Q 회로
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1. 개요
Q 회로는 복합체 III에서 일어나는 일련의 산화-환원 반응으로, 사이토크롬 c의 환원, 유비퀴놀의 유비퀴논으로의 산화, 그리고 막 사이 공간으로의 양성자 이동을 통해 에너지를 생성한다. 유비퀴놀은 복합체 III의 Qo 부위에 결합하여 철-황 단백질과 헴을 통해 분기적으로 산화되며, 전자는 사이토크롬 c1, 사이토크롬 c로 전달된다. 동시에, 다른 전자는 Qi 부위의 유비퀴논을 세미퀴논 라디칼로 환원시킨다. Q 회로의 두 번째 주기를 통해 세미퀴논은 유비퀴놀로 환원되며, 최종적으로 4개의 양성자가 막 사이 공간으로 이동하고 사이토크롬 c가 재산화된다.
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Q 회로 | |
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Q 회로 | |
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개요 | |
유형 | 양자 회로 |
분야 | 양자 컴퓨팅 |
발명 | 로버트 섀덜, 도미니크 W. 베리, 제이콥 케이팅, 2006년 |
특징 | |
특징 | 양자 회로의 도표 표현을 위한 프로그래밍 언어 |
2. 과정
복합체 III에서 일어나는 Q 회로는 전자 전달계에서 전자 전달과 양성자 펌핑을 연결하는 핵심적인 생화학적 과정이다. 이 회로는 두 번의 순환(cycle)을 통해 작동하며, 전체적으로 유비퀴놀(QH2) 한 분자를 산화시키고 유비퀴논(Q) 한 분자를 환원(재생성)시키면서, 두 분자의 사이토크롬 c를 환원시키고 총 4개의 양성자(H+)를 미토콘드리아 기질에서 막 사이 공간으로 이동시키는 결과를 가져온다.
각 순환은 유비퀴놀(QH2)이 복합체 III의 Qo 부위에 결합하여 산화되면서 시작된다. 이때 방출된 두 개의 전자는 서로 다른 경로를 따른다.
- 하나의 전자는 리에스케 철-황 단백질과 사이토크롬 c1 소단위체를 거쳐 사이토크롬 c 분자를 환원시킨다. 환원된 사이토크롬 c는 복합체 III에서 떨어져 나가 복합체 IV로 전자를 전달한다.[4][5][1][2] 이 과정에서 양성자가 막 사이 공간으로 방출된다.
- 다른 전자는 사이토크롬 b 내의 두 종류의 헴(bL 및 bH)을 차례로 거쳐, 복합체 III의 다른 부위인 Qi에 결합된 유비퀴논(Q) 분자로 전달된다.
첫 번째 순환이 끝나면 Qi 부위의 유비퀴논은 전자 하나를 받아 불안정한 세미퀴논 라디칼 상태가 된다.[6][3] 따라서 Q 회로가 완전히 완료되기 위해서는 두 번째 순환이 필요하다. 두 번째 순환에서도 유사한 전자 전달 과정이 일어나 또 다른 사이토크롬 c 분자가 환원되고, Qi 부위의 세미퀴논 라디칼이 두 번째 전자를 받아 미토콘드리아 기질에서 두 개의 양성자를 소모하여 유비퀴놀(QH2)로 완전히 환원된다.
결론적으로, Q 회로의 두 순환을 통해 유비퀴놀의 산화 에너지를 이용하여 사이토크롬 c를 환원시키고, 양성자를 막 사이 공간으로 능동적으로 수송하여 화학삼투에 필요한 양성자 기울기를 형성하는 데 기여한다. Qi 부위에서 재생성된 유비퀴놀은 다시 Qo 부위에 결합하여 회로를 반복할 수 있기 때문에 이 과정은 순환적(cyclic)이다. 환원된 사이토크롬 c는 최종적으로 복합체 IV에서 산소에 의해 재산화된다.
2. 1. Qo 부위에서의 유비퀴놀 산화
유비퀴놀(QH2)은 리에스케 철-황 단백질의 His182 및 사이토크롬 b의 Glu272 잔기와의 수소 결합을 통해 복합체 III의 Qo 부위에 결합한다.[4][5] 동시에 다른 유비퀴논(Q) 분자는 복합체 III의 Qi 부위에 결합한다.Qo 부위에 결합한 유비퀴놀은 두 경로로 나뉘어 산화되는데, 각각 하나의 전자를 리에스케 철-황 단백질과 ''b''L 헴에게 전달한다. 이 산화 반응은 일시적으로 세미퀴논 중간체를 형성한 후, 완전히 산화된 유비퀴논(Q)이 되며, 이 유비퀴논은 Qo 부위에서 떨어져 나간다.
유비퀴놀로부터 전자 하나를 받은 리에스케 철-황 단백질은 전자를 준 유비퀴놀로부터 분리되어 사이토크롬 c1 소단위체 쪽으로 이동할 수 있다. 이후 리에스케 철-황 단백질은 전자를 사이토크롬 c1에 전달하여 그 안에 있는 헴기를 환원시킨다.[4][5] 이 전자는 다시 복합체 III 외부에 결합되어 있던 산화된 사이토크롬 c 분자로 이동하고, 환원된 사이토크롬 c는 복합체 III로부터 해리되어 떨어져 나간다. 또한, 리에스케 철-황 단백질이 전자를 내어주고 다시 산화될 때, His181에 결합되어 있던 양성자(H+)가 막 사이 공간으로 방출된다.
한편, 유비퀴놀 산화 과정에서 ''b''L 헴으로 전달된 다른 전자는 ''b''H 헴을 환원시키는 데 사용된다. 환원된 ''b''H 헴은 다시 이 전자를 Qi 부위에 결합된 유비퀴논에게 전달한다. 이 전자 전달 과정은 전자가 미토콘드리아 기질 쪽에서 막 사이 공간 쪽, 즉 막의 음전하 쪽으로 이동하기 때문에 에너지 소모가 필요하다. 하지만 이는 ''b''L 헴(-100 mV)에서 ''b''H 헴(+50mV)으로의 유리한 막 전위(EM) 변화 덕분에 상쇄되어 진행될 수 있다. 결과적으로 Qi 부위의 유비퀴논은 전자를 받아 세미퀴논 라디칼 형태로 환원된다. 유비퀴놀이 산화될 때 방출된 양성자 중 하나는 Glu272에 의해 흡수되는데, 이 양성자는 Glu272가 170° 회전하면서 수소 결합으로 연결된 물 분자 사슬을 통해 ''b''L 헴의 프로피오네이트기로 전달된다.[6][3]
2. 2. Qi 부위에서의 유비퀴논 환원
복합체 III의 Qo 부위에서 유비퀴놀(QH2)이 산화될 때 방출된 전자 중 하나는 사이토크롬 b의 ''b''L 헴으로 전달된다. 이 전자는 다시 ''b''H 헴을 환원시키는 데 사용되며, 이는 차례로 Qi 부위에 결합된 유비퀴논(Q)으로 전자를 전달한다.[3] 이 전자의 이동은 막의 음전하 쪽으로 이동하기 때문에 에너지 측면에서 불리하지만, ''b''L 헴(-100 mV)에서 ''b''H 헴(+50mV)으로의 유리한 막 전위(EM) 변화에 의해 상쇄된다. 결과적으로 Qi 부위의 유비퀴논은 하나의 전자를 받아 세미퀴논 라디칼로 환원된다.[6]Q 회로의 첫 번째 주기가 완료되면 Qi 부위에는 불안정한 세미퀴논이 남게 된다. 따라서 Q 회로의 두 번째 주기가 필요하다. 두 번째 주기에서는 Qo 부위에서 또 다른 유비퀴놀 분자가 산화되고, 여기서 나온 전자 중 하나가 다시 사이토크롬 b의 헴들을 거쳐 Qi 부위의 세미퀴논으로 전달된다. 이 두 번째 전자를 받음으로써 세미퀴논은 완전히 환원되어 유비퀴놀(QH2)이 된다. 이 과정에서 미토콘드리아 기질로부터 두 개의 양성자(H+)가 소모된다. Qi 부위에서 새로 생성된 유비퀴놀은 복합체 III에서 해리되어 다른 전자전달계 복합체에서 재사용될 수 있다.
2. 3. 전체 반응
복합체 III에서 일어나는 Q 회로의 전체 과정은 두 번의 순환을 통해 이루어진다. 이 과정의 결과로 유비퀴놀(QH₂) 한 분자가 유비퀴논(Q)으로 산화되고, 사이토크롬 c 두 분자가 환원되며, 총 4개의 양성자(H+)가 미토콘드리아 기질에서 막 사이 공간으로 이동한다.첫 번째 순환:1. 결합 및 첫 산화: 유비퀴놀(QH₂)은 복합체 III의 Qo 부위에 결합한다. 이때 리에스케 철-황 단백질의 히스티딘(His182) 잔기와 사이토크롬 b의 글루탐산(Glu272) 잔기와 수소 결합을 형성한다. 동시에 다른 유비퀴논(Q) 분자는 Qi 부위에 결합한다.
2. 전자 분기: Qo 부위의 유비퀴놀은 두 개의 전자를 방출하며 산화된다. 하나의 전자는 리에스케 철-황 단백질로 이동하고, 다른 하나는 사이토크롬 b의 저전위 헴인 ''b''L 헴으로 이동한다. 이 과정에서 유비퀴놀은 일시적으로 세미퀴논 상태를 거쳐 완전히 산화된 유비퀴논으로 변하며, 이후 Qo 부위를 떠난다. 유비퀴놀에서 방출된 두 개의 양성자는 막 사이 공간으로 이동한다.
3. 첫 번째 전자 경로 (사이토크롬 c 환원): 리에스케 철-황 단백질로 전달된 전자는 사이토크롬 c₁ 소단위체로 이동하여 그곳의 헴기를 환원시킨다.[4][5] 이어서 전자는 복합체 III 외부에 결합된 산화 상태의 사이토크롬 c로 전달된다. 환원된 사이토크롬 c는 복합체 III에서 분리되어 복합체 IV로 이동한다. 또한, 리에스케 철-황 단백질이 다시 산화되면서 His181에 결합했던 양성자 하나를 막 사이 공간으로 방출한다.
4. 두 번째 전자 경로 (세미퀴논 생성): ''b''L 헴으로 전달된 전자는 같은 사이토크롬 b 내의 고전위 헴인 ''b''H 헴으로 이동한다. 이 전자는 다시 Qi 부위에 결합된 유비퀴논으로 전달되어, 유비퀴논을 세미퀴논 라디칼(Q•−) 상태로 환원시킨다. 전자가 막의 음전하 쪽(기질 쪽)으로 이동하는 것은 에너지적으로 불리하지만, ''b''L 헴(-100 mV)에서 ''b''H 헴(+50 mV)으로 이동하면서 발생하는 유리한 막 전위(EM) 변화가 이를 상쇄한다. 한편, 유비퀴놀 산화 과정에서 Glu272에 흡수되었던 양성자는 Glu272의 구조 변화(170° 회전)를 통해 수소 결합된 물 사슬을 거쳐 ''b''L 헴의 프로피오네이트기로 전달된다.[6]
두 번째 순환:첫 번째 순환 결과, Qi 부위에는 불안정한 세미퀴논 라디칼이 남아있으므로, Q 회로는 완전히 끝나지 않는다. 두 번째 순환이 필요하다.
1. 새로운 유비퀴놀 결합 및 산화: 새로운 유비퀴놀 분자가 Qo 부위에 결합하여 첫 번째 순환과 동일한 방식으로 산화된다. 하나의 전자는 리에스케 철-황 단백질을 거쳐 또 다른 사이토크롬 c 분자를 환원시키고, 다른 전자는 ''b''L 헴과 ''b''H 헴을 거쳐 Qi 부위로 이동한다. 이 과정에서 다시 두 개의 양성자가 막 사이 공간으로 방출된다.
2. 유비퀴놀 재생성: ''b''H 헴에서 전달된 두 번째 전자는 Qi 부위의 세미퀴논 라디칼(Q•−)을 완전히 환원시켜 유비퀴놀(QH₂)을 생성한다. 이 환원 과정에는 미토콘드리아 기질에서 두 개의 양성자가 소모된다.
전체 결과:Q 회로의 두 순환이 완료되면 다음과 같은 순 변화가 나타난다.
- 유비퀴놀 1분자 산화 (Qo 부위에서 소모) 및 유비퀴논 1분자 환원 (Qi 부위에서 유비퀴놀로 재생성)
- 사이토크롬 c 2분자 환원
- 양성자 4개 막 사이 공간으로 이동 (유비퀴놀 산화에서 2개, 리에스케 단백질 재산화에서 2개)
- 양성자 2개 미토콘드리아 기질에서 소모 (Qi 부위에서 유비퀴놀 생성 시)
결과적으로 Q 회로는 유비퀴놀의 에너지를 이용하여 사이토크롬 c를 환원시키고, 양성자를 막 사이 공간으로 펌핑하여 양성자 기울기 형성에 기여한다. Qi 부위에서 재생성된 유비퀴놀은 다시 Qo 부위에 결합하여 회로를 반복할 수 있으므로 이 과정은 순환적이다. 환원된 사이토크롬 c는 복합체 IV에서 산소를 최종 전자 수용체로 사용하여 재산화된다.
참조
[1]
논문
Electron transfer by domain movement in cytochrome bc1
[2]
논문
Pathways for proton release during ubihydroquinone oxidation by the bc(1) complex
[3]
논문
Structure of the yeast cytochrome bc1 complex with a hydroxyquinone anion Qo site inhibitor bound
[4]
논문
Electron transfer by domain movement in cytochrome bc1
[5]
논문
Pathways for proton release during ubihydroquinone oxidation by the bc(1) complex
[6]
논문
Structure of the yeast cytochrome bc1 complex with a hydroxyquinone anion Qo site inhibitor bound
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