했다.[12] 2011년 6월, SIB 그룹에서 개발한 다양한 생물정보학 자원을 통합하여 'SIB ExPASy 생물정보학 자원 포털'로 확장되었다.[6] 이후 2020년 10월, 현재 버전의 ExPASy가 출시되었다.[7][8]3. 검색 엔진
ExPASy는 통합 검색 기능을 제공하여 사용자가 다양한 SIB 데이터베이스를 동시에 검색하고, 160개 이상의 전체 리소스 세트에서 집계된 검색 결과를 얻을 수 있도록 지원한다.[1] ExPASy 검색 엔진은 각 리소스의 최신 릴리스를 기반으로 최신 정보를 제공하며, 사용되는 용어는 EDAM의 포괄적인 온톨로지를 기반으로 한다.[2]
참조
[1]
웹사이트
SIB Resources
https://www.sib.swis[...]
2020-10-27
[2]
논문
EDAM: an ontology of bioinformatics operations, types of data and identifiers, topics and formats
2013-05
[3]
논문
ExPASy: The proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis
2003-07
[4]
웹사이트
UniProtKB/Swiss-Prot - SIB Swiss Institute of Bioinformatics {{!}} Expasy
https://www.expasy.o[...]
2024-03-15
[5]
웹사이트
ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal
http://www.expasy.or[...]
[6]
논문
ExPASy: SIB bioinformatics resource portal
null
2012-07
[7]
논문
Expasy, the Swiss Bioinformatics Resource Portal, as designed by its users
2021-04-13
[8]
웹사이트
Discover the new Expasy.org, the Swiss Bioinformatics Resource Portal
https://www.sib.swis[...]
2020-10-26
[9]
논문
ExPASy: The proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis
2003
[10]
웹사이트
ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal
http://www.expasy.or[...]
[11]
저널
ExPASy: The proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis
2003
[12]
웹사이트
ExPASy: SIB Bioinformatics Resource Portal
http://www.expasy.or[...]
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