PMAP

3. 역사와 자금

PMAP는 원래 미국 캘리포니아주 라호야에 있는 번햄 의학 연구소(Burnham Institute for Medical Research)에서 개발되었다. 2004년 국립 보건원(NIH)은 제프리 W. 스미스(Jeffrey W. Smith)가 이끄는 팀을 선정하여 단백질 분해 경로 센터(CPP)를 설립했다. NIH 생의학 연구 로드맵의 일환으로 설립된 이 센터는 단백질의 이동 및 행동을 연구하고, 그 지식을 과학계 전반에 확산시키는 기술 개발을 목표로 한다.

4. 초점

단백질 분해 효소는 단백질의 펩타이드 결합을 절단하여 세포 내부와 외부 모두에서 일어나는 많은 일을 조절하는 효소의 한 종류이다. 이러한 활동을 통해 세포 분화, 운동성, 세포 분열, 세포사멸이라는 네 가지 필수적인 세포 기능을 제어하고, 혈액응고의 생화학적 연쇄 반응 효과와 같은 중요한 세포 외 현상을 활성화한다. 간단히 말해, 단백질 분해 효소가 없다면 생명은 존재할 수 없다. 단백질 분해 효소(펩티데이스라고도 함)에 대한 정보는 온라인 분류 시스템인 MEROPS 데이터베이스에 저장되어 있다.^[1][2]

PMAP은 단백질 분해 효소 연구자들이 단백질 분해 대사 네트워크 및 대사 경로에 대해 추론하는 데 도움을 주기 위해 설계되었다.^[1]

5. 목표

PMAP은 단백질 분해 효소 연구자들이 단백질 분해 대사 네트워크 및 대사 경로를 추론하는 것을 돕기 위해 설계되었다. 단백질 분해 효소는 인간의 신체 내부와 외부에서 세포 내 단백질의 펩타이드 결합을 절단하여 생명 유지에 필수적인 역할을 하는 효소이다. 이 효소들은 분화, 운동성, 분열, 세포 사멸과 같은 기본적인 세포 기능을 관리하며, 혈액 응고나 인슐린 생성과 같은 중요한 생화학적 과정을 조절한다. 이러한 단백질 분해 과정은 특정 자극에 반응하여 연쇄적으로 일어나는 복잡한 경로를 형성하는데, PMAP은 이처럼 복잡한 단백질 분해 경로를 이해하고 분석하는 데 도움을 주는 것을 목표로 한다.

6. 데이터베이스 콘텐츠

PMAP은 5개의 데이터베이스를 통합하여 운영된다. 각 데이터베이스는 단백질 분해 및 관련 대사 경로에 대한 특정 정보를 제공하며, 서로 연계되어 풍부한 정보를 생성한다.

6. 1. ProteaseDB 및 SubstrateDB

6. 2. CutDB

6. 3. ProfileDB

6. 4. PathwayDB

7. 사용

PMAP에서 주로 활용되는 기능은 특정 단백질 분해 효소 정보를 다루는 'Protease Molecule Pages'와 특정 단백질 표적(기질)의 정보를 보여주는 'Substrate Molecule Pages'이다. 이 페이지들은 각각 효소 및 기질에 대한 상세 정보와 관련 데이터베이스 연결을 제공한다.

7. 1. Protease Molecule Pages

7. 2. Substrate Molecule Pages

참조

_[1] 논문 PMAP: databases for analyzing proteolytic events and pathways
_[2] 간행물 CutDB: a proteolytic event database
_[3] 저널 PMAP: databases for analyzing proteolytic events and pathways
_[4] 간행물 CutDB: a proteolytic event database