도쿄 야쿠르트 스왈로스

1. 개요

도쿄 야쿠르트 스왈로스는 1950년 국철 스왈로스로 창단되어, 여러 차례 구단명과 모기업이 변경되었다. 1970년 야쿠르트 혼샤가 경영권을 인수하면서 현재의 명칭을 사용하게 되었다. 1978년과 1993년, 2001년, 2015년, 2021년에 일본 시리즈 우승을 차지했으며, 2001년에는 21세기 최초의 센트럴 리그 및 일본 시리즈 우승 구단이 되었다. 팀은 '츠바메'라는 열차에서 유래된 '스왈로스'라는 별칭을 사용하며, 홈구장인 메이지 진구 야구장에서 독특한 응원 문화를 가지고 있다. 선수들의 잦은 부상으로 '야전병원'이라는 별칭으로도 불린다.

2. 구단의 역사

2.1. 고쿠테쓰 - 산케이 시대 (1950년 ~ 1969년)

1949년 시즌 후 리그 확장 방침에 수반한 구단 난립의 여파로 각지의 고쿠테쓰 철도국(당시) 야구부는 다수의 선수가 유출되는 사태가 발생했다. 1949년 가을에 당시 고쿠테쓰의 총재 가가야마 유키오는 “국철의 신사태에 즉응하여 친밀한 프로 구단을 결성한다는 것은 어떤 것일까”라는 발언을 했다. 신사태란 고쿠테쓰가 그 해에 공공기업체로 발족한 것을 말한다. 또 대폭적인 합리화 정책으로 노사 관계가 악화되었고, 이 어두운 분위기를 바꿔 직원들의 단결과 의지 함양을 위한 밝은 직장 만들기를 위해 스포츠 중에서도 특히 인기가 높은 야구의 프로 구단 설립을 발안했다. 가가야마 유키오가 야구를 대단히 좋아했던 것에도 구단 설립에 한 요인이 되었다.

그러나 일본 국유철도법을 저촉하게 되어 고쿠테쓰가 직접 모회사가 될 수 없었고, 고쿠테쓰의 하위단체인 재단법인 교통 협력회(현 : 공익재단법인 교통협력회·주식회사 교통신문사)가 주체가 되어 1950년 1월 12일 재단법인 철도홍제회, 닛폰 통운, 일본교통공사(현 : 공익재단법인 교통협력회, 주식회사 교통신문사) 등의 기업을 통해 주식회사 고쿠테쓰 구단(株式会社国鉄球団^일본어)을 설립. 또한 교통협력회가 발행하는 철도업계지인 ‘교통신문’에서는 1950년 1월 12일에는 교통협력회 이사장인 이마이즈미 히데오가 센트럴 리그에 가입 신청을 했다고 보도했다. 마찬가지로 교통협력회가 발행하는 ‘교통연감’의 〈쇼와 25년 교통연보〉에서는 5월 18일 주식회사 고쿠테쓰 구단이 설립한다라고 보도되었다. 구단명을 고쿠테쓰 스왈로스(国鉄スワローズ^일본어, Kokutestu Swallows)로 정하고, 센트럴 리그에 가맹. 초대 감독에는 니시가키 토쿠오가 취임했다.

고쿠테쓰 참가 직전 센트럴, 퍼시픽 리그는 7개 구단이었고 양리그는 8번째 구단을 환영하고 있었다. 대기업인 고쿠테쓰의 프로 참가로 센트럴 리그 관계자들은 활기를 띄고있었고, 퍼시픽 리그와 벌일 리그 참가 권유 전쟁을 우려한 센트럴 리그와 고쿠테쓰는 이를 극비로 진행했다. 항간에서도 고쿠테쓰의 리그 참가의 소문이 나고 있었지만, 퍼시픽 리그는 “고쿠테쓰가 프로 구단 등을 만들 리가 없다”며 얕잡아 보고 있었기에 리그 참가에 순조롭게 성공했다. 홈구장은 전 체신성 총재였던 마쓰마에 시게요시의 노력으로 무사시사카이역 경계에 위치한 구 나카지마 항공기 공장 철거지에 새로운 야구장 ‘무사시노 그린파크 야구장’를 건설하는 것으로 결정되었다(여러 가지 사정에 의해 1956년에 폐쇄되면서 실질적으로 7경기 밖에 열리지 않았다).

그러나 다른 신구단에 비해 리그 참가가 늦었기 때문에 선수 확보가 제대로 되지 않았고, 자가 부담의 철도국 야구부를 중심으로 다른 사회인이나 대학 등의 아마추어 야구에 남아있는 인재들를 모으려 했지만, 프로 경험자는 제 2차 세계대전 이전 한시기 한큐에서 일시적으로 뛴 나카무라 사카에 한 명 뿐이었다. 아마추어 야구의 강호였던 철도국 야구부 선수들조차 프로 야구에선 쉽게 통용되지 못했기 때문에 쇼치쿠 로빈스의 2군 감독이었던 모리야 료헤이와 일찍이 심양만주철도 클럽에 재직하고 있던 우사미 가즈오를 추가로 보강해, 클린업을 강화시켰지만 그 후에도 빈공에 시달렸다.

; 1950년
3월 10일의 구단 첫 공식전의 다이요 웨일스에 2-1로 패해, 계속되는 11일의 히로시마전에 3-2로 구단 첫 승리를 안겼다. 그러나 초반의 3월 21일부터 14연패, 4월 26일부터 10연패로 최하위로 떨어졌으나, 8월에는 가네다 마사이치가 고등학교를 중퇴하여 입단해, 10월 1일에 프로 첫 승리를 올려 그 해 8승을 기록한 팀은 종반 13연패의 히로시마를 대신해 7위를 차지했다. 시즌 종료 후에 니시닛폰 파이레츠가 세리그를 탈퇴하면서 세리그는 7구단이 됐다.

; 1951년
개막부터 4월에 걸쳐 12승 4패로 선두에 올랐지만, 5월에 들어가 6연패로 2위에 떨어졌고 6월에는 3승 10패로 전반전 종료 시에는 6위를 차지했다. 8월에 들어가 가네다 마사이치가 이달 6승을 올렸고, 팀은 11승 10패로 승리 5위로 부상하며 그대로 시즌을 마치게 되었다. 가네다는 22승을 거두어 최다 탈삼진을 획득하고, 9월 5일에 구단 최초로 노히트 노런을 달성했다. 또 쓰치야 고로가, 구단 최초의 타이틀이 되는 최다 도루를 획득했다.

; 1952년
이번 시즌부터 프랜차이즈제가 도입되어 고쿠테쓰는 요미우리 자이언츠, 마이니치 오리온스, 다이에이 스타즈, 도큐 플라이어즈와 함께 고라쿠엔 구장을 연고지로 했다. 개막에서 2승 2패로 한 후는 4연패, 4월에 들어가 4연패와 6연패, 5월에 10연패와 연패를 거듭했지만, 마츠타케와 히로시마가 침체한 것으로 5위로 시즌을 종료. 이 해에 120경기제가 되어 첫 50승에 도달했지만, 이 중 절반 가까운 24승은 가네다 마사이치에서 2년 연속 탈삼진왕이 되었다. 또, 사토 타카오가 구단 최초의 신인왕을 획득했다.

; 1953년
쇼치쿠와 다이요가 합병한 것으로, 이번 해부터 세리그는 현재 6구단제로 이행. 45승 79패 1무에 끝나 선두 요미우리로부터 42게임 차로, 5위 다이요 쇼치쿠와 4.5게임 차이로 구단 첫 최하위가 되었다. 니시가키 토쿠오가 감독을 퇴임해, 후임은 후지타 소이치가 임명되었다.

; 1954년
요미우리 자이언츠에서 이적한 우노 미쓰오의 맹활약에 힘입어 같은 해 요미우리전에서 8연승을 거두었다. 우노와 하코다 히로시가 구단 첫 베스트 나인을 획득했다. 선두 주니치로부터 32경기차, 55승 73패 2할의 리그 5위로 시즌을 마쳤다.

; 1955년
10월 19일, 가네다 마사이치가 시즌 350 탈삼진을 기록, NPB 신기록이 됨과 동시에 메이저 리그 밥 펠러(348 탈삼진)를 제치고 세계 신기록을 세웠다. 또, 마치다 유키히코가 홈런왕을 획득. 57승 71패 2무로 선두 요미우리와는 34.5게임, 4위 히로시마와 1게임 차이의 5위로 시즌을 마무리, 후지타가 감독 퇴임하고, 후임은 우노 미츠오가 임명됐다.

; 1956년
우노 감독이 취임하면서 요미우리를 철저하게 마크해 11승(13패)을 기록하는 등 대 요미우리전에서 호각의 시합을 펼쳐 고라쿠엔의 고쿠테쓰와 요미우리의 경기는 당시 간토 지방에서 가장 인기가 많은 경기였다고 한다. 오와키 테루오가 5월 3일의 대 주니치전(주니치)에서 노히트 노런, 미야지 유토모가 대 히로시마(가나자와 겐로쿠엔)에서 구단 첫 기록이자 일본 프로 야구 세 번째가 되는 완봉승을 달성했다. 팀은 선두 요미우리외 21게임 차이, 61승 65패로 4위로 마치게 된다. 시즌 오프, 난카이 호크스로부터 이다 도쿠지를 금전 트레이드로 획득했다.

; 1957년
가네다 마사이치는 7월 15일 대 주니치전(주니치)에서 2000탈삼진을 기록. 8월 21일의 대 주니치전(주니치)에서 프로야구 네 번째의 완봉승을 달성해, 이 해에는 최다승과 최우수 평균자책점을 획득해, 사와무라상과 자신의 첫 베스트 나인으로 선택되었다. 사토 타카오가 22홈런으로 홈런왕이 된다. 팀은 58승 68패 4무로, 선두 요미우리로부터 15.5게임 차의 리그 4위로 시즌이 끝났다.

; 1958년
개막전의 대 요미우리전(고라쿠엔 구장)에서 가네다 마사이치가 요미우리의 루키 나가시마 시게오를 4타석 연속 삼진으로 억제하는 등, 4-1로 승리한다. 다음 4월 6일 더블헤더에서도 4-2, 4-3으로 승리하고 개막 3연승을 거둔다. 5월 24일의 한신전(고시엔)에서 이다 도쿠지가 아킬레스건 절단해, 일본 프로 야구 기록의 연속 경기 출전 기록이 1246에서 멈추었다. 6월 6일, 가네다가 구단 첫 통산 200승을 달성했다. 팀은 2년 연속 58승 68패 4무로, 선두 요미우리로부터 17.5게임 차의 리그 4위로 시즌을 마친다. 가네다 마사이치가 투수 부문 삼관왕(최다승, 평균자책점, 탈삼진)과 사와무라상을 획득했다.

; 1959년
이 해도 개막전의 대 요미우리전(고라쿠엔 구장)에서 가네다 마사이치가 요미우리의 루키 오 사다하루를 23삼진으로 억제시켰다. 팀은 63승 65패 2무, 선두 요미우리로부터 15.5게임 차의 리그 4위로 시즌이 끝났다.

; 1960년
9월 30일에 가네다 마사이치가 대 주니치전 (고라쿠엔 구장)에서 승리를 거뒀고, 10년 연속 20승을 달성했지만, 팀은 54승 72패 4무, 선두 다이요로부터 17.5 게임 차, 7년 만의 최하위가 됐다. 우노 미쓰오는 감독에서 사임, 후임으로 스나오시 쿠니노부가 임명되었다.

; 1961년
6월 6일, 모리타키 요시미가 일본 프로 야구 사상 다섯 번째가 되는 완봉승을 달성. 67승 60패 3무로 첫 리그 3위를 기록하며, 구단 최초, 고쿠테쓰 구단으로서 최초로 마지막이 된 A클래스(리그 1위 ~ 3위), 시즌 통산 승차를 기록했다.

; 1962년
9월 5일, 가네다 마사이치가 메이저 리그, 월터 존슨의 기록을 넘는 통산 3509 탈삼진을 달성. 51승 79패 4무, 선두 한신으로부터 24게임 차의 최하위가 됐다. 세리그는 3할타자가 1명이라는 투고 타저의 시즌이었지만, 그 중에서도 고쿠테쓰 팀 타율은 .201(313득점)이었다. 이것은 2리그제 이후의 최저 기록이다. 11월, 도에이와 함께 한국에 원정을 떠나, 친선 경기를 했다. 스나오시 쿠니노부는 감독을 퇴임, 후임은 하마사키 신지가 임명되었다.

해마다 기하급수로 증가하는 경영비 때문에 경영 주체는 교통협력회에서 철도 홍제회로 바뀌었지만, 공공기업·고쿠테쓰 구단이라는 체면도 있어 상당한 긴축 재정이었다. 신인 선수의 계약금은 급등하는 한편으로 만족한 보강도 할 수 없었고, 같은 해에 일어난 미카와시마 사고에 대한 비판은 구단에 대해서도 비화되고 있었다. 결국 1963년 8월, 구단 양도를 전제로 한 업무 제휴를 산케이 신문, 후지 텔레비전, 닛폰 방송, 분카 방송과 연결, 후지산케이 그룹과의 관계가 생겨, 이 시점에서 실질적인 경영 주체는 후지산케이 그룹으로 구단 경영 주체가 바뀌었다.

; 1963년
5월 8일 대 다이요전(고라쿠엔 구장)에서 가네다 마사이치가 통산 300승을 달성. 팀은 65승 73패 2무, 선두 요미우리로부터 18게임 차의 리그 4위로 시즌을 마친다. 하마사키 신지는 감독을 퇴임, 후임은 하야시 기이치가 임명됐다.
1964년부터 본거지를 고라쿠엔 구장에서 메이지 진구 야구장으로 이전했다.(이전의 경위에 대해서는 고라쿠엔 구장에서 경영 주체가 된 후지 TV를 통해 경기를 중계하기 위해서 홈구장을 옮긴 것이다.)

; 1964년
7월 30일, 가네다 마사이치가 입단 2년 차인 1951년부터 14년 연속이 되는 시즌 20승을 달성. 61승 74패 5무, 선두 한신과 18.5게임 차의 5위로 시즌이 끝난다. 같은 해 오프 시즌, 하야시 기이치 감독의 경질과 유임을 둘러싸고 산케이 신문과 국철이 격렬하게 대립했다. 에이스의 가네다가 “바야시 감독이 그대로 속투했을 경우 이적하지만 해임된 경우는 잔류한다”는 성명을 내놓았기 때문에 국철은 열심히 하야시의 승패를 주장했다. 한편 산케이 측에서는 타사 언론(요미우리 신문, 아사히 신문, 마이니치 신문)에 의해 ‘하야시 감독 경질’이라는 특종 기사가 퍼져나가고 있었고, 논의는 평행선을 걷다가 최종적으로는 경영 주체의 산케이 측이 유임을 강행했다. 결국 하야시 감독은 유임되었고 가네다는 특권을 행사해 요미우리로 이적했다. 가네다를 잃은 것으로 고쿠테쓰는 경영 의욕을 완전히 상실했고, 후지산케이 그룹에 경영권을 모두 양도함으로써 구단경영에서 철수하기로 결정했다. 물론 고쿠테쓰 구단은 업무가 제휴된 이후 후지산케이 그룹의 자금력에 의존하고 있어 이양은 시간의 문제라고 보였지만 결국 갈등 끝에 결별과 구단 양도라는 결말이 되고 말았다.

1965년 4월 23일, 고쿠테쓰는 구단의 경영권을 산케이 신문과 후지 TV에 양도하는 것을 정식 발표하고, 5월 10일, 산케이 스왈로스(산케이 스왈로스/サンケイスワローズ^일본어)로 개칭했다. 산케이 초년도가 되었지만, 고쿠테쓰 초년도 이래의 90패 이상이 되는, 44승 91패 5무로 시즌을 마쳤다. 선두 요미우리와는 45.5게임 차가 되었다. 이 해부터 드래프트 회의가 진행되고 있지만, 1위 지명의 가와모토 카즈아키를 비롯해 11명 중 9명이 입단 거부를 했다.

1966년 1월 7일, 소년 야구 팬을 늘린다는 이유로 인해, 당시 후지 TV에서 철완 아톰이 방송되고 있던 것과 데즈카 오사무가 당시 구단 후원회 부회장(회장은 도쿠가와 유메고에)이었다고 하는 경위도 있어 철완 아톰을 펫마크로 사용해, 팀명을 산케이 아톰스(산케이 아톰스/サンケイアトムズ^일본어)에, 운영 회사명을 주식회사 산케이 아톰스(주식회사 산케이 아톰스/株式会社サンケイアトムズ^일본어)로 개칭했다. 같은 해 야쿠르트 혼샤가 주식을 취득해 구단 운영에 참가했다. 팀은 52승 78패로 다이요와 나란히 5위, 선두의 요미우리와는 37게임 차로 시즌을 마무리지었다.

1967년 58승 72패 5무에 선두의 요미우리와는 26게임 차의 리그 5위를 기록했다. 요미우리에 3승 23패의 참패를 거뒀다. 고라쿠엔 구장에서 13연패였다. 타케가미 시로가 신인왕을 획득했다.

1968년 1월 28일, 가나가와현 요코스카시에 다케야마 구장이 완성되어, 2군 홈구장이 되었다. 5월 26일에는 대 히로시마전에 승리해, 구단 통산 1000승을 달성했다. 일본 프로 야구 2년 차에 접어든 데이브 로버츠가 40홈런을 치는 등 베스트 나인을 획득했다. 투수로는 이시도 시로쿠가 팀으로서는 가네다 마사이치 이후가 되는 시즌 20승을 거뒀다. 64승 66패 4무, 선두의 요미우리과는 13게임 차의 리그 4위를 기록했다.

산케이 신문 본사의 실적 부진 때문에 산케이는 구단 주식의 일부를 야쿠르트 혼샤에 매각했다. 구단 경영에 적극적인 의지를 가지고 있던 미즈노 시게오가 갑작스런 병으로 쓰러면서 뒤를 이은 시카나이 노부다카가 후지산케이 그룹의 전반적인 사업 재검토를 실시한 결과, 불채산이었던 프로 야구 구단 경영으로부터 철퇴하고, 자본 관계만 이어가기를 결정했다. 당시 야쿠르트 혼샤는 미즈노와는 전부터 친분이 있던 관계로 미나미 키이치가 대표를 맡고 있었다. 실질적인 경영권은 야쿠르트 혼샤가 쥐고 있였지만, 표면상은 공동경영을 표방하며 구단명을 아톰스(아토무즈/アトムズ^일본어)로 변경하고 운영 회사명을 주식회사 아톰스 구단(가부시키가이샤 아토무즈 구단/株式会社アトムズ球団^일본어)으로 하게 됐다. 이는 2리그 분립 이후로 팀명에 기업명과 지역명 등의 관명이 붙여지지 않는 유일한 예가 되었다. 이 해에는 밥 챈스가 24경기에서 12홈런을 기록했고, 58승 69패 3무로 선두의 요미우리와는 16.5 게임 차의 5위를 기록했다.

2.1.1. 고쿠테쓰 시대 (1950년 ~ 1964년)

1949년 시즌 후 리그 확장 방침에 수반한 구단 난립의 여파로 각지의 고쿠테쓰 철도국(당시) 야구부는 다수의 선수가 유출되는 사태가 발생했다. 1949년 가을에 당시 고쿠테쓰의 총재 가가야마 유키오는 “국철의 신사태에 즉응하여 친밀한 프로 구단을 결성한다는 것은 어떤 것일까”라는 발언을 했다. 신사태란 고쿠테쓰가 그 해에 공공기업체로 발족한 것을 말한다. 또 대폭적인 합리화 정책으로 노사 관계가 악화되었고, 이 어두운 분위기를 바꿔 직원들의 단결과 의지 함양을 위한 밝은 직장 만들기를 위해 스포츠 중에서도 특히 인기가 높은 야구의 프로 구단 설립을 발안했다. 가가야마 유키오가 야구를 대단히 좋아했던 것에도 구단 설립에 한 요인이 되었다.

그러나 일본 국유철도법을 저촉하게 되어 고쿠테쓰가 직접 모회사가 될 수 없었고, 고쿠테쓰의 하위단체인 재단법인 교통 협력회(현 : 공익재단법인 교통협력회·주식회사 교통신문사)가 주체가 되어 1950년 1월 12일 재단법인 철도홍제회, 닛폰 통운, 일본교통공사(현 : 공익재단법인 교통협력회, 주식회사 교통신문사) 등의 기업을 통해 주식회사 고쿠테쓰 구단(株式会社国鉄球団^일본어)을 설립. 또한 교통협력회가 발행하는 철도업계지인 ‘교통신문’에서는 1950년 1월 12일에는 교통협력회 이사장인 이마이즈미 히데오가 센트럴 리그에 가입 신청을 했다고 보도했다. 마찬가지로 교통협력회가 발행하는 ‘교통연감’의 〈쇼와 25년 교통연보〉에서는 5월 18일 주식회사 고쿠테쓰 구단이 설립한다라고 보도되었다. 구단명을 고쿠테쓰 스왈로스(国鉄スワローズ^일본어, Kokutestu Swallows)로 정하고, 센트럴 리그에 가맹. 초대 감독에는 니시가키 토쿠오가 취임했다.

고쿠테쓰 참가 직전 센트럴, 퍼시픽 리그는 7개 구단이었고 양리그는 8번째 구단을 환영하고 있었다. 대기업인 고쿠테쓰의 프로 참가로 센트럴 리그 관계자들은 활기를 띄고있었고, 퍼시픽 리그와 벌일 리그 참가 권유 전쟁을 우려한 센트럴 리그와 고쿠테쓰는 이를 극비로 진행했다. 항간에서도 고쿠테쓰의 리그 참가의 소문이 나고 있었지만, 퍼시픽 리그는 “고쿠테쓰가 프로 구단 등을 만들 리가 없다”며 얕잡아 보고 있었기에 리그 참가에 순조롭게 성공했다. 홈구장은 전 체신성 총재였던 마쓰마에 시게요시의 노력으로 무사시사카이역 경계에 위치한 구 나카지마 항공기 공장 철거지에 새로운 야구장 ‘무사시노 그린파크 야구장’를 건설하는 것으로 결정되었다(여러 가지 사정에 의해 1956년에 폐쇄되면서 실질적으로 7경기 밖에 열리지 않았다).

그러나 다른 신구단에 비해 리그 참가가 늦었기 때문에 선수 확보가 제대로 되지 않았고, 자가 부담의 철도국 야구부를 중심으로 다른 사회인이나 대학 등의 아마추어 야구에 남아있는 인재들를 모으려 했지만, 프로 경험자는 제 2차 세계대전 이전 한시기 한큐에서 일시적으로 뛴 나카무라 사카에 한 명 뿐이었다. 아마추어 야구의 강호였던 철도국 야구부 선수들조차 프로 야구에선 쉽게 통용되지 못했기 때문에 쇼치쿠 로빈스의 2군 감독이었던 모리야 료헤이와 일찍이 심양만주철도 클럽에 재직하고 있던 우사미 가즈오를 추가로 보강해, 클린업을 강화시켰지만 그 후에도 빈공에 시달렸다.

; 1950년
3월 10일의 구단 첫 공식전의 다이요 웨일스에 2-1로 패해, 계속되는 11일의 히로시마전에 3-2로 구단 첫 승리를 안겼다. 그러나 초반의 3월 21일부터 14연패, 4월 26일부터 10연패로 최하위로 떨어졌으나, 8월에는 가네다 마사이치가 고등학교를 중퇴하여 입단해, 10월 1일에 프로 첫 승리를 올려 그 해 8승을 기록한 팀은 종반 13연패의 히로시마를 대신해 7위를 차지했다. 시즌 종료 후에 니시닛폰 파이레츠가 세리그를 탈퇴하면서 세리그는 7구단이 됐다.

; 1951년
개막부터 4월에 걸쳐 12승 4패로 선두에 올랐지만, 5월에 들어가 6연패로 2위에 떨어졌고 6월에는 3승 10패로 전반전 종료 시에는 6위를 차지했다. 8월에 들어가 가네다 마사이치가 이달 6승을 올렸고, 팀은 11승 10패로 승리 5위로 부상하며 그대로 시즌을 마치게 되었다. 가네다는 22승을 거두어 최다 탈삼진을 획득하고, 9월 5일에 구단 최초로 노히트 노런을 달성했다. 또 쓰치야 고로가, 구단 최초의 타이틀이 되는 최다 도루를 획득했다.

; 1952년
이번 시즌부터 프랜차이즈제가 도입되어 고쿠테쓰는 요미우리 자이언츠, 마이니치 오리온스, 다이에이 스타즈, 도큐 플라이어즈와 함께 고라쿠엔 구장을 연고지로 했다. 개막에서 2승 2패로 한 후는 4연패, 4월에 들어가 4연패와 6연패, 5월에 10연패와 연패를 거듭했지만, 마츠타케와 히로시마가 침체한 것으로 5위로 시즌을 종료. 이 해에 120경기제가 되어 첫 50승에 도달했지만, 이 중 절반 가까운 24승은 가네다 마사이치에서 2년 연속 탈삼진왕이 되었다. 또, 사토 타카오가 구단 최초의 신인왕을 획득했다.

; 1953년
쇼치쿠와 다이요가 합병한 것으로, 이번 해부터 세리그는 현재 6구단제로 이행. 45승 79패 1무에 끝나 선두 요미우리로부터 42게임 차로, 5위 다이요 쇼치쿠와 4.5게임 차이로 구단 첫 최하위가 되었다. 니시가키 토쿠오가 감독을 퇴임해, 후임은 후지타 소이치가 임명되었다.

; 1954년
요미우리 자이언츠에서 이적한 우노 미쓰오의 맹활약에 힘입어 같은 해 요미우리전에서 8연승을 거두었다. 우노와 하코다 히로시가 구단 첫 베스트 나인을 획득했다. 선두 주니치로부터 32경기차, 55승 73패 2할의 리그 5위로 시즌을 마쳤다.

; 1955년
10월 19일, 가네다 마사이치가 시즌 350 탈삼진을 기록, NPB 신기록이 됨과 동시에 메이저 리그 밥 펠러(348 탈삼진)를 제치고 세계 신기록을 세웠다. 또, 마치다 유키히코가 홈런왕을 획득. 57승 71패 2무로 선두 요미우리와는 34.5게임, 4위 히로시마와 1게임 차이의 5위로 시즌을 마무리, 후지타가 감독 퇴임하고, 후임은 우노 미츠오가 임명됐다.

; 1956년
우노 감독이 취임하면서 요미우리를 철저하게 마크해 11승(13패)을 기록하는 등 대 요미우리전에서 호각의 시합을 펼쳐 고라쿠엔의 고쿠테쓰와 요미우리의 경기는 당시 간토 지방에서 가장 인기가 많은 경기였다고 한다. 오와키 테루오가 5월 3일의 대 주니치전(주니치)에서 노히트 노런, 미야지 유토모가 대 히로시마(가나자와 겐로쿠엔)에서 구단 첫 기록이자 일본 프로 야구 세 번째가 되는 완봉승을 달성했다. 팀은 선두 요미우리외 21게임 차이, 61승 65패로 4위로 마치게 된다. 시즌 오프, 난카이 호크스로부터 이다 도쿠지를 금전 트레이드로 획득했다.

; 1957년
가네다 마사이치는 7월 15일 대 주니치전(주니치)에서 2000탈삼진을 기록. 8월 21일의 대 주니치전(주니치)에서 프로야구 네 번째의 완봉승을 달성해, 이 해에는 최다승과 최우수 평균자책점을 획득해, 사와무라상과 자신의 첫 베스트 나인으로 선택되었다. 사토 타카오가 22홈런으로 홈런왕이 된다. 팀은 58승 68패 4무로, 선두 요미우리로부터 15.5게임 차의 리그 4위로 시즌이 끝났다.

; 1958년
개막전의 대 요미우리전(고라쿠엔 구장)에서 가네다 마사이치가 요미우리의 루키 나가시마 시게오를 4타석 연속 삼진으로 억제하는 등, 4-1로 승리한다. 다음 4월 6일 더블헤더에서도 4-2, 4-3으로 승리하고 개막 3연승을 거둔다. 5월 24일의 한신전(고시엔)에서 이다 도쿠지가 아킬레스건 절단해, 일본 프로 야구 기록의 연속 경기 출전 기록이 1246에서 멈추었다. 6월 6일, 가네다가 구단 첫 통산 200승을 달성했다. 팀은 2년 연속 58승 68패 4무로, 선두 요미우리로부터 17.5게임 차의 리그 4위로 시즌을 마친다. 가네다 마사이치가 투수 부문 삼관왕(최다승, 평균자책점, 탈삼진)과 사와무라상을 획득했다.

; 1959년
이 해도 개막전의 대 요미우리전(고라쿠엔 구장)에서 가네다 마사이치가 요미우리의 루키 오 사다하루를 23삼진으로 억제시켰다. 팀은 63승 65패 2무, 선두 요미우리로부터 15.5게임 차의 리그 4위로 시즌이 끝났다.

; 1960년
9월 30일에 가네다 마사이치가 대 주니치전 (고라쿠엔 구장)에서 승리를 거뒀고, 10년 연속 20승을 달성했지만, 팀은 54승 72패 4무, 선두 다이요로부터 17.5 게임 차, 7년 만의 최하위가 됐다. 우노 미쓰오는 감독에서 사임, 후임으로 스나오시 쿠니노부가 임명되었다.

; 1961년
6월 6일, 모리타키 요시미가 일본 프로 야구 사상 다섯 번째가 되는 완봉승을 달성. 67승 60패 3무로 첫 리그 3위를 기록하며, 구단 최초, 고쿠테쓰 구단으로서 최초로 마지막이 된 A클래스(리그 1위 ~ 3위), 시즌 통산 승차를 기록했다.

; 1962년
9월 5일, 가네다 마사이치가 메이저 리그, 월터 존슨의 기록을 넘는 통산 3509 탈삼진을 달성. 51승 79패 4무, 선두 한신으로부터 24게임 차의 최하위가 됐다. 세리그는 3할타자가 1명이라는 투고 타저의 시즌이었지만, 그 중에서도 고쿠테쓰 팀 타율은 .201(313득점)이었다. 이것은 2리그제 이후의 최저 기록이다. 11월, 도에이와 함께 한국에 원정을 떠나, 친선 경기를 했다. 스나오시 쿠니노부는 감독을 퇴임, 후임은 하마사키 신지가 임명되었다.

해마다 기하급수로 증가하는 경영비 때문에 경영 주체는 교통협력회에서 철도 홍제회로 바뀌었지만, 공공기업·고쿠테쓰 구단이라는 체면도 있어 상당한 긴축 재정이었다. 신인 선수의 계약금은 급등하는 한편으로 만족한 보강도 할 수 없었고, 같은 해에 일어난 미카와시마 사고에 대한 비판은 구단에 대해서도 비화되고 있었다. 결국 1963년 8월, 구단 양도를 전제로 한 업무 제휴를 산케이 신문, 후지 텔레비전, 닛폰 방송, 분카 방송과 연결, 후지산케이 그룹과의 관계가 생겨, 이 시점에서 실질적인 경영 주체는 후지산케이 그룹으로 구단 경영 주체가 바뀌었다.

; 1963년
5월 8일 대 다이요전(고라쿠엔 구장)에서 가네다 마사이치가 통산 300승을 달성. 팀은 65승 73패 2무, 선두 요미우리로부터 18게임 차의 리그 4위로 시즌을 마친다. 하마사키 신지는 감독을 퇴임, 후임은 하야시 기이치가 임명됐다.

; 1964년
연고지를 고라쿠엔 구장에서 메이지 진구 야구장으로 이전했다.(이전의 경위에 대해서는 고라쿠엔 구장에서 경영 주체가 된 후지 TV를 통해 경기를 중계하기 위해서 홈구장을 옮긴 것이다.) 7월 30일, 가네다 마사이치가 입단 2년 차인 1951년부터 14년 연속이 되는 시즌 20승을 달성. 61승 74패 5무, 선두 한신과 18.5게임 차의 5위로 시즌이 끝난다. 같은 해 오프 시즌, 하야시 기이치 감독의 경질과 유임을 둘러싸고 산케이 신문과 국철이 격렬하게 대립했다. 에이스의 가네다가 “바야시 감독이 그대로 속투했을 경우 이적하지만 해임된 경우는 잔류한다”는 성명을 내놓았기 때문에 국철은 열심히 하야시의 승패를 주장했다. 한편 산케이 측에서는 타사 언론(요미우리 신문, 아사히 신문, 마이니치 신문)에 의해 ‘하야시 감독 경질’이라는 특종 기사가 퍼져나가고 있었고, 논의는 평행선을 걷다가 최종적으로는 경영 주체의 산케이 측이 유임을 강행했다. 결국 하야시 감독은 유임되었고 가네다는 특권을 행사해 요미우리로 이적했다. 가네다를 잃은 것으로 고쿠테쓰는 경영 의욕을 완전히 상실했고, 후지산케이 그룹에 경영권을 모두 양도함으로써 구단경영에서 철수하기로 결정했다. 물론 고쿠테쓰 구단은 업무가 제휴된 이후 후지산케이 그룹의 자금력에 의존하고 있어 이양은 시간의 문제라고 보였지만 결국 갈등 끝에 결별과 구단 양도라는 결말이 되고 말았다.

2.1.2. 산케이 시대 (1965년 ~ 1968년)

1965년 4월 23일, 고쿠테쓰는 구단의 경영권을 산케이 신문과 후지 TV에 양도하는 것을 정식 발표하고, 5월 10일, 산케이 스왈로스(산케이 스왈로스/サンケイスワローズ^일본어)로 개칭했다. 산케이 초년도가 되었지만, 고쿠테쓰 초년도 이래의 90패 이상이 되는, 44승 91패 5무로 시즌을 마쳤다. 선두 요미우리와는 45.5게임 차가 되었다. 이 해부터 드래프트 회의가 진행되고 있지만, 1위 지명의 가와모토 카즈아키를 비롯해 11명 중 9명이 입단 거부를 했다.

1966년 1월 7일, 소년 야구 팬을 늘린다는 이유로 인해, 당시 후지 TV에서 철완 아톰이 방송되고 있던 것과 데즈카 오사무가 당시 구단 후원회 부회장(회장은 도쿠가와 유메고에)이었다고 하는 경위도 있어 철완 아톰을 펫마크로 사용해, 팀명을 산케이 아톰스(산케이 아톰스/サンケイアトムズ^일본어)에, 운영 회사명을 주식회사 산케이 아톰스(주식회사 산케이 아톰스/株式会社サンケイアトムズ^일본어)로 개칭했다. 같은 해 야쿠르트 혼샤가 주식을 취득해 구단 운영에 참가했다. 팀은 52승 78패로 다이요와 나란히 5위, 선두의 요미우리와는 37게임 차로 시즌을 마무리지었다.

1967년 58승 72패 5무에 선두의 요미우리와는 26게임 차의 리그 5위를 기록했다. 요미우리에 3승 23패의 참패를 거뒀다. 고라쿠엔 구장에서 13연패였다. 타케가미 시로가 신인왕을 획득했다.

1968년 1월 28일, 가나가와현 요코스카시에 다케야마 구장이 완성되어, 2군 홈구장이 되었다. 5월 26일에는 대 히로시마전에 승리해, 구단 통산 1000승을 달성했다. 일본 프로 야구 2년 차에 접어든 데이브 로버츠가 40홈런을 치는 등 베스트 나인을 획득했다. 투수로는 이시도 시로쿠가 팀으로서는 가네다 마사이치 이후가 되는 시즌 20승을 거뒀다. 64승 66패 4무, 선두의 요미우리과는 13게임 차의 리그 4위를 기록했다.

2.1.3. 아톰스 시대 (1969년)

산케이 신문 본사의 실적 부진 때문에 산케이는 구단 주식의 일부를 야쿠르트 혼샤에 매각했다. 구단 경영에 적극적인 의지를 가지고 있던 미즈노 시게오가 갑작스런 병으로 쓰러면서 뒤를 이은 시카나이 노부다카가 후지산케이 그룹의 전반적인 사업 재검토를 실시한 결과, 불채산이었던 프로 야구 구단 경영으로부터 철퇴하고, 자본 관계만 이어가기를 결정했다. 당시 야쿠르트 혼샤는 미즈노와는 전부터 친분이 있던 관계로 미나미 키이치가 대표를 맡고 있었다. 실질적인 경영권은 야쿠르트 혼샤가 쥐고 있였지만, 표면상은 공동경영을 표방하며 구단명을 아톰스(아토무즈/アトムズ^일본어)로 변경하고 운영 회사명을 주식회사 아톰스 구단(가부시키가이샤 아토무즈 구단/株式会社アトムズ球団^일본어)으로 하게 됐다. 이는 2리그 분립 이후로 팀명에 기업명과 지역명 등의 관명이 붙여지지 않는 유일한 예가 되었다. 이 해에는 밥 챈스가 24경기에서 12홈런을 기록했고, 58승 69패 3무로 선두의 요미우리와는 16.5 게임 차의 5위를 기록했다.

2.2. 야쿠르트 시대 (1970년 ~ 현재)

1970년 1월 7일에 야쿠르트 혼샤가 공식적으로 단독으로 경영권을 가지게 됐고, 구단명을 야쿠르트 아톰스(야쿠르트 아톰즈/ヤクルトアトムズ^일본어)로, 운영 회사명을 주식회사 야쿠르트 아톰스(가부시키가이샤 야쿠르트 아톰즈/株式会社ヤクルトアトムズ^일본어)로 개칭했다. 팀 컬러도 야쿠르트 혼샤의 기업 색상이던 빨강·흰·녹색이 되었다.(구단기나 유니폼 등에 사용)

이 해는 시즌 초반부터 크게 뒤쳐져, 8월에는 1936년의 다이토쿄군과 타이를 이루는 16연패를 기록했다. 이 연패 기간 중 8월 20일에 통산 200선발승 이상 투수 출신 1호 감독(264선발승)이었던(1968년 취임) 벳쇼 다케히코가 감독을 해임하고, 2군 감독의 오가와 요시하루가 시즌 종료까지 감독 대행을 맡았다. 결국 무려 시즌 92패를 기록하며, 33승 밖에 할 수 없었고, 승률은 30%를 크게 밑돌게 되었다. 요미우리전, 한신전 모두 5승 21패로 고라쿠엔 구장에서는 13전 전패. 2자리 승리의 투수 제로는 구단 사상 최초였다. 도조 후미히로가 28도루로 도루왕 타이틀을 획득했다.
한편, 벳쇼 다케히코 이후 통산 200선발승 이상 출신 투수 감독은 한동안 전무해졌다가 1973년 가네다 마사이치(롯데)(통산 268선발승)가 두 번째로 됐으며(좌완으로 치자면 1호) 잠수함 투수로 치자면 야마다 히사시(240선발승)가 처음이자 마지막(2002~03년 주니치)이다(전체 투수로 치자면 5호).

1971년 미하라 오사무가 감독에 취임했다. 팀은 52승 72패 6무의 승률. 마쓰오카 히로시는 14승을 거뒀다. 9월 27일, 2군은 이스턴 리그에서 첫 우승을 확정지었다.

1972년 전년도에 미하라 오사무와 함께 입단한 나카니시 타격 코치의 맨투맨 지도를 받은 2년 차의 와카마쓰 쓰토무가 수위 타자에 올랐고, 루키의 야스다 다케시가 1972년과 1973년 2년 연속으로 평균자책점 1위를 기록하며 서서히 두각을 나타냈다. 이들의 활약에, 이 해는 최하위를 탈출했고, 60승 67패 3무의 승률 .472의 4위에 부상했다. 8월 12일, 2군은 2년 연속 이스턴 리그에서 우승을 차지했다.

1973년 62승 65패 3무의 승률을 거뒀다. 11월 26일, 해당 프로덕션의 도산에 따라, 철완 아톰의 캐릭터 사용을 중지했다. 10월 26일, 구단명을 주식회사 야쿠르트 구단, 팀명을 ‘야쿠르트 스왈로스’(야쿠르트 스왈로스/ヤクルトスワローズ^일본어)로 바꾸었다. 또, 캐릭터도 제비를 모티브로 한 것으로 변경했다.

2.2.1. 야쿠르트 아톰스 시대 (1970년 ~ 1973년)

1970년 1월 7일에 야쿠르트 혼샤가 공식적으로 단독으로 경영권을 가지게 됐고, 구단명을 야쿠르트 아톰스(야쿠르트 아톰즈/ヤクルトアトムズ^일본어)로, 운영 회사명을 주식회사 야쿠르트 아톰스(가부시키가이샤 야쿠르트 아톰즈/株式会社ヤクルトアトムズ^일본어)로 개칭했다. 팀 컬러도 야쿠르트 혼샤의 기업 색상이던 빨강·흰·녹색이 되었다.(구단기나 유니폼 등에 사용)

이 해는 시즌 초반부터 크게 뒤쳐져, 8월에는 1936년의 다이토쿄군과 타이를 이루는 16연패를 기록했다. 이 연패 기간 중 8월 20일에 통산 200선발승 이상 투수 출신 1호 감독(264선발승)이었던(1968년 취임) 벳쇼 다케히코가 감독을 해임하고, 2군 감독의 오가와 요시하루가 시즌 종료까지 감독 대행을 맡았다. 결국 무려 시즌 92패를 기록하며, 33승 밖에 할 수 없었고, 승률은 30%를 크게 밑돌게 되었다. 요미우리전, 한신전 모두 5승 21패로 고라쿠엔 구장에서는 13전 전패. 2자리 승리의 투수 제로는 구단 사상 최초였다. 도조 후미히로가 28도루로 도루왕 타이틀을 획득했다.
한편, 벳쇼 다케히코 이후 통산 200선발승 이상 출신 투수 감독은 한동안 전무해졌다가 1973년 가네다 마사이치(롯데)(통산 268선발승)가 두 번째로 됐으며(좌완으로 치자면 1호) 잠수함 투수로 치자면 야마다 히사시(240선발승)가 처음이자 마지막(2002~03년 주니치)이다(전체 투수로 치자면 5호).

1971년 미하라 오사무가 감독에 취임했다. 팀은 52승 72패 6무의 승률. 마쓰오카 히로시는 14승을 거뒀다. 9월 27일, 2군은 이스턴 리그에서 첫 우승을 확정지었다.

1972년 전년도에 미하라 오사무와 함께 입단한 나카니시 타격 코치의 맨투맨 지도를 받은 2년 차의 와카마쓰 쓰토무가 수위 타자에 올랐고, 루키의 야스다 다케시가 1972년과 1973년 2년 연속으로 평균자책점 1위를 기록하며 서서히 두각을 나타냈다. 이들의 활약에, 이 해는 최하위를 탈출했고, 60승 67패 3무의 승률 .472의 4위에 부상했다. 8월 12일, 2군은 2년 연속 이스턴 리그에서 우승을 차지했다.

1973년 62승 65패 3무의 승률을 거뒀다. 11월 26일, 해당 프로덕션의 도산에 따라, 철완 아톰의 캐릭터 사용을 중지했다. 10월 26일, 구단명을 주식회사 야쿠르트 구단, 팀명을 ‘야쿠르트 스왈로스’(야쿠르트 스왈로스/ヤクルトスワローズ^일본어)로 바꾸었다. 또, 캐릭터도 제비를 모티브로 한 것으로 변경했다.

2.2.2. 아라카와, 히로오카 감독 시대 (1974년 ~ 1979년)

1974년 아라카와 히로시 타격 코치가 감독으로 승격하면서, 히로오카 다쓰로, 누마자와 야스이치로, 코모리 미츠오를 코치로 영입해 ‘와세다 콰르텟’을 결성했다. 마쓰오카가 17승, 아사노 게이시도 평균자책점 2위로 활약하며 팀은 60승 63패 7무(승률 .488)로 13년 만에 A클래스(3위)에 진입했다.

1975년 니혼햄과의 트레이드로 오스기 가쓰오를 영입했지만, 팀은 57승 64패 9무(승률 .471)로 4위에 머물렀다. 시즌 후, 다케가미 시로가 은퇴했다.

1976년 5월 12일, 아라카와 히로시 감독이 성적 부진으로 사임하고, 히로오카 다쓰로 수석 코치가 5월 13일부터 감독 대행을 맡았다. 6월 17일, 히로오카가 정식 감독으로 취임했다. 그러나 팀은 52승 68패 10무(승률 .433)로 5위에 그쳤고, 1962년부터 15년 연속 시즌 패배를 기록하며 센트럴리그 최악의 기록을 세웠다. 전 구단 상대 패배에도 불구하고 최하위를 면한 것은 일본 프로 야구 사상 최초였다.

1977년 오스기 가쓰오가 시즌 동안 많은 기록을 세웠다. 와카마쓰가 두 번째 선두타자, 찰리 매니엘이 42홈런을 기록하는 등 타선이 폭발하며, 팀은 62승 58패 10무(승률 .517)로 구단 창단 이후 첫 리그 2위를 달성했다.

1978년 전년도의 약진에 힘입어 구단은 선수단에 브라질 포상 여행을 계획했으나, 히로오카 감독은 반대하며 따뜻한 해외에서의 캠프를 희망했다. 그 결과, 2월에 구단 사상 최초로 미국 스프링캠프를 실시했다. 히로오카의 참모로 모리 마사히코가 수석 코치로 입단했고, 캠프에서 테스트를 받은 데이브 힐튼도 합류했다. 전반기를 선두로 마쳤으나 후반기에 실속하며, 와카마쓰, 오스기 가쓰오, 찰리 매뉴엘, 스기우라 도루, 마쓰오카 히로무, 스즈키 야스지로, 야스다 등의 활약에 힘입어 리그 3연패를 노리던 요미우리를 누르고 구단 창립 29년 만에 첫 리그 우승을 달성했다. 일본 시리즈에서도 한큐 브레이브스를 4승 3패로 꺾고 첫 일본 시리즈 우승을 차지했다. 개막부터 129경기까지 모두 득점을 올렸으나, 최종전에서 히로시마에게 완봉패를 당해 전 경기 득점에는 실패했다. 히로오카 감독은 쇼리키 마쓰타로상을, 와카마쓰는 팀 첫 센트럴리그 최우수 선수로 선정되었다.

1979년 찰리 매뉴엘을 방출했으나 제대로 된 보강이 이루어지지 않아 개막 8연패를 당했다. 5월에 존 스콧이 사이클 홈런을 기록하며 활약했지만, 팀은 다시 최하위로 추락했다. 8월에는 모리 마사히코 수석 코치가 해임되었고, 이에 격분한 히로오카 감독이 휴양을 이유로 사임했다. 사토 타카오 타격 코치가 감독 대행을 맡았으나, 팀은 48승 69패 13무로 8년 만에 최하위를 기록했다. 이는 1961년 다이요 이후 18년 만에 일본 시리즈 우승팀이 다음 해 최하위로 떨어진 두 번째 사례였다.

2.2.3. 다케가미 감독 시대 (1980년 ~ 1984년)

1980년 다케가미 시로가 구단 최초의 구단 선수 출신 감독으로 취임했다. 요미우리, 주니치, 한신, 다이요에 15승 이상을 거두며 선전했으나, 히로시마에는 시즌 내내 크게 패하며 결국 이 해 우승한 히로시마에 크게 뒤진 68승 52패 10무, 승률 .567로 2위를 기록했다. 마쓰오카 히로무가 최우수 평균자책점 타이틀을 획득했으며, 시즌 후 최동원 스카우트 작전에 나섰으나 병역 문제로 무산됐다.

1981년 찰리 매뉴엘이 복귀하며 기대를 모았으나, 노쇠화로 12홈런에 그치고 와카마쓰 쓰토무와 존 스콧이 잇따라 부상으로 이탈하며 외야진이 붕괴, 대주자와 대수비 전문이던 아오키 미노루가 도루왕을 차지하며 분전했지만 팀은 56승 58패 16무(승률 .491)로 리그 4위에 머물렀다. 시즌 후 야스다 다케시가 은퇴했다.

1982년 오스기 가쓰오, 오야 아키히코, 마쓰오카 등 주력 선수들의 노쇠화와 외국인 선수 래리 할로우 등의 부진으로 시즌 초반부터 최하위를 독주했다. 최종 성적은 45승 75패 10무, 승률 .375로 선두 주니치와 23.5경기 차였다.

1983년 드래프트에서 요미우리와의 경쟁 끝에 아라키 다이스케의 입단 교섭권을 획득하여 입단시켰고, 긴테쓰와의 트레이드로 이모토 타카시를 영입했다. 그러나 이모토, 마쓰오카, 보비 마르카노 등이 부진하며 팀은 53승 69패 8무(승률 .434)로 2년 연속 최하위에 그쳤다. 시즌 후 오스기가 은퇴했다.

1984년 4개 구단 경합 끝에 드래프트 1순위로 획득한 타카노 히카루를 개막 투수로 발탁하며 화제를 모았으나, 팀은 개막부터 부진했다. 다케가미 시로 감독은 시즌 도중 휴양을 이유로 사임했고, 나카니시 후토시가 임시 감독을 맡았으나 그 역시 도중 휴양을 발표, 투수 코치였던 도바시 마사유키가 시즌 종료까지 임시 감독을 맡았다.(이후 도바시는 정식 감독으로 취임) 이 해 팀은 51승 71패 8무(승률 .418)로 5위에 그쳐 겨우 최하위를 면했다.

2.2.4. 도바시 감독 시대 (1985년 ~ 1986년)

1985년 메이지 대학의 주포 히로사와 카츠미를 획득했다. 스기우라 토루가 본인 최다의 34홈런, 야에가시 유키오도 포수로서 구단 최초의 3할 타자로 활약했지만 팀은 시즌 초반부터 선두 경쟁에서 밀려났다. 진구 구장에서 한신에게 우승을 내주며 결국 46승 74패 10무 승률 .383으로 최하위를 기록했다. 10월 9일에는 와카마쓰 츠토무가 2000개 안타를 달성했다. 시즌 종료 후에는 우승 배터리인 마츠오카와 오야 아키히코가 함께 은퇴를 발표했다. 같은 해 일본 프로 야구 선수회로부터 노동조합의 자격을 얻었지만, 구단주 마쓰조노 나오토미는 “(모회사의) 야쿠르트 혼샤를 비롯해 그룹 내에서 노조를 결성하고 있는 회사는 없다”며 야쿠르트 선수회를 노조 선수회에서 탈퇴시켰다.

1986년 마르카노를 대신해 다이요에서 자유계약으로 풀린 레온 리가 입단했지만, 올해도 시즌 초부터 선두 경쟁에서 탈락했다. 2년 연속 진구 구장에서 우승을 내주며 49승 77패 4무, 승률 .389로 2년 연속 최하위를 기록하며 도바시 마사유키는 사임했다.

2.2.5. 세키네 감독 시대 (1987년 ~ 1989년)

1987년 세키네 준조를 감독에, 전 한신 감독 안도 모토가 수석 코치에 취임했다. 시즌 도중에 입단한 현역 메이저리거 밥 호너가 ‘호너 선풍’을 일으키며 9년 만에 히로시마전에 이겨 팀은 58승 64패 8무 승률 .475로 팀은 4위로 뛰어올랐다. 아라이 유키오가 신인왕을 획득했다. 또 드래프트 회의에서 다이요 웨일스와 추첨 끝에 나가시마 가즈시게가 교섭권을 얻었다.

1988년 시즌 5위에 그쳤지만, 이토 아키미츠가 모두 구원·규정 투구 횟수에 도달하지 못하면서 18승으로 최다승을 거뒀다. 히로사와 가쓰미와 이케야마 다카히로가 30홈런 이상을 때려내고, 구리야마 히데키가 규정 타석을 미달하면서 타율.331을 기록. 대 요미우리전에서도 8년 만에 상대 전적에서 앞섰다.

1989년 래리 패리쉬가 홈런왕 타이틀을, 신인의 도마시노 겐지가 신인왕을 획득했다. 고졸 3년 차의 나이토 나오유키가 12승 8세이브로 활약했다. 한편 패리시, 히로사와, 이케야마가 함께 100삼진을 기록. 55승 72패 3무의 승률 .433로 리그 4위로 마쳤다. 시즌 종료 후 세키네 감독이 물러나고 와카마쓰 츠토무가 현역에서 은퇴했다. 시즌 오프, 야쿠르트 선수회는 노조 선수회에 복귀했다.

2.2.6. 노무라 감독 시대 (1990년 ~ 1998년)

1990년, 노무라 가쓰야가 감독으로 취임했다. 팀은 전년도 홈런왕 패리쉬(한신으로 이적)를 대신해 드웨인 머피를, 당시 메이저 133승의 플로이드 바니스터를 영입했다. 노무라는 신인 후루타 아쓰야를 주전 포수로 기용하고, 포수였던 이이다 데쓰야와 야나다 고이치를 주전으로 발탁했다. 고졸 2년 차 가와사키 겐지로가 12승을 거뒀다. 그러나 머피와 바니스터의 부진 및 조기 퇴단, 아라키, 타카노, 이토 등의 장기 이탈, 나이토 등의 부진으로 58승 72패(승률 .446)로 리그 5위를 기록했다. 주니치전에서 7년 만에 승리했지만, 우승팀 요미우리에게서 30경기나 뒤졌다. 시즌 후 구리야마 히데키가 은퇴했다.

1991년 6월, 구단 신기록인 12연승(당시 12구단 중 유일하게 2자리 연승이 없었다)을 기록하며 한때 선두에 올랐으나, 이후 힘을 잃고 우승 경쟁에서 탈락했다. 그러나 리그 최종전에서 승리하며 3위를 확정, 67승 63패 2무(승률 .515)로 11년 만에 A클래스에 진입했다. 오바나 타카오가 은퇴했고, 걸프 전쟁으로 인해 1978년부터 이어져 온 유마 캠프가 취소되었다. 1978년부터 1990년까지의 유마 캠프는 일본 프로야구 미국 스프링캠프 최장기간 기록이다.

1992년, 캠프 중 부상으로 전년도 14승의 가와사키가 이탈했지만, 히로시마, 요미우리, 한신과 치열한 우승 경쟁을 벌였다. 니시무라 다쓰지와 오카바야시 요이치를 제외하고 허술했던 선발진은 4월 다카노 히카루, 5월 이토 아키미쓰가 부상 이탈했던 베테랑들이 부활하며 전반기를 3위로 마쳤다. 후반기 잭 하웰이 홈런을 양산하며 선두로 나섰으나, 9월에 9연패를 당하며 위기를 맞았다. 그러나 9월 24일, 4년간 등판이 없던 아라키가 1541일 만에 부활투하며 팀을 구했다. 10월 7일, 히로사와의 사구를 발판으로 이이다의 적시타, 아라이의 좌전 적시 끝내기로 기적적인 역전승을 거두며 우승에 다가섰다. 10월 10일, 한신 고시엔 구장에서 하웰의 2연타석 홈런과 아라키의 호투, 이토의 마무리로 14년 만에 정규 리그에서 우승했다(69승 61패 1무, 승률 .531). 하웰은 후반기에만 30홈런을 기록하며 홈런왕과 타점왕 2관왕, MVP를 차지했다. 일본 시리즈에서는 세이부와 7차전까지 가는 접전 끝에 3승 4패로 패했다. 시즌 후, 나가시마 이치모가 요미우리로 이적했다.

1993년 전년도 부진했던 스토퍼 자리에 개막 직후 야마다 츠토무, 5월부터 다카쓰 신고가 자리 잡았다. 신인 이토 토모히토는 부상 이탈 전까지 7승 5완투 4완봉, 평균자책 0.91의 활약으로 신인왕을 획득했다. 오카바야시는 부진했지만, 니시무라, 이토, 아라키, 가와사키, 미야모토 켄지가 투수진을 지탱했다. 5월 19일 히로시마전에서는 연장 14회 17-16으로 승리했다. 히로사와가 두 번째 타점왕, 하웰이 끝내기 홈런 5개를 기록하며 리그 2연패를 달성했다. 히로시마전에서는 6년 만에 승리했다. 일본 시리즈에서 4승 3패로 세이부를 꺾고 15년 만에 일본 시리즈 우승을 차지했다. 일본 시리즈 MVP 가와사키는 컴백상, 노무라 감독은 쇼리키 마쓰타로상을, 후루타는 시즌 MVP를 수상했다. 시즌 후 스기우라와 야에가시가 은퇴하며, 야쿠르트 아톰즈 재적 경험 선수 전원이 은퇴했다.

1994년 다카쓰 신고가 최우수 구원 투수상을 수상했지만, 이토, 가와사키, 니시무라, 아라키 등 투수진의 부상 이탈이 잇따랐다. 후루타의 오른손 부상, 이케야마의 부상, 하웰과 새 외국인 선수 제럴드 클라크 등의 부진으로 2년 연속 리그 우승에 실패하며 62승 68패(승률 .477)로 리그 4위에 그쳤다. 첫 우승 멤버이자 마지막 현역 선수였던 카쿠 후지오가 은퇴했다. 시즌 후 히로사와와 하웰이 요미우리로 이적했다. 시즌 후 대만을 방문했는데, 1군으로서는 해당 구단 최초였다.

1995년 히로사와와 하웰이 이적한 요미우리를 상대로 불리한 개막전이 예상됐지만, 개막 2차전에서 구와타 마스미의 위협구 퇴장을 계기로 역전승하며 흐름을 가져왔다. 후루타, 이이다가 활약했고, 도바시 가츠유키가 3번 타자로 정착했다. 한신에서 방출된 토머스 오말리가 30홈런을, 롯데에서 방출된 헨슬리 뮤렌도 29홈런을 기록하며 이케야마와 '제2 클린업'을 형성했다. 새 외국인 선수 테리 브로스는 9월 9일 요미우리전에서 노히트노런을 달성하고 최우수 평균자책점을 획득했다. 9월 30일, 진구 구장에서 요미우리를 꺾고 2년 만에 리그 우승을 차지했다(82승 48패, 승률 .631). 일본 시리즈에서 오릭스를 4승 1패로 꺾고 2년 만에 일본 시리즈 정상에 올랐다.

1996년 다이에이에서 이적한 다바타 가즈야가 12승, 세이부에서 이적한 쓰지 하쓰히코가 리그 2위 타율 .333을 기록했다. 그러나 브로스, 야마베, 타카쓰, 후루타, 뮤렌의 부진과 오카바야시, 가와사키, 이시이 등의 부상으로 베스트 멤버를 구성하지 못하고, 61승 69패(승률 .469)로 리그 4위에 그쳤다.

1997년 히로시마에서 자유계약이 된 코바야카와 다케히코가 입단, 개막전에서 사이토 마사키를 상대로 3타석 연속 홈런을 기록했다. 주니치에서 자유계약이 된 노나카 테츠히로가 13년 만에 첫 승, 다이에이에서 자유계약이 된 히로타 히로아키도 구원을 맡았다. 새 외국인 선수 드웨인 호지가 마쓰이 히데키를 제치고 홈런왕을 차지했다. 후루타는 4번 타자로 고타율을 기록하며 '연결의 4번'으로 활약했다. 타바타가 15승, 요시이가 13승, 이토가 타카츠와 더블 스토퍼를 맡았다. 리그 막판 요코하마에게 3.5경기 차까지 쫓겼으나, 9월 2일 이시이 가즈히사의 노히트노런으로 위기를 넘기고 11경기 차로 2년 만에 리그 우승을 확정지었다(83승 52패 2무, 승률 .615). 일본 시리즈에서 세이부를 4승 1패로 꺾고 4번째 일본 시리즈 정상에 올랐다. 후루타는 4년 만에 두 번째 시즌 MVP를 수상했다. 시즌 후 요시이가 FA로 뉴욕 메츠로 이적했다.

1998년 닛폰햄과의 트레이드로 노구치 도시히로를 보내고 시로이시 노리유키를 영입했다. 고졸 신인 이가라시 료타를 획득하고 구단 사상 최초로 팜 일본 시리즈를 제패했다. 그러나 1군은 요미우리에게 개막 3연전 3연패를 당하는 등 부진했고, 가와사키가 17승으로 최다승, 이시이 가즈히사가 최다 탈삼진을 획득했으나, 새 외국인 선수 라일, 무튼, 마크, 에이커, 호지, 후루타 등의 부진으로 66승 69패(승률 .489)로 리그 4위에 그쳤다. 시즌 후 노무라 감독이 퇴임하고, 와카마쓰 쓰토무가 신임 감독으로 취임했다.

2.2.7. 와카마쓰 감독 시대 (1999년 ~ 2005년)

1999년 선발진(이시이 카즈히사, 이토 토모히토, 가와사키 겐지로)이 총 1자리 승리로 끝나는 등 66승 69패, 승률 .489를 기록했다. 규정 투구 횟수에 도달하여 팀의 일본인 최다 9승과, 새로운 외국인 선수 제이슨 허커미가 팀 최다 12승을 올렸다. 야수진에서는 허커미와 마찬가지로 새로운 외국인 선수 로베르토 페타지니가 44홈런을 쏘아올려 홈런왕을 획득하였고, 오릭스에서 트레이드로 온 타카하시 사토시가 부활을 어필하고 주로 수비 요원이었던 사토 신이치가 갑작스런 타격 개안으로 팀을 견인했다. 또 프로 3년 차 이와무라 아키노리의 성장 등 호조의 화제도 있었다. 덧붙여 오랫동안 이어져 있던 유마캠프는 올해로 철수했다.

2000년 이시이 카즈히사가 시즌 최종 등판으로 주니치의 야마모토 마사를 제치고 최우수 평균자책점 타이틀을 획득했다. 이가시도 시즌 전반 등판만으로 11승을 올리는 활약을 했지만, 팀의 호조의 파도가 심하면서, 66승 69패 1무, 승률 .489로 과거 2년과 같은 성적으로 3년 연속의 4위에 끝나지만, 우승한 요미우리에게는 16승 11패로 우세였다. 시즌 오프에 해커미가 팀을 떠났다.

2001년 투수진은 가와사키가 FA로 주니치에 이적, 이토 토모, 새로운 외국인 선수 알란 뉴먼, 조나단 허스트 등의 부상 이탈로 선발 투수가 부족한 가운데, 이시이 하지메 이외, 새로운 투수진으로 변모했다. 2년 차 후지이 슈고가 14승을 올려 최다승을 거뒀고, 요미우리에서 방출되고 테스트 입단하게 된 이리키 사토시와 오릭스에서 방출되고 테스트 입단한 2년 차 마에다 히로카즈의 ‘조정조’도 각각 10승, 7승의 로테이션을 지지하고, 요코하마에서 방출된 시마다 나오야가 팀 2위의 52경기에 등판했다. 타선도, 홈런과 타점의 2관왕의 페타지니, 타율 2위의 후루타를 필두로 주전 8명(그 외는 한나카만, 미야모토 신야, 이나바 아츠노리, 이와무라 아키노리, 알렉스 라미레스, 도바시 가쓰유키)가 모두 규정 타석 도달이라고 하는 안정적인 상태로, 요미우리를 누르고 4년 만에 리그 우승에 성공했다. 와카마쓰는 구단 선수 출신의 첫 우승 감독이 되었다. 일본 시리즈에서는 오사카 긴테쓰 버펄로스와 맞붙어 일본 시리즈에서는 오사카 긴테쓰 로즈와 대전. 긴테쓰 자랑의 ‘아마테타선’을 봉쇄해 4승 1패로 누르고 4년 만의 일본 시리즈 정상에 올라섰다. 시즌 오프, 이시이 가즈히사가 메이저 리그의 로스앤젤레스 다저스로 이적했다.

또 이번 시즌은 21세기 최초의 페넌트레이스였기 때문에, 야쿠르트는 〈21세기 최초의 센트럴리그 우승, 일본시리즈 우승 구단〉이 되었다.

2002년 팀은 2위를 확보. 루키의 이시카와 마사유키가 12승을 거두고 신인왕을 획득했다, 이시이 히로스가 69경기에 등판해 최우수 중계 투수에 선출되었다. 또한 전년 도중 입단한 케빈 호지스가 최다승을 차지했다. 황금시대를 이끈 이케야마 타카히로는 이 해에 발표했다. 시즌 오프에, 페타지니가 요미우리로 이적했다.

2003년 시즌 전에 세이부에서 자유계약이었던 스즈키 켄을 영입했다. 다카쓰 신고가 사사키 가즈히로가 가진 통산 229세이브의 일본 프로 야구 기록을 갱신해, 최우수 구호 투수를 획득했다. 다카쓰는 시즌 오프로, 메이저 리그의 시카고 화이트 삭스에 이적했다. 또, 일본 3년차 알렉스 라미레스가 홈런왕, 타점왕, 최다 안타와 3개의 타이틀을 획득해 페타지니의 빈 자리를 채우는 활약을 보였다. 팀은 주니치, 요미우리, 히로시마와의 A클래스 다툼 끝에 요미우리와 리그 공동 3위에 올랐다. 하지만 전년도 순위에서는 요미우리가 우세했기 때문에 홈 개막권은 얻지 못했다.

2004년 연간 총득실점차가 -73점이었음에도 불구하고 최종전에서 요미우리를 제외하고 72승 64패의 리그 2위로 시즌을 마치고 구단 사상 첫 4년 연속 A클래스를 달성했다. 시즌 오프에 이나바 아츠노리가 닛폰햄으로부터 FA 이적했다.

2005년 4월 24일, 후루타가 포수로서는 노무라 카츠야 이후 사상 두 번째, 대학·사회인을 거쳐 프로 들어간 선수로서는 사상 최초의 통산 2000개 안타를 달성했다. 시즌 결과는 리그 4위. 시즌 종료 후, 와카마츠는 감독을 퇴임했다. 후임은 후루타가 선수겸임 감독으로 취임했다. 2군은 이번 시즌부터 사회인 대회에 출전했다. 시즌 오프로, 메이저 리그에서 일본으로의 복귀를 이룬 이시이 카즈히사가 2년 계약에 영입해, 히로시마의 4번 타자였던 그렉 라로카도 영입하는 등 적극 보강에 움직였다. 12월 19일의 일본 프로 야구 실행위원회에서 후루타의 비원이었던 현지 밀착형으로서 도쿄 야쿠르트 스왈로스(東京ヤクルトスワローズ^일본어)로의 팀명 변경이 만장일치로 승인되어 유니폼에 고쿠테쓰 시대 이후가 되는 〈Tokyo〉의 캐릭터가 부활했다.

2.2.8. 후루타 감독 시대 (2006년 ~ 2007년)

2006년에는 전년과 마찬가지로 릭 거톰슨이 노히트노런을 달성하는 등의 활약으로 교류전 2위에 올랐으나, 교류전 종료 후에는 승률이 거의 5할 부근에서 계속 정체되었다. 결국 리그 3위를 기록, 2년 만에 A클래스에 진입했지만 우승 쟁탈전에는 합류하지 못했다. 11월 4일에는 진구 구장에서 도쿄 6대학 선발과 야쿠르트에 의한 아마추어-프로 교류 시합이 실시되어 외국인 선수와 FA 이적을 앞둔 이와무라를 제외한 1군 멤버가 출전했다. 경기는 3-2로 야쿠르트가 승리했다. 시즌 오프에, 이와무라가 메이저 리그의 탬파베이 데빌레이즈(당시)에 이적했다. 또 거톰슨이 소프트뱅크로, 라로카가 오릭스로 이적하였다.

2007년에는 이가라시 료타, 이시이 히로토시로 구성된 ‘로켓 보이즈’가 수술의 영향으로 최악의 시즌을 보냈다. 디키 곤잘레스, 애덤 릭스, 다카쓰 신고 등 주력 선수들이 부상으로 라인업에서 연달아 이탈하면서 시즌 내내 제대로 된 전력을 갖추지 못했다. 아오키 노리치카가 수위 타자, 알렉스 라미레스가 타점왕과 최다안타, 세스 그레이싱어가 최다승 투수를 기록하는 등 투타 부문 타이틀을 석권했음에도 불구하고 1986년 이래 21년 만의 최하위를 기록했다. 8월부터 도쿄의 UHF, 도쿄 메트로폴리탄 텔레비전(TOKYO MX)에서 2007년도 첫 TV 중계가 개시 되었다. 이전부터 연간 수 경기는 중계가 있었지만, 최근에는 1경기도 중계가 없는 해도 있었다. 9월에는 후루타 아쓰야의 현역 은퇴 및 퇴단이 발표되었다. 이토 아키미쓰도 사의를 표명하면서 팀 최연장 코치였던 야에가시 유키오가 수석 코치 대리를 겸임했다. 후임 감독은 닛폰햄의 제너럴 매니저에서 물러난 다카다 시게루가 맡았으며, 1군 투수 코치로는 세이부 투수코치에서 물러났던 아라키가 야쿠르트에 복귀했다. 한편 선수단에서는 타점왕, 최다 안타를 기록한 라미레스와 16승으로 다승왕을 차지한 세스 그레이싱어가 요미우리로 이적, 이시이 가즈히사가 FA로 세이부로 이적했으며, 이시이의 보상 선수로 후쿠치 카즈키를 영입했다. 새해에는 후지이 슈고를 대상으로 한 3대3 트레이드를 닛폰햄과 실시해, 오시모토 다케히코, 가와시마 게이조 등을 영입했다.

2.2.9. 다카다 감독 시대 (2008년 ~ 2010년)

2008년 전년도 팀 승리 투수 1위 세스 그레이싱어(16승), 2위 이시이 카즈히사(9승), 3위 후지이 슈고(7승)가 연달아 이적했지만, 요미우리를 상대로 개막 3연승을 거두는 등 4월 막판에 3위로 올라섰다. 그러나 이시카와 마사노리, 다테야마 쇼헤이를 받쳐줄 선발 투수 자원이 부족했고, 야수진에선 후쿠치 가즈키, 이이하라 야스시가 분투했으나 전년 홈런왕 경쟁을 다툰 애런 가이엘의 부상이탈 등으로 클린업 타선이 제 역할을 하지 못했다. 베이징 올림픽 기간에는 아오키와 미야모토가 이탈해 전력이 안정되지 못했고, 시즌 막판 8연패를 당하며 5위에 그쳤다. 하지만, 임창용과 이가라시 료타의 부활, 오시모토 다케히코의 영입, 마쓰오카 겐이치의 불펜 전향 등으로 불펜진이 정비되었다.

2009년 DeNA에서 FA권을 행사한 아이카와 료지를 영입하고, 제이미 댄토나를 영입해 장타력을 보강했다. 초반부터 2위를 유지하며 전반기 최대 승차(+14)를 기록하며 질주했지만, 후반기 들어 순위가 급하락했다. 8월에는 월간 18패(7승), 9월에는 9연패를 당하는 등 팀 분위기가 급격히 흔들렸다. 다나카 히로야스, 이이하라, 미야모토, 가와시마 게이조 등이 부상으로 이탈하며 리그 5위로 전락하기도 했다. 그러나 다나카 히로야스와 오니자키 유지의 등장으로 10월 9일 오사카 한신과의 맞대결에서 승리, 3위를 확정지어 클라이맥스 시리즈에 진출했다. 그러나 후반기 부진의 영향으로 사상 첫 5할 승률 미만 팀의 클라이맥스 시리즈 출장 기록을 남겼다. 주니치와의 클라이맥스 시리즈 제1 스테이지에서는 1승 2패로 포스트 시즌을 마무리했다. 시즌 오프에, 한신에서 FA 선언한 후지모토 아츠시를 영입했고, 이가라시 료타는 메이저 리그의 뉴욕 메츠에 FA 이적했다.

2010년 후지모토 아츠시의 맹활약으로 개막 3연전 요미우리와의 경기에서 승리했지만, 4월 중순 이후 좋지 못했다. 교류전 9연패를 포함해 리그 최하위로 전락하기도 했다. 결국 5월 26일 대 도호쿠 라쿠텐 골든이글스전을 마지막으로 다카다 감독이 사임, 수석 코치였던 오가와 준지가 감독 대행을 맡았다.

2.2.10. 제1차 오가와 감독 시대 (2010년 ~ 2014년)

2010년 6월, 야쿠르트는 타선 보강을 위해 조시 화이트셀, 계투진 보강을 위해 와타나베 고키, 야마기시 미노루를 영입했다. 오가와 쥰지 감독 체제 이후 투타 조화가 맞아떨어지며 팀 상황이 호전되기 시작했다. 6월에는 14승 8패, 7월 11승 8패, 8월에는 10연승을 포함해 18승 8패를 기록하며 극적인 반전에 성공했다. 8월 24일 요코하마전에서 승리하며 승률 5할로 복귀했고, 이후에도 승률 5할 전후를 유지하며 리그 3위와의 격차를 좁혀 최소 3.5경기 차까지 따라붙었다. 그러나 전반기의 부진을 극복하지 못하고 최종적으로 리그 4위(72승 68패 4무)에 그쳐 클라이맥스 시리즈 진출에는 실패했지만, 6년 만에 승률 5할을 넘기며 2011년에 대한 희망을 보여주었다.

이 시즌 야쿠르트는 리그 우승팀 주니치를 상대로 좋은 성적을 거두었다. 센트럴 리그 구단들이 어려움을 겪던 나고야 돔에서 리그 유일의 좋은 성적(시즌 통산 7승 1무 4패, 오가와 체제 한정 5승 1패)을 기록했고, 주니치와의 상대 전적에서도 15승 1무 8패로 유일하게 앞섰다. 특히 오가와 감독대행 체제 이후로는 12승 3패로 압도했다. 다카다 시게루 감독 시절 부진했던 요미우리전에서도 후반기에는 3연승을 포함한 5연승을 기록하는 등 오가와 감독대행 체제 이후 8승 1무 7패로 앞섰다. 젊은 투수진이 크게 성장하여 두 자릿수 승리를 기록한 투수 4명을 배출했고, 센트럴 리그 2위의 평균자책점을 기록하는 등 투수진의 안정감이 돋보였다.

2011년, 동일본 대지진의 영향으로 개막전이 3월 25일에서 4월 12일로 연기되었다. 개막 직후 블라디미르 발렌틴과 하타케야마 가즈히로의 활약으로 4월 하순 센트럴 리그 1위에 올랐다. 이후 1위를 유지했으나, 8월 한신의 추격을 받았고, 9월 9연승으로 한신의 추격을 뿌리치고 요미우리전에서 12승 8패 4무로 11년 만에 승리했다. 그러나 발렌틴과 하타케야마 등 주력 타자들의 부진과 요시노리, 다테야마, 이시카와, 미야모토 신야 등 선발 투수들의 부상 및 폐렴 등으로 전력 누수가 발생하면서 시즌 후반 10경기 이상 차이로 2위였던 주니치와의 맞대결에서 9월 이후 1승 8패(5연패)를 기록하며 1위 자리를 내주고 리그 2위를 기록했다. 최종 성적은 70승 59패 15무로, 선두와는 2.5경기 차로 10년 만의 리그 우승을 놓쳤다. 요미우리와의 경기 결과는 12승 4무 8패로 10년간의 연패를 11년 만에 끊었다. 클라이맥스 시리즈 퍼스트 스테이지에서 3위 요미우리에게 2승 1패를 거두며 구단 역사상 첫 파이널 스테이지에 진출했으나, 리그 2연패를 달성한 주니치에게 2승 4패(어드밴티지 1승 포함)로 패하며 10년 만의 일본 시리즈 진출에 실패했다. 시즌 오프에 이시이 히로토시가 은퇴했고, 발렌틴은 홈런왕을 획득했다.

2012년 1월 17일, 아오키 노리치카가 포스팅 시스템을 통해 메이저 리그의 밀워키 브루어스로 이적했다. 3월 19일에는 구단 사무소가 도쿄도 미나토구 히가시신바시에서 홈구장 메이지 진구 야구장 근처 기타아오야마로 이전했다. 3월 30일 개막 요미우리전에서 구단 사상 최초의 개막전 완봉승을 기록(요미우리는 구단 사상 최초의 개막전 완봉패)했고, 4월 24일 주니치전(진구)에서 승리하며 리그 공동 선두에 올랐으며, 26일 같은 경기에서 승리하며 단독 선두에 올랐다. 그러나 교류전에서 5월 30일 닛폰햄전(진구)에서 패하며 39년 만의 10연패를 기록하는 등 9승 15패로 부진하며 선두 경쟁에서 밀려났다. 리그 전반기를 히로시마와 게임 차 없는 4위로 마감했다. 리그 후반기에는 히로시마와 3위 경쟁을 벌였고, 9월 29일 주니치전(진구)에서 0-4로 패했지만, 이날 히로시마도 한신에 패하면서 3위가 확정되어 2년 연속 클라이맥스 시리즈 진출을 확정지었다. 클라이맥스 시리즈 퍼스트 스테이지에서 주니치와 맞붙어 1승 1패 상황에서 맞은 3차전에서 8회말 토니 블랑코에게 역전 만루 홈런을 허용하며 1승 2패로 탈락했다. 시즌 오프에 후쿠치 가즈히로, 미야데 류지가 은퇴했고, 임창용이 팀을 떠났다. 5월 4일에는 미야모토 신야가 통산 2000안타를 달성했다. 발렌틴은 2년 연속 홈런왕 타이틀을 획득했다. 한편, 7년 만에 이와무라 아키노리를 영입하여 팀에 복귀시켰다.

2013년 5월 이후 최하위로 추락했고, 10월 1일 요미우리전(진구)에서 1-0으로 패하며 6년 만의 최하위가 확정되었다. 홈구장인 진구 구장에서는 31승 32패 1무를 기록했지만, 메이지 진구 이외의 구장에서는 26승 51패 3무로 크게 부진했다. 미야모토 신야, 후지모토 아츠시가 은퇴했다. 특히 블라디미르 발렌틴 외의 야수 중 규정 타석을 채운 선수가 없는 등 야수진의 부상과 부진이 이어졌다. 발렌틴은 8월에 일본 프로 야구 신기록인 월간 18홈런을 기록하는 등 홈런을 양산했고, 9월 15일 한신전(진구)에서 일본 프로 야구 신기록인 시즌 56호 홈런과 아시아 야구 신기록인 57호 홈런을 기록하며 시즌 60홈런으로 3년 연속 홈런왕을 획득했다. 투수진에서는 신인 오가와 야스히로가 16승 4패로 최다승과 승률 1위의 2관왕을 차지했다.

2014년 시즌 막바지까지 최하위로 부진했고, 9월 22일 오가와 쥰지 감독이 구단에 사임 의사를 밝히며 이번 시즌을 끝으로 감독직에서 물러났다. 9월 29일 히로시마전(마쓰다)에서 패하며 2년 연속 최하위가 확정되었다. 규정 타석을 채우고 3할-2자릿수 홈런을 기록한 타자 5명(야마다 데쓰토, 다카이 유헤이, 하타케야마, 가와바타 신고, 발렌틴)이 있었고, 팀 타율과 득점은 리그 최고였지만, 규정 투구 횟수를 채운 투수는 리그 방어율 최하위인 이시카와뿐이었고, 팀 방어율과 실점은 최하위였다. 10월 8일, 후임 감독으로 수석 타격 코치였던 마나카 미쓰루가 선임되었다. 시즌 오프에는 2년 연속 최하위의 부진에서 벗어나기 위해 대형 보강을 단행했다. 지바 롯데 마린스에서 나루세 요시히사, 홋카이도 닛폰햄 파이터스에서 오비키 게이지가 FA로 입단했고, 메이저리거 로건 온드루식을 영입했다. 또한, 아이카와 료지가 요미우리 자이언츠에서 FA로 이적했다.

2.2.11. 마나카 감독 시대 (2015년 ~ 2017년)

2015년 1월, 요미우리에서 FA 이적한 아이카와의 보상 선수로 오쿠무라 노부유키를 영입했다. 개막 후에는 일본 프로 야구 기록이 되는 14경기 연속 3실점 이하를 달성하는 등, 투수진이 호조를 보이며 한때 선두에 올랐지만, 5월에 들어서면서 9연패를 당해 최하위로 추락했다. 발렌틴과 밀리지 등 주축 선수의 부상도 있어 5월 22일 미치 데닝(BC리그 니가타 알비렉스)과 기본 합의했다. 전반전은 4위였지만 선두인 DeNA와는 근소한 차이로 마감했다. 후반전에 돌입한 후에는 한신, 요미우리와의 대접전 끝에, 9월 24일 대 DeNA전에서 4-2로 승리하며 3년 만에 A클래스(상위권)에 진입했고, 센트럴 리그 최고 승차로 클라이맥스 시리즈 진출을 확정지었다. 9월 27일의 대 요미우리전에서 승리하며 우승 매직 넘버 '3'을 점등시켰다. 그리고 10월 2일 오사카 한신전(진구구장)에서 2-1로 승리하며, 14년 만에 7번째 센트럴 리그 우승을 확정지었다. 전년도 최하위에서 리그 우승은 1976년 요미우리 이후였고, 2년 연속 최하위에서의 리그 우승은 2001년 오사카 긴테쓰 이후였다. 버넷은 자신의 2번째가 되는 최다 세이브, 가와바타 신고가 선두타자와 최다 안타, 야마다 테츠토가 홈런왕과 도루왕과 최고 출루율, 하타야마가 타점왕 타이틀을 각각 획득했고, 야마다 테츠토는 사상 9번째로 트리플 쓰리(3할-30홈런-30도루)를 달성했다. 클라이맥스 시리즈에서도 4승 1패(어드밴티지 1승 포함)로 요미우리를 꺾고 14년 만의 일본 시리즈 진출을 확정지었다. 일본 시리즈에서는 후쿠오카 소프트뱅크 호크스와 대전했지만, 1승 4패로 패하며 2001년 이후의 일본 시리즈 우승을 놓쳤다. 시즌 오프에, 오릭스 버펄로스에서 자유계약이 된 사카구치, 홋카이도 닛폰햄 파이터스에서 자유계약이 된 우구모리를 영입했다. 또 버넷이 메이저 리그의 텍사스 레인저스로 이적했다. 유키가 어깨 부상을 이유로 전력 외 통보를 받고 육성 선수 계약을 맺었고, 마츠모토 유이치가 현역에서 은퇴했다.

2016년 팀은 주포인 발렌틴의 이탈로 인해 9년 만에 개막 4연패를 기록했다. 이후에도 드래프트 1위 루키인 하라 주리, 에이스 이시카와, 다테야마 등의 투수진뿐만 아니라, 주축 타선을 이끄는 야마다, 가와바타, 하타야마, 유헤이, 오비키 등도 부상으로 이탈하며 전년도에는 없었던 주축 선수들의 이탈자가 속출하여 최하위로 떨어졌다. 6월 26일 주니치전에서는 마무리 투수 온드루식이 실책으로 인해 강판된 후 폭언을 하여 근신 처분을 받았고, 이것이 원인이 되어 7월 21일에 팀을 떠나면서 더욱 곤경에 빠졌다. 침체된 팀 상황 속에서, 5월 30일에 한국에서 하재훈을 영입하고, 7월 5일에 요시노리를 육성에서 복귀시키고, 7월 17일에 오릭스 버펄로스로부터 야기 료스케와의 트레이드로 콘도를 영입하며 분위기 쇄신에 나섰다. 7월 24일 대 주니치전에서 요시노리가 1786일 만의 승리를 달성했다. 9월 19일에 DeNA가 승리하면서 B클래스(하위권)가 확정되었고, 최종 성적은 리그 5위로 마감했다. 야마다가 2년 연속 트리플 쓰리를 획득했지만, 투수진은 팀 방어율 4.73(5위 DeNA와 약 1점 차이), 실점 694(5위 DeNA와 106점 차이)로 센트럴 리그 최하위를 기록했고, 1970년 이후 2자리 승리 투수가 없는 불명예스러운 기록을 남겼다. 모리오카가 현역에서 은퇴했다. 시즌 오프에, 자유계약이 된 다나카 히로야스가 요코하마 DeNA 베이스타스에 이적했다.

2017년 전년도와 마찬가지로 가와바타, 하타야마, 발렌틴, 나카무라, 오가와, 아키요시 료, 유헤이, 오비키 등 팀의 주력 선수들의 부상 이탈이 이어졌다. 이로 인해 교류전부터 시즌 막바지까지 최하위로 침체되었다. 5월 30일 오릭스 버펄로스전부터 6월 10일 지바 롯데 마린스전까지 10연패, 그리고 7월 1일 한신전부터 7월 21일 한신전까지 14연패를 기록했다. 시즌 전반기에만 두 번의 10연패 이상을 기록했는데, 이는 1956년 다카하시 유니온즈 이후 61년 만이었다. 7월 26일 대 주니치전(진구)에서 사상 4번째, 센트럴 리그에서는 66년 만에 최대 10점 차(연장 10회)를 뒤집는 역전 승리를 거두었지만 침체는 계속되었다. 최종적으로는 구단 최악의 기록을 경신하는 96패를 기록하며, 3년 만에 최하위가 결정되었다. 또한 팀 타율, 득점, 홈런도 리그 최하위로 마감했다. 마나카 감독은 결국 사임했고, 후임 감독으로 2014년까지 지휘했던 오가와 준지가 다시 복귀하게 되었다.

2.2.12. 제2차 오가와 감독 시대 (2018년 ~ 2019년)

2018년 2월 7일, 전 메이저 리거 아오키 노리치카가 7년 만에 팀에 복귀했다. 초반에는 고전했지만, 교류전 개시 무렵부터 좋은 성적을 거두며 6월 17일 니혼햄전에서 승리하며 처음으로 교류전 최고 승률을 기록했다. 지난 2년간 부상 선수들로 인해 어려움을 겪었지만, 이번 시즌은 큰 부상 없이 후반기에도 A클래스(상위 3개 팀)를 유지하며 10월 1일에 3년 만에 3위 이내로 클라이맥스 시리즈(CS) 진출을 확정지었다. 10월 2일 DeNA전에서 3-2로 승리하며 2위를 확정, 진구 구장에서 CS 개최권을 얻었다. 그러나 CS에서 요미우리에 2연패하며 3년 만의 일본 시리즈 진출에는 실패했다. 시즌 종료 후 마츠오카 켄이치, 타케우치 신이치, 야마모토 테츠야, 우구모리 아쓰시가 현역에서 은퇴했다. 시즌 오프에는 소프트뱅크에서 자유계약으로 풀린 데라하라 하야토를 영입했다.

2019년 1월 30일, 소프트뱅크에서 자유계약으로 풀린 이가라시 료타가 10년 만에 복귀했다. 4월 26일과 5월 26일에는 아오키 노리치카, 야마다 테츠토, 발렌틴이 동 시즌 2번의 3타자 연속 홈런을 기록했지만, 5월 14일부터 6월 1일까지 리그 최다 기록과 타이를 이루는 16연패를 당하는 등 초반부터 어려움을 겪었다. 시즌 동안 야마다 테츠토, 무라카미 무네타카, 발렌틴 3명이 30홈런 이상을 기록했음에도 불구하고 투수진의 부진으로 전년도 2위에서 최하위로 추락했다. 오가와 준지 감독의 사임이 결정되었고, 미야모토 신야 수석 코치의 사임도 발표되었으며, 차기 감독으로는 2군 감독을 맡고 있던 다카쓰 신고가 취임하게 되었다. 무라카미 무네타카는 고졸 2년차임에도 36홈런 96타점을 기록하며 신인왕 타이틀을 획득했고, 10대 시즌 최다 홈런을 갱신하며 나카니시 후토시가 1953년에 기록한 고졸 2년차 이내 최다 홈런과 타이를 이뤘다. 드래프트에서는 주목받던 세이료 고교의 오쿠가와 야스노부를 3개 구단 경합 끝에 협상권을 획득했다. 또한, 메이저 리그 통산 1367안타, 2014년에는 아오키와 동료, 2015년에는 유격수로서 골든글러브상을 수상한 알시데스 에스코바, 라쿠텐에서 방출된 시마 모토히로, 이마노 류타, 소프트뱅크와의 재계약을 보류하고 있던 하세가와 소라키를 육성선수로 영입했다. 그리고 9년간 팀 타선을 이끌어 온 발렌틴이 소프트뱅크로 이적했다. 다테야마 쇼헤이, 하타야마 가즈요시, 미와 마사요시, 테라하라 하야토, 오토 히로시가 현역에서 은퇴했다.

2.2.13. 다카쓰 감독 시대 (2020년 ~ 현재)

2020년, 신형 코로나 바이러스 감염 확산의 영향으로 3월 20일로 예정된 일본 프로 야구 개막이 연기되었고, 6월 19일 무관중 경기로 개막했다. 10월 14일 DeNA전부터 벤치 담당 사이토 다카시 투수 코치와 불펜 담당 이시이 히로토시 투수 코치를 교체하는 등 변화를 주었지만, 결국 2년 연속 시즌 최하위에 그쳤다. 초반에는 상위권 경쟁을 펼쳤지만, 서서히 하락세를 보였다. 이가라시 료타, 나카자와 마사토, 이노 스구루가 현역에서 은퇴했다. 시즌 오프에는 장타력 부족을 해소하기 위해, 전 메이저리거 피츠버그의 호세 그레고리오 오스나, 전 인디언스의 도밍고 산타나, 소프트뱅크에서 자유계약이 된 우치카와 세이이치를 영입하는 등 대대적인 보강을 실시했다.

2021년, 과제였던 선발 투수 보강을 위해 시즌 개막 전 히로오카 다이시와의 트레이드로 요미우리 자이언츠로부터 타구치 카즈토를 영입했다. 전반기에는 신형 코로나 바이러스 감염 확산의 영향으로 개막까지 일본에 입국할 수 없게 된 새로운 외국인 선수 오스나와 산타나가 빠져 작년과 마찬가지로 장타력 부족으로 인한 빈타가 해소되지 않아, 오픈전 최하위로 개막전을 치렀고, 개막 시리즈도 전패하며 3연패로 시작했다. 4차전에서 드디어 첫 승리를 거두었지만, 직후에 코로나바이러스 양성으로 진단된 두 번째 포수 니시다 아키오가 이탈하며, 어려운 상황에 빠졌다. 이러한 상황에서 작년부터 4번 타자를 맡고 있는 무라카미 무네타카를 중심으로, 부상 때문에 작년에는 거의 출전하지 못했지만 높은 OPS를 기록한 시오미 야스타카를 중심 타선에 두고, 2번에 주전 포수 나카무라 유헤이가 타선을 이끌자 투수진도 분발하여 어려운 상황에서도 팀은 단번에 분투하기 시작했다. 4월 중순에는 작년 시즌 부진했던 야마다 데쓰토가 단번에 컨디션을 끌어올리고, 4월 말에 합류한 산타나도 주로 6번과 7번, 오스나도 5번 타자로 나서면서 예상대로 높은 OPS를 기록하며 타선을 지지하는 등 공격력이 강화되어, 큰 연패도 적고 승리를 거듭했다. 6월 이후에는 2번으로 돌아온 아오키 노리치카, 오스나와 산타나의 영입 이후, 중심 타선에서 리드오프로 시오미 야스타카가 고정되면서 타선이 더욱 막강해졌고, 선두 한신 타이거스에 2.5경기 차 뒤진 3위로 따라붙었다.

후반기에는 오스나가 극심한 부진에 빠지면서 타선도 전체적으로 침체되었지만, 투수진이 전반기 이상으로 분발했다. 9, 10일 이상의 등판 간격을 두는 변칙 로테이션을 하면서도 발군의 안정감을 보인 오쿠가와 야스노부가 승리에 기여했지만, 교류전 이후 쾌투를 이어간 다카하시 케이지를 중심으로, 9월부터는 사이스니드, 이시카와 마사노리, 오쿠가와, 하라 주리, 앨버트 수아레스, 다카나시 히로토시 등 8명을 선발 로테이션에 발탁했다. 기존 로테이션보다 인원수를 늘려 조정 기간을 늘리는 기용법을 확립했고, 어느 투수도 안정감을 보이면서 선발 방어율은 작년보다 크게 향상되었다. 또한 이마노 류타, 시미즈 노보루, 스캇 맥거프 등 필승조를 중심으로 한 불펜진은 전반기에 이어 활약했고, 종반에는 타구치 카즈토와 수아레스를 불펜으로 배치 전환하여 마운드를 더욱 두텁게 했다. 9월 후반부터는 단번에 컨디션을 끌어올려 9연승, 13경기 연속 무패 행진으로 한신 타이거스를 제치고 선두에 올라섰다. 야쿠르트의 9연승은 2011년 9월 이후 처음이며, 13경기 연속 무패는 구단 사상 최초이다. 10월 26일 요코하마 스타디움에서 열린 DeNA전에서 5-1로 승리하며, 6년 만에 8번째 리그 우승을 확정지었다. 2015년과 마찬가지로 전년도 최하위에서 리그 우승을 차지한 것은 센트럴 리그에서 5번째, 퍼시픽 리그를 포함하면 6번째 사례였다. 2년 연속 최하위에서 리그 우승을 차지한 것은 센트럴 리그에서 2015년 이후 구단 사상 두 번째 쾌거였다. 또한, 우승 다음 날인 10월 27일에는 퍼시픽 리그에서 작년 최하위였던 오릭스 버팔로스가 우승을 달성하면서, 일본 프로 야구 사상 최초로 양대 리그 모두 최하위에서 리그 우승을 확정짓는 기록을 세웠다. 유헤이가 현역에서 은퇴했다. 팀 최다승은 오가와 야스히로, 오쿠가와의 9승이었다. 2자리 승리 투수 없이 정규 시즌 최고 승률과 일본 시리즈 진출은 2000년 다이에 호크스 이후 21년 만에 사상 두 번째였다. 덧붙여 구원승은 12개 구단 중 가장 많은 24승이었다. 또한 선발 투수 중 규정 투구 이닝을 채운 투수는 없었다. 규정 투구 이닝 이상 투수가 없는 상황에서의 정규 시즌 우승은 2019년 세이부 이후 2년 만에 두 번째이며, 2자리 승리 투수 및 연간 규정 투구 이닝 클리어 투수가 없는 리그 우승은 NPB 사상 최초이다.

클라이맥스 시리즈에서는 3위에서 올라온 요미우리 자이언츠와 맞붙었다. 첫 경기를 오쿠가와의 프로 첫 무사구 완봉승으로 장식했고, 이어진 2차전에서는 다카하시 케이지가 6이닝 무실점 호투를 펼치며 승리했다. 우승을 결정짓는 3차전에서는 타구에 맞아 긴급 강판된 하라 주리를 이어받은 가나쿠보 유토가 5회까지 1실점으로 호투했고, 7회에 아오키 노리치카의 적시타로 역전에 성공했다. 직후 8회에 동점을 허용했지만, 9회에 맥거프가 무실점으로 막아내며 우승, 6년 만에 8번째 일본 시리즈 진출을 확정지었다. MVP에는 첫 경기에 무사구 완봉승을 거둔 오쿠가와가 선정되었다. 11월 20일부터 시작된 일본 시리즈는 마찬가지로 리그 우승을 차지하고 CS를 돌파한 오릭스 버팔로스와 맞붙었다. 1차전에서는 투수 타이틀을 독점하고 사와무라상을 수상한 상대 선발 야마모토 요시노부에 오쿠가와도 7이닝 1실점으로 호투하며 팽팽하게 맞섰고, 8회에 무라카미 무네타카의 시리즈 첫 홈런으로 승기를 잡는 듯 했으나, 9회에 맥거프가 3실점하며 패했다. 그러나 2차전에서 다카하시 케이지의 프로 첫 완봉승을 시작으로, 도쿄 돔에서 개최된 홈 경기인 3차전과 4차전도 1점 차 승리를 거두며 3연승을 기록했지만, 5차전에서는 1점 차로 패했다. 11월 27일에 열린 6차전에서는 1-1 동점 상황에서 맞이한 연장 12회에 대타 가와바타 신고의 적시타로 경기를 끝내며, 2001년 이후 20년 만에 6번째 일본 시리즈 우승을 차지했다. MVP에는 나카무라 유헤이가 선정되었다. 센트럴 리그 구단이 일본 시리즈에서 우승한 것은 2012년 요미우리 이후 9년 만이었다.

12월 2일 발표된 미쓰이 골든 글러브상에서 나카무라 유헤이가 6년 만에 두 번째로 센트럴 리그 포수 부문에서 수상했다. 구단 포수로서 골든 글러브상을 여러 차례 수상한 것은 후루타 아쓰야의 10회, 오야 아키히코의 6회에 이어 세 번째이며, 포수 부문에서의 구단 합계 18회 수상은 양대 리그 최다 기록이다. 시즌 오프에 전 토론토 블루 제이스의 A.J. 콜, 전 LG 트윈스의 앤드류 수아레즈를 영입했다.

3. 팀 특징

「스왈로스(Swallows)」라는 이름은 당시 국철(国鉄)에서 유일한 특급열차이자 일본에서 가장 빠른 열차였던 「츠바메(つばめ)」호에서 유래한다. 구단기에는 열차의 헤드마크 등에 사용되었던 「츠바메 마크」를 채용했으며, 「스왈로스」의 로고 디자인은 국철의 디자인실이 디자인한 것을 오늘날까지 사용하고 있다. 스포츠 신문의 제목에서도 「제비」 또는 「츠바메」라고 쓰이는 경우도 있다.

닉네임 결정 당시 국철 직원을 대상으로 공모를 실시한 결과, 철도 관련해서는 다양한 명칭들이 제시되었고, 동물 이름으로는 「곰」, 「코끼리」, 「기린」, 「사자」, 「콘돌」등이 제시되었다. 최종 후보로 「스왈로스」와 「키리버스」 두 가지가 남았으나, 제비(ツバメ)는 속도의 상징이며, 사람들에게 사랑받는 구단명이 될 것이라는 점이 고려되어 「스왈로스」로 결정되었다.

원래 「제비(燕)」는 국철의 상징적인 존재였다. 1950년에 국철자동차국이 심볼 마크로 「제비」를 채택했으며, 현재의 JR버스 각사가 제비를 마스코트 캐릭터로 계승하고 있다. 구・마루젠석유(현・코스모석유)가 제비 마크를 사용했던 것도 철도성과의 관계가 깊었기 때문이다. 현재의 규슈 신칸센에서도 열차의 애칭으로 「츠바메(つばめ)」호가 사용되고 있다.

영어로는 제비를 의미하는 [[wikt:en:swallow^en-short의 a는 로마자 읽기가 아니라, 샷 [[wikt:en:shot^en-short의 o와 같은 발음이기 때문에, 스왈로즈가 가깝다.

「아톰즈(Atoms)」는 후지텔레비전에서 애니메이션이 방영되었고, 산케이 신문의 일요판에도 만화 원작이 연재된 데즈카 오사무 원작의 『철완 아톰』에서 따왔다. 1969년만은 구단명・법인명을 순수하게 닉네임만의 「아톰즈(구단)」으로 했다.

현재 마스코트는 [[츠바쿠로|つば九郎]](1994년 등장), [[츠바미|つばみ]](1999년 등장)이다. 과거에는 [[철완 아톰|아톰]], 볼보이, 야보, [[스우짱]], 엔타로, 토르쿠야등이 있었다.

응원가는 오리지널 곡과 기존 팝송을 사용하며, 득점 시 비닐우산을 흔들면서 도쿄 온도를 부르는 것이 특징이다. 도쿄 온도를 처음 응원에 사용한 것은 도쿄 오리온스(현 지바 롯데 마린스)이지만, 1978년 우승 전후로 스왈로스 팬들에게 널리 퍼졌다.
* 도쿄 온도의 전주·간주 부분에서 이전에는 "쿠타바레 ○○(상대 구단)"이었지만 현재는 상대 구단과는 무관하게 일부 팬이 "쿠타바레 요미우리"라고 가사를 붙인다. 2010년부터 응원단은 "도쿄 야쿠르트"를 연호하도록 호소하고 있다.
* 최근에는 찬스 테마에 JITTERIN'JINN의 "여름 축제"나 "루팡 3세의 테마", 포켓몬 금·은의 엔딩 BGM도 사용된다.
* 구단 이미지 컬러인 밝은 녹색은 야쿠르트의 옛 구단기와 아톰스 당시 유니폼의 악센트 색깔에 유래한다.
* 요코하마 스타디움에서는 한때 우산을 사용한 응원이 금지되었으나, 구장에서 판매되는 응원용 우산은 끝을 부드러운 소재로 하고 있다.
* 많은 야쿠르트 팬은 제트 풍선을 사용하지 않고 있다.
* 본거지인 신궁 구장에서는 2012년까지 저녁 6시 이후의 나이트 게임에서 북을 사용한 응원이 금지되었다.
* 2006년부터 선수 소개 장내 아나운스는 2인 체제가 되었으며, 2019년 현재, 공식 DJ로 패트릭 유를 기용하고 있다.

4. 기타

도쿄 야쿠르트 스왈로스는 선수들의 부상이 잦기로 유명하다. 아라키 다이스케(荒木大輔), 이토 토모히토(伊藤智仁), 유키(由規) 등이 그 예시이다. 오치아이 히로미츠(落合博満)는 주니치 드래곤즈 감독직에서 물러난 후, 야쿠르트 주력 선수들이 훈련 부족으로 전력에서 이탈한다고 말했다. 에모토 타케노리(江本孟紀)는 훈련량 부족과 미국식 투구수 제한을 비판했고, 주장을 역임했던 미야모토 신야(宮本慎也)도 훈련량 부족을 지적했다. 선수이자 코치 경력이 있는 카도 마사오(角盈男)는 노무라 감독 시대의 적은 훈련량이 계승되고 있다고 평가했다. 이로 인해 2군 선수 부족으로 투수나 포수가 내외야를 겸하는 경우가 많고, 구단 직원이던 전 선수를 육성선수 제도로 현역 복귀시켜 2군 경기에 출전시킨 적도 있다. 이러한 상황은 "야전병원(ヤ戦病院)"이라는 인터넷 신조어로 널리 사용된다.

1994년부터 2012년까지 홈 경기에서 사용된 모자 마크 "Ys"는 1969년~1970년 아톰즈 시대 "Ya" 마크에서 유래했다. 1974년부터 1993년까지는 "ys"였지만(2013년 이후 동일), 왼쪽에 "Y", 오른쪽에 "s"로 변경되었다. 팀의 알파벳 약칭은 "S"를 주로 사용한다. 주간 베이스볼 2군 경기 일정표에서는 구단 약칭을 Ys로, 쇼난 시렉스(현・DeNA 2군)를 S로 표기했으나, 야쿠르트를 S, 쇼난을 SR로 변경했다.

히로시마의 오세라 다이치(大瀬良大地)에게 약한 모습을 보였다. 2014년 이후 한 번도 이기지 못하다가 2019년 7월 26일 경기에서 패배를 안겨주며 연패를 12에서 멈췄다. 세 리그 최초로 쇼와, 헤이세이, 레이와 3개 연호에서 일본 시리즈 우승을 차지했다(퍼 리그 포함 시 소프트뱅크에 이어 2번째).

메이지 진구 구장은 대학 야구 일정으로 인해 지방 개최 경기가 많았다. 2020년 도쿄 올림픽과 2020년 도쿄 패럴림픽 기간 동안 메이지 진구 구장 사용 불가로 도쿄돔에서 주최 경기를 개최할 예정이었으나, 올림픽 연기로 메이지 진구 구장에서 개최하게 되었다. 2021년에는 도쿄돔에서 6경기, 마쓰야마(松山) 2경기, 시즈오카(静岡) 2경기를 개최한다. 특히 마쓰야마에서는 추계 캠프 인연으로 매년 2경기가 편성된다.

1970년대부터 2002년까지 구단 오너 마츠조노 나오미(松園尚巳)의 출신지인 나가사키현(長崎県)에서 공식 경기가 개최되었다. 마츠조노는 지역 신문 나가사키 신문(長崎新聞) 사장, 나가사키 문화방송(長崎文化放送)(NCC) 초대 회장을 역임했다. 나가사키 출신 가수 사다 마사시(さだまさし)는 마츠조노와의 인연으로 야쿠르트 팬이 되었다. 1997년 나가사키 현영 야구장(長崎県営野球場) 개장 후 첫 공식 경기를 치렀으나, 마츠조노 사망과 야쿠르트 본사 사업 재편으로 2002년 이후 야쿠르트 주최 공식 경기는 개최되지 않았다.

동일본대지진(동북지방태평양해역지진) 직후, 세 리그는 3월 25일 개막을 결정했으나, 팬들의 항의 전화가 쇄도했다. 야쿠르트 구단은 "야쿠르트 본사의 손실도 크다"는 이유로 개막을 결정했으나, 문부과학성 요청에 따라 나이트 게임 자제 및 개최지 변경 가능성을 시사했다. 이후 신궁에서 데이 게임 개최가 실현되었다.

2012년부터 도쿄 야쿠르트 스왈로스, 요미우리 자이언츠, 요코하마 DeNA 베이스타스 3개 구단 합동으로 "GSDB 프로젝트"를 시작했다.

구단 공식 영구 결번은 없으나, 1번(와카마쓰 츠토무), 27번(후루타 아쓰야)은 특별하게 관리된다. 1번은 와카마쓰 은퇴 후 "준 영구 결번"으로 결번이었으나, 이케야마, 이와무라, 아오키를 거쳐 2016년부터 야마다 테츠토(山田哲人)가 달았다. 27번은 후루타 은퇴 후 "명예 번호"로 결번이었으나, 2022년부터 나카무라 유헤이(中村悠平)가 달았다.

김태형(金田正一)은 사와무라상을 3회 수상했다(최다 타이 기록). 김정일(金田正一)은 투수 트리플 크라운을 달성했다. 무라카미 무네타카는 3관왕을 달성했다. 고다 슌야(古田敦也)와 무라카미 무네타카(村上宗隆)는 최우수선수를 2회 수상했다.

구단 공식 응원가는 「We Are The Swallows」이다.

후지 텔레비전은 1962년 국철 야구단과 업무 제휴를 맺고, 1965년 구단 양도를 받았다. 후지 텔레비전 ONE에서는 야쿠르트 주최 경기 전 경기를 중계한다.

1967년 10월 9일, 요코하마 공원 평화 야구장에서 열린 중일과의 경기에서 공식 야구공 미도착 해프닝이 발생했다.

1978년 10월 4일, 야쿠르트는 홈구장인 진구에서 주니치를 상대로 첫 우승을 달성했다.

구원 투수 이가라시 료타와 이시이 히로토시의 콤비는 "로켓 보이즈"로 불렸다.

후루타 아쓰야 감독 취임과 함께 시작된 "F-Project"는 팬 서비스 향상과 지역 밀착 강화를 목표로 했다.

2007년 7월 11일 히로시마 도요 카프와의 경기에서 양 팀 합쳐 12개의 홈런을 기록했다.

2009년 6월 14일 오릭스 버펄로스와의 경기에서 11타수 연속 안타 프로야구 신기록을 달성했다.

2004년, 미야기현 시민 단체들이 야쿠르트 스왈로스를 센다이시 미야기 구장으로 유치하는 활동을 시작했으나, 도호쿠 라쿠텐 골든이글스 창단으로 무산되었다.

2009년부터 니가타현과 니가타시는 NPB 구단 유치 활동을 시작했다. 츠바메시는 야쿠르트 구단과 교류・연계 협정을 체결했다.

야쿠르트 도다 구장(ヤクルト戸田球場)의 노후화 문제로 이바라키현(茨城県) 모리야시(守谷市)로 2군 시설 이전이 추진 중이다.

2015년 센트럴리그 우승 당시, 카와바타, 야마다, 하타야마가 타격 3관왕을 독점했다.

2019년, 아오키, 야마다, 발렌틴은 "헤이세이 마지막"과 "레이와 첫 번째" 세 타자 연속 홈런을 기록했다.

2022년 6월 26일, 11개 구단을 상대로 연속으로 같은 카드에서 승차를 기록하는 업적을 달성했다.