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리보스

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1. 개요

리보스는 5개의 탄소 원자를 가진 알도펜토스로, 사슬형과 고리형 구조를 가질 수 있다. 주요 생체 내 기능은 뉴클레오타이드 및 핵산의 구성 성분, 에너지 대사, 신호 전달 등이다. 리보스는 오탄당 인산 경로를 통해 생합성되며, 식품 첨가물, 영양 보충제, 의약품 원료로 사용된다. 리보스는 C2' 위치의 변형을 통해 RNA의 안정성을 높이거나 면역 자극을 조절할 수 있으며, 의학적으로는 심부전, 만성 피로 증후군 등의 치료에 활용될 수 있다.

더 읽어볼만한 페이지

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    자일로스는 5개의 탄소 원자를 가진 단당류의 일종으로, D-자일로스 형태로 주로 존재하며 식물의 헤미셀룰로스인 자일란의 구성 성분이며 푸르푸랄, 자일리톨, 수소 생산 등에 이용된다.
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리보스 - [화학 물질]에 관한 문서
일반 정보
D-리보스
D-리보스
D-리보스 피셔 투영식
D-리보스 피셔 투영식
베타-D-리보푸라노스
베타-D-리보푸라노스
베타-D-리보피라노스
베타-D-리보피라노스
IUPAC 이름(2R,3R,4S,5R)-5-(히드록시메틸)옥솔란-2,3,4-트리올
다른 이름-리보스}}
식별 정보
CAS 등록번호50-69-1
UNII681HV46001
EC 번호200-059-4
드럭뱅크DB01936
펍켐5779
ChemBL1159662
펍켐 (알데히드 형태 D-(−)-리보스)5311110
ChemSpider (알데히드 형태 D-(−)-리보스)4470639
SMILES (알데히드 형태 D-(−)-리보스)C([C@H]([C@H]([C@H](C=O)O)O)O)O
InChI (알데히드 형태 D-(−)-리보스)1/C5H10O5/c6-1-3(8)5(10)4(9)2-7/h1,3-5,7-10H,2H2/t3-,4+,5-/m0/s1
InChIKey (알데히드 형태 D-(−)-리보스)PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVBD
InChI (알데히드 형태 D-(−)-리보스)1S/C5H10O5/c6-1-3(8)5(10)4(9)2-7/h1,3-5,7-10H,2H2/t3-,4+,5-/m0/s1
InChIKey (알데히드 형태 D-(−)-리보스)PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N
KEGGC00121
성질
분자식C5H10O5
몰 질량150.13 g/mol
외형흰색 고체
용해도100 g/L (25 °C)
비선광도−21.5° (H2O)
위험성
관련 화합물
다른 알도펜토스아라비노스
자일로스
릭소스
관련 화합물디옥시리보스

2. 구조

리보스는 알도펜토스(5개의 탄소 원자를 포함하는 단당류로, 열린 사슬 형태에서는 한쪽 끝에 알데하이드 작용기를 가지고 있다)이다. 단당류의 일반적인 번호 매기기 방식에서 탄소 원자는 C1'(알데히드기에 있는)에서 C5'까지 번호가 매겨진다. DNA에서 발견되는 데옥시리보스는 C2' 위치에 수산기(-OH) 대신 수소 원자(-H)를 가지고 있다는 점에서 리보스와 다르다. 리보스의 C2' 수산기는 RNA 스플라이싱에서 중요한 기능을 수행한다.

뉴클레오사이드뉴클레오타이드에서 리보스 잔기는 결합을 포함하는 회전에 대한 비틀림각에 따라 구성이 달라진다. 2차 구조는 7개의 비틀림각 회전에 의해 결정되며,[17] 많은 비틀림각은 더 큰 유연성을 허용한다.

닫힌 고리 리보스는 고리 주기가 구조에서 가능한 비틀림각의 수를 제한하기 때문에 위에서 언급한 유연성이 관찰되지 않는다.[17] 리보스 분자는 일반적으로 평면에 있는 것처럼 표현되지만, 실제로는 비평면적인 팽윤된 형태를 띤다. 이는 수소 원자 사이의 입체 장애와 고리 변형을 완화하기 위해서이다.[18]

2. 1. 사슬형 구조

리보스는 5개의 탄소 원자로 구성된 단당류이며, 사슬 끝에 알데하이드(-CHO)기를 가지고 있는 알도스이다. 탄소 원자는 알데하이드기의 탄소를 1번(C1)으로 하여 C1'에서 C5'까지 번호가 매겨진다. 뉴클레오타이드뉴클레오사이드의 경우 질소 염기에 붙이는 번호와 구별하기 위해 오탄당의 탄소 번호에 프라임 부호(')를 붙여서 표시한다.[42] DNA에서 발견되는 리보스의 유도체인 디옥시리보스는 C2'에서 하이드록시기 대신 수소 원자를 가지는 점이 리보스와 다르다. 리보스의 C2' 하이드록시기는 RNA 스플라이싱에서 그 기능을 수행한다.[43]

2. 2. 고리형 구조

많은 단당류와 마찬가지로 리보스는 다섯 가지 형태의 평형 상태로 존재한다. 각각은 H−(C=O)−(CHOH)4–H 인 사슬형, 5원자 고리형인 α-리보푸라노스, β-리보푸라노스, 6원자 고리형인 α-리보피라노스, β-리보피라노스이다.[42] 수용액에서 우세한 형태는 β-리보피라노스이다.[42]

D-리보스의 구조
골격 구조식하워드 투영식

α-D-리보푸라노스

β-D-리보푸라노스

α-D-리보피라노스

β-D-리보피라노스



수용액에서 리보스 각 형태의 상대적 비율은 β-D-리보피라노스 (59%), α-D-리보피라노스 (20%), β-D-리보푸라노스 (13%), α-D-리보푸라노스 (7%), 사슬형 (0.1%)이다.[43]

2. 3. 입체화학

D-리보스에서 "D-"는 알데하이드기로부터 가장 멀리 떨어져 있는 키랄 탄소(C4')의 입체 화학적 배치를 의미한다. 모든 D-당류와 마찬가지로 D-리보스에서 이 키랄 탄소의 입체화학적 배치는 D-글리세르알데하이드의 배치와 동일하다.[42]

D-리보스의 구조
골격 구조식하워드 투영식

α-D-리보푸라노스

β-D-리보푸라노스

α-D-리보피라노스

β-D-리보피라노스


2. 4. 2' 탄소의 중요성

DNA에서 발견되는 리보스의 유도체인 디옥시리보스는 C2'에서 하이드록시기(-OH) 대신 수소 원자(-H)를 가진다는 점이 리보스와 다르다. 이러한 차이로 인해 DNA는 더 안정적인 구조를 가지게 된다. 반면 리보스의 C2' 하이드록시기는 RNA 스플라이싱에서 중요한 기능을 수행한다.[42]

2. 5. 고리 팽윤 (Puckering)

리보스 분자는 일반적으로 평면으로 표현되지만, 실제로는 비평면적인 팽윤된 형태를 띤다. 이는 리보스 구성 요소 간의 입체 장애와 고리 변형을 완화하기 위해서이다. 고리 팽윤은 원자들이 평면에서 벗어나 변형을 줄이고 더 안정된 형태를 만들어 낸다.[18]

팽윤은 팽윤 진폭과 가상 회전 각도로 설명할 수 있다. 가상 회전 각도는 "북쪽(N)" 또는 "남쪽(S)" 범위로 나타낼 수 있다. 북쪽 범위는 주로 RNA 및 A 형태의 DNA와 관련이 있고, 남쪽 범위는 B 형태 DNA와 관련이 있다. Z-DNA는 북쪽과 남쪽 범위의 당을 모두 포함한다.[19]

단일 원자가 변위되는 것을 "엔벨로프" 팽윤, 두 원자가 지그재그 방향으로 변위되는 것을 "꼬임" 팽윤이라고 한다.[20] "엔도" 팽윤은 원자의 주요 변위가 β-면(C4'-C5' 결합 및 염기와 같은 쪽)에 있는 것이고, "엑소" 팽윤은 α-면(고리의 반대쪽)에 있는 것이다. 리보스의 주요 형태는 3'-엔도 팽윤(RNA 및 A형 DNA에서 주로 나타남)과 2'-엔도 팽윤(B형 DNA에서 주로 나타남)이다.[21]

닫힌 고리 리보스에서, 산소가 질소 염기(또는 염기)에 어떻게 위치하는지에 따라 컨포머가 달라진다. 탄소가 염기를 향하면 엔도(endo), 염기에서 멀어지면 엑소(exo)라고 한다. 닫힌 고리 리보스의 2' 탄소에 산소 분자가 붙어 있을 때는 엑소 형태가 더 안정적인데, 이는 산소와 염기의 상호작용을 줄여주기 때문이다.[17]

리보스의 일부 팽윤 구성은 다음과 같다.

3. 생합성 및 공급원

리보스는 5-인산 에스테르 형태로 일반적으로 오탄당 인산 경로를 통해 포도당으로부터 생성된다. 적어도 일부 고세균에서는 대체 경로가 확인되었다.[12]

화학적으로 리보스를 합성할 수도 있지만, 상업적으로는 포도당 발효를 통해 생산한다. 유전자 변형된 바실루스 서브틸리스 균주를 사용하면 200g의 포도당으로부터 90g/L의 리보스를 생산할 수 있는데, 이 과정에는 글루콘산과 리불로스라는 중간체가 필요하다.[13]

리보스는 운석에서도 발견되었으며,[14][15] 지구 생물에게 보편적으로 발견되는 당이다. 핵산 염기와 결합하여 뉴클레오시드를 형성하고, 리보핵산의 구성 당으로 알려져 있다. 리보스는 지구 생물의 체내에서 포도당을 원료로 합성되며,[32] 오탄당 인산 경로가 리보스 생합성 경로로 알려져 있다.[33]

4. 생체 내 기능

리보스는 RNA의 구성 성분이며, DNA의 구성 성분인 데옥시리보스와 함께 유전 정보 저장 및 전달에 핵심적인 역할을 한다. 리보스는 뉴클레오사이드뉴클레오타이드의 구성 요소로, 이들의 구조와 기능에 영향을 미친다.

리보스는 지구 생물에게 보편적으로 발견되는 당으로, 핵산 염기와 결합하여 뉴클레오시드를 형성하며, 리보핵산의 구성 당이다. 리보스는 지구 생물의 체내에서 포도당을 원료로 오탄당 인산 경로를 통해 합성된다.[32][33] 또한, 운석에서도 발견되었다.[34]

오탄당 인산 경로: 로 시작하여 을 중간체로 포함


리보스와 데옥시리보스의 차이점은 2'OH의 존재 여부이다.


ATP는 리보스에서 유래하며, 하나의 리보스, 세 개의 인산기 및 아데닌 염기를 포함한다. ATP는 세포 호흡 과정에서 아데노신 이인산(ADP) (인산기가 하나 적은 ATP)로부터 생성된다. 리보스는 세포 내 에너지 전달에 관여하기 때문에 "분자 화폐"라고 불린다. 예를 들어, 니코틴아마이드 아데닌 디뉴클레오타이드(NAD), 플라빈 아데닌 디뉴클레오타이드(FAD), 니코틴아마이드 아데닌 디뉴클레오타이드 인산(NADP)은 모두 D-리보푸라노스영어 부분을 포함한다.

아데노신 사이클릭 인산(cAMP)은 리보스를 포함하는 2차 신호 분자이며, 아데노신 삼인산(ATP)에서 파생된다. cAMP가 사용되는 한 가지 예시는 cAMP 의존적 신호 전달 경로이다.

4. 1. 뉴클레오타이드 및 핵산 구성 성분

리보스는 RNA의 구성 성분이며, DNA의 구성 성분인 데옥시리보스와 함께 유전 정보 저장 및 전달에 핵심적인 역할을 한다. 리보스는 뉴클레오사이드뉴클레오타이드의 구성 요소로, 이들의 구조와 기능에 영향을 미친다. 뉴클레오사이드와 뉴클레오타이드 내에서 리보스 잔기는 결합을 포함하는 회전에 대한 비틀림각에 따라 다양한 형태를 취하며, 이는 뉴클레오사이드와 뉴클레오타이드의 구성에 영향을 준다. 2차 구조는 7개의 비틀림각 회전에 의해 결정된다.[17]

닫힌 고리 형태의 리보스는 분자 내 산소와 리보스에 부착된 질소 염기(또는 염기)의 상대적 위치에 따라 '엔도(endo)' 또는 '엑소(exo)' 형태로 구분된다. 탄소가 염기를 향하면 엔도, 염기에서 멀리 떨어져 있으면 엑소로 표시된다. 닫힌 고리 리보스의 2' 탄소에 산소 분자가 부착된 경우, 엑소 형태가 산소와 염기 간 상호작용을 줄여 더 안정적이다.[17]

리보스 분자는 일반적으로 평면으로 표현되지만, 실제로는 비평면적인 경우가 많다. 분자 내 구성 요소 간의 입체 장애와 변형을 완화하기 위해 고리가 팽윤(비평면)되어 더 안정적인 형태를 만든다.[18] 팽윤은 '엔벨로프' 팽윤(단일 원자 변위) 또는 '꼬임' 팽윤(두 원자 변위)으로 나타난다.[20] 리보스의 주요 형태는 3'-엔도 팽윤(RNA 및 A형 DNA에서 일반적)과 2'-엔도 팽윤(B형 DNA에서 일반적)이다.[21]

뉴클레오타이드는 재활용 또는 데 노보 합성을 통해 합성된다.[24] 데 노보 합성과 재활용 모두 인산리보실 피로인산(PRPP)이 필요하며, 이는 효소인 PRPP 합성효소에 의해 ATP와 리보스 5-인산으로부터 합성된다.[24]

리보스는 지구 생물에게 보편적으로 발견되는 당으로, 핵산 염기와 결합하여 뉴클레오시드를 형성하며, 리보핵산의 구성 당이다. 리보스는 지구 생물의 체내에서 포도당을 원료로 오탄당 인산 경로를 통해 합성된다.[32][33] 또한, 운석에서도 발견되었다.[34]

4. 2. 에너지 대사

ATP는 리보스에서 유래하며, 하나의 리보스, 세 개의 인산기 및 아데닌 염기를 포함한다. ATP는 세포 호흡 과정에서 아데노신 이인산(ADP) (인산기가 하나 적은 ATP)로부터 생성된다.

리보스는 세포 내 에너지 전달에 관여하기 때문에 "분자 화폐"라고 불린다. 예를 들어, 니코틴아마이드 아데닌 디뉴클레오타이드(NAD), 플라빈 아데닌 디뉴클레오타이드(FAD), 니코틴아마이드 아데닌 디뉴클레오타이드 인산(NADP)은 모두 D-리보푸라노스영어 부분을 포함한다. NAD, FAD, NADP는 효소 리보키나아제에 의해 D-리보스영어D-리보스 5-인산영어으로 전환된 후 각각 D-리보스영어로부터 유도될 수 있다.[22][23] NAD, FAD, NADP는 당분해, 구연산 회로, 발효, 전자 전달 연쇄를 포함한 주요 대사 경로에서 생화학적 산화 환원 반응의 전자 수용체로 작용한다.

4. 3. 신호 전달

아데노신 사이클릭 인산(cAMP)은 리보스를 포함하는 2차 신호 분자이며, 아데노신 삼인산(ATP)에서 파생된다. cAMP가 사용되는 한 가지 예시는 cAMP 의존적 신호 전달 경로이다. cAMP 신호 전달 경로에서 자극 또는 억제 호르몬 수용체는 신호 분자에 의해 활성화된다. 이러한 수용체는 자극 또는 억제 조절 G 단백질에 연결된다. 자극성 G 단백질이 활성화되면 아데닐릴 사이클라제는 Mg2+ 또는 Mn2+를 사용하여 ATP를 cAMP로 촉매한다. 2차 전달자인 cAMP는 세포 대사를 조절하는 효소인 단백질 인산화 효소 A를 활성화한다. 단백질 인산화 효소 A는 원래 신호 분자에 따라 세포의 변화를 유발하는 인산화에 의해 대사 효소를 조절한다. 억제성 G 단백질이 활성화되면 반대 현상이 발생한다. G 단백질은 아데닐릴 사이클라제를 억제하고, ATP는 cAMP로 전환되지 않는다.

5. 인산화

리보키네이스는 리보스를 리보스 5-인산으로 전환하는 반응을 촉매한다.[44] 전환된 리보스 5-인산은 아미노산트립토판히스티딘 생성에 사용되거나 오탄당 인산 경로에 사용될 수 있다. D-리보스의 흡수율은 소장에서 88~100%이다(최대 200 mg/kg·h).[25]

6. 관련 효소

리보키네이스는 리보스를 리보스 5-인산으로 전환하는 반응을 촉매한다.[44] 는 리불로스-5-인산을 리보스-5-인산으로 변환한다.[37]

7. 관련 분자


  • 포스포리보실 피로인산(PRPP): 뉴클레오타이드 합성에 필수적인 물질이다. 뉴클레오타이드는 재활용 또는 데 노보 합성(새로운 합성)을 통해 만들어지는데, 두 경로 모두 PRPP가 필요하다. PRPP는 PRPP 합성효소에 의해 ATP(아데노신 삼인산)와 리보스 5-인산으로부터 합성된다.[24]
  • 데옥시리보스: DNA의 구성 성분이다. DNA에서 발견되는 데옥시리보스 유도체는 C2' 위치에 있는 수산기(-OH) 대신 수소 원자를 가지고 있다는 점에서 리보스와 다르다.

8. 변형

리보스 분자는 C2' 위치에서 중요한 변형이 일어난다. 자연적으로는 O-알킬기를 첨가하여 분자 내 수소 결합과 배당체 결합 안정성을 높여 RNA의 핵산 분해 효소 저항성을 증가시킨다.[26] 이는 siRNA의 반감기를 늘려 세포와 동물에서 치료 가능성을 높인다.[28] 특정 부위에서 리보스의 메틸화는 면역 자극을 줄이는 효과가 있다.[27]

합성적으로는 리보퓨라노스 분자의 4' 위치에서 산소셀레늄이나 으로 교환하여 친유성을 증가시킨다. 이러한 유도체는 PCR, RNA 압타머 후 변형, 안티센스 기술, X선 결정학적 데이터 위상 결정 등에 사용된다.[28] 또한, 2' 위치에 플루오린을 첨가하는 합성 변형은 플루오린화된 리보스를 생성하여 면역 자극을 억제하고 배당체 결합 안정성과 분자 내 수소 결합을 증가시킨다.[26]

8. 1. 자연적 변형

리보스 분자의 C2' 위치에서 중요한 변형이 일어난다. O-알킬기를 첨가하면 분자 내 수소 결합의 증가와 배당체 결합 안정성 증가로 인해 추가적인 안정화력이 생겨 RNA의 핵산 분해 효소 저항성이 증가한다.[26] 결과적으로 저항성이 증가하면 siRNA에서 반감기가 증가하고 세포와 동물에서 잠재적인 치료 가능성이 높아진다.[28] 특정 부위에서 리보스의 메틸화는 면역 자극 감소와 관련이 있다.[27]

8. 2. 합성 변형

인산화와 함께, 리보퓨라노스 분자는 4' 위치에서 산소셀레늄과 교환하여 다른 유사한 당을 생성할 수 있다. 이러한 유도체는 원래 분자보다 더 친유성이다. 친유성이 증가하면 이러한 종은 PCR, RNA 압타머 후 변형, 안티센스 기술, 그리고 X선 결정학적 데이터 위상 결정과 같은 기술에 사용하기에 더 적합하다.[28]

자연계에서 2' 변형과 유사하게, 리보스의 합성 변형은 2' 위치에 플루오린을 첨가하는 것을 포함한다. 이 플루오린화된 리보스는 DNA 가닥에서 리보스의 위치에 따라 면역 자극을 억제할 수 있기 때문에 메틸화된 리보스와 유사하게 작용한다.[26] 메틸화와 플루오린화의 큰 차이점은 후자는 합성 변형을 통해서만 발생한다는 것이다. 플루오린 첨가는 배당체 결합의 안정성을 증가시키고 분자 내 수소 결합을 증가시킨다.[26]

9. 의학적 이용

D영어-리보스는 울혈성 심부전(다른 형태의 심장 질환뿐만 아니라) 및 만성 피로 증후군(근육통 뇌척수염)의 관리에 사용될 수 있다고 제안되었다.[29]

보충 D영어-리보스는 에너지 생성 경로인 오탄당 인산 경로의 일부를 우회하여 D영어-리보스-5-인산을 생성할 수 있다. 효소 포도당-6-인산 탈수소효소(G-6-PDH)는 종종 세포 내에서 부족하지만, 특히 심장 질환 환자의 심근 세포와 같은 질병 조직에서 더욱 부족하다. 미토콘드리아 내 D영어-리보스 공급은 ATP 생성과 직접적인 관련이 있으며, D영어-리보스 공급 감소는 ATP 생성량을 감소시킨다. 연구에 따르면 조직 허혈(예: 심근 허혈) 후 D영어-리보스를 보충하면 심근 ATP 생성량이 증가하고, 따라서 미토콘드리아 기능이 향상된다. 본질적으로, 보충 D영어-리보스를 투여하면 ATP 생산을 위해 5-인산-D영어-리보스 1-피로인산의 대체 공급원을 제공하여 오탄당 인산 경로의 효소 단계를 우회한다. 보충 D영어-리보스는 인간 및 다른 동물에서 ATP 수치를 회복시키면서 세포 손상을 줄여준다. 한 연구에 따르면 보충 D영어-리보스를 사용하면 협심증 진단을 받은 남성 관상 동맥 질환의 발생률이 감소한다고 한다.[31] D영어-리보스는 만성 피로 증후군, 섬유근육통 및 심근 기능 장애와 같은 많은 병리학적 상태를 치료하는 데 사용되어 왔다. 또한 운동 후 경련, 통증, 뻣뻣함 등의 증상을 줄이고 운동 능력을 향상시키는 데 사용된다.

10. 응용

D-리보스는 천연형 입체 이성질체로, 식품 첨가물이나 운동 후 영양 보충 식품에 사용된다.[35] L-리보스는 비천연형 입체 이성질체로, 항바이러스제 등 의약품 원료로 사용되며 공업적 제조법도 확립되었다.[36]

10. 1. 식품 첨가물 및 영양 보충제

D-리보스는 천연형 입체 이성질체로, 식품 첨가물이나 운동 후 영양 보충 식품에 사용된다.[35]

10. 2. 의약품 원료

L-리보스는 비천연형 입체 이성질체로, 항바이러스제 등 의약품 원료로 사용된다.[36] 공업적 제조법도 확립되었다.[36]

참조

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[2] 간행물 Rubber Bible 62nd
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