SYBR 그린 I
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1. 개요
SYBR 그린 I은 생화학 및 분자 생물학 분야에서 사용되는 DNA 염료이다. 정량적 PCR에서 이중 가닥 DNA를 정량화하고, 젤 전기영동에서 DNA를 시각화하는 데 사용된다. 또한, 유세포 분석 및 형광 현미경을 통해 세포 내 DNA를 표지하는 데 활용되기도 한다. SYBR 그린 I은 에티듐 브로마이드보다 안전하며, 유사한 기능을 수행하는 다양한 시아닌 염료가 존재한다.
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| SYBR 그린 I - [화학 물질]에 관한 문서 | |
|---|---|
| 일반 정보 | |
| IUPAC명 | N,N'-다이메틸-N-[4-[(E)-(3-메틸--2-일리덴)메틸]-1-페닐퀴놀린-1-ium-2-일]-N''-프로필프로판-1,3-다이아민 |
| CAS 등록번호 | 163795-75-3 |
| PubChem CID | 10436340 |
| ChEMBL | 1198924 |
| SMILES | CCCN(CCCN(C)C)C1=CC(=Cc2sc3ccccc3[n+]2C)c2ccccc2N1c1ccccc1 |
| InChI | 1S/C32H37N4S/c1-5-20-35(22-13-21-33(2)3)31-23-25(24-32-34(4)29-18-11-12-19-30(29)37-32)27-16-9-10-17-28(27)36(31)26-14-7-6-8-15-26/h6-12,14-19,23-24H,5,13,20-22H2,1-4H3/q+1 |
| InChIKey | CGNLCCVKSWNSDG-UHFFFAOYSA-N |
| 속성 | |
| 분자식 | C32H37N4S+ |
| 몰 질량 | 509.73 g/mol |
| 용해도 (다른 용매) | 일반적으로 DMSO에 용해되어 제공됨 |
| 위험성 | |
2. 용도
SYBR 그린 I은 생화학 및 분자 생물학 분야에서 다양하게 활용된다. 특히, 정량적 PCR[8]과 젤 전기영동에서 DNA를 분석하고 시각화하는 데 중요한 역할을 한다. 또한, 유세포 분석과 형광 현미경을 통해 세포 내 DNA를 관찰하는 데에도 사용된다.
SYBR Safe, SYBR 그린 I, PicoGreen, SYTO-16, SYTO-9 및 새로운 유도체인 TOPhBu를 포함하는 티아졸-오렌지 기반 DNA 염료에 대한 포괄적인 연구가 발표되었다.[3] 이 연구에서는 이들 화합물의 합성과 이중 가닥 DNA 결합 시 형광 증강 특성을 분광학적으로 분석하였다. 낮은 농도에서 DNA를 검출하는 능력은 절대 형광 증강(AFE)과 상대 형광 증강(RFE)이라는 두 가지 지표를 사용하여 평가되었다. qPCR 실험 결과, SYBR 그린 I이 가장 높은 형광 증강(AFE)을 보이며 PCR 방법에 가장 적합한 특성을 제공하는 것으로 나타났다.
2. 1. 분자생물학 및 생화학
SYBR 그린은 생화학과 분자 생물학 분야에서 사용된다. 정량적 PCR[8]에서 이중 가닥 DNA 정량화를 위한 염료로 사용되며, 젤 전기영동에서 DNA를 시각화하는 데에도 사용된다. 고농도 SYBR 그린은 아가로스 젤에서 DNA를 시각화하는 데 사용될 수 있다. 핵산 표지 외에도 SYBR 그린은 유세포 분석과 형광 현미경을 이용해 세포 내 DNA를 표지하는 데 사용될 수 있다.
SYBR 그린 I은 여러 생화학 및 분자 생물학 분야에서 사용된다. 일부 정량적 PCR 방법에서 이중 가닥 DNA의 정량화를 위한 염료로 사용된다.[2] 또한 젤 전기영동에서 DNA를 시각화하는 데에도 사용된다. 더 높은 농도의 SYBR 그린 I은 DNA를 시각화하기 위해 아가로스 젤을 염색하는 데 사용할 수 있다. 순수한 핵산을 표지하는 것 외에도, SYBR 그린 I은 유세포 분석 및 형광 현미경을 위해 세포 내 DNA를 표지하는 데에도 사용할 수 있다. 이 경우 세포 내 RNA의 배경을 줄이기 위해 RNase 처리가 필요할 수 있다.
SYBR Safe, SYBR 그린 I, PicoGreen, SYTO-16, SYTO-9 및 새로운 유도체인 TOPhBu를 포함하는 티아졸-오렌지 기반 DNA 염료에 대한 포괄적인 연구가 발표되었다.[3] 이 화합물의 합성이 발표되었고 이중 가닥 DNA에 결합할 때 형광 증강을 정량화하기 위해 분광학적으로 특성화되었다. 낮은 농도에서 DNA를 감지하는 염료의 능력은 새로운 두 가지 지표인 절대 형광 증강(AFE)과 상대 형광 증강(RFE)을 사용하여 평가되었다. qPCR 실험에서 테스트되었으며 분석 목적 DNA 마커 선택을 용이하게 하는 민감도 및 qPCR 효율성에서 몇 가지 중요한 차이점을 보여주었다.
이 연구는 Sybr 그린 I이 가장 높은 형광 증강(AFE)을 나타내며 PCR 방법에 가장 적합한 특성을 제공한다는 것을 보여주었다. 두 번째로 좋은 것은 TOPhBu였으며, 이는 Sybr 그린 I과 거의 비슷한 값을 보였다.
2. 2. 기타
SYBR 그린은 생화학과 분자 생물학 분야에서 사용된다. 이는 정량적 PCR[8]의 몇 가지 방법에서 이중 가닥 DNA의 정량화를 위한 염색약으로 사용된다. 또한 겔 전기영동에서 DNA를 시각화하는 데 사용된다. 고농도의 SYBR 그린은 아가로스 겔에서 DNA 존재를 시각화하는 데 사용될 수 있다. 순수 핵산의 라벨링뿐만 아니라 SYBR 그린은 유동세포계수법과 형광 현미경을 위해 세포 내 DNA를 라벨링하는 데에도 사용될 수 있다.
3. 안전성
SYBR 그린 I은 강력한 인간 돌연변이 유발원인 브롬화에티듐(Ethidium bromide, EtBr)을 대체하기 위해 상품화되었다. 이는 작업하기에도 안전하며 에티듐 폐기물 문제로부터도 자유롭다. 하지만 높은 친화도로 DNA와 결합이 가능한 작은 분자는 어떤 것이든 발암 물질일 수 있으며, 이는 SYBR Green도 포함된다.[9]
화학물질이 돌연변이를 일으키는 능력을 측정하는 에임스 시험에서, 동일한 농도에서 SYBR 그린 I은 에티듐 브로마이드보다 약 30배 정도 돌연변이 유발성이 낮은 것으로 나타났다.[4] 고농도에서는 브롬화에티듐이 더욱 돌연변이 발생률이 높았다.[9]
4. 유사 시아닌 염료
- 피코그린 (PG)
- SYBR 세이프
- SYBR 골드
- 티아졸 오렌지 (TO)
- 옥사졸 옐로우 (YO)
- 세이프-그린 (Safe-Green)
- 차이 그린 (Chai Green)
참조
[1]
논문
Investigations on DNA intercalation and surface binding by SYBR Green I, its structure determination and methodological implications
2004
[2]
논문
Real-time PCR in virology
2002-03
[3]
논문
Comprehensive Study of Thiazole-Orange-Based DNA Dyes
2024-06-19
[4]
논문
Comparison of SYBR Green I nucleic acid gel stain mutagenicity and ethidium bromide mutagenicity in the Salmonella/mammalian microsome reverse mutation assay (Ames test)
1999-02
[5]
논문
Investigations on DNA intercalation and surface binding by SYBR Green I, its structure determination and methodological implications
http://www.ncbi.nlm.[...]
[6]
논문
Comparison of SYBR® Green I nucleic acid gel stain mutagenicity and ethidium bromide mutagenicity in the ''Salmonella''/mammalian microsome reverse mutation assay (Ames test)
[7]
논문
Investigations on DNA intercalation and surface binding by SYBR Green I, its structure determination and methodological implications
2004
[8]
논문
Real-time PCR in virology
http://nar.oxfordjou[...]
2002-03
[9]
논문
Comparison of SYBR Green I nucleic acid gel stain mutagenicity and ethidium bromide mutagenicity in the Salmonella/mammalian microsome reverse mutation assay (Ames test)
1999-02
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