ChemSpider

3. 데이터베이스

ChemSpider는 영국 왕립화학회(RSC) 출판사가 맨체스터 대학교^[24]와 함께 개발한 화학구조 데이터베이스이다. 2천6백만 개 이상의 화학구조 및 관련 정보를 제공하며, 400개 이상의 데이터 소스를 통합하여 연구자들이 한 번의 검색으로 화학 데이터를 종합적으로 검토할 수 있도록 돕는다.^[25] ChemSpider Mobile을 통해 화학구조를 그리거나 검색어를 입력할 수 있으며, 모바일 환경에서도 편리하게 이용 가능하다.

3. 1. 주요 데이터 소스

4. 검색 기능

ChemSpider는 RSC 출판사가 맨체스터 대학교와 함께 개발한 화학구조 데이터베이스이다.^[24] 2천6백만 개 이상의 화학구조 및 관련 정보를 제공하며, 400개 이상의 데이터 정보들을 통합하여 연구자들이 한 번의 온라인 검색으로 화학 데이터들을 종합적으로 검토할 수 있도록 돕는다.

ChemSpider에서는 다음과 같은 다양한 검색 기능을 사용할 수 있다.

• 일반검색, 구조검색, 상세 검색: 구조검색 화면에서는 화학물명(chemical name) 혹은 대체명(Trade Name)으로 화학구조 검색이 가능하며, 화학식으로도 검색 가능하다.
• 화학물명, SMILES, 국제화학식별자(InChi)를 통해 화학구조를 자동 산출할 수 있다.
• 화학구조, 조직(Systematic) 명, InChIKey 확인이 가능하다.
• 인증된 이름 및 타 식별자를 확인할 수 있다.
• 검색 데이터 구입 정보 확인 및 구입이 가능하다.
• 예측 및 실험 데이터를 이용할 수 있다.
• 특허 정보 확인이 가능하다. : SureChem의 원문을 보려면 타이틀명을 클릭한다.
• 검색주제와 관련된 RSC 출판물 및 RSC 데이터베이스와 연동하여 검색할 수 있다.
• ChemSpider Mobile상에서 화학구조를 끌어당기거나 합성어를 입력하여 편리하게 이용할 수 있다. 검색 결과는 구조와 이름을 보여주는 리스트로 나타나며, 검색 결과를 클릭하면 모바일 브라우저를 시작하거나 ChemSpider 웹 페이지의 구조를 보면서 더 자세히 조사할 수 있다. ChemSpider 웹페이지 역시 모바일 브라우저에서 잘 작동되도록 설계되어있으나, 모바일 애플리케이션은 사용하기 더욱 편하고, 끌어당기는 기능을 지닌 모바일 장치 구조에 의한 검색이 용이하다.^[25]

4. 1. 표준 검색

4. 2. 고급 검색

• '''표준 검색'''에서는 체계적 명명법, 상표명, 동의어 및 등록 번호를 쿼리로 사용할 수 있다.
• '''고급 검색'''에서는 화학 구조, 화학 부분 구조, 분자식, 분자량 범위를 사용하고, CAS 번호, 공급업체 등을 이용하여 대화형 검색을 할 수 있다. 이 검색으로 이미 찾은 결과를 확장하거나 제한할 수 있다.
• iOS (iPhone/iPod/iPad)용 무료 앱^[12]과 안드로이드 (운영체제)용 앱을 사용하여 모바일 장치에서 구조 검색을 할 수 있다.^[13]

4. 3. 모바일 검색

5. 주요 기능 및 서비스

ChemSpider는 다음과 같은 주요 기능을 제공한다.

• 웹에서 복합 데이터를 통합하여 제공한다.
• 쉽고 강력한 검색 옵션을 제공한다.
• 구조 및 하부 구조 검색
• 검증된 동의어를 통한 정확한 텍스트 검색 확장
• 공공 화학 데이터 소스의 품질을 향상시킨다.
• 전문가 검토를 통한 크라우드소싱 큐레이션을 제공하는 수동 주석 및 수정 도구를 제공한다.
• 데이터 추가 및 보존을 위한 출판 플랫폼을 제공한다.
• 등록된 사용자는 자신의 구조를 온라인에 설정하고, 홈페이지에 복합 레코드 스펙트럼, 추가 데이터, 링크, 비디오, 오디오를 추가할 수 있다.

5. 1. 텍스트 마이닝 및 마크업

6. 크라우드소싱 및 데이터 관리

ChemSpider는 사용자가 화학 구조, 스펙트럼, 정보 정리 등을 제공하여 데이터베이스를 업데이트할 수 있도록 하는 크라우드소싱 방식을 적용했다. 이를 통해 텍스트 마이닝으로 수집된 화학 구조와 화합물 이름의 사전을 만들었다.^[19]

그러나 데이터베이스 권리는 포기되지 않았으며, 데이터 덤프는 이용할 수 없다. FAQ에서도 제한적인 다운로드만 허용한다고 명시하고 있다.^[11] 따라서 포크할 권리는 보장되지 않으며, 해당 프로젝트는 자유/오픈으로 간주될 수 없다.

6. 1. 크라우드소싱

6. 2. 데이터 관리 정책

7. 공동 제작자

ChemSpider는 다음의 여러 데이터 제공자들의 협력을 통해 만들어졌다.

8. Open PHACTS

ChemSpider는 혁신 의약품 이니셔티브의 Open PHACTS 프로젝트에서 화학 화합물 저장소 역할을 했다. Open PHACTS는 소분자 약물 발견의 병목 현상, 즉 서로 다른 정보 출처, 표준 부족, 정보 과부하 문제를 해결하기 위해 개방형 표준과 시맨틱 웹 접근 방식을 통해 개발되었다.^[18]

참조

_[1] 논문 Chemistry's web of data expands
_[2] 웹사이트 ChemSpider Blog » Blog Archive » ChemSpider Adopts Creative Commons Licenses http://www.chemspide[...] 2014-03-21
_[3] 간행물 ChemSpider and Its Expanding Web: Building a Structure-Centric Community for Chemists http://www.iupac.org[...] 2008-01
_[4] 논문 Public chemical compound databases
_[5] 논문 Chemists spin a web of data
_[6] 서적 Collaborative Computational Technologies for Biomedical Research
_[7] 논문 ChemSpider: An Online Chemical Information Resource
_[8] 웹사이트 Data Sources https://www.chemspid[...] 2019-05-16
_[9] 웹사이트 ChemSpider Blog » Blog Archive » The US EPA DSSTox Browser Connects to ChemSpider http://www.chemspide[...] ChemSpider 2008-08-23
_[10] 논문 Automatic vs. Manual curation of a multi-source chemical dictionary: The impact on text mining
_[11] 웹사이트 ChemSpider Blog » Blog Archive » Who Would Like to Have the Entire ChemSpider Database? http://www.chemspide[...] 2014-04-18
_[12] 웹사이트 ChemSpider on the App Store https://itunes.apple[...]
_[13] 웹사이트 ChemSpider Mobile - Android Apps on Google Play https://play.google.[...]
_[14] 블로그 Welcome ChemMantis to ChemZoo and a Call for Contributions from the Community http://www.chemspide[...] 2008-10-23
_[15] 웹사이트 ChemSpider SyntheticPages http://cssp.chemspid[...] Royal Society of Chemistry 2012-06-26
_[16] 웹사이트 ChemSpider and SyntheticPages support synthetic chemistry http://www.rsc.org/P[...] Royal Society of Chemistry 2010-02-05
_[17] 뉴스 RSC acquires ChemSpider http://www.rsc.org/A[...] Royal Society of Chemistry 2009-05-11
_[18] 논문 Open PHACTS: Semantic interoperability for drug discovery
_[19] 뉴스 Automatic vs. manual curation of a multi-source chemical dictionary: the impact on text mining
_[20] 블로그 Welcome ChemMantis to ChemZoo and a Call for Contributions from the Community http://www.chemspide[...] 2008-10-23
_[21] 뉴스 RSC acquires ChemSpider http://www.rsc.org/A[...] Royal Society of Chemistry 2009-05-11
_[22] 뉴스 Journal of Cheminformatics, 'ChemSpider - building a foundation for the semantic web by hosting a crowd sourced databasing platform for chemistry'
_[23] 뉴스 Journal of Cheminformatics, 'ChemSpider - building a foundation for the semantic web by hosting a crowd sourced databasing platform for chemistry'
_[24] 웹사이트 http://www.mancheste[...]
_[25] 웹인용 보관된 사본 http://library.yonse[...] 2013-05-11
_[26] 웹사이트 ChemSpider Data Sources http://www.chemspide[...]
_[27] 웹사이트 http://www.rsc.org/
_[28] 웹사이트 RSC acquires ChemSpider http://www.rsc.org/A[...]