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포린 (단백질)

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1. 개요

포린은 세포막을 가로질러 물질을 수송하는 데 관여하는 단백질의 일종이다. 베타 시트로 구성된 베타 배럴 구조를 가지며, 세균, 미토콘드리아, 엽록체 등 다양한 생물체에서 발견된다. 포린은 수동 수송을 통해 친수성 분자의 이동을 돕고, 일반 포린과 선택적 포린의 두 가지 유형으로 나뉜다. 세균의 항생제 내성과 관련하여, 포린 유전자 돌연변이는 항생제 투과성을 감소시켜 내성을 유발할 수 있다. 포린은 TCDB에 따라 5개의 단백질 슈퍼패밀리로 분류되며, 다양한 하위 패밀리를 포함한다.

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포린 (단백질)
기본 정보
Gram-negative porin
그람 음성 포린
PfamPF00267
Pfam 클랜CL0193
인터프로IPR001702
스마트해당 없음
프로사이트PDOC00498
스콥1mpf
TCDB1.B.1
OPM 패밀리31
OPM 단백질1pho
CDDcd01345
PDB해당 없음
식별
심볼Porin_08134891516
이름그람 음성 포린
기타
메시 이름포린
PDB1A0S
설명pore
메시 이름포린

2. 구조

포린은 베타 시트(β 시트)로 구성되며, 이는 베타 가닥(β 가닥)으로 이루어져 있다. 이들은 세포질 쪽에서는 베타 턴(β 턴)으로, 다른 쪽에서는 긴 루프 형태의 아미노산으로 연결되어 있다. β 가닥은 역평행 구조로 배열되어 베타 배럴(β 배럴)이라고 불리는 원통형 튜브를 형성한다.[2] 포린 β 가닥의 아미노산 조성은 극성 잔기와 비극성 잔기가 번갈아 나타나는 것이 특징이다. 비극성 잔기는 외막의 비극성 지질과 상호 작용하도록 바깥쪽을 향하고, 극성 잔기는 β 배럴의 중심을 향해 내부로 향하여 수성 채널을 형성한다. 채널 내의 특정 아미노산은 포린이 다양한 분자에 대해 갖는 특이성을 결정한다.

포린을 구성하는 β 배럴은 8개의 β 가닥에서 최대 22개의 β 가닥으로 구성된다. 개별 가닥은 루프와 턴으로 연결되어 있다.[3] 대부분의 포린은 단량체이지만, 일부 이량체 포린과 8량체 포린도 발견되었다.[4] 포린의 크기에 따라 단백질 내부는 물로 채워지거나, 최대 두 개의 β 가닥이 내부로 접혀 들어가거나, β 가닥으로 구성된 "스토퍼" 세그먼트를 포함할 수 있다.

모든 포린은 외막에서 호모삼량체를 형성한다. 즉, 세 개의 동일한 포린 서브유닛이 함께 결합하여 세 개의 채널이 있는 포린 상위 구조를 형성한다.[5] 호모삼량체 내 각 단량체 간의 수소 결합쌍극자-쌍극자 상호작용은 분리되지 않고 외막에 함께 유지되도록 한다.

포린 단백질의 구조를 설명하기 위해 기울기 각도 (α), 전단 수 (S), 가닥 수 (n), 배럴 반경 (R)과 같은 매개변수가 사용된다.[6] 이러한 매개변수들은 다음 공식으로 표현된다.

: 2 \pi R = \frac{nb}{2 \cos( \alpha )}

:\tan(\alpha) = \frac{S a}{nb}

이 공식을 통해, 몇 가지 매개변수만으로도 포린의 구조를 결정할 수 있다. 많은 포린의 구조가 X선 결정학을 사용하여 결정되었지만, 단백질 1차 구조의 염기서열 분석이라는 다른 방법도 사용될 수 있다.

2. 1. 아이렛 (Eyelet)

포린 채널은 공동 내부로 돌출된 '''아이렛'''(eyelet)이라고 불리는 루프 구조에 의해 부분적으로 차단된다. 아이렛은 일반적으로 각 배럴의 5번째와 6번째 스트랜드 사이에 존재하며, 채널을 통과할 수 있는 용질의 크기를 결정한다. 아이렛은 하전된 아미노산으로 구성되어 채널 전체에 가로 방향의 전하를 만들어내며, 통과할 수 있는 분자를 결정한다.[14]

3. 세포 내 역할

포린은 주로 다양한 크기와 전하를 가진 친수성 분자를 막을 가로질러 수동적으로 수송하는 데 관여한다.[8] 생존을 위해 특정 필수 영양소와 기질은 세포 내부로 수송되어야 한다. 마찬가지로, 독성 물질의 축적을 피하기 위해 독소와 노폐물은 외부로 수송되어야 한다.[9] 또한, 포린은 투과성을 조절하고 세제가 세포 내로 들어가는 것을 제한하여 용해를 방지할 수 있다.[8]

서로 다른 물질을 수송하기 위해 일반 포린과 선택적 포린, 두 가지 유형의 포린이 존재한다. 일반 포린은 기질 특이성이 없지만, 일부는 음이온 또는 양이온에 약간의 선호도를 보인다.[8] 선택적 포린은 일반 포린보다 작으며, 특정 화학 종에 대한 특이성을 갖는다. 이러한 특이성은 포린의 임계 크기와 포린을 구성하는 아미노산 잔기에 의해 결정된다.[1]

그람 음성 세균에서 내부 막은 주요 투과성 장벽이다.[10] 외부 막은 포린의 존재로 인해 친수성 물질에 더 투과적이다. 포린은 세균의 종류와 포린에 따라 운반 가능한 분자의 임계 크기를 가진다. 일반적으로 600 달톤 미만의 물질만 확산될 수 있다.[8]

4. 다양성

포린은 처음에는 그람 음성 세균에서 발견되었지만, 두 종류의 포린을 모두 가진 그람 양성 세균도 발견되었다.[9] 이들은 유사한 수송 기능을 나타내지만, 그람 음성 세균에서 발견되는 분포에 비해 포린의 종류가 더 제한적이다.[9] 그람 양성 세균은 외부 막이 없으므로, 이러한 포린 채널은 대신 세포벽 내의 특정 지질에 결합되어 있다.[7]

포린은 진핵생물, 특히 미토콘드리아엽록체의 외부 막에서도 발견된다.[9][10] 이들 소기관에는 세균의 포린과 구조적 및 기능적으로 유사한 일반적인 포린이 포함되어 있다. 이러한 유사성은 진핵생물 소기관이 그람 음성 세균에서 유래되었다는 내공생설을 뒷받침한다.[10] 그러나 진핵생물 포린은 그람 양성 포린과 동일한 제한된 다양성을 나타내며, 대사 동안 더 큰 전압 의존적 역할을 보여준다.[9][10]

고세균 또한 일반 포린에서 유래된 이온 채널을 포함한다.[7] 이 채널은 세포 외피에서 발견되며 용질 전달을 돕는다. 이들은 세균 및 미토콘드리아 포린과 유사한 특성을 가지며, 세 가지 생명 영역 전체에서 생리학적 중복을 나타낸다.[7]

5. 항생제 내성

많은 포린은 숙주 면역 세포의 표적이 되어 세균 분해를 유도하는 신호 전달 경로를 발생시킨다. 특정 항생제는 세포 과정을 억제하기 위해 포린을 통과하도록 설계되었다.[8]

그러나 선택적 압력으로 인해 세균은 포린 유전자 내의 돌연변이를 통해 내성을 발달시킬 수 있다. 이러한 돌연변이는 포린의 손실로 이어져 항생제의 투과성이 낮아지거나 수송이 완전히 차단될 수 있다. 이러한 변화는 항생제 내성의 전 세계적 출현과 사망률 증가에 기여했다.

6. 분류

TCDB에 따르면 포린에는 진화적으로 독립적인 5개의 단백질 슈퍼패밀리가 존재한다.[12][13] 포린 슈퍼패밀리 I은 다양한 수의 막횡단 β-가닥(β-TMS)을 가진 47개의 포린 패밀리를 포함하며, 그람 음성 세균 유래 구성원과 진핵생물 미토콘드리아 포린을 포함한다. 포린 슈퍼패밀리 II와 V는 방선균에서 유래되었고, 포린 슈퍼패밀리 III와 V는 진핵생물 세포 소기관에서 유래되었다.

포린 슈퍼패밀리 I에는 다음과 같은 패밀리들이 속한다.

번호패밀리 이름설명
1.B.1일반 세균 포린 과
1.B.2클라미디아 포린(CP) 과
1.B.3당 포린(SP) 과
1.B.4브루셀라-리조비움 포린(BRP) 과
1.B.5Pseudomonas OprP 포린(POP) 과
1.B.6OmpA-OmpF 포린(OOP) 과
1.B.7Rhodobacter PorCa 포린(RPP) 과
1.B.8미토콘드리아 및 엽록체 포린(MPP) 과
1.B.9FadL 외부 막 단백질(FadL) 과
1.B.10뉴클레오사이드 특이적 채널 형성 외부 막 포린(Tsx) 과
1.B.11외부 막 섬모 유도자 포린(FUP) 과
1.B.12자가수송체-1(AT-1) 과
1.B.13알긴산 수출 포린(AEP) 과
1.B.14외부 막 수용체(OMR) 과
1.B.15라피노스 포린(RafY) 과
1.B.16단쇄 아미드 및 요소 포린(SAP) 과
1.B.17외부 막 인자(OMF) 과
1.B.18외부 막 보조(OMA) 단백질 과
1.B.19글루코스 선택적 OprB 포린(OprB) 과
1.B.20투 파트너 분비(TPS) 과
1.B.21OmpG 포린(OmpG) 과
1.B.22외부 세균 막 분비 단백질(분비 단백질) 과
1.B.23시아노박테리아 포린(CBP) 과
1.B.24미코박테리아 포린
1.B.25외부 막 포린(Opr) 과
1.B.26사이클로덱스트린 포린(CDP) 과
1.B.31캄필로박터 제주니 주요 외부 막 포린(MomP) 과
1.B.32푸소박테리아 외부 막 포린(FomP) 과
1.B.33외부 막 단백질 삽입 포린(Bam 복합체)(OmpIP) 과
1.B.34코리네박테리아 포린
1.B.35올리고갈락투론산 특이적 포린(KdgM) 과
1.B.39세균 포린, OmpW(OmpW) 과
1.B.42외부 막 지질다당류 수출 포린(LPS-EP) 과
1.B.43Coxiella 포린 P1(CPP1) 과
1.B.44단백질 전달이 가능한 Porphyromonas gingivalis 포린(PorT) 과
1.B.49Anaplasma P44(A-P44) 포린 과
1.B.54인티민/침입성(Int/Inv) 또는 자가수송체-3 과
1.B.55폴리 아세틸 글루코사민 포린(PgaA) 과
1.B.57레지오넬라 주요 외부 막 단백질(LM-OMP) 과
1.B.60Omp50 포린(Omp50 포린) 과
1.B.61델타-세균 포린(델타-포린) 과
1.B.62추정 세균 포린(PBP) 과
1.B.66추정 베타-배럴 포린-2(BBP2) 과
1.B.67추정 베타 배럴 포린-4(BBP4) 과
1.B.68추정 베타 배럴 포린-5(BBP5) 슈퍼패밀리
1.B.70외부 막 채널(OMC) 과
1.B.71프로테오박테리아/베루코미크로비아 포린(PVP) 과
1.B.72원형 클라미디아 외부 막 포린(PomS/T) 과
1.B.73캡슐 생합성/조립(CBA) 과
1.B.78DUF3374 전자 수송 관련 포린(ET포린) 과



다음은 포린 슈퍼패밀리 I에 속하지 않는 패밀리들이다.

슈퍼패밀리번호패밀리 이름설명
II | 1.B.24 | 마이코박테리아 포린 |
노카르디아 헤테로-올리고머 세포벽 채널(NfpA/B) 패밀리 |
III | 1.B.28 | 24 kDa 플라스티드 외피 포린(OEP24) 계열 |
37 kDa 플라스티드 외피 포린(OEP37) 계열 |
외막 단백질 전위 효소(MPT) 패밀리 |
이 슈퍼패밀리에는 다중 구성 단백질 전위 효소의 기공을 구성하는 단백질이 포함된다.
IV | 1.B.30 | 16kDa의 엽록체 외피 포린(OEP16) 패밀리 |
과산화소체 막 포린 4(PxMP4) 패밀리 |
V | 1.B.34 | 코리네박테리움 포린 A (PorA) 계열 |
외막 포린, PorH (PorH) 계열 |


7. 발견

포린의 발견은 "포린학자"라는 별명을 가진 니카이도 히로시에게 기인한다.[11]

참조

[1] MeshName Porins
[2] 논문 General and specific porins from bacterial outer membranes
[3] 논문 Folding and assembly of beta-barrel membrane proteins 2004-11
[4] 논문 The structure of a mycobacterial outer-membrane channel 2004-02
[5] 논문 Microbe-host interactions: structure and role of Gram-negative bacterial porins 2012-12
[6] 서적 Bacterial and eukaryotic porins: structure, function, mechanism Wiley-VCH 2004
[7] 논문 Voltage-dependent porin-like ion channels in the archaeon Haloferax volcanii 1997-01
[8] 논문 Nonspecific Porins of the Outer Membrane of Gram-Negative Bacteria: Structure and Functions 2009
[9] 논문 Protein-translocating outer membrane porins of Gram-negative bacteria 2002-05
[10] 서적 Anion Carriers of Mitochondrial Membranes Springer 1989
[11] 논문 The porinologist 2005-12
[12] 논문 Mycobacterial porins--new channel proteins in unique outer membranes 2003-09
[13] 논문 NMR localization of the O-mycoloylation on PorH, a channel forming peptide from Corynebacterium glutamicum 2013-11
[14] 문서 Branden and Toozle, Introduction to Protein Structure, second edition
[15] MeshName Porins



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