세균 문

1. 개요

세균 문은 세균 분류의 주요 계통 분류 단위이다. 2023년 12월 이전에 유효하게 출판된 모든 간행물과 대부분의 추가 제안을 포함하는 세균 문의 목록은 doi:10.1099/ijsem.0.006508에서 확인할 수 있다. 세균 문은 주요 세균 분류를 나타내며, 후보 문, 상위 그룹, 그리고 역사적 분류와 분자 계통 발생학, 환경 유전체학의 발전에 따른 분류 변화를 포함한다.

2. 세균 문의 목록

wikitext
현재 정식으로 출판된 세균 문의 목록은 doi:10.1099/ijsem.0.006508에서 확인할 수 있다. 이 목록에는 2023년 12월 이전에 원핵생물 규약에 따라 유효하게 출판된 모든 간행물과 대부분의 추가 제안이 포함되어 있다. 아래 표는 유효하게 출판되었던 세균 문들의 목록이다.

{| class="wikitable sortable"
|+
!문
!다른 이름
!그룹
!배양된 대표 종
!비고
|-
|10bav-F6
|
|
|아니요
|
|-
|"아바와카박테리아"
|RIF46
|CPR; Gracilibacteria^영어-related CPR
|아니요
|
|-
|"압디티박테리오타"
|FBP
|
|예
|
|-
|"압스콘디타박테리아"
|SR1
|CPR; Gracilibacteria^영어-related CPR
|아니요
|
|-
|ABY1
|OD1-ABY1
|CPR; Parcubacteria^영어
|아니요
|
|-
|"바이폴라리카울로타"
|OP1, "Acetothermia"
|
|
|
|-
|아시도박테리오타
|"Acidobacteria"
|
|예
|
|-
|방선균문
|"Actinobacteria"
|Terrabacteria^영어
|예
|
|-
|"아들러박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 4
|아니요
|
|-
|"에어로포보타" / "에어로포베테스"
|CD12, BHI80-139
|
|
|
|-
|"아메스박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Microgenomates^영어
|아니요
|
|-
|"안데르센박테리아"
|RIF9
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 4-related
|아니요
|
|-
|아르마티모나도타
|"Armatimonadetes", OP10
|Terrabacteria^영어
|예
|
|-
|"아미니센탄테스"
|OP8
|
|
|
|-
|AncK6
|
|
|
|
|-
|Apal-E12
|
|
|
|
|-
|아트리박테리오타
|OP9, JS1
|
|아니요
|
|-
|아쿠이피코타
|"Aquificae"
|
|
|
|-
|"아잠박테리아" i
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Parcubacteria^영어; unclassified Parcubacteria^영어
|아니요
|Anantharaman 외...에 의해 분리됨
|-
|"아잠박테리아" ii
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Parcubacteria^영어; unclassified Parcubacteria^영어
|아니요
|...(2016년 10월) 다계통성으로
|-
|세균문
|"Bacteroidetes"
|FCB 그룹
|예
|
|-
|발네올로타
|
|
|예
|
|-
|별모양세균문
|
|
|
|
|-
|"벡위스박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Microgenomates^영어
|아니요
|
|-
|"베르켈박테리아"
|ACD58
|CPR; Saccharibacteria^영어-related CPR
|아니요
|
|-
|BHI80-139
|
|
|
|
|-
|"블랙번박테리아"
|RIF35
|CPR; Microgenomates^영어
|아니요
|
|-
|"브레너박테리아"
|RIF18
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 3
|아니요
|
|-
|"브라운박테리아"
|
|CPR; Parcubacteria^영어; unclassified Parcubacteria^영어
|아니요
|
|-
|"부캐넌박테리아"
|RIF37
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 1
|아니요
|
|-
|칼디세리코타
|OP5, "Caldiserica"
|FCB 그룹
|예
|
|-
|칼디트리코타
|
|FCB 그룹
|
|
|-
|"칼레스카만테스"
|EM19
|
|
|
|-
|"캠벨박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 4
|아니요
|다계통으로 보임: 두 개의 분류군
|-
|캄필로박터문
|
|
|
|
|-
|클라미디아문
|"Chlamydiae"
|PVC 그룹
|
|
|-
|클로로비문
|"Chlorobi"
|FCB 그룹
|
|
|-
|클로로플렉수스문
|"Chloroflexi"
|"Terrabacteria^영어"
|
|
|-
|치숄름박테리아
|RIF36
|CPR; "Microgenomates^영어"
|아니요
|
|-
|크리시오제노타
|"Chrysiogenetes"
|
|
|
|-
|"클로아키모네테스"
|WWE1
|FCB 그룹
|
|
|-
|"코아테스박테리아"
|RIF8
|
|아니요
|
|-
|"콜리어박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Microgenomates^영어
|아니요
|
|-
|"콜웰박테리아"
|RIF41
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 3
|아니요
|
|-
|코프로써모박테리오타
|
|
|
|
|-
|"커티스박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Microgenomates^영어
|아니요
|
|-
|CPR-1
|
|CPR
|아니요
|
|-
|CPR-3
|
|CPR
|아니요
|
|-
|"시아노박테리아"
|
|Terrabacteria^영어
|
|
|-
|"다다박테리아"
|
|
|아니요
|
|-
|"데이비스박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Microgenomates^영어
|아니요
|
|-
|"델피박테리아"
|
|FCB 그룹
|아니요
|
|-
|"델롱박테리아"
|RIF26, H-178
|
|아니요
|
|-
|데페리박테리오타
|Deferribacteres
|
|
|
|-
|데이너코쿠스문
|Deinococcus–Thermus
|Terrabacteria^영어
|
|
|-
|"데펜덴티아이"
|TM6
|
|
|
|-
|딕티오글로마문
|Dictyoglomi
|
|
|
|-
|"도이카박테리아"
|WS6
|CPR; Microgenomates^영어-related CPR
|
|
|-
|"도르미박테리에오타"
|AD3
|
|아니요
|
|-
|"도우드나박테리아"
|SM2F11
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 1-related
|아니요
|
|-
|"에드워드박테리아"
|RIF29, UBP-2
|
|아니요
|
|-
|"아이젠박테리아"
|RIF28
|FCB 그룹
|아니요
|
|-
|엘루시미크로비오타
|Elusimicrobia, OP7, Termite Group 1 (TG1)
|
|예
|
|-
|"에레미오박테리에오타"
|WPS-2, Palusbacterota
|
|아니요
|
|-
|"팔코우박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 1
|아니요
|
|-
|"페르멘티박테리아"
|Hyd24-12
|
|아니요
|
|-
|"페르타박테리아"
|
|CPR; Gracilibacteria^영어-related CPR
|아니요
|
|-
|피브로박테리오타
|"Fibrobacteres"
|FCB 그룹
|
|
|-
|"파이어스톤박테리아"
|RIF1
|
|아니요
|
|-
|"페르비디박테리아"
|OctSpa1-106
|
|
|
|-
|"피셔박테리아"
|RIF25
|
|아니요
|
|-
|바실러스문
|"Firmicutes"
|Terrabacteria^영어
|
|
|-
|"프레이저박테리아"
|RIF31
|
|아니요
|
|-
|푸소박테리오타
|"Fusobacteria"
|
|
|
|-
|젬마티모나도타
|Gemmatimonadetes
|FCB 그룹
|예
|
|-
|"글래스박테리아"
|RIF5
|
|아니요
|
|-
|"지오반노니박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 4-related
|아니요
|
|-
|"고테스만박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Microgenomates^영어
|아니요
|
|-
|"그라실리박테리아"
|GN02, BD1-5, SN-2
|CPR; Patescibacteria^영어; Gracilibacteria^영어-related CPR
|아니요
|
|-
|"그리발도박테리아"
|
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 2
|아니요
|
|-
|"핸들스만박테리아"
|RIF27
|
|아니요
|
|-
|"해리슨박테리아"
|RIF43
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 3
|아니요
|
|-
|"하울렛박테리아"
|
|CPR; Saccharibacteria^영어-related CPR
|아니요
|
|-
|"허그박테리아"
|
|CPR; Parcubacteria^영어; unclassified Parcubacteria^영어
|아니요
|
|-
|"하이드로제네덴테스"
|NKB19
|
|아니요
|
|-
|이그나비박테리오타
|"Ignavibacteria", ZB1
|FCB 그룹
|
|
|-
|"잭슨박테리아"
|RIF38
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 1
|아니요
|
|-
|"요르겐센박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 3
|아니요
|
|-
|"카이저박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 4
|아니요
|
|-
|"카타노박테리아"
|WWE3
|CPR; Microgenomates^영어-related
|아니요
|
|-
|"카잔박테리아"
|Kazan
|CPR; Saccharibacteria^영어-related CPR
|아니요
|
|-
|"케르펠트박테리아"
|RIF4
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 1
|아니요
|
|-
|키리티마티엘로타
|
|
|
|
|-
|"코메일리박테리아"
|RIF6
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 1
|아니요
|때때로 "Komelilbacteria"로 오기
|-
|"크립토니아"
|
|
|아니요
|
|-
|KSB1
|
|
|아니요
|
|-
|"크룸홀지박테리오타"
|
|
|
|
|-
|"쿠에넨박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 1
|아니요
|
|-
|"람다프로테오박테리아"
|RIF24
|Proteobacteria^영어
|아니요
|
|-
|"라테시박테리아"
|WS3
|FCB 그룹
|아니요
|
|-
|LCP-89
|
|
|
|
|-
|렌티스파에로타
|"Lentisphaerae", vadinBE97
|PVC 그룹
|
|
|-
|"레비박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Microgenomates^영어
|아니요
|
|-
|"린도우박테리아"
|RIF2
|CPR; Saccharibacteria^영어-related CPR
|아니요
|
|-
|"립톤박테리아"
|RIF42
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 3
|아니요
|
|-
|"로이드박테리아"
|RIF45
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 4
|아니요
|
|-
|"마가사니크박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 1
|아니요
|
|-
|"마굴리스박테리아"
|RIF30
|
|아니요
|
|-
|"마리니미크로비아"
|SAR406, Marine Group A
|FCB 그룹
|예
|
|-
|"멜라이나박테리아"
|
|
|아니요
|
|-
|"미크로게노마테스"
|OP11
|CPR; Patescibacteria^영어
|아니요
|상문
|-
|"모듈리박테리아"
|KSB3, GN06
|
|아니요
|
|-
|"모란박테리아"
|OD1-i
|CPR; Patescibacteria^영어; Parcubacteria^영어; unclassified Parcubacteria^영어
|아니요
|
|-
|"뮤프로테오박테리아"
|RIF23
|Proteobacteria^영어
|아니요
|
|-
|미크소코코타
|
|
|
|
|-
|NC10
|
|
|아니요
|
|-
|"닐슨박테리아"
|RIF40
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 2
|아니요
|
|-
|"니요기박테리아"
|RIF11
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 4-related
|아니요
|
|-
|니트로스피노타
|"Nitrospinae"
|
|예
|
|-
|니트로스피로타
|"Nitrospirae"
|
|예
|
|-
|"노무라박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 1
|아니요
|
|-
|"옴니트로피카"
|OP3
|PVC 그룹
|아니요
|
|-
|"페이스박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Microgenomates^영어
|아니요
|
|-
|"파크박테리아"
|OD1
|CPR
|아니요
|상문
|-
|"Parcubacteria^영어" 1
|
|CPR; Parcubacteria^영어
|아니요
|
|-
|"Parcubacteria^영어" 2
|
|CPR; Parcubacteria^영어
|아니요
|
|-
|"Parcubacteria^영어" 3
|
|CPR; Parcubacteria^영어
|아니요
|
|-
|"Parcubacteria^영어" 4
|
|CPR; Parcubacteria^영어
|아니요
|
|-
|"파크니트로박테리아"
|
|CPR; Parcubacteria^영어; unclassified Parcubacteria^영어
|아니요
|상문
|-
|PAUC34f
|sponge‐associated unclassified lineage^영어 (SAUL)
|FCB 그룹
|
|
|-
|"페레그리니박테리아"
|PER
|CPR; Gracilibacteria^영어-related CPR
|아니요
|
|-
|"페리박테리아"
|
|CPR; Gracilibacteria^영어-related CPR
|아니요
|
|-
|플랑크토마이세스문
|"Planctomycetes"
|PVC 그룹
|
|
|-
|"포리박테리아"
|
|PVC 그룹
|
|
|-
|"포트노이박테리아"
|RIF22
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 4-related
|아니요
|
|-
|프로테오박테리아
|"Proteobacteria"
|
|
|
|-
|"레이몬드박테리아"
|RIF7
|
|아니요
|
|-
|리플박테리아
|RIF32
|
|아니요
|
|-
|로도써모타
|
|
|
|
|-
|"로이즈만박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Microgenomates^영어
|아니요
|
|-
|"로쿠박테리아"
|
|
|아니요
|
|-
|"라이언박테리아"
|RIF10
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteri^영어 4-related
|아니요
|
|-
|"사카리박테리아"
|TM7
|CPR; Saccharibacteria^영어-related CPR
|예
|
|-
|"살타토렐로타"
|
|
|
|
|-
|"세크만박테리아"
|RIF3
|Proteobacteria^영어
|아니요
|
|-
|"샤피로박테리아"
|
|CPR; Patescibacteria^영어; Microgenomates^영어
|아니요
|
|-
|"슈페크트박테리아"
|RIF19
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 2
|아니요
|
|-
|스피로헤타문
|"Spirochaetes"
|
|
|
|-
|"스타스카비츠박테리아"
|RIF20
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 2
|아니요
|
|-
|"수메르라에오타"
|BRC1
|
|
|
|-
|"성박테리아"
|RIF17
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 4-related
|아니요
|
|-
|시너지스테스문
|"Synergistetes"
|
|
|
|-
|TA06
|
|
|아니요
|
|-
|"타가박테리아"
|RIF12
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 4-related
|아니요
|
|-
|"테일러박테리아"
|RIF16
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 4
|아니요
|
|-
|"테크토미크로비아"
|
|
|
|
|-
|마이코플라스마문
|"Tenericutes"
|
|
|
|-
|"테리박테리아"
|RIF13
|CPR; Parcubacteria^영어; Parcubacteria^영어 2
|아니요
|
|-
|데르모설포박테리오타
|"Thermodesulfobacteria"
|
|
|
|-
|써모미크로비오타
|"Thermomicrobia"
|
|
|
|-
|써모토가문
|"Thermotogae", OP2, EM3
|
|예
|
|-
|"토로크박테리아"
|
|CPR; Parcubacteria^영어; unclssified Parcubacteria^영어
|아니요
|
|-
|UBP-1
|
|
|아니요
|
|-
|UBP-3
|
|
|아니요
|
|-
|UBP-4
|
|
|아니요
|
|-
|UBP-5
|
|
|아니요
|
|-
|UBP-6
|
|
|아니요
|
|-
|UBP-7
|
|
|아니요
|
|-
|UBP-8
|
|
|아니요
|
|-
|UBP-9
|
|
|아니요
|
|-
|UBP-10
|
|
|아니요
|
|-
|UBP-11
|
|
|아니요
|
|-
|UBP-12
|
|
|아니요
|
|-
|UBP-13
|
|
|아니요
|
|-
|UBP-14
|
|
|아니요
|
|-
|UBP-15
|
|
|아니요
|
|-
|UBP-16
|

2.1. 주요 세균 문

현재 정식으로 출판된 세균 문의 목록은 doi:10.1099/ijsem.0.006508에서 확인할 수 있다. 이 목록에는 2023년 12월 이전에 원핵생물 규약에 따라 유효하게 출판된 모든 간행물과 대부분의 추가 제안이 포함되어 있다. 아래 표는 유효하게 출판되었던 세균 문들의 목록이다.

2.2. 주요 상위 그룹 (Supergroups)

세균 문에 대한 분지 순서는 대부분 불분명하지만, 여러 문 그룹은 일관되게 함께 묶여 상위 그룹 또는 상위 문을 형성한다.

후보 문 방사선(CPR)은 세균 영역 내에 존재하는 후보 문들의 방대한 단일 계통 방사를 지칭하는 용어이다. 여기에는 Microgenomates와 Parcubacteria 그룹이 포함되며, 각 그룹에는 동명의 상위 문과 여러 개의 다른 문이 포함된다. 초고세균문 Patescibacteria는 원래 Microgenomates (OP11), Parcubacteria (OD1), 그리고 Gracilibacteria (GNO2 / BD1-5) 문을 포함하는 것으로 제안되었다.

스핑고박테리아강 (FCB 그룹)에는 박테로이데테스, 칼디트리코타, 클로로비 등이 포함된다. Microgenomates는 원래 단일 세균 문으로 여겨졌지만, 실제로는 여러 세균 문을 포괄한다는 증거가 제시되었다. Parcubacteria는 최대 28개의 세균 문으로 구성될 수 있다고 추정된다.

프로테오박테리아 문(門)의 일부 강(綱)은 그 자체로 문(門)일 수 있다는 제안이 있어, 프로테오박테리아를 상위문(superphylum)으로 만들 수 있다. 플랑크토박테리아 (PVC 그룹)는 클라미디애, 렌티스파에라타, 플랑크토마이세테스, 베루코마이크로비아 등을 포함한다.

제안된 상문인 테라박테리아(Terrabacteria)는 방선균(Actinomycetota), 시아노박테리아(Cyanobacteria), 데오노코쿠스문(Deinococcota), 클로로플렉수스문(Chloroflexota), 바실루스문(Bacillota) 등을 포함한다.

일부 후보 문과 인정된 문은 세균 문을 정의하는 규칙이 부족하거나 데이터베이스의 서열 다양성이 부족하여 문으로 잘못 묘사된 상위 문일 수 있다는 주장이 제기되었다.

3. 역사적 관점

세균 분류는 식물 규약의 통제를 받았으나, 현재는 세균 규약의 통제를 받으므로 "문(phylum)"이라는 용어가 선호된다.

1987년, 칼 우즈는 16S 리보솜 RNA (SSU) 염기 서열을 기반으로 세균을 11개의 분류군으로 나누었다.

* 보라색 세균 및 그 친척 (나중에 프로테오박테리아로 이름 변경)
알파 세분류 (비유황 보라색 세균, 근류 세균, Agrobacterium, 리케차, Nitrobacter)
베타 세분류 (Rhodocyclus, (일부) Thiobacillus, Alcaligenes, Spirillum, Nitrosovibrio)
감마 세분류 (장내 세균, 형광성 슈도모나스, 보라색 유황 세균, Legionella, (일부) Beggiatoa)
델타 세분류 (유황 및 황산염 환원제 (Desulfovibrio), 점액 세균, Bdellovibrio)
* 그람 양성 세균
High-G+C 종 (나중에 Actinobacteria로 이름 변경) (Actinomyces, Streptomyces, Arthrobacter, Micrococcus, Bifidobacterium)
Low-G+C 종 (나중에 Firmicutes로 이름 변경) (Clostridium, Peptococcus, Bacillus, Mycoplasma)
광합성 종 (Heliobacteria)
그람 음성 벽을 가진 종 (Megasphaera, Sporomusa)
* 시아노박테리아 및 엽록체 (Aphanocapsa, Oscillatoria, Nostoc, Synechococcus, Gloeobacter, Prochloron)
* 스피로헤타 및 친척
스피로헤타 (Spirochaeta, Treponema, Borrelia)
렙토스피라 (Leptospira, Leptonema)
* 녹색 유황 세균 (Chlorobium, Chloroherpeton)
* Bacteroides, 플라보박테리아 및 친척 (나중에 Bacteroidetes로 이름 변경)
Bacteroides (Bacteroides, Fusobacterium)
Flavobacterium 그룹 (Flavobacterium, Cytophaga, Saprospira, Flexibacter)
* Planctomyces 및 친척 (나중에 Planctomycetes로 이름 변경)
Planctomyces 그룹 (Planctomyces, Pasteuria)
열성 세균 (Isocystis pallida)
* 클라미디아 (Chlamydia psittaci, Chlamydia trachomatis)
* 방사선 저항성 미코쿠스 및 친척 (나중에 Deinococcus–Thermus 또는 Thermi)
Deinococcus 그룹 (Deinococcus radiodurans)
열성 세균 (Thermus aquaticus)
* 녹색 비유황 세균 및 친척 (나중에 Chloroflexi로 이름 변경)
Chloroflexus 그룹 (Chloroflexus, Herpetosiphon)
Thermomicrobium 그룹 (Thermomicrobium roseum)
* Thermotogae (Thermotoga maritima)

과거에는 계통 발생이 형태학 연구를 기반으로 추론되었고, 분류학이 확립되었다. 그러나 분자 계통 발생학의 출현으로 DNA와 단백질 염기 서열, 예를 들어 리보솜 DNA를 분석하여 종의 진화적 관계를 개선할 수 있게 되었다. 분자 시퀀싱 기술의 발달은 유전체 해상 메타게노믹스 및 단일 세포 유전체학을 가능하게 하여 세균 문의 다양성에 대한 지식을 빠르게 확장시켰다.

3.1. 분자 계통 발생학의 발전

세균 분류는 식물 규약의 통제를 받았으나, 현재는 세균 규약의 통제를 받으므로 "문(phylum)"이라는 용어가 선호된다.

1987년, 칼 우즈는 16S 리보솜 RNA (SSU) 염기 서열을 기반으로 세균을 11개의 분류군으로 나누었다.

* 보라색 세균 및 그 친척 (나중에 프로테오박테리아로 이름 변경)
알파 세분류 (비유황 보라색 세균, 근류 세균, Agrobacterium, 리케차, Nitrobacter)
베타 세분류 (Rhodocyclus, (일부) Thiobacillus, Alcaligenes, Spirillum, Nitrosovibrio)
감마 세분류 (장내 세균, 형광성 슈도모나스, 보라색 유황 세균, Legionella, (일부) Beggiatoa)
델타 세분류 (유황 및 황산염 환원제 (Desulfovibrio), 점액 세균, Bdellovibrio)
* 그람 양성 세균
High-G+C 종 (나중에 Actinobacteria로 이름 변경) (Actinomyces, Streptomyces, Arthrobacter, Micrococcus, Bifidobacterium)
Low-G+C 종 (나중에 Firmicutes로 이름 변경) (Clostridium, Peptococcus, Bacillus, Mycoplasma)
광합성 종 (Heliobacteria)
그람 음성 벽을 가진 종 (Megasphaera, Sporomusa)
* 시아노박테리아 및 엽록체 (Aphanocapsa, Oscillatoria, Nostoc, Synechococcus, Gloeobacter, Prochloron)
* 스피로헤타 및 친척
스피로헤타 (Spirochaeta, Treponema, Borrelia)
렙토스피라 (Leptospira, Leptonema)
* 녹색 유황 세균 (Chlorobium, Chloroherpeton)
* Bacteroides, 플라보박테리아 및 친척 (나중에 Bacteroidetes로 이름 변경)
Bacteroides (Bacteroides, Fusobacterium)
Flavobacterium 그룹 (Flavobacterium, Cytophaga, Saprospira, Flexibacter)
* Planctomyces 및 친척 (나중에 Planctomycetes로 이름 변경)
Planctomyces 그룹 (Planctomyces, Pasteuria)
열성 세균 (Isocystis pallida)
* 클라미디아 (Chlamydia psittaci, Chlamydia trachomatis)
* 방사선 저항성 미코쿠스 및 친척 (나중에 Deinococcus–Thermus 또는 Thermi)
Deinococcus 그룹 (Deinococcus radiodurans)
열성 세균 (Thermus aquaticus)
* 녹색 비유황 세균 및 친척 (나중에 Chloroflexi로 이름 변경)
Chloroflexus 그룹 (Chloroflexus, Herpetosiphon)
Thermomicrobium 그룹 (Thermomicrobium roseum)
* Thermotogae (Thermotoga maritima)

과거에는 계통 발생이 형태학 연구를 기반으로 추론되었고, 분류학이 확립되었다. 그러나 분자 계통 발생학의 출현으로 DNA와 단백질 염기 서열, 예를 들어 리보솜 DNA를 분석하여 종의 진화적 관계를 개선할 수 있게 되었다. 분자 시퀀싱 기술의 발달은 유전체 해상 메타게노믹스 및 단일 세포 유전체학을 가능하게 하여 세균 문의 다양성에 대한 지식을 빠르게 확장시켰다.

3.2. 환경 유전체학의 발전

칼 우즈는 분자 계통 발생 혁명의 선구자로, 1987년 16S 리보솜 RNA (SSU) 염기 서열을 기반으로 세균을 11개의 분류군으로 나누었다. 그가 제안한 분류군은 보라색 세균(프로테오박테리아), 그람 양성 세균, 시아노박테리아, 스피로헤타, 녹색 유황 세균, Bacteroides(Bacteroidetes), 플라보박테리아, Planctomyces(Planctomycetota), 클라미디아, 방사선 저항성 미코쿠스(Deinococcus–Thermus 또는 Thermi), 녹색 비유황 세균(Chloroflexi), Thermotogae이다.

계통 발생은 전통적으로 형태학 연구를 기반으로 추론되었고 분류학이 확립되었다. 그러나 분자 계통 발생학의 출현으로 DNA와 단백질 염기 서열(예: 리보솜 DNA)을 분석하여 종의 진화적 관계를 개선할 수 있게 되었다. 칼 우즈가 언급한 Pseudomonas와 같이, 분자 계통 발생학을 사용하여 많은 세균 분류군이 재분류되거나 재정의되었다.

분자 시퀀싱 기술의 출현으로, 유전체 해상 메타게노믹스 및 단일 세포 유전체학과 같은 기술을 통해 환경 샘플에서 직접 유전체를 얻을 수 있게 되어 세균 문의 다양성에 대한 지식이 빠르게 확장되었다.