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단백질분해효소

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1. 개요

단백질분해효소는 단백질의 펩타이드 결합을 가수분해하여 더 짧은 조각으로 분해하는 효소의 총칭이다. 활성 부위 촉매 잔기에 따라 세린, 시스테인, 트레오닌, 아스파트산, 글루탐산, 메탈로, 아스파라진 단백질분해효소로 분류되며, 진화적 계통, 최적 pH, 절단 위치에 따라서도 분류된다. 단백질 분해는 엑소펩티데이스와 엔도펩티데이스로 분류되며, 효소는 촉매 작용을 통해 기질의 펩타이드 결합을 절단한다. 단백질분해효소는 생물체 내 다양한 생리학적 반응에 관여하며, 원핵생물, 진핵생물, 바이러스, 균류 등 다양한 생물체에서 발견된다. 산업, 의학, 생물학 연구, 식품 분야에서 널리 활용되며, 프로테아제 억제제에 의해 활성이 조절될 수 있다.

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단백질분해효소
개요
유형가수분해효소
기능단백질을 작은 펩타이드로 분해
상세 정보
설명다른 단백질을 더 작은 펩타이드로 절단하는 효소
참고 문헌단백질 분해 효소 - 설명, 유형 및 기능 - 브리태니커
López-Otín C, Bond JS. Proteases: multifunctional enzymes in life and disease. The Journal of Biological Chemistry. 2008년 11월; 283(45):30433–30437.
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Shen Y, Joachimiak A, Rosner MR, Tang WJ. Structures of human insulin-degrading enzyme reveal a new substrate recognition mechanism. Nature. 2006년 10월; 443(7113):870–874.
Radzicka A, Wolfenden R. Rates of Uncatalyzed Peptide Bond Hydrolysis in Neutral Solution and the Transition State Affinities of Proteases. Journal of the American Chemical Society. 1996년 7월; 118(26):6105–6109.

2. 분류

단백질분해효소(프로테아제)는 다양한 기준으로 분류할 수 있다. 1993년에 진화적 관계에 따라 84개의 과(family)로 처음 분류되었으며, 세린 단백질분해효소, 시스테인 단백질분해효소, 아스파트산 단백질분해효소, 메탈로단백질분해효소의 네 가지 촉매 유형으로 분류되었다.[7] 이후 트레오닌 단백질분해효소와 글루탐산 단백질분해효소가 각각 1995년과 2004년에 추가되었다. 2011년에는 아스파라진 펩티드 분해 효소가 일곱 번째 촉매 유형으로 설명되었다.[9]

2. 1. 촉매 잔기에 따른 분류

단백질분해효소는 활성 부위에 존재하는 촉매 잔기의 종류에 따라 다음과 같이 7가지로 분류된다.[6]

  • 세린 단백질분해효소: 세린 알코올을 사용한다.
  • 시스테인 단백질분해효소: 시스테인 티올을 사용한다.
  • 트레오닌 단백질분해효소: 트레오닌의 2차 알코올을 사용한다.
  • 아스파트산 단백질분해효소: 아스파르트산 카르복실산을 사용한다.
  • 글루탐산 단백질분해효소: 글루탐산 카르복실산을 사용한다.
  • 메탈로단백질분해효소: 금속 (주로 아연)을 사용한다.[3][4]
  • 아스파라진 펩티드 분해 효소: 아스파라진을 이용해 제거 반응을 수행한다. (물을 필요로 하지 않는다.)[9]


펩타이드 결합을 절단하는 기작은 시스테인트레오닌을 가진 아미노산 잔기(단백질분해효소의 경우) 또는 물 분자(아스파트산 단백질분해효소, 글루탐산 단백질분해효소, 메탈로단백질분해효소의 경우)를 친핵성으로 만들어 펩타이드 카르보닐기를 공격하도록 하는 것이다.[8] 친핵체를 만드는 한 가지 방법은 촉매 삼합체를 이용하는 것인데, 히스티딘 잔기가 세린, 시스테인, 트레오닌을 친핵체로 활성화시킨다. 다만, 이는 진화적 그룹화가 아니며, 서로 다른 단백질 슈퍼패밀리에서 친핵체 유형이 수렴 진화했기 때문이다. 일부 슈퍼패밀리에서는 여러 다른 친핵체로의 분기 진화가 나타나기도 한다.[8]

아스파라긴 펩티드 분해 효소는 가수 분해가 아닌 제거 반응을 수행한다.[9] 이 반응에서 촉매 아스파라진은 고리형 화학 구조를 형성하여 단백질 내 아스파라진 잔기에서 스스로 절단된다. 이러한 근본적으로 다른 메커니즘 때문에 펩티데이스에 포함시키는 것에 대한 논란이 있다.[9]

2. 2. 진화적 계통에 따른 분류

MEROPS 데이터베이스는 단백질분해효소의 진화적 슈퍼패밀리 분류를 제공한다.[10] 이 데이터베이스에서는 단백질분해효소를 구조, 메커니즘, 촉매 잔기 순서에 따라 '클랜'(슈퍼패밀리)으로 분류한다. 예를 들어 PA 클랜은 친핵성 촉매 계열이 혼합되어 있다. 각 클랜 내에서 단백질분해효소는 서열 유사성에 기반하여 패밀리로 분류된다. 예를 들어 PA 클랜 내에는 S1 및 C3 패밀리가 있다. 각 패밀리는 수백 개의 관련 단백질분해효소를 포함할 수 있는데, S1 패밀리 내의 트립신, 엘라스타제, 트롬빈, 스트렙토그리신 등이 그 예이다.[10]

현재 50개 이상의 클랜이 알려져 있으며, 각 클랜은 단백질 분해의 독립적인 진화적 기원을 나타낸다.[10]

2. 3. 최적 pH에 따른 분류

프로테아제는 활성을 나타내는 최적 pH에 따라 다음과 같이 분류된다.

  • '''산성 단백질분해효소'''
  • '''중성 단백질분해효소'''는 제1형 과민증에 관여한다. 여기에는 비만 세포에서 방출되어 보체계 및 키닌을 활성화시키는 효소들이 포함된다.[11][35] 이 그룹에는 칼파인이 포함된다.
  • '''염기성 단백질분해효소''' (또는 '''알칼리성 단백질분해효소''')

3. 효소의 기능 및 기작

단백질분해효소(프로테아제)는 긴 단백질 사슬의 펩타이드 결합을 끊어 짧은 조각으로 분해하는 역할을 한다. 이들은 단백질을 소화하는 데 중요한 역할을 한다.

단백질 분해에 사용되는 두 가지 가수분해 메커니즘 비교. 효소는 검은색, 기질 단백질은 빨간색, 은 파란색으로 표시.


단백질분해효소는 작용 방식에 따라 크게 두 가지로 나눌 수 있다.[31]

  • 엑소펩티데이스: 단백질 사슬의 끝에서 아미노산을 하나씩 분리한다.
  • 아미노펩티데이스: N-말단에서 아미노산을 분리한다.
  • 카르복시펩티데이스: C-말단에서 아미노산을 분리한다.
  • 엔도펩티데이스: 단백질 사슬 내부의 펩타이드 결합을 끊는다. (트립신, 키모트립신, 펩신, 파파인, 엘라스타아제 등)


단백질분해효소는 1993년에 처음으로 진화적 관계에 따라 84개의 패밀리로 분류되었으며, 세린 프로테아제, 시스테인 프로테아제, 아스파르트산 프로테아제, 금속 프로테아제의 네 가지 촉매 유형으로 나뉘었다.[32] 이후 트레오닌 프로테아제는 1995년에, 글루탐산 프로테아제는 2004년에 추가로 기재되었다.

펩타이드 결합 절단 기작은 시스테인트레오닌을 가진 아미노산 잔기(프로테아제) 또는 물 분자(아스파르트산 프로테아제, 금속 프로테아제)가 펩타이드 카복실기를 공격할 수 있도록 친핵성으로 만드는 것이다. 촉매 삼중항은 히스티딘 잔기를 사용하여 세린, 시스테인, 트레오닌을 친핵체로 활성화하는 방법 중 하나이다.

2011년에는 일곱 번째 촉매 유형인 아스파라긴 펩타이드 리아제가 보고되었다. 이 효소는 가수분해가 아닌 탈리 반응을 통해 단백질을 절단한다.[33]

3. 1. 촉매 작용

프로테아제의 촉매 작용은 크게 두 가지 기작으로 나뉜다.

  • 아스파르트산, 글루탐산, 금속 단백질분해효소는 물 분자를 활성화하여 펩타이드 결합에 친핵성 공격을 가해 가수 분해한다.
  • 세린, 트레오닌, 시스테인 프로테아제는 친핵성 잔기(일반적으로 촉매 삼중항에 있음)를 사용한다. 해당 잔기는 친핵성 공격을 수행하여 프로테아제를 기질 단백질에 공유결합으로 연결하여 생성물의 첫 번째 절반을 방출한다. 이 공유 아실-효소 중간체는 활성화된 물에 의해 가수 분해되어 생성물의 두 번째 절반을 방출하고 자유 효소를 재생성하여 촉매 작용을 완료한다.

3. 2. 기질 특이성

단백질 분해는 매우 광범위하여 다양한 단백질 기질이 가수분해될 수 있다. 이는 섭취된 다양한 단백질을 작은 펩타이드 조각으로 분해해야 하는 트립신과 같은 소화 효소의 경우이다. 기질 특이성이 낮은 단백질 분해 효소는 일반적으로 기질의 단일 아미노산에 결합하므로 해당 잔기에 대해서만 특이성을 갖는다. 예를 들어, 트립신은 ...K... 또는 ...R... 시퀀스에 특이적이다('\'=절단 부위).[12]

반대로, 일부 단백질 분해 효소는 매우 특이적이며 특정 서열을 가진 기질만 절단한다. 트롬빈과 같은 혈액 응고와 TEV 프로테아제와 같은 바이러스 폴리단백질 가공은 정확한 절단 반응을 달성하기 위해 이러한 수준의 특이성이 필요하다. 이는 단백질 분해 효소가 지정된 잔기에 결합하는 여러 포켓이 있는 긴 결합 틈새 또는 터널을 가짐으로써 달성된다. 예를 들어, TEV 프로테아제는 ...ENLYFQ\S... 서열에 특이적이다('\'=절단 부위).[13]

3. 3. 자가분해

단백질분해효소는 그 자체로 단백질이기 때문에, 다른 단백질분해효소 분자, 때로는 동일한 종류의 분자에 의해 절단될 수 있다. 이는 단백질분해효소 활성을 조절하는 방법으로 작용한다. 일부 단백질분해효소는 자가분해 후에 활성이 감소하는 반면(예: TEV 단백질분해효소), 다른 단백질분해효소는 활성이 증가한다(예: 트립시노젠).

4. 생물 다양성

단백질분해효소는 원핵생물부터 진핵생물, 바이러스에 이르기까지 모든 생물체에 존재한다. 이 효소들은 음식 단백질의 단순한 소화부터 혈액 응고 연쇄 반응, 보체계, 세포자멸사 경로, 그리고 무척추동물의 프로페놀산화효소 활성화 연쇄 반응과 같이 고도로 조절된 연쇄 반응에 이르기까지 수많은 생리학적 반응에 관여한다. 단백질분해효소는 단백질의 아미노산 서열에 따라 특정 펩타이드 결합을 끊거나(''제한적 단백질분해''), 펩타이드를 아미노산으로 완전히 분해할 수 있다(''무제한적 단백질분해''). 이러한 활성은 파괴적인 변화(단백질의 기능을 없애거나 주요 성분으로 소화)가 될 수도 있고, 기능의 활성화가 될 수도 있으며, 신호 전달 경로에서 신호가 될 수도 있다.

4. 1. 식물

식물 게놈은 수백 개의 단백질분해효소를 암호화하며, 그 기능은 대부분 알려져 있지 않다. 기능이 알려진 단백질분해효소는 대부분 발달 조절에 관여한다.[14] 식물 단백질분해효소는 또한 광합성 조절에도 역할을 한다.[15]

단백질분해효소가 풍부한 식물은 다음과 같다.

  • 파파야 - 과육에 파파인을 함유한다. 식육 개질제(연화제)로 이용되기도 한다.
  • 파인애플 - 과육에 브로멜라인(브로멜린)을 함유하므로, 대량으로 먹으면 입술에서 출혈이 일어나거나 혀에 마비를 느끼게 한다.
  • 생강 - 뿌리에 징기파인(징기바인)을 함유한다. 우유의 응고제로 이용된다.
  • 무화과 - 과육에 피카인(피신)을 함유한다.
  • 키위 - 과육에 액티니딘(액티니진)을 함유한다.

4. 2. 동물

동물은 소화 (펩신, 트립신, 키모트립신), 혈액 응고 (트롬빈, 플라스민) 및 면역 반응 등 다양한 대사 과정에 단백질분해효소(프로테아제)를 활용한다. 뱀독의 일부 성분도 단백질분해효소로 작용하는데, 예를 들어 살무사 혈액독소는 희생자의 혈액 응고 연쇄 반응을 방해한다. 단백질분해효소는 호르몬, 항체 또는 다른 효소와 같이 중요한 생리학적 역할을 하는 다른 단백질의 수명을 결정하며, 이는 생물체의 생리에서 가장 빠른 "켜짐" 및 "꺼짐" 조절 메커니즘 중 하나이다.

4. 3. 세균

세균은 단백질의 펩타이드 결합을 가수분해하여 단백질을 구성하는 아미노산으로 분해하기 위해 단백질분해효소를 분비한다. 세균 및 곰팡이 단백질분해효소는 단백질 재활용에서 전 세계 탄소질소 순환에 특히 중요하며, 이러한 활성은 이러한 유기체에서 영양 신호에 의해 조절되는 경향이 있다.[16] 토양에 존재하는 수천 종의 종 사이에서 단백질분해효소 활성에 대한 영양 조절의 순 효과는 탄소, 질소 또는 황 제한에 따라 단백질이 분해되면서 전반적인 미생물 군집 수준에서 관찰될 수 있다.[17]

세균은 변성 또는 접히지 않은 단백질을 분해하여 일반적인 단백질 품질 관리를 담당하는 단백질분해효소(예: AAA+ 프로테아좀)를 포함한다.

분비된 세균성 단백질분해효소는 또한 외독소로 작용할 수 있으며 세균 병원성의 독성 인자의 예가 될 수 있다(예: 박리 독소). 세균성 외독성 단백질분해효소는 세포외 구조를 파괴한다.

낫토균은 피브린(혈전의 주성분)을 용해하는 낫토키나제를 함유한다.

4. 4. 바이러스

일부 바이러스는 유전체 내에 하나의 거대한 폴리단백질을 암호화하는데, 이는 이 단백질을 기능적 단위로 절단하기 위해 단백질분해효소가 필요하다. 예를 들어 C형 간염 바이러스 및 피코르나바이러스가 이에 해당한다.[18] 이들 프로테아제(예: TEV 프로테아제)는 높은 특이성을 가지며 매우 제한된 기질 서열만을 절단한다. 따라서 이들은 프로테아제 억제제(Protease inhibitor (pharmacology))의 일반적인 표적이다.[19][20]

4. 5. 균류

상황버섯은 프로테아제를 생산한다. 누룩, 털곰팡이, 거미줄곰팡이도 프로테아제를 생산한다.

5. 이용

단백질분해효소는 산업, 의학, 생물학 연구 등 다양한 분야에서 널리 사용된다.[24][25] 소화 단백질분해효소는 세탁 세제와 제빵 개량제에 사용된다. 의학 분야에서는 혈액 응고 조절, 병원성 단백질 분해 등에 활용되며, TEV 단백질분해효소나 트롬빈은 융합 단백질 및 친화성 태그 절단에 사용된다. 또한, 채식주의자 레닛은 코셔 및 할랄 치즈 제조, 인도 아대륙에서 소화 및 당뇨병 치료, 파니르 제조 등에 이용된다.

5. 1. 산업

소화 단백질분해효소는 많은 세탁 세제의 일부로 사용되며, 제빵 업계에서는 반죽 개량제로 널리 사용된다.[24][25]

5. 2. 의학

단백질분해효소는 혈액 응고 조절과 같은 본래의 기능 또는 병원성 단백질의 표적 파괴와 같은 인공적인 기능을 위해 의학적으로 사용된다.[24][25] TEV 단백질분해효소나 트롬빈과 같은 매우 특이적인 단백질분해효소는 일반적으로 융합 단백질이나 단백질 태그를 제어된 방법으로 절단하기 위해 사용된다.

5. 3. 생물학 연구

단백질분해효소 연구 분야는 매우 광범위하다. 2004년 이후 매년 약 8,000편의 관련 학술 논문이 발표되었다.[23] 단백질분해효소는 산업, 의학 및 기본적인 생물학적 연구 도구로 사용된다.[24][25]

TEV 단백질분해효소 및 트롬빈과 같은 고도로 특이적인 단백질분해효소는 제어된 방식으로 융합 단백질과 친화성 태그를 절단하는 데 일반적으로 사용된다.

5. 4. 식품

유럽중동에서 수백 년 동안 코셔 및 할랄 치즈를 만드는 데 ''채식주의자 레닛''이라고 불리는 단백질분해효소를 함유한 식물 용액이 사용되어 왔다.[23] Withania coagulans에서 추출한 채식주의자 레닛은 인도 아대륙에서 소화와 당뇨병에 대한 아유르베다 치료법으로 수천 년 동안 사용되어 왔으며, 파니르를 만드는 데에도 사용된다.[24][25]

6. 프로테아제 억제제

단백질분해효소의 활성은 단백질분해효소 억제제에 의해 억제된다.[26] 단백질분해효소 억제제의 한 예는 세르핀 계열이다. 여기에는 알파 1-안티트립신 (과도한 염증 단백질분해효소의 영향으로부터 신체를 보호), C1-억제제 (과도한 단백질분해효소 유발 보체계 활성화로부터 신체를 보호) 등이 포함된다.[27]

자연 단백질분해효소 억제제에는 세포 조절 및 분화에 중요한 역할을 하는 리포칼린 단백질군이 포함된다. HIV와 같은 일부 바이러스는 증식 과정에서 단백질분해효소에 의존한다. 따라서 단백질분해효소 억제제는 항바이러스제로 개발되어 사용된다.

다른 자연 단백질분해효소 억제제는 방어 기작으로 사용된다. 일반적인 예는 일부 식물의 씨앗에서 발견되는 트립신 억제제이며, 주요 식량 작물인 에 많이 들어있어 포식자로부터 자신을 보호하는 역할을 한다. 날콩은 함유된 단백질분해효소 억제제가 변성될 때까지 인간을 포함한 많은 동물에게 유독하다.

참조

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