SARS-CoV-2 세타 변이

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1. 개요
2. 분류
- 2.1. 명명
- 2.2. 변이
3. 역사
4. 통계
- 4.1. 국가별 사례
참조

1. 개요

SARS-CoV-2 세타 변이는 2021년 1월 필리핀에서 처음 보고된 SARS-CoV-2의 변이 바이러스이다. P.3 계통으로 명명되었으며, 세계 보건 기구(WHO)는 6월 1일 그리스 문자를 사용하여 세타(θ:Theta)로 명명했다. 세타 변이는 스파이크 단백질을 포함하여 14개의 아미노산 치환이 확인되었으며, E484K, N501Y, D614G, P681H 변이 등이 특징이다. 2021년 2월 필리핀에서 처음 발견되었으며, 이후 일본, 영국, 말레이시아 등에서 보고되었다. 2021년 11월 19일 기준, 필리핀에서 가장 많은 확진자가 보고되었으며, 대한민국에서도 2건의 사례가 확인되었다.

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SARS-CoV-2 세타 변이
명칭
다른 이름	VUI-21MAR-02 계통 B.1.1.28.3 필리핀 변이
SARS-CoV-2 변이
종류	SARS-CoV-2의 변이
추가 정보
확인	DOH (필리핀 보건부)에서 중앙 비사야스에서 새로운 COVID-19 변이 확인
발견	일본에서 필리핀발 여행객에게서 새로운 코로나바이러스 변이 발견
추적	WHO에서 SARS-CoV-2 변이 추적

2. 분류

SARS-CoV-2 세타 변이는 세계 보건 기구(WHO)가 그리스 문자를 사용하여 지정한 명칭이다.^[6]^[20]^[28] 유전학적 계통 분류인 PANGO 계통에서는 '''P.3'''으로 분류된다.^[20]^[28] 이 변이는 필리핀에서 처음 발견되었으며^[20]^[28], 고유한 아미노산 변이 조합을 가지고 있다.^[8]

2. 1. 명명

2021년 1월, 이 계통은 필리핀에서 처음 기록되었으며, 이후 '''계통 P.3''' (lineage P.3)으로 명명되었다.^[20]^[28]

2021년 3월 17일, 영국 공중 보건국(PHE)은 계통 P.3을 '''VUI-21MAR-02'''로 명명했다.^[5]

2021년 5월 말, 세계 보건 기구(WHO)는 우려 변이(VOC) 및 주시 변이(VOI)에 그리스 문자를 사용하는 새로운 명명 방침을 도입하였다.^[20]^[28] 이에 따라 2021년 6월 1일, WHO는 계통 P.3을 '''세타''' (θ:Theta) 변이로 명명했다.^[6]^[20]^[28]

2. 2. 변이

세타 변이의 모든 샘플에서 총 14개의 아미노산 치환이 공통적으로 관찰되었다. 여기에는 7개의 스파이크 단백질 변이가 포함된다. 스파이크 단백질 변이 중 E484K, N501Y, D614G, P681H 4개는 이전에 다른 주요 우려 변이에서도 확인된 것들이다. 또한 스파이크 단백질의 C-말단 영역에서 E1092K, H1101Y, V1176F 3개의 추가 치환이 발견되었다. ORF8 유전자에서는 K2Q 아미노산 치환이 모든 샘플에서 공통적으로 나타났다.

한편, 조사된 33개 샘플 중 32개에서는 스파이크 단백질의 141~143번 위치에서 3개의 아미노산(LGV)이 결실된 변이(LGV141_143del)를 포함한 3개의 다른 변이가 추가로 확인되었다. 이 외에도 단백질 서열에는 변화를 주지 않는 5개의 동의 변이(synonymous mutation)도 모든 샘플에서 발견되었다.^[8]

세타 변이의 아미노산 변이
유전자	아미노산 변이
ORF1ab	F924F (동의 변이)
	D1554G (33개 중 32개 샘플)
	S2433S (동의 변이)
	L3201P
	D3681E
	N3928N (동의 변이)
	L3930F
	P4715L
	A5692V (33개 중 32개 샘플)
S	LGV141_143del (33개 중 32개 샘플, 아미노산 결실)
	E484K
	N501Y
	G593G (동의 변이)
	D614G
	P681H
	S875S (동의 변이)
	E1092K
	H1101Y
	V1176F
ORF8	K2Q
N	R203K
N	G204R

3. 역사

세타 변이는 2021년 2월 18일 필리핀 중부 비사야 지역에서 처음으로 그 존재가 확인되었다. 당시 필리핀 보건부는 환자 검체 분석을 통해 E484K와 N501Y 돌연변이를 가진 새로운 변이 바이러스의 등장을 알렸으나, 아직 공식 명칭은 없었다.^[1]

이후 이 변이는 국제적으로 확산되었다. 2021년 3월 12일 일본에서 필리핀발 여행객을 통해 처음 발견되었고,^[2] 다음 날인 3월 13일 필리핀 보건부는 이 변이를 공식적으로 '''P.3''' 계통으로 명명했다.^[10] 3월 17일에는 영국에서도 첫 사례가 보고되었으며, 영국 공중 보건청(Public Health England, PHE)은 이를 VUI-21MAR-02로 분류했다.^[11] 이어 2021년 4월 30일에는 말레이시아 사라왁 주에서도 P.3 계통 감염 사례가 확인되었다.^[12]

3. 1. 필리핀

2021년 2월 18일, 필리핀 보건부는 환자 검체를 게놈 염기 서열 분석을 위해 보낸 후 중부 비사야 지역에서 코로나19의 두 가지 변이('''E484K'''와 '''N501Y''')가 검출되었음을 확인했다.^[1] 이 변이들은 50개 검체 중 37개에서 발견되었으며, 이 중 29개에서는 두 변이가 함께 나타났다. 당시에는 해당 변이에 대한 공식 명칭이 없었고, 전체 염기서열 정보도 아직 확인되지 않았다.^[1]

2021년 3월 12일, 일본은 필리핀에서 온 여행객에게서 이 변이를 발견했다고 발표했다.^[2]

2021년 3월 13일, 필리핀 보건부는 이 변이가 새로운 변이로서 '''계통 P.3'''으로 지정되었다고 공식 확인했다.^[10] 같은 날, 필리핀 내에서 계통 P.1(감마 변이)의 첫 사례도 확인되었다. P.1과 P.3 계통은 동일한 B.1.1.28 계통에서 유래했지만, 보건부는 P.3 계통이 백신 효능과 전염성에 미치는 영향은 아직 밝혀지지 않았다고 덧붙였다.^[10]

2021년 3월 17일, 영국에서 첫 2건의 P.3 계통 사례가 확인되었으며, 영국 보건 안전청(PHE)은 이를 VUI-21MAR-02로 명명했다.^[11]

2021년 4월 30일, 말레이시아 사라왁 주에서 8건의 계통 P.3 사례가 검출되었다.^[12]

3. 2. 일본

2021년 3월 12일, 일본은 필리핀에서 온 여행객에게서 새로운 코로나19 변이를 발견했다.^[2]

3. 3. 영국

2021년 3월 17일, 영국에서 첫 번째 2건의 사례가 확인되었다. 영국 공중 보건청(Public Health England, PHE)은 이를 VUI-21MAR-02로 명명했다.^[11]

3. 4. 말레이시아

2021년 4월 30일, 말레이시아의 사라왁 주에서 계통 P.3 8건이 발견되었다.^[12]

4. 통계

국가별 사례 (2021년 11월 19일 기준)
국가	확진자 수
국가	PANGOLIN^[41]	outbreak.info^[42]	리제네론^[43]	기타 출처
필리핀	457	505	519	461^[44]
미국	17	20	17
독일	11	11	11
말레이시아	10	10	10	13^[45]
영국	9	9	9	10^[46]
일본	7	8	8
네덜란드	7	7	7	4^[47]
캐나다	5	5	5
오스트레일리아	3	3	4
벨기에	3	3	3
중국 (홍콩의 사례)	3	14	18
괌	3	–	3
뉴질랜드	3	3	3
노르웨이	3	3	3
싱가포르	3	3	3
앙골라	2	2	2
대한민국	2	2	2
스웨덴	2	2	2
핀란드	1	1	1
총합:	550	620	630	488

4. 1. 국가별 사례

국가별 확진 사례 (2022년 1월 24일 기준)
국가	PANGOLIN^[13]	outbreak.info	리제네론^[14]	기타 출처
필리핀	455	513	516	461^[15]
미국	17	20	17
독일	11	11	11
말레이시아	10	10	10	13^[16]
영국	9	9	9	10^[17]
일본	7	8	8
네덜란드	7	7	7	4^[18]
캐나다	5	5	5
오스트레일리아	3	3	4
벨기에	3	3	3
중국 (홍콩의 사례)	3	14	14
괌	3	–	3
뉴질랜드	3	3	3
노르웨이	3	3	3
싱가포르	3	3	3
앙골라	2	2	2
대한민국	2	2	2
스웨덴	2	2	2
브라질	1	1	1
핀란드	1	1	1
총계	550	620	624	488

참조

_[1] 뉴스 DOH confirms new COVID-19 mutations in Central Visayas https://web.archive.[...] 2021-05-02
_[2] 뉴스 New coronavirus variant found in traveler from Philippines: Japan https://english.kyod[...] 2021-05-02
_[3] 뉴스 Japanese authorities discover a new coronavirus variant in traveler from Philippines https://web.archive.[...] 2021-05-02
_[4] 웹사이트 Tracking SARS-CoV-2 variants https://www.who.int/[...] World Health Organization
_[5] 웹사이트 Variants: distribution of cases data https://www.gov.uk/g[...] Government Digital Service
_[6] 웹사이트 Tracking SARS-CoV-2 variants https://www.who.int/[...] 2021-06-01
_[7] 웹사이트 Spike Variants: Theta variant, aka B.1.128 https://covdb.stanfo[...] Stanford University Coronavirus Antiviral & Resistance Database 2021-07-05
_[8] 웹사이트 PGC SARS-CoV-2 Bulletin No. 7: Detection and characterization of a new SARS-CoV-2 lineage P.3, with spike protein mutations E484K, N501Y, P681H and LGV 141–143 deletion, from samples sequenced through the intensified UP-PGC, UP-NIH and DOH biosurveillance program https://pgc.up.edu.p[...]
_[9] 웹사이트 P.3 Lineage Report https://outbreak.inf[...]
_[10] 뉴스 DOH confirms new COVID-19 variant first detected in PH, first case of Brazil variant https://news.abs-cbn[...] 2021-05-02
_[11] 뉴스 England reports 2 cases of new COVID-19 variant found in Philippines https://www.rappler.[...] 2021-05-02
_[12] 웹사이트 Covid-19: Sarawak detects variant reported in the Philippines https://www.thestar.[...] 2021-04-30
_[13] 웹사이트 PANGO lineages https://web.archive.[...] 2021-05-02
_[14] 웹사이트 Regeneron COVID-19 Dashboard https://covid19dashb[...] 2021-08-27
_[15] 뉴스 DOH detects additional 339 Delta variant cases https://www.gmanetwo[...] 2021-10-01
_[16] 뉴스 Delta variant detected in Sarawak https://www.nst.com.[...] 2021-07-13
_[17] 웹사이트 Variants: distribution of case data, 13 August 2021 https://www.gov.uk/g[...] 2021-08-13
_[18] 웹사이트 Variants in the Netherlands https://www.rivm.nl/[...] 2021-07-16
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_[28] 웹사이트 新型コロナウイルス感染症の世界の状況報告 https://www.forth.go[...] 厚生労働省 2021-10-02
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_[32] 뉴스 DOH: Philippines detects more cases of coronavirus variants https://www.gmanetwo[...] 2021-05-04
_[33] 뉴스 Philippines detects 10 more cases of coronavirus variant first detected in India https://www.philstar[...] 2021-05-15
_[34] 뉴스 DOH logs new COVID-19 variant cases in PH; only 26 active https://news.abs-cbn[...] 2021-05-29
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_[44] 뉴스 DOH detects additional 339 Delta variant cases https://www.gmanetwo[...] 2021-09-29
_[45] 뉴스 Delta variant detected in Sarawak https://www.nst.com.[...] 2021-07-08
_[46] 웹인용 Variants: distribution of case data, 2021년 8월 13일 https://www.gov.uk/g[...] 2021-08-13
_[47] 웹인용 Variants in the Netherlands https://www.rivm.nl/[...] 2021-07-16

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