쥐아과

2. 계통 분류

다음은 2008년 레콤프테 등(Lecompte et al.)^[9]과 2016년 로우 등(Rowe et al.)^[10]의 연구에 기초한 계통 분류이다.

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! 쥐아과

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! 큰구름쥐족

| 털꼬리쥐속, 루손쥐속, 붓꼬리구름쥐속, 바나하우나무쥐속, 큰구름쥐속

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! 시궁쥐족^[10]

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! 물쥐족

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! 쥐족

| 에티오피아등줄쥐속, 생쥐속

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! 프라오미스족

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! 큰귀습지쥐족

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! 붉은쥐족

| 붉은쥐속, 류큐가시쥐속

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! 밀라르디아족

| 인도바위쥐속, 크럼프쥐속, 블랜포드쥐속, 밀라르디아속

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! 아프리카플라이쥐족

| 아프리카카루쥐속, 아프리카플라이쥐속, 휘파람쥐속

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! 아르비칸티스족

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2005년 기준으로 쥐아과는 584종, 129개 속을 포함하고 있다.^[4]

최근 광수용체 망막 결합 단백질 (IRBP) 유전자의 분자 계통학 분석을 기반으로 한 쥐아과 16개 속의 계통수는 다음과 같다.

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! '''쥐아과''' 

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| ''Phloeomys''

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| ''Micromys''

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| ''Maxomys''

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| ''Niviventer''

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| ''Rhynchomys''

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| ''Otomys''

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| ''Aethomys''

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| ''Tokudaia''

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| ''Mus''

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| ''Mastomys''

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2. 1. 하위 족

• 큰구름쥐족 (Phloeomyini)
• 시궁쥐족 (Rattini)
• 물쥐족 (Hydromyini)
• 쥐족 (Murini)
• 프라오미스족 또는 아프리카부드러운털쥐족 (Praomyini)
• 큰귀습지쥐족 (Malacomyini)
• 붉은쥐족 (Apodemini)
• 밀라르디아족 또는 아시아부드러운털쥐족 (Millardini)
• 아프리카플라이쥐족 (Otomyini)
• 아르비칸티스족 또는 민무늬풀밭쥐족 (Arvicanthini)

• ''밭쥐속'' - 구대륙 밭쥐
• ''Rhagamys'' †
• ''Tokudaia'' - 류큐가시쥐

• ''Aethomys'' 분류
• * ''Aethomys'' - 덤불쥐
• * ''Micaelamys''
• ''Arvicanthis'' 분류
• * ''Arvicanthis'' - 줄무늬 없는 풀밭쥐
• * ''Desmomys''
• * ''Lemniscomys'' - 줄무늬 풀밭쥐
• * ''Mylomys'' (아프리카 홈이 있는 쥐)
• * ''Pelomys'' - 홈이 있는 개울쥐
• * ''Rhabdomys'' (네 줄무늬 풀밭쥐)
• ''Dasymys'' 분류
• * ''Dasymys'' - 털이 많은 늪쥐
• ''Golunda'' 분류
• * ''Golunda'' (인도 덤불쥐)
• ''Hybomys'' 분류
• * ''Dephomys'' - 데푸아쥐
• * ''Hybomys'' - 혹코 생쥐
• * ''Stochomys'' (표적 쥐)
• * ''Typomys''
• ''Oenomys'' 분류
• * †''Canariomys'' - 카나리아 제도 거대 쥐
• * ''Grammomys''
• * ''Lamottemys''
• * †''Malpaisomys''
• * ''Oenomys'' - 붉은 코 쥐
• * ''Thallomys'' - 아카시아 쥐
• * ''Thamnomys'' - 덤불쥐

• ''Hapalomys'' - 비단원숭이 쥐

• ''Chiropodomys'' 분류 (또는 별개의 족, Chiropodomyini로 간주)
• * ''Chiropodomys'' - 연필꼬리나무쥐
• ''Chrotomys'' 분류
• * ''Apomys''
• * ''Archboldomys'' (이사로크산 땃쥐쥐)
• * ''Chrotomys'' - 루손줄무늬쥐
• * ''Soricomys''
• * ''Rhynchomys'' - 땃쥐와 같은 쥐
• ''Conilurus'' 분류
• * ''Conilurus'' - 토끼쥐
• * ''Leporillus'' - 호주 둥지 쥐
• * ''Mesembriomys'' - 나무쥐
• ''Haeromys'' 분류
• * ''Haeromys'' - 피그미나무쥐
• ''Hydromys'' 분류
• * ''Baiyankamys'' (이전에는 ''Hydromys''에 속함)
• * ''Crossomys'' (귀 없는 물쥐)
• * ''Hydromys'' - 물쥐
• * ''Leptomys''
• * ''Microhydromys''
• * ''Mirzamys''
• * ''Parahydromys''
• * ''Paraleptomys''
• * ''Pseudohydromys'' - 뉴기니 가짜 물쥐
• * ''Xeromys'' (가짜 물쥐)
• ''Mallomys'' 분류
• * ''Abeomelomys''
• * ''Mallomys'' - 거대한 나무쥐
• * ''Mammelomys''
• * ''Pogonomelomys'' - 럼러 모자이크 꼬리 쥐
• * ''Xenuromys'' (흰꼬리 뉴기니 쥐)
• ''Pogonomys'' 분류
• * ''Anisomys'' (강력한 이빨 쥐)
• * ''Chiruromys''
• * ''Hyomys'' - 흰귀쥐
• * ''Lorentzimys'' (뉴기니 점프 생쥐)
• * ''Macruromys'' - 뉴기니 쥐
• * ''Pogonomys'' - 손잡이 꼬리 쥐
• ''Pseudomys'' 분류
• * ''Leggadina''
• * ''Mastacomys''
• * ''Notomys'' - 호주 점핑 마우스
• * ''Pseudomys'' - 호주 토종 생쥐
• * ''Zyzomys'' - 두꺼운 꼬리 쥐
• ''Uromys'' 분류
• * ''Melomys'' - 바나나 쥐
• * ''Paramelomys''
• * ''Protochromys''
• * ''Solomys'' - 털 없는 꼬리 쥐
• * ''Uromys'' - 거대한 털 없는 꼬리 쥐
• 알 수 없는 분류
• * ''Brassomys''
• * ''Coccymys''

• ''Malacomys'' - 큰 귀 늪쥐

• ''Millardia'' 분류
• * ''Cremnomys''
• * ''Diomys'' (마니푸르 생쥐)
• * ''Madromys''
• * ''Millardia'' - 아시아 부드러운 털 쥐
• ''Pithecheir'' 분류
• * ''Pithecheir'' - 원숭이 발 쥐
• * ''Pithecheirops''

• ''Mus'' - 참 생쥐

• ''Myotomys'' - 아프리카 카루 쥐 (현재 ''Otomys''로 분류됨)
• ''Otomys'' - 홈이 있는 또는 브라이 쥐
• ''Parotomys'' - 휘파람 쥐

• ''Batomys'' - 루손 및 민다나오 숲쥐
• ''Carpomys'' - 루손 쥐
• ''Crateromys'' - 클라우드러너
• ''Musseromys'' - 나무쥐
• ''Phloeomys'' - 가느다란 꼬리 구름 쥐

• ''Chingawaemys'' - 칭가와 숲쥐
• ''Colomys'' (아프리카 도보 쥐)
• ''Congomys''
• ''Heimyscus''
• ''Hylomyscus'' - 아프리카 숲쥐
• ''Mastomys'' - 다유두 생쥐
• ''Montemys''
• ''Myomyscus''
• ''Nilopegamys''
• ''Ochromyscus'' - 바위 생쥐
• ''Praomys'' - 아프리카 부드러운 털 쥐
• ''Serengetimys''
• ''Stenocephalemys'' - 에티오피아 좁은 머리 쥐
• ''Zelotomys'' - 악취 생쥐

• ''Berylmys'' 분류
• * ''Berylmys'' - 흰이 쥐
• ''Bunomys'' 분류
• * ''Bullimus''
• * ''Bunomys''
• * ''Eropeplus'' (술라웨시 부드러운 털 쥐)
• * ''Halmaheramys''
• * ''Komodomys''
• * ''Lenomys'' (잎세 개 이빨 쥐)
• * ''Papagomys'' - 플로레스 거대 쥐
• * ''Paruromys'' (술라웨시 거대 쥐)
• * ''Paulamys''
• * 종 "''Rattus''" ''timorensis''
• * ''Sundamys'' - 거대한 순다 쥐
• * ''Taeromys''
• ''Dacnomys'' 분류
• * ''Chiromyscus'' (피아의 나무 쥐)
• * ''Dacnomys'' (큰 이빨 거대 쥐)
• * ''Lenothrix'' (회색 나무 쥐)
• * ''Leopoldamys'' - 긴 꼬리 거대 쥐
• * ''Margaretamys'' - 마가레타 쥐
• * ''Niviventer'' - 흰 배 쥐
• * ''Saxatilomys''
• * ''Tonkinomys''
• ''Echiothrix'' 분류
• * ''Echiothrix''
• * ''Hyorhinomys''
• * ''Melasmothrix'' (작은 술라웨시 땃쥐 쥐)
• * ''Paucidentomys''
• * ''Sommeromys''
• * ''Tateomys'' - 더 큰 술라웨시 땃쥐 쥐
• * ''Waiomys'' - 술라웨시 물쥐
• ''Maxomys'' 분류
• * ''Crunomys'' - 필리핀 및 술라웨시 땃쥐 쥐
• * ''Maxomys'' (라자 쥐)
• ''Micromys'' 분류 (또는 별개의 족, Micromyini로 간주)
• * ''Micromys'' (구대륙 수확 쥐)
• ''Rattus'' 분류
• * ''Abditomys''
• * ''Bandicota'' - 반디쿠트 쥐
• * ''Diplothrix''
• * ''Kadarsanomys''
• * ''Limnomys''
• * ''Nesokia'' (짧은 꼬리 반디쿠트 쥐)
• * ''Nesoromys''
• * ''Palawanomys'' (팔라완 쥐)
• * ''Rattus'' - 전형적인 쥐
• * ''Tarsomys''
• * ''Tryphomys'' (미언의 루손 쥐)
• ''Srilankamys'' 분류
• * ''Srilankamys'' (실론 쥐)
• 알 수 없는 분류
• * ''Anonymomys'' (민도로 쥐)

• ''Vandeleuria'' - 긴 꼬리 오르기 쥐

• †''Alormys''
• †''Coryphomys''
• ''Hadromys''
• †''Hooijeromys''
• †''Milimonggamys''
• †''Rakasamys''
• ''Vernaya'' (버네이의 오르기 생쥐)
• †''Spelaeomys''