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역전사 중합효소 연쇄 반응

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1. 개요

역전사 중합효소 연쇄 반응(RT-PCR)은 RNA를 주형으로 사용하여 상보적인 DNA(cDNA)를 합성하고, 이를 중합효소 연쇄 반응(PCR)을 통해 증폭하여 RNA를 검출하고 정량화하는 분자 생물학 기술이다. 1980년대에 개발되어 노던 블롯을 대체했으며, 1단계 및 2단계 RT-PCR, 종말점 및 실시간 RT-PCR 등의 종류가 있다. RT-PCR은 유전자 발현 연구, 유전 질환 진단, 바이러스 검출 등 다양한 분야에 응용되며, 특히 SARS-CoV-2와 같은 바이러스 감염 진단에 널리 사용된다. 정확한 결과를 얻기 위해 실험 과정의 표준화가 중요하며, 이를 위해 MIQE 가이드라인이 제시되었다.

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역전사 중합효소 연쇄 반응

2. 역사

1977년에 도입된 이후, 노던 블롯은 여러 단점에도 불구하고 RNA 정량화에 광범위하게 사용되어 왔다. 그러나 1983년 캐리 멀리스PCR을 발명한 이후, 역전사 중합효소 연쇄 반응(RT-PCR)은 RNA 검출 및 정량화 방법으로 노던 블롯을 대체하게 되었다.[12]

RT-PCR은 다음과 같은 여러 가지 이유로 RNA 수준을 검출 및/또는 비교하는 데 있어 벤치마크 기술로 부상했다.


  • PCR 후 처리가 필요하지 않다.
  • 광범위한 RNA 농도(>107배)를 측정할 수 있다.
  • 정성적 및 정량적 데이터에 대한 통찰력을 제공한다.[5]


RT-PCR은 단순성, 특이성 및 민감성으로 인해 응용 분야에서 널리 사용되며, 와인 속 효모 세포의 정량화와 같은 간단한 실험에서부터 조류 인플루엔자 바이러스SARS-CoV-2와 같은 감염성 병원체를 감지하는 진단 도구와 같은 더 복잡한 용도에 이르기까지 다양하게 활용된다.[13][14][15]

3. 종류

RT-PCR에는 여러 종류가 있으며, 각각 다른 기술과 약자를 사용한다. 혼동을 피하기 위해 이 문서에서는 다음과 같은 약어를 일관되게 사용한다.

기술약자
중합효소 연쇄 반응 (polymerase chain reaction)PCR
역전사 중합효소 연쇄 반응 (reverse transcription polymerase chain reaction)RT-PCR
실시간 중합효소 연쇄 반응 (real-time polymerase chain reaction)qPCR
RT-PCR / qPCR 결합 기술 (RT-PCR / qPCR combined technique)qRT-PCR



PCR은 DNA를 증폭하는 기술이지만, RNA는 직접 증폭할 수 없다. 따라서 RNA를 cDNA로 변환한 후 PCR을 수행하는 RT-PCR 방식을 사용한다. 예를 들어, 레트로바이러스처럼 RNA만 유전물질로 갖는 바이러스 감염을 확인하거나, 불안정한 mRNA 서열을 반영구적으로 보존하기 위해 RT-PCR을 사용한다.[58][59][60][61][62][63][64]

RT-PCR 산물의 정량화는 크게 종말점 RT-PCR과 실시간 RT-PCR 두 가지로 나눌 수 있다. 종말점 RT-PCR은 적은 수의 샘플에서 유전자 발현 변화를 측정하는 데 유용하며, 실시간 RT-PCR은 마이크로어레이 분석 결과나 전반적인 유전자 발현 변화를 검증하는 표준적인 방법이다.[76][77]

3. 1. 1단계 RT-PCR 대 2단계 RT-PCR

RT-PCR을 사용한 mRNA 정량화는 1단계 또는 2단계 반응으로 달성할 수 있다. 두 접근 방식의 차이점은 절차를 수행할 때 사용되는 튜브의 수에 있다. 2단계 반응은 역전사효소 반응과 PCR 증폭이 별도의 튜브에서 수행되어야 한다. 2단계 접근 방식의 단점은 시료를 더 자주 취급해야 하므로 오염에 취약하다는 것이다.[73]

반면에 cDNA 합성에서 PCR 증폭까지의 전체 반응은 1단계 방식으로 단일 튜브에서 발생한다. 1단계 접근법은 단일 환경에서 모든 효소 반응을 포함하여 실험적 변동을 최소화하는 것으로 생각된다. 노동 집약적이고 오염되기 쉬운 cDNA 생성물을 PCR 반응에 피펫으로 옮기는 단계를 제거한다. 최적화된 1단계 RT-PCR 조건이 있는 중합효소 증폭제인 억제제 내성 중합효소를 추가로 사용하면 전혈 및 혈청과 같은 미정제 또는 미정제 샘플에서 RNA의 역전사를 지원한다.[74][75]

그러나 시작 RNA 템플릿은 1단계 접근 방식에서 분해되기 쉬우므로 동일한 샘플에서 반복 분석이 필요한 경우 이 접근 방식을 사용하지 않는 것이 좋다. 또한 1단계 접근 방식은 2단계 접근 방식에 비해 정확도가 떨어지는 것으로 보고된다. SYBR Green과 같은 DNA 결합 염료를 사용할 때 선호되는 분석 방법인데, 프라이머-다이머 제거가 용융 온도를 간단히 변경하여 달성할 수 있기 때문이다. 그럼에도 불구하고, 1단계 방식은 바이오센싱에서 표적 RNA를 직접 신속하게 검출하기 위한 비교적 편리한 솔루션이다.

1단계 vs 2단계 RT-PCR

3. 2. 종말점 RT-PCR 대 실시간 RT-PCR

역전사 중합효소 연쇄 반응(RT-PCR) 산물의 정량화는 크게 종말점 RT-PCR과 실시간 RT-PCR의 두 가지로 나눌 수 있다.[76] 종말점 RT-PCR은 적은 수의 샘플에서 유전자 발현 변화를 측정하는 데 유용하지만, 실시간 RT-PCR은 어레이 분석 결과나 전반적인 유전자 발현 변화를 검증하는 표준적인 방법으로 자리 잡았다.[77]

종말점 RT-PCR은 에티듐 브로마이드와 같은 형광 염료를 사용하거나,[78][79] Phosphorimager를 이용해 PCR 산물에 P32를 표지하거나, 섬광 계수를 통해 유전자 발현 수준을 검출한다.[80] 종말점 RT-PCR은 일반적으로 상대적, 경쟁적, 비교적 방법으로 수행된다.[81][82]

실시간 RT-PCR은 새로운 형광 DNA 표지 기술의 발달로 널리 사용되고 있으며, 구체적인 형광 표지 기술은 하위 섹션에서 다룬다.

3. 2. 1. 실시간 RT-PCR의 형광 표지 기술

최근 몇 년 동안 새로운 형광 DNA 표지 기술이 등장하면서 실시간으로 PCR 산물을 분석하고 검출할 수 있게 되었고, 그 결과 유전자 발현 분석을 위해 실시간 RT-PCR이 널리 사용되게 되었다.[34] 실시간 RT-PCR은 이제 유전자 발현 정량화에 선호되는 방법일 뿐만 아니라, 어레이 분석 및 전반적인 규모의 유전자 발현 결과를 얻는 데에도 선호되는 방법이다.[35] 현재 PCR 산물의 실시간 RT-PCR 검출을 위해 네 가지 서로 다른 형광 DNA 프로브가 사용 가능하다: SYBR Green, TaqMan, 분자 비콘 및 전갈 프로브. 이 모든 프로브는 형광 신호를 생성하여 PCR 산물을 검출할 수 있게 해준다. SYBR Green 염료는 용액 내 이중 가닥 DNA에 결합하여 형광 신호를 방출하는 반면, TaqMan 프로브, 분자 비콘 및 전갈 프로브는 염료 분자와 올리고뉴클레오티드 기질의 억제제를 Förster 공명 에너지 전달(FRET)을 통해 결합하여 형광을 생성한다.[36]

; SYBR Green: SYBR Green이 PCR 산물의 이중 가닥 DNA에 결합하면 여기 시 빛을 방출한다. PCR 산물이 축적됨에 따라 형광 강도가 증가한다. 이 기술은 프로브 설계를 할 필요가 없으므로 사용하기 쉽다. 그러나 이 염료는 PCR 산물과 프라이머-다이머의 이중 가닥 DNA를 구별하지 않으므로 표적 농도를 과대 평가하는 문제가 흔히 발생한다. 정확한 정량이 절대적으로 필요한 경우 결과 검증을 위한 추가 검사를 수행해야 한다. 그럼에도 불구하고, 실시간 RT-PCR 산물 검출 방법 중 SYBR Green이 가장 경제적이고 사용하기 쉽다.[22][23]

; TaqMan 프로브: TaqMan 프로브는 5' 말단에 형광 프로브가 부착되고 3' 말단에 억제제가 부착된 올리고뉴클레오티드이다. PCR 증폭 과정에서 이 프로브들은 앰플리콘에 위치한 표적 서열에 하이브리드화되며, 중합 효소가 TaqMan이 결합된 템플릿을 복제함에 따라 중합 효소 5'- 뉴클레아제 활성으로 인해 형광 프로브를 절단한다. 억제 분자와 형광 프로브가 서로 가까이 위치하기 때문에 FRET을 통해 형광을 감지할 수 없지만, 절단으로 인해 프로브 절단 사이클 수에 비례하여 형광 강도가 증가한다. 잘 설계된 TaqMan 프로브는 정확한 실시간 RT-PCR 결과를 생성하지만, 분석할 각 mRNA 표적에 대해 별도의 프로브를 만들어야 하므로 합성하는 데 비용과 시간이 많이 소요된다.[22][16][37] 또한, 이 프로브는 빛에 민감하므로 분해를 방지하기 위해 조심스럽게 냉동 보관해야 한다.

Taqman probes


; 분자 비콘 프로브: TaqMan 프로브와 유사하게 분자 비콘도 형광 프로브가 5' 말단에 부착되고 억제제가 올리고뉴클레오티드 기질의 3' 말단에 부착된 FRET 검출을 사용한다. 그러나 TaqMan 형광 프로브가 증폭 과정에서 절단되는 반면, 분자 비콘 프로브는 각 반응 사이클에서 손상되지 않은 상태로 유지되며 새로운 표적에 다시 결합한다. 용액에 자유롭게 존재할 때, 형광 프로브와 억제 분자가 서로 가까이 위치하여 FRET을 통해 형광이 발생하지 않는다. 그러나 분자 비콘 프로브가 표적에 하이브리드화되면 형광 염료와 억제제가 분리되어 여기 시 빛을 방출한다. TaqMan 프로브와 마찬가지로 분자 비콘도 합성하는 데 비용이 많이 들고 각 RNA 표적에 대해 별도의 프로브가 필요하다.[19]

; 전갈 프로브: 전갈 프로브는 분자 비콘과 마찬가지로 비하이브리드 상태에서는 형광 활성이 없는데, 이는 5' 말단의 형광 프로브가 올리고뉴클레오티드의 3' 말단의 억제제에 의해 억제되기 때문이다. 그러나 전갈 프로브의 경우 3' 말단에는 5' 말단의 프라이머의 신장 산물에 상보적인 서열이 포함되어 있다. 전갈 프로브의 신장 부분이 앰플리콘의 상보적인 부분에 결합하면 전갈 구조가 열리고 FRET을 방지하며 형광 신호를 측정할 수 있게 한다.[38]

; 다중 프로브: TaqMan 프로브, 분자 비콘 및 전갈 프로브는 단일 튜브에서 PCR 산물을 동시에 측정할 수 있게 해준다. 이것은 각기 다른 형광 염료가 특정 방출 스펙트럼과 연관될 수 있기 때문에 가능하다. 다중 프로브의 사용은 시험 유틸리티를 손상시키지 않으면서 시간과 노력을 절약할 뿐만 아니라, 유전자 결손 분석, 돌연변이 및 다형성 분석, 정량 분석 및 RNA 검출과 같은 다양한 연구 분야에 적용되어 많은 분야의 연구실에서 매우 중요한 기술이 되었다.[38][39][40]

4. 원리

RT-PCR에서, RNA 주형은 먼저 역전사 효소 (RT)를 사용하여 상보적 DNA (cDNA)로 변환된다. 그런 다음 cDNA는 PCR을 사용하여 기하급수적인 증폭을 위한 주형으로 사용된다. RNA 전사체 검출에 RT-PCR을 사용하면 다음과 같은 중요한 방식으로 유전자 발현 연구에 혁명을 일으켰다.[70]


  • 이론적으로 거의 모든 유전자의 전사체를 검출하는 것이 가능하게 되었다.[16]
  • 샘플 증폭을 가능하게 하고, 노던 블롯 분석을 사용할 때 필요했던 풍부한 출발 물질의 필요성을 없앴다.[71][72]
  • 프라이머를 포함하는 RNA가 온전하다면 RNA 분해에 대한 내성을 제공했다.[71]


최근 몇 년 동안 새로운 형광 DNA 표지 기술이 등장하면서 실시간으로 PCR 산물을 분석하고 검출할 수 있게 되었고, 그 결과 유전자 발현 분석을 위해 실시간 RT-PCR이 널리 사용되게 되었다.[34] 실시간 RT-PCR은 이제 유전자 발현 정량화에 선호되는 방법일 뿐만 아니라, 어레이 분석 및 전반적인 규모의 유전자 발현 결과를 얻는 데에도 선호되는 방법이다.[35] 현재 PCR 산물의 실시간 RT-PCR 검출을 위해 네 가지 서로 다른 형광 DNA 프로브가 사용 가능하다: SYBR Green, TaqMan, 분자 비콘 및 전갈 프로브. 이 모든 프로브는 형광 신호를 생성하여 PCR 산물을 검출할 수 있게 해준다. SYBR Green 염료는 용액 내 이중 가닥 DNA에 결합하여 형광 신호를 방출하는 반면, TaqMan 프로브, 분자 비콘 및 전갈 프로브는 염료 분자와 올리고뉴클레오티드 기질의 억제제를 Förster 공명 에너지 전달(FRET)을 통해 결합하여 형광을 생성한다.[36]

; SYBR Green: SYBR Green이 PCR 산물의 이중 가닥 DNA에 결합하면 여기 시 빛을 방출한다. PCR 산물이 축적됨에 따라 형광 강도가 증가한다. 이 기술은 프로브 설계를 할 필요가 없으므로 사용하기 쉽다. 그러나 이 염료는 PCR 산물과 프라이머-다이머의 이중 가닥 DNA를 구별하지 않으므로 표적 농도를 과대 평가하는 문제가 흔히 발생한다. 정확한 정량이 절대적으로 필요한 경우 결과 검증을 위한 추가 검사를 수행해야 한다. 그럼에도 불구하고, 실시간 RT-PCR 산물 검출 방법 중 SYBR Green이 가장 경제적이고 사용하기 쉽다.[22][23]

; TaqMan 프로브: TaqMan 프로브는 5' 말단에 형광 프로브가 부착되고 3' 말단에 억제제가 부착된 올리고뉴클레오티드이다. PCR 증폭 과정에서 이 프로브들은 앰플리콘에 위치한 표적 서열에 하이브리드화되며, 중합 효소가 TaqMan이 결합된 템플릿을 복제함에 따라 중합 효소 5'- 뉴클레아제 활성으로 인해 형광 프로브를 절단한다. 억제 분자와 형광 프로브가 서로 가까이 위치하기 때문에 FRET을 통해 형광을 감지할 수 없지만, 절단으로 인해 프로브 절단 사이클 수에 비례하여 형광 강도가 증가한다. 잘 설계된 TaqMan 프로브는 정확한 실시간 RT-PCR 결과를 생성하지만, 분석할 각 mRNA 표적에 대해 별도의 프로브를 만들어야 하므로 합성하는 데 비용과 시간이 많이 소요된다.[22][16][37] 또한, 이 프로브는 빛에 민감하므로 분해를 방지하기 위해 조심스럽게 냉동 보관해야 한다.

; 분자 비콘 프로브: TaqMan 프로브와 유사하게 분자 비콘도 형광 프로브가 5' 말단에 부착되고 억제제가 올리고뉴클레오티드 기질의 3' 말단에 부착된 FRET 검출을 사용한다. 그러나 TaqMan 형광 프로브가 증폭 과정에서 절단되는 반면, 분자 비콘 프로브는 각 반응 사이클에서 손상되지 않은 상태로 유지되며 새로운 표적에 다시 결합한다. 용액에 자유롭게 존재할 때, 형광 프로브와 억제 분자가 서로 가까이 위치하여 FRET을 통해 형광이 발생하지 않는다. 그러나 분자 비콘 프로브가 표적에 하이브리드화되면 형광 염료와 억제제가 분리되어 여기 시 빛을 방출한다. TaqMan 프로브와 마찬가지로 분자 비콘도 합성하는 데 비용이 많이 들고 각 RNA 표적에 대해 별도의 프로브가 필요하다.[19]

; 전갈 프로브: 전갈 프로브는 분자 비콘과 마찬가지로 비하이브리드 상태에서는 형광 활성이 없는데, 이는 5' 말단의 형광 프로브가 올리고뉴클레오티드의 3' 말단의 억제제에 의해 억제되기 때문이다. 그러나 전갈 프로브의 경우 3' 말단에는 5' 말단의 프라이머의 신장 산물에 상보적인 서열이 포함되어 있다. 전갈 프로브의 신장 부분이 앰플리콘의 상보적인 부분에 결합하면 전갈 구조가 열리고 FRET을 방지하며 형광 신호를 측정할 수 있게 한다.[38]

; 다중 프로브: TaqMan 프로브, 분자 비콘 및 전갈 프로브는 단일 튜브에서 PCR 산물을 동시에 측정할 수 있게 해준다. 이것은 각기 다른 형광 염료가 특정 방출 스펙트럼과 연관될 수 있기 때문에 가능하다. 다중 프로브의 사용은 시험 유틸리티를 손상시키지 않으면서 시간과 노력을 절약할 뿐만 아니라, 유전자 결손 분석, 돌연변이 및 다형성 분석, 정량 분석 및 RNA 검출과 같은 다양한 연구 분야에 적용되어 많은 분야의 연구실에서 매우 중요한 기술이 되었다.[38][39][40]

실시간 RT-PCR으로 얻은 결과를 정량화하는 데 일반적으로 사용되는 두 가지 전략은 표준 곡선 방법과 비교 임계값 방법이다.[41]

PCR법은 주형이 되는 DNA에 프라이머를 부착하고, DNA 중합 효소에 의해 특정 프라이머 서열 사이에 끼워진 DNA를 특이적으로 검출한다. PCR법은 DNA 검출에 사용할 수 있지만, RNA 검출은 할 수 없다. 그래서 RNA를 역전사로 cDNA로 변환하고, 그 cDNA에 대해 PCR법을 수행한다.

예를 들어, 레트로바이러스 등 일부 바이러스는 RNA만 가지고 있다. 이러한 바이러스 감염을 증명하는 경우, RT-PCR법을 사용하게 된다. 세포 내에 존재하는 mRNA는 DNA에 비해 매우 불안정한 물질이며, -80℃에서 냉동 보존해도 반감기가 약 6개월이라고 한다. 따라서 반 영구적으로 mRNA 서열을 보존할 목적으로 RT-PCR을 사용하는 경우도 있다.

5. 실험 과정

역전사 중합효소 연쇄 반응(RT-PCR)은 RNA 주형을 먼저 역전사효소(RT)를 사용하여 상보적 DNA(cDNA)로 변환한 후, cDNA를 PCR을 사용하여 증폭하는 실험 방법이다. 이 방법은 유전자 발현 연구에 큰 영향을 끼쳤다.[74][75]

RT-PCR은 크게 원스텝 RT-PCR과 투스텝 RT-PCR의 두 가지 방식으로 수행될 수 있다. 각 방식의 특징은 다음과 같다.

구분설명
원스텝 RT-PCR (1단계 RT-PCR)역전사 반응과 PCR 증폭을 한 개의 튜브에서 수행한다. cDNA 합성부터 PCR 증폭까지 전체 반응이 단일 튜브에서 일어나므로 실험적 변동을 최소화하고 오염 가능성을 줄일 수 있다.
투스텝 RT-PCR (2단계 RT-PCR)역전사 반응과 PCR 증폭이 별도의 튜브에서 수행된다. 1단계 RT-PCR보다 민감도가 높지만, 시료 취급이 잦아 오염에 더 민감하다.



PCR 방법은 DNA 중합 효소를 이용하여 DNA를 검출할 수 있지만, RNA는 직접 검출할 수 없다. 따라서 RNA를 역전사하여 cDNA로 변환한 후 PCR을 수행해야 한다. 예를 들어, 레트로바이러스처럼 RNA만 유전 물질로 갖는 바이러스 감염을 증명하거나, 세포 내 mRNA 서열을 반영구적으로 보존하기 위해 RT-PCR을 사용한다.[50][51][52]

5. 1. 1단계 RT-PCR

1단계 RT-PCR(One-step RT-PCR)은 역전사효소 반응과 PCR 증폭을 한 개의 튜브에서 수행한다. cDNA 합성에서 PCR 증폭까지의 전체 반응이 단일 튜브에서 일어나기 때문에 실험적 변동을 최소화할 수 있다. 또한, cDNA 생성물을 PCR 반응에 옮기는 과정이 생략되어 오염 가능성을 줄인다.[74][75] 억제제 내성 중합효소를 사용하면 전혈, 혈청과 같은 미정제 샘플에서도 RNA 역전사를 지원할 수 있다.[74][75]

하지만, 1단계 접근 방식에서는 시작 RNA 템플릿이 분해되기 쉬워 반복 분석에는 적합하지 않다. 또한, 2단계 접근 방식에 비해 정확도가 낮다고 보고된다. 그럼에도 불구하고, 1단계 접근 방식은 바이오센싱에서 target RNA를 빠르고 간편하게 검출하는 데 유용하다.

1단계 RT-PCR은 mRNA 표적(최대 6kb)에 대해 하나의 시험관 내에서 역전사 반응과 PCR 증폭을 순차적으로 수행한다. 최상의 결과를 위해서는 손상되지 않은 고품질 RNA와 염기서열 특이적인 프라이머를 사용해야 한다.

역전사 효소, Taq DNA 중합 효소, 교정 중합 효소 혼합물을 포함하는 1단계 RT-PCR 키트를 선택하고 필요한 모든 재료와 장비를 갖춘 후 반응 혼합물을 준비한다. 반응 혼합물은 dNTP, 프라이머, 주형 RNA, 필요한 효소, 완충 용액을 포함한다. 반응 혼합물을 각 반응에 대한 PCR 튜브에 넣고, 주형 RNA를 첨가한다. 그 후 PCR 튜브를 열 사이클러에 넣고 사이클링을 시작한다. 첫 번째 사이클에서는 cDNA가 합성된다. 두 번째 사이클은 역전사 효소가 비활성화되는 초기 변성 단계이다. 나머지 40-50 사이클은 증폭 단계로, 변성, 어닐링, 신장을 포함한다. 증폭이 완료되면 RT-PCR 산물을 젤 전기 영동으로 분석할 수 있다.[50][51]

PCR법은 DNA를 검출할 수 있지만, RNA는 검출할 수 없다. 따라서 RNA를 역전사하여 cDNA로 변환한 후 PCR법을 수행한다. 예를 들어, 레트로바이러스와 같은 일부 바이러스는 RNA만 가지고 있으므로, 이러한 바이러스 감염을 증명하기 위해 RT-PCR법을 사용한다. 세포 내 mRNA는 DNA에 비해 매우 불안정하여 -80℃에서 냉동 보존해도 반감기가 약 6개월이므로, mRNA 서열을 반영구적으로 보존하기 위해 RT-PCR을 사용하기도 한다.

5. 2. 2단계 RT-PCR

2단계 RT-PCR은 역전사효소 반응과 PCR 증폭이 별도의 튜브에서 수행되는 방식이다.[73] 이 방식은 시료 취급이 잦아 오염에 더 민감하다는 단점이 있다.[73] 반면 1단계 RT-PCR은 cDNA 합성부터 PCR 증폭까지의 모든 반응이 하나의 튜브에서 진행된다.

2단계 RT-PCR은 이름처럼 두 단계로 진행된다. 첫 번째 단계는 역전사 반응이고, 두 번째 단계는 PCR 증폭이다. 이 방법은 1단계 RT-PCR보다 민감도가 높으며, 키트를 사용하여 실험을 진행할 수 있다. 2단계 RT-PCR에서도 최상의 결과를 얻으려면 온전하고 품질이 좋은 RNA를 사용해야 하며, 사용되는 프라이머는 서열 특이적일 필요가 없다.

PCR은 주형 DNA에 프라이머를 부착하고, DNA 중합 효소를 이용하여 특정 프라이머 서열 사이의 DNA를 검출하는 방법이다. PCR은 DNA 검출에는 사용 가능하지만, RNA는 직접 검출할 수 없다. 따라서 RNA를 역전사 과정을 통해 cDNA로 변환한 후 PCR을 수행해야 한다.

예를 들어 레트로바이러스와 같이 일부 바이러스는 RNA만을 유전 물질로 가진다. 이러한 바이러스 감염을 확인하기 위해 RT-PCR 방법을 사용한다. 세포 내 mRNA는 DNA에 비해 불안정하여 -80℃에서 냉동 보관해도 반감기가 약 6개월 정도이다. 따라서 mRNA 서열을 반영구적으로 보존하기 위해 RT-PCR을 사용하기도 한다.

5. 2. 1. 1단계: 역전사

먼저 주형 RNA, 프라이머, dNTP 혼합물, 그리고 무핵산분해효소수를 PCR 튜브에 혼합한다. 그 다음, RNase 억제제와 역전사 효소를 PCR 튜브에 첨가한다. 다음으로, PCR 튜브를 열 순환 장치에 넣고, 어닐링, 연장, 그리고 역전사 효소 비활성화가 일어나는 한 사이클을 진행한다. 마지막으로, 바로 2단계인 PCR을 진행하거나, PCR을 수행할 때까지 생성물을 얼음 위에 보관한다.

PCR법은 주형이 되는 DNA에 프라이머를 부착하고, DNA 중합 효소에 의해 특정 프라이머 서열 사이에 끼워진 DNA를 특이적으로 검출한다. PCR법은 DNA 검출에 사용할 수 있지만, RNA 검출은 할 수 없다. 그래서 RNA를 역전사로 cDNA로 변환하고, 그 cDNA에 대해 PCR법을 수행한다.

예를 들어, 레트로바이러스 등 일부 바이러스는 RNA만 가지고 있다. 이러한 바이러스 감염을 증명하는 경우, RT-PCR법을 사용하게 된다. 세포 내에 존재하는 mRNA는 DNA에 비해 매우 불안정한 물질이며, -80℃에서 냉동 보존해도 반감기가 약 6개월이라고 한다. 따라서 반영구적으로 mRNA 서열을 보존할 목적으로 RT-PCR을 사용하는 경우도 있다.

5. 2. 2. 2단계: PCR

각 PCR 튜브에 완충액, dNTP 혼합물, MgCl2, Taq 중합효소 및 무핵산 분해 효소수를 포함하는 마스터 믹스를 첨가한다. 그런 다음 튜브에 필요한 프라이머를 첨가한다. 다음으로, PCR 튜브를 증폭 프로그램의 30 사이클 동안 열 순환기에 넣는다. 여기에는 변성, 어닐링 및 신장이 포함된다. 역전사 중합효소 연쇄 반응(RT-PCR)의 산물은 젤 전기 영동으로 분석할 수 있다.[52]

PCR법은 주형이 되는 DNA에 프라이머를 부착하고, DNA 중합 효소에 의해 특정 프라이머 서열 사이에 끼워진 DNA를 특이적으로 검출한다. PCR법은 DNA 검출에 사용할 수 있지만, RNA 검출은 할 수 없다. 그래서 RNA를 역전사로 cDNA로 변환하고, 그 cDNA에 대해 PCR법을 수행한다.

예를 들어, 레트로바이러스 등 일부 바이러스는 RNA만 가지고 있다. 이러한 바이러스 감염을 증명하는 경우, RT-PCR법을 사용하게 된다. 세포 내에 존재하는 mRNA는 DNA에 비해 매우 불안정한 물질이며, -80℃에서 냉동 보존해도 반감기가 약 6개월이라고 한다. 따라서 반영구적으로 mRNA 서열을 보존할 목적으로 RT-PCR을 사용하는 경우도 있다.

6. 응용

역전사 중합효소 연쇄 반응(RT-PCR)은 단순성, 특이성, 감도로 인해 광범위한 응용 분야에 사용된다. 와인의 효모 세포 정량화와 같은 간단한 실험부터 조류 독감 바이러스 및 SARS, COVID-19[68][69]와 같은 감염원을 검출하기 위한 진단 도구로서의 복잡한 용도까지 활용된다. 매우 낮은 복제수의 RNA 분자를 감지할 수 있는 고도로 민감한 기술을 제공하여 유전 질환 진단에 널리 사용되며, 유전자 발현의 척도로서 세포 또는 조직 내의 특정 RNA 분자의 풍부도를 반정량적으로 결정하는 데 사용된다.

RT-PCR은 유전자 발현 측정 연구에 흔히 사용된다. 예를 들어, 린(Lin) 등은 효모 세포에서 Gal 유전자의 발현을 측정하기 위해 qRT-PCR을 사용했다. 연구자들은 조절 단백질의 변이가 Gal 발현을 감소시킨다는 것을 밝혀냈다.[42] 노던 블롯 분석은 RNA의 유전자 발현을 더 자세히 연구하는 데 사용된다.

RT-PCR은 진핵생물 유전자를 원핵생물에 삽입하는 데 매우 유용하다. 대부분의 진핵생물 유전자는 인트론을 포함하고 있으므로, RT-PCR 반응에서 생성된 cDNA는 전사 후 직접 단백질로 번역될 정확한 DNA 서열이다. 단백질 생산 또는 정제를 위해 이러한 유전자가 원핵 세포에서 발현될 때, 전사로부터 직접 생성된 RNA는 엑손만 포함하므로 스플라이싱을 거칠 필요가 없다.

RT-PCR은 레쉬-니한 증후군과 같은 유전 질환 진단에 사용될 수 있다. 임신한 산모와 태아의 HPRT1 mRNA 발현 수준을 분석하면 산모가 보인자인지, 태아가 레쉬-니한 증후군을 앓을 가능성이 있는지 알 수 있다.[43]

과학자들은 예후 개선 및 치료 반응 모니터링을 돕기 위해 RT-PCR을 감지에 사용하는 방법을 연구하고 있다. 순환 종양 세포는 암 유형에 따라 고유한 mRNA 전사체를 생성한다. 목표는 어떤 mRNA 전사체가 특정 암 세포 유형에 가장 적합한 바이오마커로 작용하는지 결정한 다음 RT-PCR로 발현 수준을 분석하는 것이다.[44]

RT-PCR은 인플루엔자 A 바이러스, HIV와 같은 레트로바이러스, SARS-CoV-2와 같이 RNA로 게놈이 구성된 바이러스의 게놈 연구에 일반적으로 사용된다.[45] PCR법은 DNA 검출에 사용할 수 있지만, RNA 검출은 할 수 없다. 그래서 RNA를 역전사로 cDNA로 변환하고, 그 cDNA에 대해 PCR법을 수행한다.

레트로바이러스 등 일부 바이러스는 RNA만 가지고 있다. 이러한 바이러스 감염을 증명하는 경우, RT-PCR법을 사용하게 된다. 세포 내에 존재하는 mRNA는 DNA에 비해 매우 불안정하므로, 반영구적으로 mRNA 서열을 보존할 목적으로 RT-PCR을 사용하는 경우도 있다.

7. 한계 및 과제

RT-PCR은 주요 장점에도 불구하고 단점이 있다. PCR의 여러 사이클 동안 역전사된 보완 DNA(cDNA)의 기하급수적인 증가는 선형성을 유지하기 어렵기 때문에 부정확한 최종 정량 결과를 초래한다.[46] 샘플 내 RNA 함량의 정확한 검출 및 정량을 제공하기 위해, PCR의 각 사이클 동안 증폭 산물을 모니터링하기 위해 형광 기반 수정 방식을 사용하는 qRT-PCR이 개발되었다. 이 기술의 극심한 민감성은 미세한 DNA 오염조차도 원치 않는 결과를 초래할 수 있다는 점에서 양날의 검이 될 수 있다.[47] 위양성 결과를 제거하는 간단한 방법은 유전자 특이적 프라이머의 5' 영역에 앵커, 즉 태그를 포함시키는 것이다.[48] 또한, 템플릿 농도 및 증폭 효율을 포함한 수많은 변동 요인이 존재하기 때문에 정량 연구의 계획 및 설계는 기술적으로 어려울 수 있다.[49] 대조군으로는 샘플에 알려진 양의 RNA를 스파이킹하고, 표준 곡선을 생성하는 일련의 RNA 희석액을 추가하고, 템플릿 복사본이 없는 샘플(cDNA 없음)을 추가하는 방법이 사용될 수 있다.

8. 출판 가이드라인

학계 과학자들의 국제 컨소시엄은 정량적 실시간 PCR 실험 출판을 위한 최소 정보(MIQE, 마이키로 발음) 가이드라인을 발표했다. MIQE 가이드라인은 더 나은 실험 관행을 장려하고 정량적 PCR 데이터의 관련성, 정확성, 정확한 해석 및 재현성을 보장하기 위해 출판에 요구되어야 하는 정량적 PCR 실험 평가에 필요한 최소 정보를 설명한다.[55]

MIQE는 혼란을 피하기 위해 정량적 PCR과 관련된 명칭을 표준화할 필요성을 강조한다. 예를 들어, 'qPCR'는 정량적 실시간 PCR에 사용해야 하며, 'RT-qPCR'는 역전사-qPCR에 사용해야 하고, 정규화에 사용되는 유전자는 '하우스키핑 유전자' 대신 '참조 유전자'라고 불러야 한다. 또한, 'TaqMan 프로브'와 같은 상업적으로 파생된 용어는 사용하지 말고, 대신 '가수분해 프로브'로 지칭할 것을 제안한다. 실시간 기기의 다른 제조업체에서 만들어진 임계 사이클 (Ct), 교차점 (Cp), 테이크오프 포인트 (TOP)는 동일한 값을 지칭하지만, 정량화에 사용된 PCR 사이클을 설명하기 위해 정량 사이클 (Cq)을 사용할 것을 제안한다.[53]

이 가이드라인은 실험 설계, 시료, 핵산 추출, 역전사, qPCR 표적 정보, 올리고뉴클레오티드, 프로토콜, 검증, 데이터 분석과 같은 요소로 구성된다. 각 요소 내의 특정 항목은 E (필수) 또는 D (권장) 레이블을 갖는다. E로 표시된 항목은 중요하고 필수적인 것으로 간주되는 반면, D로 표시된 항목은 부수적이지만 최상의 관행을 위해 중요하다.[55]

9. 최신 연구 동향

2023년, 연구자들은 3분 안에 SARS-CoV-2 검사 결과를 제공하는 RT-LAMP 랩온어칩 시스템의 작동 프로토타입을 개발했다. 이 기술은 인쇄 회로 기판에 미세 유체 채널을 통합하여 저비용 대량 생산을 가능하게 할 수 있다.[56][57]

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