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DDBJ

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목차

1. 개요

DDBJ는 1987년 일본 국립유전학연구소에서 시작된 아시아 유일의 뉴클레오티드 서열 데이터베이스이다. 일본 문부과학성의 지원을 받아 운영되며, 국제 자문 위원회와 국제 협력 위원회를 통해 국제 협력을 강화하고 있다. DDBJ는 NCBI의 GenBank, EBI의 EMBL과 함께 "DDBJ/EMBL/GenBank 국제 염기 서열 데이터베이스"를 구축하는 3대 DNA 데이터 뱅크 중 하나로, DNA 및 아미노산 서열에 대한 상동성 검색, 계통수 계산 및 생성 서비스 등을 제공한다. 데이터는 무료로 공개되며, REST 방식을 통해 더 쉽게 서비스를 이용할 수 있도록 지원한다.

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DDBJ
기본 정보
유형DNA 서열 데이터베이스
협력 기관국제 핵산 서열 데이터베이스 협력체
센터유전학 국립 연구소
연구소정보 생물학 센터 및 일본 DNA 데이터 뱅크
PMID11752245
출시일1786년
URLDDBJ 공식 웹사이트
상세 정보
범위모든 생물
표준해당 없음
포맷해당 없음
다운로드해당 없음
웹 서비스해당 없음
SQL해당 없음
SPARQL해당 없음
웹 애플리케이션해당 없음
독립 실행형해당 없음
라이선스해당 없음
버전 관리해당 없음
빈도해당 없음
큐레이션해당 없음
북마크해당 없음
버전해당 없음

2. 역사

DDBJ는 1987년 일본 유전학 연구소(NIG)에서 데이터뱅크 활동을 시작했으며,[3] 아시아 유일의 뉴클레오티드 서열 데이터베이스로 남아있다.[4] DDBJ는 [http://www.insdc.org/ International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)]의 회원이며, 미국 NCBI의 GenBank 및 유럽 EBI의 EMBL과 긴밀히 협력하여 "DDBJ/EMBL/GenBank 국제 염기 서열 데이터베이스"를 구축하는 3대 국제 DNA 데이터 뱅크 중 하나이다.

3. 조직

DDBJ는 주로 일본 연구자로부터 데이터를 받지만, 다른 국가 기여자들의 데이터도 받을 수 있다. DDBJ는 주로 일본 문부과학성(MEXT)의 지원을 받아 운영되며, 국제 자문 위원회와 국제 협력 위원회를 두고 있다.

3. 1. 국제 자문 위원회

DDBJ는 유럽, 미국, 일본에서 각각 3명씩, 총 9명의 위원으로 구성된 국제 자문 위원회를 두고 있다. 이 위원회는 연 1회 DDBJ의 유지, 관리 및 미래 계획에 대해 자문한다.

3. 2. 국제 협력 위원회

DDBJ는 국제 협력과 관련된 여러 기술적 문제에 대해 자문하는 실무자급 위원회인 국제 협력 위원회를 두고 있다.

4. 구성원

DDBJ는 국립유전학연구소의 생명정보·DDBJ 연구센터에서 운영하며, 이 센터는 교수, 부교수, 조교 및 어노테이터로 구성된다.[1]

4. 1. 주요 구성원


  • 오쿠보 코사쿠 교수 (생명 과학 통합 데이터베이스 센터(DBCLS) 겸임): 생명정보·DDBJ 연구센터 센터장[1]
  • 타카기 토시히사 교수[1]
  • 나카무라 야스카즈 교수[1]

5. 국제 협력

DDBJ는 [http://www.insdc.org/ International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)]의 회원이다.[3] 미국 NCBI가 제공하는 GenBank 및 유럽 EBI가 제공하는 EMBL과 긴밀한 협력을 통해 "DDBJ/EMBL/GenBank 국제 염기 서열 데이터베이스"를 구축하는 3대 국제 DNA 데이터 뱅크 중 하나이다.[4]

6. 서비스

DDBJ는 텍스트 전체 검색, 생물 이름 및 각 항목 대상 키워드 검색, BLAST를 이용한 DNA 서열 및 아미노산 서열 상동성 검색, ClustalW를 이용한 계통수 계산 및 생성 서비스를 제공한다.[4]

데이터는 모두 무료로 공개되며, 최근에는 생명과학 통합 데이터베이스 센터(DBCLS)와 연계하여 서비스를 제공하고 있다.[4]

6. 1. REST API

DDBJ는 REST (Representational State Transfer) 방식을 통해 웹 서비스를 제공하여, 개발자들이 HTTP 연결을 통해 XML 문서를 전송하여 애플리케이션을 구축할 수 있도록 지원한다.[4]

참조

[1] 논문 DNA Data Bank of Japan (DDBJ) for genome scale research in life science.
[2] 논문 DDBJ progress report 2011-01
[3] 논문 DNA Data Bank of Japan in the age of information biology 1997-01-01
[4] 웹사이트 Nucleotide Databases- Definition, Types, Examples, Uses https://microbenotes[...] 2019-02-22


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