V(D)J 유전자 재조합
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1. 개요
V(D)J 유전자 재조합은 1970년대에 처음 제시되었으며, 면역글로불린과 T 세포 수용체의 유전적 다양성을 생성하는 과정이다. 이 과정은 V(가변), D(다양성), J(접합) 유전자 분절의 조합을 통해 항체와 T 세포 수용체의 가변 부위를 형성한다. DNA 재배열을 통해 림프구는 방대한 종류의 항체를 생성하며, T 세포 수용체는 T 세포에 고유한 항원 수용체를 제공한다. V(D)J 재조합은 RAG1/2 효소, TdT, 아르테미스, NHEJ 경로 구성 요소 등 다양한 효소와 단백질의 작용으로 이루어진다. 이 과정은 새로운 항원에 대한 면역 반응을 가능하게 하지만, DNA 서열이 개방형 리딩 프레임 내에 있어야 하며, 엄격하게 규제된다.
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V(D)J 유전자 재조합 | |
---|---|
개요 | |
유형 | 유전자 재조합 |
위치 | B 세포, T 세포 |
목적 | 면역글로불린 및 T 세포 수용체 유전자의 다양성 생성 |
관련 질병 | SCID (중증 복합 면역 결핍증), Omenn 증후군 |
세부 사항 | |
관여 유전자 | RAG1, RAG2, TdT, DNA 리가아제 IV, XRCC4, Artemis |
과정 | RSS (재조합 신호 서열)의 인식, DNA 절단 및 접합 |
결과 | 면역글로불린 및 T 세포 수용체의 다양한 가변 영역 |
기타 | |
발견 | 스가무 도네가와 |
노벨 생리학·의학상 | 1987년 |
2. 면역글로불린과 T 세포 수용체의 유전적 구성
인간의 항체 분자(및 B 세포 수용체)는 세 개의 유전자좌 유전자로 암호화되는 불변(C) 부위와 가변(V) 부위의 중쇄(H 사슬) 및 경쇄(L 사슬)로 구성된다. 각 중쇄 및 경쇄 유전자는 V(가변), D(다양성), J(결합) 세 종류의 유전자 단편의 조합으로 만들어져 항체 단백질의 다양한 부위를 생성한다.
DNA 재구성은 림프구에서 유전자 단편을 복사하여 약 3×1011 종류의 항체를 만들 수 있지만, 일부는 자기 반응성으로 인해 제거된다.
면역글로불린 경쇄 유전자좌의 카파(κ) 사슬과 람다(λ) 사슬은 매우 유사한 방식으로 재배열되지만, 경쇄에는 D 세그먼트가 없다. 즉, 경쇄의 재조합 첫 번째 단계는 V 및 J 사슬을 연결하여 VJ 복합체를 형성하는 것이며, 이후 기본 전사 과정에서 상수 사슬 유전자가 추가된다. 카파 사슬 또는 람다 사슬에 대한 스플라이싱된 mRNA의 번역은 Ig κ 또는 Ig λ 경쇄 단백질을 형성한다. Ig μ 중쇄와 경쇄 중 하나의 조립은 미성숙 B 세포 표면에 발현되는 막 결합 형태의 면역글로불린 IgM을 형성한다.
자가면역 반응은 자가면역 조절자(AIRE)의 기능을 통해 발현된 자가 항원의 배열에 대해 세포를 검사함으로써 흉선에서 자가 반응하는 세포를 제거하여 예방된다. 세포는 자가 반응하지 않는 성공적인 산물을 생성하는 경우 유지되며, 그렇지 않으면 세포자멸사를 통해 제거된다.
2. 1. 면역글로불린 유전자
인간 항체 분자는 중쇄와 경쇄로 구성되며, 각 사슬은 '불변'(C) 영역과 '가변'(V) 영역을 모두 포함한다. 이러한 영역은 다음 세 개의 유전자 위치에 유전적으로 암호화되어 있다.[2]각 중쇄 또는 경쇄 유전자에는 항체 단백질의 가변 영역에 대한 세 가지 다른 유형의 유전자 분절이 여러 복사본으로 포함되어 있다. 예를 들어, 인간 면역글로불린 중쇄 영역에는 44개의 가변(V) 유전자 분절, 27개의 다양성(D) 유전자 분절, 6개의 접합(J) 유전자 분절, 그리고 2개의 불변(Cμ 및 Cδ) 유전자 분절이 포함되어 있다.[2] 경쇄 유전자는 단일 (Cκ) 또는 4개 (Cλ)의 불변 유전자 분절과 수많은 V 및 J 유전자 분절을 가지고 있지만 D 유전자 분절은 없다.[3]
2. 2. T 세포 수용체 유전자
대부분의 T 세포 수용체는 가변 알파 사슬과 베타 사슬로 구성된다. T 세포 수용체 유전자는 면역글로불린 유전자와 유사하며, 베타 사슬에는 여러 개의 V, D 및 J 유전자 분절이 포함되어 있고 알파 사슬에는 V 및 J 유전자 분절이 포함되어 있어 림프구 발달 과정에서 재배열되어 해당 세포에 고유한 항원 수용체를 제공한다.[3] 이러한 의미에서 T 세포 수용체는 항체의 항원 결합 단편과 위상학적으로 동일하며, 둘 다 면역글로불린 슈퍼패밀리에 속한다.흉선 세포 발달 동안, T 세포 수용체 (TCR) 사슬은 면역글로불린에서 설명된 것과 본질적으로 동일한 일련의 정돈된 재조합 사건을 겪는다. D-to-J 재조합은 TCR의 β-사슬에서 먼저 발생한다. 이 과정은 Dβ1 유전자 분절이 6개의 Jβ1 분절 중 하나에 결합하거나 Dβ2 유전자 분절이 6개의 Jβ2 분절 중 하나에 결합하는 것을 포함할 수 있다.[3] DJ 재조합 후 Vβ-to-DβJβ 재배열이 일어난다. 새로 형성된 복합체에서 Vβ-Dβ-Jβ 유전자 분절 사이의 모든 유전자 분절은 삭제되고, 상수 도메인 유전자(Vβ-Dβ-Jβ-Cβ)를 통합하는 1차 전사체가 합성된다. mRNA 전사는 모든 중간 서열을 잘라내고 TCR β-사슬에 대한 전체 길이 단백질의 번역을 허용한다.
TCR의 알파(α) 사슬의 재배열은 β 사슬 재배열에 따라 진행되며, Ig 경쇄에 대해 설명된 V-to-J 재배열과 유사하다. β- 및 α-사슬의 조립은 다수의 T 세포에서 발현되는 αβ-TCR을 형성하는 결과를 낳는다.
3. V(D)J 재조합 과정
V(D)J 재조합은 B 세포와 T 세포 발달 과정에서 일어나며, 항체와 T 세포 수용체(TCR)의 다양성을 만드는 핵심 기전이다.
3. 1. 중쇄 재조합
B 세포 발달 과정에서 가장 먼저 일어나는 재조합은 중쇄 유전자 자리에서 D 유전자 분절 하나와 J 유전자 분절 하나 사이에서 일어난다. 이 두 유전자 분절 사이의 모든 DNA는 삭제된다. 이 D-J 재조합 후에는 새로 형성된 DJ 복합체의 상류 영역에서 V 유전자 분절 하나가 결합하여 재배열된 VDJ 유전자 분절을 형성한다. V와 D 분절 사이의 다른 모든 유전자 분절은 세포의 게놈에서 삭제된다. 중쇄의 VDJ 영역과 불변 영역 ''μ'' 사슬 및 ''δ'' 사슬(Cμ 및 Cδ)을 모두 포함하는 1차 전사체(스플라이싱되지 않은 RNA)가 생성된다. (즉, 1차 전사체는 V-D-J-Cμ-Cδ 분절을 포함한다). 1차 RNA는 Cμ 사슬 뒤에 폴리아데닐화(poly-A) 꼬리를 추가하고 VDJ 분절과 이 불변 유전자 분절 사이의 서열을 제거하기 위해 가공된다. 이 mRNA의 번역은 IgM 중쇄 단백질의 생산으로 이어진다.3. 2. 경쇄 재조합
면역글로불린 경쇄 유전자좌의 카파(κ) 사슬과 람다(λ) 사슬은 매우 유사한 방식으로 재배열되지만, 경쇄에는 D 세그먼트가 없다는 점이 다르다.[1] 즉, 경쇄의 재조합 첫 번째 단계는 V 및 J 사슬을 연결하여 VJ 복합체를 형성하는 것이며, 이후 기본 전사 과정에서 상수 사슬 유전자가 추가된다.[1] V-J 재조합이라고도 한다. 카파 사슬 또는 람다 사슬에 대한 스플라이싱된 mRNA의 번역은 Ig κ 또는 Ig λ 경쇄 단백질을 형성한다.[1]Ig μ 중쇄와 경쇄 중 하나의 조립은 미성숙 B 세포 표면에 발현되는 막 결합 형태의 면역글로불린 IgM을 형성한다.[2]
3. 3. T 세포 수용체 재조합
흉선 세포 발달 과정에서, T 세포 수용체(TCR) 사슬은 면역글로불린에서 설명된 것과 기본적으로 동일한 순서로 재조합된다. TCR β 사슬에서는 D-to-J 재조합이 먼저 일어난다. 이 과정은 Dβ1 유전자 분절이 6개의 Jβ1 분절 중 하나에 결합하거나, Dβ2 유전자 분절이 6개의 Jβ2 분절 중 하나에 결합하는 것을 포함한다.[3] 이후 Vβ-to-DβJβ 재배열이 일어난다. 새로 형성된 복합체에서 Vβ-Dβ-Jβ 유전자 분절 사이의 모든 유전자 분절은 삭제되고, 상수 도메인 유전자(Vβ-Dβ-Jβ-Cβ)를 통합하는 1차 전사체가 합성된다. mRNA 전사는 모든 중간 서열을 잘라내고 TCR β 사슬에 대한 전체 길이 단백질의 번역을 가능하게 한다.TCR α(알파) 사슬의 재배열은 β 사슬 재배열에 뒤이어 일어나며, 면역글로불린 경쇄에서 설명된 V-to-J 재배열과 유사하다. β 사슬과 α 사슬의 조립은 다수의 T 세포에서 발현되는 αβ-TCR을 형성한다.
4. V(D)J 재조합 기전
V(D)J 재조합은 여러 효소와 단백질 복합체에 의해 정밀하게 조절되는 복잡한 과정이다. 이 과정은 크게 다음과 같은 단계로 나눌 수 있다.
1. DNA 절단: 재조합 활성화 유전자 1 및 2(RAG) 복합체는 V, D, J 유전자 분절 옆에 위치한 재조합 신호 서열(RSS)을 인식하고 결합한다. RSS는 헵타머(7개 염기쌍), 스페이서(12개 또는 23개 염기쌍), 노나머(9개 염기쌍)로 구성되며, 스페이서 길이에 따라 12-RSS와 23-RSS로 구분된다. RAG는 RSS와 코딩 분절 사이의 DNA를 절단하여 줄기 고리 구조를 가진 코딩 말단과 뭉툭한 신호 말단을 생성한다.[10] 신호 말단은 함께 연결되어 신호 접합부를 형성하며, 이 조각은 세포 분열 과정에서 소실되거나 게놈에 다시 들어가 질병을 유발할 수 있다.
2. 코딩 말단 가공: 절단된 코딩 말단은 DNA 의존성 단백질 키나아제(DNA-PK) 복합체에 의해 추가적으로 가공된다. DNA-PK는 아르테미스를 활성화시켜 코딩 말단의 헤어핀 구조를 절단한다.[17] 이 과정에서 회문(P) 뉴클레오티드가 생성될 수 있다.[18] 말단 데옥시뉴클레오티딜 전이효소(TdT)는 코딩 말단에 비주형(N) 뉴클레오티드를 무작위로 추가한다.[19] 엑소뉴클레아제는 코딩 말단에서 염기를 제거할 수 있으며, DNA 중합효소 λ 및 μ는 필요한 경우 뉴클레오티드를 추가하여 결합을 돕는다.
3. 코딩 말단 연결: 가공된 코딩 말단은 DNA 리가아제 IV에 의해 연결되어 최종적인 재조합 유전자를 형성한다.[21]
이러한 과정을 통해 생성된 다양한 유전자 재조합 산물은 항체와 T 세포 수용체의 다양성을 크게 증가시켜 다양한 항원에 대한 면역 반응을 가능하게 한다. 그러나 V(D)J 재조합은 엄격하게 조절되는 과정이며, 유전자 서열이 개방형 리딩 프레임을 벗어나면 세포 발달이 중단될 수 있다.
4. 1. 핵심 효소 및 구성 요소
재조합 활성화 유전자 1 및 2(RAG)는 재조합 신호 서열(RSS)을 인식하여 DNA를 자르는 핵심 효소이다.[4] 말단 데옥시뉴클레오티딜 전이효소(TdT)는 유전자 분절 말단에 비주형 뉴클레오티드(N 뉴클레오티드)를 추가하여 접합 다양성을 높인다.[4] 아르테미스 뉴클레아제는 DNA 말단 가공 및 헤어핀 구조 절단에 관여한다.[4]V(D)J 재조합에는 DNA 복구에 관여하는 비상동 말단 연결(NHEJ) 경로의 구성 요소도 필수적이다. 여기에는 DNA 의존성 단백질 키나아제(DNA-PK), X-선 복구 상호 보완 단백질 4(XRCC4), DNA 리가아제 IV, 비상동 말단 연결 인자 1(NHEJ1; Cernunnos 또는 XRCC4 유사 인자 [XLF]라고도 함) 등이 포함된다.[5] DNA 중합효소 λ 및 μ는 유전자 분절 접합 과정에서 뉴클레오티드를 추가하거나 제거하여 다양성을 증가시킨다.[5]
RAG, TdT와 같은 일부 효소는 림프구에 특이적으로 발현되는 반면, NHEJ 구성 요소와 같이 다른 세포 유형에서도 발견되거나 보편적으로 존재하는 효소도 있다.[4]
4. 2. 재조합 신호 서열(RSS, Recombination Signal Sequence)
V(D)J 재조합 효소는 재조합 활성화 유전자(RAG) 등을 포함하며, 가변(V), 다양성(D), 결합(J) 유전자 분절을 둘러싼 재조합 신호 서열(RSS)을 인식하고 결합하여 재조합의 특이성을 유지한다.[6] RSS는 다음의 3가지 요소로 구성된다.- 보존된 7개의 뉴클레오티드로 이루어진 헵타머
- 12개 또는 23개의 염기쌍 길이의 스페이서 영역
- 보존된 9개의 뉴클레오티드로 이루어진 노나머
대부분의 RSS는 서열이 다르지만, 컨센서스 헵타머 및 노나머 서열은 각각 CACAGTG 및 ACAAAAACC이며, 스페이서 영역의 서열은 잘 보존되지 않지만 길이는 매우 잘 보존되어 있다.[6][7] 스페이서 영역의 길이는 DNA 이중 나선의 약 1 회전(12 염기쌍) 또는 2 회전(23 염기쌍)에 해당한다. 12/23 규칙에 따라, 재조합될 유전자 분절은 일반적으로 서로 다른 스페이서 길이를 가진 RSS에 인접한다(즉, 하나는 "12RSS"를 가지고 다른 하나는 "23RSS"를 가진다).[8] 이것은 V(D)J 재조합 조절에 중요한 특징이다.[9]
4. 3. 재조합 과정
V(D)J 재조합은 V(D)J 재조합효소(RAG1의 활성을 통해)가 코딩 유전자 분절(V, D, 또는 J) 옆에 있는 RSS에 결합하면서 시작된다. 이때 RSS의 첫 번째 염기(헵타머 바로 앞)와 코딩 분절 사이 DNA에 단일 가닥 절단이 생긴다. 이 과정은 에너지 중립적이며(ATP 가수분해 불필요), 같은 가닥에 자유로운 3' 수산기와 5' 인산기가 형성된다. 반응성 수산기는 재조합효소에 의해 반대 가닥의 인산 디에스터 결합을 공격하도록 위치하여, 코딩 분절의 줄기 고리와 신호 분절의 끈적한 말단과 뭉툭한 말단이라는 두 DNA 말단을 형성한다.[10] DNA 절단과 헤어핀 형성은 ''재조합 중심'' 복합체에서 양쪽 가닥에서 거의 동시에 발생한다.[11][12][13][14]뭉툭한 신호 말단은 함께 정렬되어 신호 접합부로 알려진 원형 DNA 조각을 형성한다. 이 조각은 코딩 분절 사이의 모든 개입 서열을 포함하며, 본질적으로 원형이지만 플라스미드와 혼동해서는 안 된다. 처음에는 세포 분열 동안 손실되는 것으로 생각되었지만, 신호 접합부가 게놈에 다시 들어가 암유전자를 활성화하거나 종양 억제 유전자 기능을 방해하여 병을 유발할 수 있다는 증거가 있다.
코딩 말단은 접합 다양성을 유발하는 여러 사건을 통해 접합 전에 추가로 처리된다.[15] DNA-PK가 각 절단된 DNA 말단에 결합하여 아르테미스, XRCC4, DNA 연결효소 IV, 세르눈노스 및 여러 DNA 중합효소를 포함한 여러 단백질을 모집한다.[16] DNA-PK는 자가인산화로 이어지는 복합체를 형성하여 아르테미스를 활성화시킨다. 코딩 말단 헤어핀은 아르테미스에 의해 열린다.[17] 중앙에서 열리면 뭉툭한 DNA 말단이 생성되지만, 개방이 "중심에서 벗어나" 한 가닥에 여분의 염기가 남는 경우(오버행)도 있다. 이들은 DNA 수리 효소가 오버행을 해결할 때 생성되는 회문 서열의 회문 특성 때문에 회문(P) 뉴클레오티드로 알려져 있다.[18] 아르테미스에 의한 헤어핀 개방은 V(D)J 재조합의 중요한 단계이며, 중증 복합 면역 결핍(scid) 마우스 모델에서 결함이 있다.
다음으로 XRCC4, 세르눈노스 및 DNA-PK는 DNA 말단을 정렬하고, 주형 독립적 DNA 중합효소인 말단 데옥시뉴클레오티딜 트랜스퍼라제(TdT)를 모집하여 코딩 말단에 비주형(N) 뉴클레오티드를 추가한다. 첨가는 대부분 무작위적이지만, TdT는 G/C 뉴클레오티드에 대한 선호도를 보인다.[19] TdT는 다른 DNA 중합효소와 마찬가지로 5'에서 3' 방향으로 한 가닥에 뉴클레오티드를 추가한다.[20]
마지막으로, 엑소뉴클레아제는 코딩 말단에서 염기를 제거할 수 있다(P 또는 N 뉴클레오티드 포함). DNA 중합효소 λ 및 μ는 결합에 호환되도록 필요한 경우 추가 뉴클레오티드를 삽입한다. 이 과정은 확률적이므로 P 및 N 뉴클레오티드의 첨가와 엑소뉴클레아제 제거의 모든 조합이 발생할 수 있다(또는 전혀 발생하지 않음). 마지막으로, 처리된 코딩 말단은 DNA 연결효소 IV에 의해 함께 연결된다.[21]
이러한 모든 처리 사건은 동일한 유전자 분절이 재조합될 때조차 매우 가변적인 항원 결합 부위를 초래한다. V(D)J 재조합은 이전에 접하지 못했던 항원에 대한 면역글로불린과 T 세포 수용체 생성을 가능하게 하여, 새롭게 개발되거나 자주 변하는 병원체(예: 계절성 인플루엔자)에 대한 적응 면역 반응을 돕는다. 그러나 이 과정에서 최종 단백질 산물의 올바른 아미노산 서열을 유지하려면 DNA 서열이 개방형 리딩 프레임 내에 있어야 한다. 서열이 프레임 밖이면 세포 발달이 중단되고 성숙할 때까지 살아남지 못한다. 따라서 V(D)J 재조합은 매우 비용이 많이 드는 과정이므로 엄격하게 규제되고 제어된다.
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